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与此同时，彭加木更着力于植物病毒的研究工作。他深知，植物病毒是农业的大敌，研究植物病毒将为消灭植物病毒，提高农业产量起重大的作用。
例如，马铃薯的锈球病毒，曾一度使河北省的马铃薯减产50％—70％，发病率高达85％—92％！油菜的花叶病毒，曾使长江流域的油菜减产30％—50％，平均发病率达42。7％，严重的达94％！
内蒙一带的甜菜受黄化病毒危害，含糖量减了27％—31％！
此外，玉米条纹病毒、枣疯病毒、西红柿花叶病毒、白菜孤丁病毒、萝卜花叶病毒……也曾使我国农业受到莫大损失。
彭加木借助于“科学之眼”广泛地研究了危害柑橘、桑树、水稻、小麦、玉米、甜瓜、哈密瓜等的各种病毒，作出了不少贡献。为了研究植物病毒，他走南闯北，什么地方发生病害，他就跑到哪里采集样品，然后带回上海用“科学之眼”观察、拍照。
就这样，彭加木从1961年之后，忍受着病痛，每年夏天奔赴新疆工作，其余时间多次到广州、福州、郑州、南京、杭州、昆明等地，深入到田间，进行植物病毒研究。他本人就像他的那架“老掉牙”的照相机和那辆“老坦克”自行车那样，大大超出了癌症病人的“作用期”。他用那病弱的身体四处奔波，同样把“老本”都用出来了。
◆党和人民的表彰
彭加木的毕生志愿，就是默默地“想作一颗铺路的石子，让别人踏在自己的背上走过去”。
他乐于作铺路石子，安于作铺路石子，然而，他又是一颗闪光的铺路石子！
彭加木的铺路石子精神，受到了人们的赞扬。
在1964年初，他光荣地成为中国科学院的先进标兵。
在1964年春节前夕，中国科学院上海分院党委召开了一个青年科研人员迎春座谈会，在会上向大家介绍彭加木的先进事迹，并宣读了中共中央华东局第一书记、中共上海市委第一书记、上海市市长柯庆施写给彭加木的一封信：
亲爱的彭加木同志：
……你自从一九五七年身患重病以来，一直遵循党的教导，革命意志十分坚定，战斗精神十分顽强。你不但发扬了革命的乐观主义精神，同严重的疾病进行了坚决的斗争；而且在疾病折磨的极其困难的情况下，仍然生龙活虎，赤胆忠心，英勇顽强，奋不顾身，把党的事业看得比自己的生命还要宝贵，一再拣重担挑，抢重活干，带病奔赴祖国边6地区开创科学研究工作，考察祖国自然资源，始终坚持为党工作。经过长期的艰苦的工作，你不但做好了革命工作，而且制服了严重疾病的折磨。你这种一心为公、不怕牺牲，全心全意地把自己的青春和自己的生命贡献给党的事业的火热的革命感情和崇高的革命品质，是广大党员学习的榜样……
我衷心地祝愿你，在伟大的毛泽东思想指导下，进一步发扬这种无产阶级的革命感情和大无畏精神。我衷心地祝8你，早日完全恢复健康，对党对人民作出更大更好的贡献……
柯庆施
1964年2月11日
当天夜里，彭加木给柯庆施写了一封回信：
……我做过的工作不多，取得的成绩很有限，与党的要求距离尚远。今后我决心要遵循您亲切的教导，学习毛主席着作，努力学习解放军，以伟大的毛泽东思想来武装自己，发挥无产阶级的革命感情和大无畏精神，全心全意为人民服务，团结群众，在亲爱的党和毛主席所指引的革命化大道上奋勇前进……
绝不辜负党的多年培养和教育，立誓要做一个真正名副其实的共产党员，做人民的勤勤恳恳的勤务员。鼓足干劲，为攻克科学堡垒、攀登科学高峰而献出个人的一切。
1964年4月，上海《解放日报》、《文汇报》都以大量篇幅报道了彭加木顽强抗拒病魔侵袭、赤胆忠心为革命事业拼搏的先进事迹。
当时，上海树立了一系列先进标兵，其中有上海广慈医院治疗大面积烫伤工人邱财康、上海第六人民医院陈中伟医师断手再植成功、工人王林鹤试制高压电桥成功、小学先进教师吴佩芳、少先队先进辅导1刘元璋等，彭加木也名列其中。
彭加木的事迹引起主管科技工作的聂荣臻元帅的注意，写下了这样的题词：
—》文—向彭加木同志学习。
—》人—学习他的革命乐观主义精神，
—》书—学习他克服一切困难、埋头苦干的精神，
—》屋—学习他全心全意地为发展我国科学事业，为社会主义建设事业服务的精神。
中国科学院院长郭沫若早在1956年收到彭加木要求到边疆工作的报告，便曾为之感动。此时，触发了他的诗兴，写下了一首词《满江红》：
大学之年，
科研界，
雷锋出现。
彭加木，
沉疴在体，
顽强无限，
驰骋边疆多壮志，
敢教戈壁良田遍。
铁道兵，
铺路满山川，
为人便。
病魔退，
英雄显；
乐工作，
忘疲倦，
老大哥，
永远令人钦赞。
活虎生龙爱国，
忠心赤胆常酣战。
望大家，
都向彭看齐，
比帮赶！
彭加木的甘当铺路石子的精神，鼓舞了成千上万的人。他们用这样炽烈的语言，赞扬彭加木：
他是一位革命者。在他的身体里好像有一只共产主义的马达，使他永远不知疲倦。
彭加木同志用自己的行动说明他热爱党的事业胜过自己的生命，真正做到了古人所说的“鞠躬尽瘁”。
学习彭加木同志，就要学习他那种远大的革命志向，坚定的革命意志，豪迈的革命气概！
彭加木是生活中的萧继业！
彭加木同志身上所具有的品质，是一个优秀的共产党员的品质，是创业者的品质。
直到这时，人们才认识到彭加木的“铺路石子”精神的含义。曹天钦教授深刻地指出了这一点：
科学研究最困难的阶段是建立起必要的技术和打开研究的局面。一旦突破了难关，成果便不难接踵而来。彭加木在实验室中也是一个话剧《年青的一代》中热爱边疆事业的英雄人物，垦荒者。他付出了巨大的劳动，突破了一个又一个难关，建立了一个又一个技术系统。但随着工作的需要，在得到第一批成果后，他教会了别人，使后来者可以比较容易获得更多更好的成果，自己又去挑新的重担了。
直到这时，人们历数彭加木在科学的道路上如何“铺路”，才看清了他的不平凡的“铺路石子”精神：
1956年在昆明帮助建立化学实验室，建好之后，他走了。
1956年起，在乌鲁木齐筹建化学实验室。建成之后，交给别人使用。
1960年，在北京指导建成中国科学院综合考察委员会中心化验室。建成之后，他走了。
1962年，在上海生物化学研究所指导建立第一台电子显微镜实验室。后来，他又帮助广州、福州、乌鲁木齐等地建立电子显微镜实验室……
确确实实，彭加木如同他自己所说的那样：
“像建筑工人，自己住的常常是简陋的工棚，等到新房子盖好，他们却又要到别的地方去了；又像筑路工人，他彭加木照片们铺好路，自己却不一定再走这条路。”
然而，真正要当一个科学的建筑工、铺路工，又没有自私自利之心，却并不那么容易做到的哪！彭加木甘愿“自己种树，让别人乘凉”！
在过去，不少人不了解彭加木，总以为他“只会东奔西跑，科学成果不大”。正因为这样，当提职升级的时候，彭加木正在边疆工作，而所里又有这种舆论，便没有提拔他，所以他一直是助理研究员。尽管彭加木本人并不介意此事，但是，当大家都了解彭加木感人的“铺路石子”精神时，便一致同意为他提级。这样，在1964年底，彭加木被提升为副研究员。
曹天钦教授在当时公正在评价了彭加木的学术成就：
在去边疆工作之前和1962年迄今，彭加木同志在酶、纤维状蛋白与畜牧业有关的病毒方面，发表过八篇学术论文，还有一篇即将整理就绪。其中，由他负责进行的五篇，参加进行的四篇；在参加的工作中，有些技术关键也主要是由他解决的。九篇论文，不能算多，可也不能算少。如果考虑到这些成果都是在开辟研究基地、建立技术系统、进行综合考察、同恶性肿瘤作斗争的情况下，六出玉门、两下海南的间歇中获得的，就知道产量是很可观了。和他经常接触的同事和朋友，有人没有从这个角度来认识彭加木同志。是不是论文不够水平，以致无人注意呢？上述的例子和国外杂志