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支持华莱士的广告。他在签名者中勾出了鲍林的名字并写上这样的意见：“一个私人捐助的学校里的著名学者公开参加支持一方的政治活动，在我看来是很不恰当的。”对此杜布里奇作了以下的答复：尽管我作为院长以任何方式直接参与政治活动是不恰当的，但“我不能剥夺任何教师以公民的私人身份参与政治的权利”。他随后向泰勒保证，“我本人完全不同意鲍林博士签名的声明内容。”
鲍林在校外的社会活动越来越引人注目，一些校董，特别是泰勒、小胡佛①、麦考恩等人均对他的政治言论表示出强烈不满，并对这些言论可能给学校带来的后果深表忧虑。于是，有人议论要处分鲍林，甚至开除他。但是杜布里奇在校董会主席佩奇的支持下不主张匆忙采取行动。他们说，看来鲍林现在是有点越轨，但是可以再给他一点时间，看他能否转变。杜布里奇把他叫到办公室进行了一次私下谈话，希望他在发表公开言论时尽可能温和一些，特别要求他在谈论政治时不得使用学校名义。这次谈话不欢而散。鲍林认为杜布里奇是用动听的言辞掩盖问题的实质，怎么讲话是他自己的权利；而杜布里奇认为鲍林政治观点激进，立场僵硬，喜欢在报上出风头。
①小胡佛（Herbert Hoover Jr。），美国第31任总统希尔伯特·胡佛的儿子。
在理工学院内部，鲍林把自己作为教师的职能与作为社会活动分子的职能仔细地区分开来。他上课时决不谈论政治，并要求报纸在发表他的政治讲话时不得标出他所属的学校。然而问题还是不可避免地出现了。有时候学生团体邀请他去作关于世界政府的报告，他不好拒绝。尽管他辩解说，这是利用自己的业余时间和作为学生的课外活动，但是显然难以把政治和学术截然分割开来。偶尔一不小心，他的政治性报告的海报或广告上也会写上他在理工学院的职务。
愈到后来，鲍林愈难把政治与学术分开。到40年代末，报社记者都知道他是一个新闻热点人物，因此常对他进行大量报道。这些记者提到鲍林的讲话时，总冠以理工学院教授和化学系系主任的头衔。
鲍林1949年在墨西哥城大会上的讲话就是这样报道的。当泰勒在收音机里听到一个保守的电台评论员猛烈抨击鲍林出席这次大会时，他写信质问佩奇和杜布里奇：假如鲍林不是共产党员，他怎么可能在这样的大会上发表讲话。尽管佩奇和杜布里奇再次对泰勒作了一番安抚，然而他们自己也对鲍林毫无顾忌的讲话感到不安了。批评鲍林的信件接连不断地寄到杜布里奇的办公室。一次，当地一家建筑公司的老板来信质问学院为什么允许共产党员当教师，杜布里奇对此采取了新的策略：他派鲍林去与老板共进午餐，让老板亲自体验鲍林不是一个危险的激进分子。鲍林在饭桌上尽力避免谈论政治，而把主题拉到医学研究上去，说服老板赞助。他觉得谈得很不错。后来这位商人写了一张字条给鲍林：“请记住我善意的警告：不要跟着那些‘可疑’组织一意孤行了。我们中有些人拥有锯子，说不定会用一用的。”
1950年，形势进一步恶化。一连串事件的曝光震惊了公众并进一步加剧了冷战：1月21日，希斯被判定犯有伪证罪；2月3日，英国物理学家克劳斯·福赫斯原子弹间谍案被公开；几天后，来自明尼苏达州的首位参议员麦卡锡①拿出一份记有205名据说在国务院内任职的共产党员名单，一时成为轰动全国的特大新闻，麦卡锡也由此一举成名；4月份，国家安全委员会建议进行大规模军事集结，遏制共产主义和对付日益严重的原子弹间谍活动的威胁。
①麦卡锡（Joseph McCarthy，1908—1957），美国共和党参议员（1947—1957），50年代初煽起全国性反共运动，指控有大批共产党人渗入国务院和军队，其卑劣行径受到参议院的谴责。
然而，对鲍林以及尚留在原子科学家联合会（该联合会员人数已比四年前减少了一半）内的科学家来说，最坏的消息是杜鲁门在1月份的一份声明——美国将研制一种“超级炸弹”以维护美国在武器方面的优势。炸弹的技术细节当然属于最高机密，然而鲍林根据所了解的情况马上作出推断，新型炸弹的能量不是来自于原子的裂变，如同老式原子弹那样，而是来自轻型原子的聚合；而氢是最可能的能量来源。后来这种新型炸弹很快被人们称为氢弹。在5月份的一次广播谈话节目中，鲍林告诉听众：“氢弹由一枚老式原子弹以及围绕着它的几吨甚至十几吨的氢或其他轻元素构成，这些轻元素的原子可以聚合成重原子，同时释放出大约五倍于原子弹的能量。”他还说，从理论上说，氢弹的威力是没有限制的。
在鲍林、爱因斯坦和原子科学家紧急委员会的其他多数成员看来，氢弹的出现并未改变原子战争赌博的基本规则——发展氢弹同样是荒谬和不可思议的——所不同的是，毫无必要地增加了大笔赌注。更多的金钱被用于屠杀更多的人。此时紧急委员会内部也发生了分裂。诺贝尔化学奖得主、坚定的自由主义者哈罗德·尤里①先改变了立场。他并不愉快地断言，如果美国不发展氢弹，俄国人将把它制造出来，因此，“我们不能坐视输掉这场军备竞赛。”尽管鲍林的回答非常简单——“哈罗德——你错了”《工人日报》引用了他的这个说法）——但这已损害了两人之间的关系。鲍林和西拉德考虑成立一个将尤里排除在外的新的委员会，但是要做通经过五年论战已变得十分厌倦的委员会成员的工作谈何容易。爱因斯坦希望委员会继续存在下去，但其他成员准备退出，认为这个委员会已经起不了什么作用。它们发表的报告和警告很少有人听，外界资助也已经枯竭。最后经过投票，终于决定解散紧急委员会。
①尤里（Harold：Urey，1893—1981），美国化学家，因发现氘（重氢）获1934年诺贝尔化学奖，后又研究地球化学和天体物理学，对发展原子弹及地球和其他行星起源理论均有重要贡献。
氢弹的出现似乎只是更加激励了鲍林。关于氢弹的巨大破坏力的公众讨论使人们对美苏之间疯狂的军备竞赛增添了新的忧虑，因而愿意倾听鲍林关于和平和国际合作的人又多了起来。1950年2月13日，鲍林在座无虚席的卡内基大厅里作了一次报告，呼吁与苏联进行谈判，建议国会向国家自然科学基金拨款几百万美元用于研究战争的起因和预防措施，这是他所作的最精彩的政治报告之一。“讨论原子战争问题时，不应被诸如共产主义与资本主义谁胜谁负的问题所迷惑”，他说，“原子战争将杀死每一个人，不管他是左派、右派还是中间派。”他用有力的声音告诫台下的几千名积极分子：“我们的世界已经最终来到了一个需要迅速作出决断的紧要关头，这一决断将关系到人类走向光辉的未来，还是走向死亡和文明的彻底毁灭。”报告结束，他注视着台下的听众，全场响起暴风雨般的掌声。终究，他并不孤立。
1950年的整个春季，他不断地就军备竞赛、和平的必要性、氢弹及其给世界带来的后果等问题一场接着一场地作报告，在每次报告结束时，总要呼吁与苏联谈判，呼吁建立世界政府。
鲍林的每次报告都有人监听，这些人包括反共报纸的记者，加州非美活动调查委员会（此时仍被称为特尼委员会，尽管特尼的主席职位已由另一个同样狂热的反共议员接替〕的情报人员以及联邦调查局的特工。是年2月，海军情报机构将一封匿名信——也许是鲍林的某个邻居所写——转到了联邦调查局，写信者说他亲眼看到“一台功率强大的无线电设备”装在鲍林家车库的一面墙上。“也许需要对这些教授进行一点秘密调查，”告密者这样建议。这封告密信又引起了联邦调查局对鲍林的兴趣。虽然后来查实所谓的！司谍装置不过是鲍林儿子的一台业余无线电设备，联邦调查局还是决定对鲍林重新进行审查。5月18日，鲍林在由帕萨迪纳无党派人士和平委员会组织的小型报告会上作了一次报告，右翼杂志《警惕》的一名记者马上给联邦调查局洛杉矶办事处写了一份备忘录，指控鲍林在讲话中“详尽介绍了原子弹的制造过程，随后还描述了氢弹是如何制造出来的”。这使胡佛对鲍林的讲话产生了极大的疑问。他指派一名特工人员到理工学院鲍林的办公室进�