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联邦调查局的报告完成后的一个星期，鲍林接到电讯社一名记者打来的一个电话。“参议员麦卡锡对您的指控是真的吗？”记者问。鲍林说自己没有听到过任何指控。“他称您和其他六位与共产党有联系的原子科学家对安全构成威胁，”记者说道，“他说您是共产党阵线组织的成员，在这一方面您有‘几乎令人难以置信的记录’，是真的吗？”鲍林一直注视着麦卡锡借助新闻界不遗余力地散播随心所欲、肆无忌惮的指控而飞黄腾达。他重复说，他从未听到过任何指控。“我一直支持能够最终导致和平和避免核战争的国际政策，我想麦卡锡参议员说的就是这些吧。”
第二天，他的名字出现在全国各大报纸上。“麦卡锡说赤色分子渗透进了原子弹项目，”《纽约先驱论坛报》以醒目标题报道。这是麦卡锡的随手一击，报道中鲍林的名字是从布登兹的证词中拿来的，夹杂在一些实际从事原子弹项目的科学家名单之中。指控含糊其辞，没有给出任何证据，以后也没有什么新的东西；在头条报道之后，参议员又去寻找其他的目标了。
但是由此而造成的损害是不可估量的。现在全国尽人皆知鲍林是对安全的威胁，他在美国士兵正在朝鲜战场上前赴后继的时候为共产主义辩护。尽管他能够处理那些接踵而至的杭议信——在战后的日裔美国人事件后他不时地会收到此类奇怪的信件——但是接着发生了一桩令他困惑的事情。伊莱·莉莉医药公司给他写来一封信，这是一家鲍林在1946年开始提供咨询的公司。1949年，这家公司与鲍林续签了三年合约，将他的年费提高到4800美元。相对于鲍林有限的咨询而言，这是一笔不小的收入，但公司称鲍林“杰出的服务”使他当之无愧。现在仅仅一年之后，他们来信告诉他合同被取消了。鲍林说，“信中没有给出任何理由，但是后来，前研究部主任、当时的研究部主任助理告诉我取消的原因是由于我的政治活动，如果我能够宣布在未来不参加任何政治活动的话，合同有可能得以恢复。”
鲍林的政治倾向殃及他的科学研究工作，上述事件并不是唯一的例子。同年，海军研究局化学部主任邀请鲍林主持一个委员会，评价海军研究局资助的化学研究项目的进展情况，并帮助制定新的研究方向。这是一个具有相当威望的职位。然而海军研究局驻帕萨迪纳的主管获悉这一邀请之后提出了强烈抗议，他队海军研究局和联邦调查局档案中收集材料，给上级送去了一份有关鲍林参加共产党阵线组织的十点报告。“让一个忠诚度有疑问的人来主持这个海军研究局委员会的工作实在令人难以接受，”这位主管写道，不仅是因为有泄密的可能，而且如果国会经过调查发现海军提名一个“共产党同情者”出任一个敏感职位的话，将会把海军研究局置于一个“非常尴尬的境地”。化学部主任被弄得狼狈不堪，被迫收回了邀请。
加州理工学院的内部调查持续了整个秋天。鲍林夫妇试图保持往常那样的平静生活，但是越来越困难了。鲍林在自己的分子结构和最近刚刚修正的蛋白质模型中寻求解脱。他和爱娃继续参加教师的聚会。他们大多数的朋友对这种政治压力不以为然，试图帮助鲍林夫妇坦然置之，但是也有一些教师表现出冷淡，而且情况越来越糟。当怀恩巴姆被认定犯有伪证罪而坐牢之后，鲍林注意到人们在与他擦肩而过时总是避开他的目光，疏远他，特别是在进行内部调查的时候。鲍林属于熟人很多但是密友很少的人；他需要同事的喜欢和尊敬。当他看到他们都在躲避自己的时候，内心受到了莫大的伤害。
被自己的学校调查的压力，抗议信件，失去伊莱·莉莉公司的合约，校园中的敌意，所有这一切都开始郁积起来。鲍林在公开场合从未流露出他的忧虑，但是爱娃知道她的丈夫正在承受着巨大的压力。她本人也同样如此。在遭麦卡锡指控后不久，鲍林以前一个友好的学生在茶话会上询问鲍林的近况。爱娃一时失去了自制，眼眶中充满了泪花。“我不知道我的丈夫还能坚持多久，”她说。
内部调查终于在那年秋天结束了。两个委员会都没有发现鲍林参加共产党或是违法乱纪的任何证据。尽管一些董事强烈坚持开除鲍林，教师委员会最终仍决定留下鲍林，说在没有任何证据的情况下开除鲍林不仅将使学校失去一位世界一流的化学家，还将使学校在全世界的科学家面前丢脸。在杜布里奇看来，这次调查是一个成功：既释放了保守的校董们的怒气，又使他能够理直气壮地为鲍林辩护。当他又收到一封信，质问他为什么不把鲍林和其他赤色分子从学校中清除出去的时候，杜布里奇解释说，鲍林的罪名已经被洗刷清楚了，他还加上一句说，“我希望在这个国家中，一个人不会因为他的政治信仰不随大流而遭到迫害。”
让他认识自己的错误
然而这个国家已经今非昔比——即便鲍林不承认这一点。整个50年代，他继续着自己的政治活动，好像什么也没有发生一样：他筹款为怀恩巴姆辩护（尽管在怀恩巴姆受审的大部分时间里他都不在城里，以免出庭作证）；同意充当好莱坞十君子之一的剧作家达尔顿·特朗勃的假释指导人；参加了美国科学工作者协会，这是一个由法国原子物理学家，共产党员弗雷德里克·约里奥—居里①导的左翼国际组织在美国的分支；在美国进步公民协会和艺术、科学和专业人士委员会中保持领导地位；并继续就那些让他惹上麻烦的话题发表演说。
①弗雷德里克·约里奥—居里（Fiederic Joliot…Curie，1900—1958），法国原子物理学家，著名科学家，皮埃尔和玛丽·约里奥—居里夫妇的长女婿，与其妻伊伦·居里（Irene Juliot Juliot—Curie）合作发现中子而共获1935年诺贝尔化学奖。
在那段时间内，他是美国为数不多的几个坚持就和平和民权公开发表自己观点的知名人士之一。当众人明哲保身的时候，他们却承受了个人和职业的风险。尽管人性自然地倾向于保护自己，鲍林却坚守阵地。他当然乐意将所有的时间都投入科学，避免任何政治纷争而专注于揭开自然之谜，并享受由此带来的个人满足、地位、金钱和荣誉。至少在科学上来说，鲍林并不是一个反叛者。他的勇敢表现在他敢于越过学科的界限，但是他的勇气是建立在科学的基本准则和预测上的。他的成功并不在于推翻科学秩序，恰恰相反，他在其中如鱼得水。他比别人更勤奋，更敢于将自己的思想推向更高的层面，实际上，他非常希望成为这种秩序的一部分。他希望得到——而且在一定程度上需要——别人的掌声，需要科学院和学术团体授予的奖励和荣誉。他后来说，从这一点来说，他是一个遵纪守法的人。
与此形成鲜明对照的是，他的政治活动表明他绝对不是一个墨守成规的人。在这一领域中，他公开地挑战权威。拿他的话来说，在麦卡锡时代，“我性格中有两种对立的品格彼此在争斗：一种要我听话，一种要我相信自己的判断。”
在政治舞台上，他妥协的欲望被另一种更为强大的力量所替代：他对自己的信心。在一种层次上，他可以简单地说，就像他在那段时间里经常说的那样，“我觉得投身政治是我作为一个美国公民和一个科学家的职责。”但是在内心深处，他必须为自己冒如此大的风险，给自己和家庭带来如此大的压力寻找一种理由。他以科学家的思维方式苦苦思索着自己的政治信仰。
如同所有科学家一样，鲍林是启蒙运动的产物。和许多启蒙运动的哲学家一样，他用理性替代了上帝，而且他相信理性的思维和科学方法的应用将促使社会不断地进步。知识是钥匙。鲍林的道德观念来源于他相信的真理；他知道自己是一个理性的人，而且他相信其他理性的人只要有足够的知识，也会得出与他相似的结论。
鲍林的信念反映了从大萧条到60年代初期其他许多左翼人士和自由派人士的观点。一些科学家尝试共产主义并参加左翼政治活动，因为这一体系建立在理智和理性之上。法国的伯纳尔和约里奥—居里成为左派，因为他们发现在此可以用科学方法来处理人间的事务。为最多的人创造最多的利益这一社会