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是年秋季，冷战全面开始。美国的政界人士竞相活动以便从冷战中获取最大的好处。共和党责难民主党人主持的国务院措施不当以致“丢失中国”，原因可能是政府内部有一小撮颠覆分子，由此掀起了一场内部清洗运动。国务院内最后一批新政分子被清除了出去，美国的外交政策进一步向右转。
苏联的原子弹更加使人胆战心凉。原子弹试验的强光一闪，似乎美国的核保护伞——美国人用以抗衡苏联重兵的唯一手段一下子破裂了。其实，人们忘记了多年来美国的原子科学家对人民的不断提醒：苏联拥有原子弹只是一个时间问题。冷战斗士们坚持认为，这里面有间谍活动，必须把原子弹间谍搜寻出来。媒体更是推波助澜，大肆渲染各种谣传。一时间，对赤色分子及其同情者可以任意指责并罗织各种罪名。
到1950年的时候，随着世界上事态的发展以及国内反共潮流的高涨，大多数自由主义者转而接受一套新的、更加“强硬”的信条。然而，鲍林却依然故我，既不改变自己的主张，也不调整宣传自己主张的方式。他坚持说，中国人有权决定治理自己国家的方式，包括必要时通过革命来实现自己的选择。他坚持说，苏联的原子弹不是一种威胁，而是“对全世界人民的一次警告，有利于推动各国政府通过联合国组织恢复谈判，以便对原子能技术建立一套有效的国际监控机制”。
更多的人从原来的立场上退缩，鲍林则成了众矢之的。加州特尼委员会保存的有关鲍林的案卷越来越厚，里面满是他关于原子弹和公民权利讲话的剪报，其中很多来自共产党报纸。例如，作为特尼委员会重要情报来源的《工人日报》，对于鲍林发表的每次演讲和参加的每次抗议集会，都要在显著版面加以报道。到1949年下半年，特尼委员会已把鲍林定性为“加利福尼亚煽动分子”的领导人。
联邦调查局和反共报纸也充分利用了这份鲍林档案。鲍林的名字经常出现在右翼势力编制的赤色嫌疑分子的名单中。然而鲍林对这一切都置之不理，他顽固坚持独立立场，我行我素，并坚信自己是正确的。
注意分寸
然而，加州理工学院院长杜布里奇却不能置之不理。杜布里奇的父亲来自中西部，是基督教青年会的体育教师。按照一位科学史专家的说法，杜布里奇是一个“生活简朴、精力充沛和一味渴望从事重要工作”的人。他相对比较年轻——与鲍林年龄相仿，身材瘦削，长着一副娃娃脸，擅长募集资金，有出色的行政管理能力，与华盛顿方面有着密切的联系。他的自信心甚至可与鲍林媲美。举例来说，谈及他在大战期间指导的雷达实验室取得的成就时，他常挂在嘴上的一句话是：“原子弹仅仅结束了战争，而雷达却赢得了战争。”
杜布里奇在锣鼓声中来到了加州理工学院，立即全力投入了使学院现代化的工作中。他首先向学院过时的行政管理机构开刀，解散了鲍林在其中担任重要职务的教师一董事联合委员会，代之以相互独立的董事会和系主任委员会。对鲍林来说，这既是一件憾事，又是一件幸事。一方面，鲍林自战后在学校里的影响力被削弱了，但另一方面也使他摆脱了大量他所不喜欢的行政事务。杜布里奇大力精简机构，改造密立根过时的工资体系，几乎使每个教师都长了百分之三十的工资。他的这一举措深得人心。正如理工学院一位化学教授回忆时说的，这是学院“黄金时代”的开始。
鲍林却对此不置一词。他从20年代起就认识杜布里奇，当时这位青年物理学家以国家研究委员会成员的身份到理工学院访问工作了两年。两人的关系说不上密切，但相互称呼时可以略去姓氏，在社交场合经常见面，各自都仰慕对方的学识。
然而，在杜布里奇到理工学院任职后不久，两人之间原有的一点感情却开始冷却起来了。鲍林与新院长就是合不来。其中部分原因可以归之于学校建设方面的分歧。杜布里奇是物理学家，在老朽的密立根的领导下，理工学院物理系已经失去了原先的领先地位，因此他投入大量的精力和经费来重振物理系。他对化学系，特别是对鲍林的学科建设方向不太满意。也许密立根和许多年长的校董们已经告诉他关于鲍林在诺伊斯去世时的不当行为，也许新任院长已经与托尔曼、尤斯特和其他诺伊斯时代的老教授们谈过话，这些人对鲍林竭力发展化学生物学的做法不满，认为鲍林的个人迷恋使化学系远离了它在物理化学方面的根基。大家觉得鲍林努力争取资助的目的仅仅是为了他所珍爱的那些项目，而化学工程和无机化学得益甚少。杜布里奇也许还听说了鲍林在免疫学研究和试制人工抗体方面进展缓慢的议论。
因此，尽管杜布里奇在公开场合称赞鲍林和比德尔用化学生物学方法研究生命分子基础的宏伟计划为“国内最重要的研究项目之一”，在私下对此项目却持冷漠态度。有一次鲍林给他写了一封热情洋溢的信，谋求把学校得到的一大笔遗赠用于癌症的基础研究，而杜布里奇的第一反应却是要首先确保物理化学和化学工程的拨款。鲍林很快就明白杜布里奇对他并不完全信任，于是两人之间的关系变得冷淡，甚至疏远起来。
政治也是影响院长和化学系系主任关系的一个因素。尽管杜布里奇在共和党家庭中长大，但他自认为是一个自由主义者。他竭力反对梅—约翰逊法案的早期版本，支持原子科学家联合会传播原子弹信息，公开反对各种政治迫害，通过这些实际行动，他表明了自己的政治立场。他像鲍林一样致力于和平事业，认为科学家可以为实现世界和平发挥作用。他在1947年就任加州理工学院院长时发表的就职演说中这样说道：“虽然科学家主要不是做政治家、社会学家、军队将领或宣传家的工作，”但是，“如同每个普通人一样，科学家和工程师担负著作为一个有用的社会成员的责任……他们应该对自己熟悉的每个问题发表意见，包括与其他公民携起手来共同致力于世界和平事业。”
这些话鲍林听来非常顺耳。但是，杜布里奇具有高超的人际工作能力，其政治手腕也因此而比较圆滑。作为院长，他必须周旋于各类人物之间，包括保守的校董、自由派教授以及各级政府官员和科学顾问等。他在其间游刃有余。他变成战后那种所谓的知情科学家的典范，无论在教室、会议室、实验室，还是在政府的办公室，他都能应付自如。在他看来，必须有一些规则，即便不是明文规定的也好，来指导科学家的政治活动。在战后的那几年里，美国公众对原子弹的巨大魔力感到惊讶不已，对国家安全的一系列问题充满忧虑，对发展武器的各种技术细节也十分关心，他们希望科学家给予回答。一时间，科学家被认为是高智力的超人，他们的意见受到特别的青睐。
杜布里奇认为，科学家还承担着一种他称之为“特别的责任”。他就任院长后不久在一封致全体教师的信中写道，学校不会对科学家作为公民发表个人意见的权利进行限制，这不是学校所管的事；但同时告诫他们应该努力做到准确和公平，并且要“注意分寸”。特别要注意不能把个人意见与学校立场混为一谈。如果一个教师能够遵守这些原则，那么，他写道，“学校将保护他在言论。教学和科研方面的自由权。”
这里的关键词是“注意分寸”。在冷战发展到极端的情况下，广大科学家将“注意分寸”理解为“保持沉默”。到1949年，科学家像其他人一样，对任何可能被认为左倾的政治活动都尽量回避。尽管没有经过公开讨论和正式成文，大多数科学家都努力遵守以下几条规则：只在华盛顿咨询系统内开展政治活动；只占用极少的时间进行政治活动；只在自己的专业范围内发表评论；只发表和风细雨式的意见。只要遵循这些规则，那么科技界与政府、公众之间就能保持和睦，经费就会源源而来。
按照杜布里奇的标准，鲍林是一个不讲分寸的人。杜布里奇显然也耳闻了这种情况。早在1946年，理工学院的重要校董、具有保守倾向的联合钢铁公司执行副主席泰勒就对鲍林表示不满。杜布里奇就任院长后刚一个月就收到了泰勒寄来的一份剪报，内容是由一批人签名的支持华莱士的广告。他在签名者中勾出了鲍林的名字并写上这样的意见：“一个私人捐助的学校里的