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这些措施大多被雍正帝采纳。不久，年羹尧派兵肃清叛匪余部。平叛战争结束之后，年羹尧向雍正帝提出了《善后事宜十三条》和条奏《禁约青海十二事》，其中对青海的善后抚治进行了详细的论述。年羹尧向雍正帝提出了对青海进行有效的管理如编户齐民、定朝贡和互市制度、整饬喇嘛庙等等一系列措施。
雍正帝认为年羹尧条划周详，根据他的建议，又同众臣讨论，最后在青海地区实行了一系列的改革，主要的有：
一、大力整饬蒙古各部。对于青海和硕特蒙古诸部首领，根据他们在战争中的态度分别给以赏罚，恩威并施，以警戒其余诸部。
二、对于青海地区的蒙古各部，仿照内蒙古实行札萨克制度，将青海蒙古各部编为二十九旗，每百户编为一佐领，不满百户者编为半佐领，数个佐领编为一旗，即一札萨克。每旗旗长由部落首领即台吉担任，每札萨克俱设协领、副协领、参领各一员，游牧于青海的其他蒙古各部，也依此例编旗分为佐领，共有绰罗斯两旗，土尔扈特四旗，辉特一旗，喀尔喀一旗，但这八旗不再如从前那样隶属和硕特，而是区划出来直接听命于中央政府，政治地位与和硕特相等。每年会盟一次是游牧民族自古以来形成的定制，同时对促进本民族的进步和稳定也有积极作用。正缘于此，雍正帝尊重这一民族习惯，同意予以保留，但为使会盟不致成为反叛分子进行叛乱的工具，清政府将会盟划归政府管理，由西宁办事大臣主持。从各旗选择老成恭顺者委充盟长，“如朝廷遣官敕往，不论秩崇卑，王公以下俱跑迎，有背贰者必惩。”各旗划分地界，不得私占牧地和私自往来。这一禁约，表明了清政府在青海地区明确申明土地国有，并疏离了各部之间的关系，竭力避免分裂分子利用民族亲缘的凝聚力培植反动势力。
三、抚治藏民。青海、四川、甘肃、云南等省境内的藏民，自明朝以来就不能抚治，“或归喇嘛耕种，或属青海纳租”，他们也参加了罗卜藏丹津的叛乱。这时应乘平定叛乱之机，将他们收为编户齐民，设立卫所，征其赋税。另在一部分藏民中仍命土千户、百户、巡检，归原先设立的道、厅及新建的卫所管辖。他们所纳钱粮，要少于原交给喇嘛寺和和硕特的额数，以示宽大。
四、改西宁卫为西宁府，下设西宁县、碾伯县（碾伯所改）、大通卫。筑大通、白塔、永安三城，分设总兵、参将、游击，屯兵驻守。设“青海蒙古番子事务大臣”，总理青海政务。
五、大力整顿青海各喇嘛寺院。西宁各寺，大者僧徒两三千人，少者五六百人。叛乱中，这些人纷纷参与叛乱。现应限定寺庙规模，庙舍不超过二百楹，僧众不超过三百人。由政府按人供给衣粮，禁止他们征收赋税。
六、因和硕特的统治区与达赖、班禅治区有交叉，故论及抚绥达赖、班禅办法，每年赐达赖茶叶五千斤，班禅二千五百斤。过去藏人与内地贸易，达赖在叉木多、乍丫等处收“鞍租”，清朝在打箭炉收税，自是定议两处免收，以利贸易的发展。
七、通过派驻军队、修建城堡、设置卫所等措施，加强对青海、西藏的控制。如：自黄河入边处至河州、西宁、兰州、中卫、宁夏、榆林、庄浪、甘州的广大地区，水草丰美，林麓茂密，宜在西宁的北川口外，至大通河、野马河，到甘州扁都口外，修筑边墙、修建城堡，禁止蒙古人入内地游牧。宁夏阿拉善地区险要万分，应令额附郡王阿宝等整饬部属，悉归山后游牧。并在大通河北设大通镇总兵官，盐池设副将，将镇海营参将移驻西川口外丹噶尔寺，分别派置驻军。西宁原有通判，改设同知。原属河州的保安、归德二堡，因靠近西宁，也改归西宁管辖。由于新设镇营，内地镇营相应可以汰兵。如：陕西的富宁、宁夏，四川的重庆、川北诸镇，宜归并，裁汰。
八、在藏人居住区增设安西镇，驻木鸦的革达地方；在理塘设副将，领兵一千二百名，鄂洛、巴塘、宗俄等地各设驻军。
九、确立朝贡和互市制度。清朝前期，作为厄鲁特蒙古四部之一的和硕特人对清廷朝贡并无定制。青海平叛后，雍正帝规定了和硕特人的朝贡制度。将和硕特二十一旗分为三部，每部三年一贡，九年一轮回。朝贡的目的并不在于向他们进行物质攫取，而是以丰厚的回赐吸引和硕特人对清朝的仰赖。在互市制度方面，雍正帝规定和硕特与内地人的贸易在那拉萨拉（今日月山）地方实行，不得擅移，每年于二月、八月各举行一次。对生活必需品，诸如茶、布、面等，则规定一年四季贸易，以满足蒙古人民的生活所需。
十、发展农业生产，安定人民生活。在西宁与甘州、凉州之间，兴办屯田，大力发展农业生产，以安定当地蒙藏人民的生活。经济的上升可以说是化解民族矛盾和阶级矛盾的重要手段，生活水平上升了，人们的物质需要在一定程度上得到了满足，社会秩序就会有保障，至少可以在表面上使矛盾得以缓解。正缘于这一认识，雍正帝对西部的开发与屯田投入了较大精力，将直隶、山西、河南、山东、陕西五省军罪流人，尽行发往大通河、布隆吉尔等地垦种，给予种子、耕牛和土地，从事农垦，三年后起科，土地归垦种者为永业。
通过这些措施，清政府围绕加强对青海地区的统治这一中心目的，对青海的政治、经济、军事、宗教等方面进行了全面改革。开展屯田，兴办农业，和蒙古等进行朝贡互市等措施，都进一步促进了少数民族经济的开发和民族的融合。而对一些区县的划分则使得清政府大大加强了对青海地区的直接控制。青海内部台吉的封建特权尚未丧失，喇嘛教寺院的宗教权威也仍保留，但它们已不再作为独立的政治势力而存在，蒙古王公束缚于旗制之内，喇嘛寺院成为清政府统治蒙藏人民的工具，清中央政府对青海地区的统治大大加强了。
出兵西藏，剿灭乱党
青海问题解决以后，清政府就把目光转移到西藏问题上来。西藏地处祖国西南边陲，和新疆、青海、四川、云南等省相邻。作为藏传佛教的圣地，西藏是一个有着独特风情和民风的地方。境内佛教势力很大，各种教派纷呈。
早在南宋淳祐四年（1244年），西藏佛教派别中势力最大的萨迦派（俗称花教）教主萨迦班智达前往凉州（今甘肃武威）觐见元太宗孛儿只斤窝阔台的皇子阔端，议定了归顺蒙古帝国的条件及贡赋，自此西藏正式归入中国版图，而在此之前西藏一直作为中原王朝藩国。由于在西藏归顺过程中所起到的推进作用，萨迦派从而得到了元朝统治者的恩宠。元朝统治者进入中原后，开始接触盛行于中国的各种教派，在诸教派中，他们比较偏爱密宗佛教，于大都（今北京）兴建了密宗佛教的大型寺宇万安寺（今白塔寺前身）。萨迦班智达逝世后，其侄八思巴于元朝至元六年（1269年）被元世祖忽必烈封为“大宝法王”，意思是萨迦政权的创始人第一任萨迦法王。至此，西藏历史上第一次出现了以“僧人统国”为特点的政教合一的地方政权。
后来，元明统治者也都曾对西藏进行过有效的管辖。明末，蒙古人固始汗入藏，控制了西藏地方政权，使政教合一的局面得以改变。清初，皇太极曾和西藏汗及掌佛教大喇嘛有书信往来，固始汗也曾派人专程抵达盛京，觐见太宗，太宗优以厚礼。顺治时，达赖喇嘛与清朝的关系又有新的进展。顺治九年（1652年）十二月十五日，达赖喇嘛及班禅、固始汗代表至京拜谒顺治帝，顺治十年二月，达赖辞归。四月，顺治帝封达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，赐满、汉、藏三种金册、金印；封固始汗为“遵行文义敏慧固始汗”，赐满、汉、藏三种金册、金印。这样，正式确立了西藏对清廷的隶属关系，在西藏形成了政教分治、蒙藏联合的局面。清朝对西藏统治进一步加强了。
康熙年间，准噶尔策妄阿拉布坦叛乱，准噶尔蒙古军入藏杀死了和硕特蒙古汗王拉藏汗，从而结束了青海和硕特蒙古对西藏的统治，此后及至策妄阿拉布坦被平定。为了加强对西藏的统治，康熙帝派满洲、蒙古及绿营兵四千名驻藏，任命康济鼐、阿尔布巴、隆布鼐三人为噶伦（旧指西藏地方政府长官），封康济鼐、阿尔布巴为贝子，封隆布鼐为辅国公，后又增任颇罗鼐、扎尔鼐二人为噶�