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孔，同时也看到了他抓在手里的东西——鲍林的论文。“我对他说，我能在化学系办公室见到他非常高兴，问他是什么东风将他吹来的，”托德回忆道。布拉格“头脑处于某种发热的状态”，想要知道在鲍林的螺旋结构和他本人早先提出的模型之间人们该如何作出抉择。托德在此之前已经读过鲍林的手稿，因此直言他肯定要选鲍林的结果，因为其中的肽链具有平直的特性。而布拉格声称，肽链不可能是平面链，此时，托德向他介绍了有关共振结构和多链特点的知识。“要是你以前向我核对，我肯定会把这些情况给你说清楚，”他说道。布拉格感到十分尴尬，动身返回物理系去了。
“我敢断言，他并未仔细地读过《化学键的本质》一书，”鲍林从托德那里听到这件小事时得意地说。
佩鲁茨利用一个星期六上午，一口气读完了鲍林和科里合写的全部论文，随后，他就一头钻进了自己的实验室。要是加州理工学院这些学者的结果是正确的话，那么在阿尔法螺旋的每一圈里就应当有3。7个氨基酸，在链长方向上每一个氨基酸所占的距离是1。5埃。在蛋白质骨架上，这种氨基酸重复的距离应当在X射线图上有所显示，然而，1。5埃这个尺寸太小，因此，一定要有特殊的试验才能分辨清楚。不过，做这种试验还是值得的，因为在为阿尔法角蛋白设想的许多结构中，只有鲍林的螺旋结构才会在感光底片上留下特殊的斑点；其功能就像是阿尔法螺旋留下的“指纹”。佩鲁茨在他的X光射线设备中放置了一根马鬃，在其周围围上了一圈感光胶片，以便拍摄预期的反射现象。他按下了快门。底片冲出来之后，他马上扫视了整个画面。一点不错：就在照片的远端边缘，看到了一个模糊的斑点。这一反射现象表明存在着每隔1。5埃重复一次的结构性现象。佩鲁茨又将一根豪猪刺进行X光照射试验，同样也发现了这一反射现象。他后来又对人造多肽和血红蛋白作了同样的测定。他甚至还在若干年前拍摄的蛋白质X光照片的远端边缘发现了这种斑点，然而他们以前并没有对此加以注意。佩鲁茨是一位很不寻常而且毫无自私心理的学者，他在证实别人的研究成果时，就像是对待自己的发现一样，感到非常高兴。他在给鲍林的信中写道：“这一预测得到证实、并在血红蛋白的试验中最终找到了有关的反射迹象，这是我毕生最最令人激动的发现。”随后，他发表了证实这些结果的具体资料，其结论是：“发生反射的间距是对其他各种模型的否定，但与鲍林、科里和布兰逊关于3。7个残基螺旋的理论是完全吻合的。”佩鲁茨还援引了帕萨迪纳研究小组得到的其他数据，他继续写道：“再也没有必要怀疑他们的结构是否正确了。”
到了6月，布拉格根据在自己的工场里得到的证据，承认阿尔法螺旋也许具有某种合理性——尽管用它仍然无法解释天然角蛋白为什么给出的是5。1埃的反射——他还致函祝贺鲍林的论文，特别是关于阿尔法螺旋的那篇论文，称此文开辟了“广阔的前景”。使鲍林感到非常欣慰的是，他的竞争对手写下了这样的话：“我认为，这是在认识蛋白质的过程中非常真实而又至关重要的进展，为此我衷心地向您表示最最热烈的祝贺。”但是，超越阿尔法螺旋的“广阔前景”到底是什么样子，此时尚没有定论，研究蛋白质的英国学术界开始一篇一篇深入细致地钻研鲍林撰写的其他论文。
错误百出，用心险恶
1951年上半年，鲍林在蛋白质结构的研究方面花费了大量的时间，相对来说，他过问政治的时间就很少了。然而，在那些以追查公众生活中赤色分子为业的人看来，这可算不了什么。在联邦调查局、特尼委员会和众议院非美活动调查委员会之间，情报是相互交换的，因此，鲍林已经成为内定的美国知名人士中，在每一个调查委员会的共党嫌疑分子名单上都是首当其冲的人物。在1951年这段时间里，每当提及科学界或和平运动中赤色颠复活动时，鲍林总是首先受到指摘和攻击的一个人。反共的通讯刊物《警惕》用了三期的篇幅向读者通报了鲍林在加州教育调查委员会出庭的情况，并且还不厌其烦地罗列了他公开露面的情况。
4月1日，也就是鲍林和科里寄出七篇有关蛋白质的论文供发表的那一天，众议院非美活动调查委员会点名指摘鲍林是“让美国放下武器和失败运动”中最活跃的美国人之一，因为他参加了一场虚伪的“共产党和平攻势”。在这一指控中并没有什么新鲜的东西——证据是已经公开的一份左翼团体的名单和鲍林参加活动的的记录——但是，这次攻击的火力更加猛烈了。“他的活动的全部记录……表明，莱纳斯·鲍林博士首先热衷于让许多团体利用他所取得的科学成就，这些团体都俯首贴耳地听从美国共产党和苏联的指挥”，众议院非美活动调查委员会发表的一份新闻公报这样说。“1946年以来，鲍林教授丝毫都没有偏离对共产主义事业的这种类型的忠诚。”为了回答这一类攻击，鲍林对记者说：“对于我所注意到的每一次和平运动，我在不同程度上都把自己看作为其中的一员，我将继续顺应自己的良心和吩咐竭尽自己的努力。”
这一指控在报纸上头版登出来以后若干天，鲍林打开了一封来自西弗吉尼亚马歇尔学院院长的来信，这位院长在信中表示遗憾地收回向鲍林发出的给有关领域科学家作一次讲演的邀请。这位院长写道，问题当然不在于鲍林的政治信仰，而是因为这可能引发当地公民的“强烈抗议”，从而有可能使鲍林夫妇陷于不必要的窘境。然而，鲍林却不买账。“您竟然使用这种方式行事，为此我深表不满，”他在信中这样回敬对方。他建议对方重发邀请，后来就再也没有收到对方的回音。
在跑林看来，更欠公正的当推夏威夷大学校务委员会委员们的行为了。他曾被安排为该校一幢新的化学大楼落成典礼剪彩，但是校务委员会受到该州反颠覆官员的警告。这些官员声称，他们从加利福尼亚的同行那里收到了特尼委员会关于鲍林的一份档案材料。于是，校务委员会迫使化学系撤回了对鲍林的邀请。鲍林是从一位记者那里得知这一消息的，他同样直言不讳地提出了自己的批评意见：“我非常吃惊，堂堂一所大学的校务委员会，本来应当是由一些志士仁人组成的，然而这个机构竟然可以不向对方指控就审判一个人，并公开宣布这个人有罪，而且根本就不给人家申诉的机会。”当这一争议公之于报端时，媒体派人找到杜布里奇了解他的意见，这位校长守口如瓶，只说他看不出这一问题与加州理工学院有什么相干。
静下心来以后，鲍林给夏威夷大学校务委员会去了一信，对他们的行为表示“强烈的愤慨”。“你们认为，一个美国人，坚持自己的独立主张，不愿受人支配，反对颐指气使的官员指手画脚。就成了非美国人了吗？”他这样写道。“我不这样看。我想，这种人与那些不表示反对态度的人相比，更加具有美国人的气质。”他随信还附上了一份有关自己政治信仰的声明——其中也提到他拒绝参加共产党一事——他要求对方重新发出邀请，并且暗示，要是对方不这样做，他将诉诸法律。但是，该校校务委员会仍然坚持自己的立场。
不管怎样，鲍林还是决定到这个群岛去走一趟。此时正值度假的美好时光。他的几篇关于蛋白质的论文刚刚刊出，政治气候也在升温，他需要休息一下了。况且，到夏威夷去也是表明自己鄙夷和不满的一种方式。“我想，到檀香山去还是值得的。到那里可作几次科学讲座，同时也可向这个群岛的居民表明，夏威夷大学校务委员会撤回对我的邀请是犯了多大的错误，”他在给朋友的一封信中这样写道。他说服了美国化学学会夏威夷分会邀请他作一系列讲演，于5月底带着爱娃·海伦一道飞到了檀香山。这次旅行终于成了一个非常令人高兴的转折点。每次讲演都受到一批批热情洋溢的科学家的热烈欢迎。大家都急切希望了解他的最新发现。讲演完毕后，许多人上前与鲍林握手，感谢他蔑视有关方面的狭隘偏见所显示出来的勇气。檀香山报界也站在鲍林一边，开始质问夏威夷大学校务委员会为什么采取那样的行径。
这对鲍林是一个很大的鼓舞。看来，在一段较短的时间里，由丁奋起坚持