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有了参照系本身还不够，因为参照系离现实太远，现代经济学还有第三个部分：分析工具。
分析工具往往表现为数学模型，但也有不是的。下面举例说明，通过这些例子我们可以看到，每一个模型后面都有经济想法，经济想法再和数学工具结合起来就能说明现实问题。
例如，在企业理论中出现了不完全合同理论，它抓住了在合同不完全时，控制权、所有权的配置对人的激励有直接影响，引发了一系列关于公司治理结构的讨论。这一模型以及其后的一系列发展就为这一类问题提供了有益的指导。又比如说，完全合同下的非对称信息模型。其中有一个重要的成本交换，即信息租金与配置扭曲。要想给有信息的人激励就必须给他一定的租金，以调动他的积极性把它的信息告诉你。但你这样做的话，你的资源配置就扭曲了。如果你不想让自己的资源配置扭曲，那么就要减少租金，对方就会撒谎。这是一个很核心的信息不对称下资源配置与激励的交换问题。可以用来分析电信管制、组织内共谋等问题。
综上所述，我们讲到了视角、参照系和分析工具，这三部分构成现代经济学的科学研究方法。
我们可以把眼光放广一些，从整个社会科学来看，经济学家的视角、参照系和分析方法都很独特。而且，经济学是社会科学中惟一的拥有这样一个惟一范式的学科。社会学中几乎没有公认范时，每一个社会学家都可以以完全不同的方法分析。政治学中有范式，但是不像经济学中有惟一的一个范式。下面就有一个问题，这样好不好？我们只能说有利有弊，而且就我个人而言，我认为利大于弊。
以上着重分析了经济学的框架。下面谈谈数学在经济学中的作用。
有两种极端，一是数学至上论，主张经济学数学化，认为论文的水平取决于其中数学用得多少、难易。二是数学无用论，认为数学不仅对分析问题没有帮助法反而阻碍了对问题的分析。
数学有什么用？经济学分为理论经济学和实证经济学，就我看来，数学对于理论经济学至少有三方面的作用。首先，数学可以把前提假设写得很清楚，避免无谓的争执。其次，写出数学模型以后，可以使得逻辑推理相对容易，并且较为容易地发现错误。我们的思维推理是很容易出错的，推一两步可以，第三第四步就不行了。而用数学模型就不同，如果A=B；A＋C=B；但是后来出现A＋C不等于B＋C，我们就知道出错了。最后，一旦经济问题转化为了数学模型，我们就可以利用已有的数学模型以及结论，进一步推导。并且可以把貌似不同的问题联系起来，因为可能它们用的是同一个模型。数学对实证分析的作用也是不可低估的，计量经济学中的数据统计和分析都依赖于数学。
许多有趣的经济学论文是用数学模型的，但也有相当一部分不是。这些不用数学的论文主要是两种：一种是表明初步的想法和猜测，即所谓的原创性论文。其中很少用到大量的数学，但是，我们必须注意到，这些前期产品的意义和重要性是后来人用数学模型表述出来、作出深入分析并且取得明确的有预测性的结果后才为人们所承认的。例如，张五常1969年写的一篇论文，讲述了地主与农民的经济关系问题，反映的是合同选择与交易成本的关系。二十世纪七十年代，斯蒂格里茨写了《激励与风险分担》，其中的许多想法与张五常一样，但不同的是，斯蒂格里茨的论文中不仅有了数学模型，而且还明确地表示出了风险分担与激励相交换的决定因素。这篇文章影响十分大，也是去年斯蒂格里茨获奖时引用的两篇文章之一。第二个例子是法默，他在七十年代就注意到，其实可以不用期权期货等去激励经理人，经理是在乎自己的职业生涯的，自有经理人市场激励他。这一思想在后来被描述为一个数学模型，发现在有些情况下法默是对的，但在有些情况下又并非如此。这就引出了一系列的讨论。
第二种文章是综述、介绍政策性文章。其中也没有多少数学，但是其中的分析推理和逻辑顺序都是与严格的数学训练分不开的。写这些文章的多为资深的经济学家，他们往往把已经根据数学分析出来的东西用非数学的语言表达出来，这种文章其实是很不好理解的。
以上我讲了许多，目的是想说明数学在经济学中的重要性。但是同时，我也要说，经济学不是数学。首先，经济学是一种社会科学，它的对象是经济行为，数学只是工具。多数情况下论文的质量靠的是经济思想，而不应该是数学的多少以及难易。其次，作为一门社会科学，经济学的结论必须受现实的检验。事实上，任何一门科学，无论是自然科学也好社会科学也好，结论都必须由现实来检验。相比而言，数学在西方不被认为是科学，因为数学不必有现实的原象，可以是人造的。在此意义上，经济学最好与物理学相比，一个研究自然一个研究社会。但是其中仍有根本的不同，物理学可以不停地进行试验，但经济学不行，有些情况是重新试验的成本过高，有些情况是根本不可行。由于这些局限，经济学就不得不依靠更多的假定和数学推理来进行。从这里我们也可以看出，为什么经济学家总是对假定十分在意。
经济学史上有一些极端情况，例如，科斯定理中完全没有数学，但逻辑分析丝丝入扣，相反，纳什的文章中全是数学。事实上，纳什本人是数学家，只上过一年的经济学课程。除了这些极端之外，绝大多数经济学家都是持用数学研究经济学这一态度的。
以上讲到了数学的作用，接下来进入我们的第三个问题，现代经济学的发展。
现代经济学在不断发展，我们可以注意到至少两个特点。
第一，现代经济学的研究范围正在迅速扩大。
公司金融领域，原来只是研究公司财务，二十世纪八十年代以来出现了重大的发展，有了完全合同理论，不完全合同理论等等。现在公司金融的研究热点已经是代理人和激励机制、公司治理结构等方面的内容了。
我们还要说到现代政治经济学。在这一二十年内，它正在成为独立而且热门的学科。与古典政治经济学有很大的不同，现代政治经济学的出发点不是“规范的”而是“实证的”，研究的是现实的问题。而且，研究现代政治经济学的人们使用的完全是现代经济学的分析方法和框架，只是在框架中加入政治的因素。
第二，现代经济学正在对基本的假定做出修改。
经济学中有许多假定与现实相距甚远，例如关于信息对称的假定，关于理性人的假定等等。现代的信息经济学已经试图将不对称信息引入市场，例如所谓的柠檬市场，抛弃了信息对称的假定，研究不对称信息对市场运行的影响。行为经济学则直接改动了基本假定之一“理性人假定”，因为心理学家在大量的实验中已经发现人的心理与经济学家所预测的不同。比如说股市的大起大落就很难用经济学家的理论来解释。另外，时间不一致时的理性选择是困难的，不像静态的选择那样容易。这样就使修改理性人假说变得十分合理而且有必要。
从现代经济学目前的发展方式中我们可以得到一些启示：新的理论往往是包含而并非推翻旧的理论，而且新理论的发展往往要用到已有的分析框架，理论的进步不是革命式的变革而是渐进式的演进。这些与国内习惯的方法是不一样的，国内常常从经济学说史的角度来看待西方经济学，更强调一个推翻另一个的过程。这是不适合现代经济学的。
最后，我们进入第四个问题：用现代经济学分析中国的改革。
中国的改革是最近二十年来世界上发生的大事，和中国同时进行改革的还有许多国家，在诸多国家的转轨过程中出现了许多重大问题不能用已有的理论解释。例如，东欧国家在市场自由化后出现了生产的大衰退，然后才逐步上升，呈现出了U型的生产过程。这是众多经济学家始料不及的。按照一般的理论，市场放开了，应该能够促进经济的发展才对。又比如，中国在各项制度尚未规范之前出现了经济的持续增长，按照传统的理论也是解释不通的，产权不明、政府权责不清，经济怎能持续快速增长？
研究中国经济改革的可取方法是什么呢？首先要瞄准中国的现实，了解中国的国情，不能脱离中国文化和背景。但是光有这一点还不够，还要运用现代经济�