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已经发生了变化，鲍林的观念依然如故——在1947、1948两年间，他继续公开宣传对原子能技术实施国际控制，反对效忠宣誓，呼吁保障公民自由权和反对反共歇斯底里。现在的形势是，对共产主义的恐惧心理左右了政治走向，根除共党分子变成了全国范围内的陈词滥调，与此唱反调的人则已是寥若晨星。
不是一盏省油的灯
对联邦调查局局长胡佛①来说，这可是千载难逢的好机会。随着人们对国家安全受到威胁的恐惧与日俱增，他的权力和影响力不断扩张，他将美国改造成他理想中的国度的能力也在增长。打着加强国家安全的旗号，胡佛开始搜集公民的材料，不管他们是否是国家公职人员，也不管他们是否真是危险分子。附上索引和交叉索引的厚厚的档案袋装满了一箱又一箱，从议员、律师到码头工人、图书馆员的日常生活细节都成为收集材料的范围。
①胡佛（J。Edgar Hoover，1895—1972），美国联邦调查局局长（1924—1972），建立指纹档案、科学侦察犯罪实验室及联邦调查局国家学院，以反共为目标，对美国公务人员进行“忠诚”调查，招致进步舆论抨击。
联邦调查局的一份卷宗上写着莱纳斯·鲍林的名字。1948年冬季，鲍林离美赴牛津访问几个星期之前，胡佛的得力助手托尔森向他递交了一份告密信。信是由美国化学学会的某个会员写来的，信中说他担心学会的当选主席，即将赴英国访问的鲍林，有亲共倾向。托尔森告诉胡佛：“我查阅了一下档案，结果发现我们从未对鲍林进行过调查，但是鲍林与美国进步公民组织关系密切，并在关于解散众议院非美活动调查委员会的决议上签过名，是这个被共产党渗透的组织的成员……有足够的证据表明他不是一盏‘省油的灯’。”
胡佛之所以未对鲍林进行调查，非不欲也，是不能也。根据效忠宣誓法案，联邦调查局可以进行调查的美国人的范围已经扩充到了成千上万的联邦雇员，包括接受联邦政府资助和与政府签约的教授，但是调查范围仍然是有限制的。大战结束之后，鲍林并未从事任何涉及国家机密的科研项目，也未申请联邦资助。根据9835号行政命令，在私立大学工作的研究人员不属于审查范围。
但是，当鲍林抵达伦敦之后，情况立即起了变化。美国海军研究处助理武官办公室的代表拜访了鲍林。这位年轻的军官告诉鲍林，为了国家利益，美国的科学研究必须与英国并驾齐驱。假如鲍林能够告知海军他对访问过的英国实验室的印象，那将是很有用的。这位军官还说，这不是窃取情报，也不存在辜负对方信任的问题。鲍林所要做的只是告知他对英国科学现状的一般印象而已。作为对他履行政府顾问职能的口报，他们将付给鲍林每天20美元的酬金，鲍林只要在一份合同上签个字。然而，从鲍林签字的那一刻起，他就被列入了效忠审查的范围之内，联邦调查局立即开始调查他的政治历史。
由于鲍林对自己参加过的任何组织都不加保密，因此联邦调查局进行调查十分容易。特工人员查阅了有关档案，找到了一份1947年调查人员与鲍林进行谈话的记录，那次谈话的内容涉及到另一位被怀疑有自由主义背景的科学家奥本海默的忠诚情况。鲍林在谈话中称自己是奥本海默的“亲密朋友”，他告诉调查局说，奥本海默是一个“脾气多变、性格复杂而又绝顶聪明”的人，他本人毫不怀疑奥本海默对美国的忠诚。谈话随后进入有关奥本海默的政治活动。鲍林详细讲述了自己与帕萨迪纳科学家协会，与艺术、科学和专业人士独立公民委员会，与美国进步公民组织的联系，还谈了自己对华莱士的支持。在这份谈话记录中，调查人员加了这样的评论：秘密渠道称艺术、科学和专业人士独立公民委员会好莱坞分会是“加利福尼亚共产党的一个主要的政治和宣传组织”，而且称帕萨迪纳科学家协会内共产党员和共产党阵线的活动分子十分活跃。
联邦调查局从众议院非美活动调查委员会借阅了鲍林的档案，发现档案内有很多《工人日报》和其他共产党报纸的剪报，在这些剪报内“无数次地引用了”鲍林关于原子弹政策和人权问题的讲话。他们认为这些活动都很可疑，但是按照效忠法案的规定，鲍林唯一的非法活动是在战时与美苏友好全国委员会关系密切。这个组织一直被列入司法部长掌握的黑名单之中。
尽管材料不多，却已足以使胡佛下令对鲍林进行全面调查。他要求海军情报局跟踪鲍林在英国的活动，下令联邦调查局特工查阅警察局档案和信用档案，对鲍林在伯克利和康奈尔逗留期间的有关人员进行访谈。他还让联邦调查局洛杉矶分局协调在帕萨迪纳进行的调查。特工人员对鲍林的同事、邻居和加州理工学院的行政官员进行了询问，还获准查阅鲍林在理工学院的私人档案。
但是他们没有发现任何东西。他们访谈的每一个人都毫无保留地肯定鲍林对国家的忠诚。他的同事们说，尽管鲍林“毫不隐瞒自己的见解”，是“一个参与者”和“主张自由表达信仰的理想主义者”，他却肯定不是共产党。他们所能告诉调查人员的关于鲍林的最坏的评价是他“好表现自己”，是一个“夸夸其谈的知识分子”。洛杉矶分局进行的调查一直延续到1948年的夏季尚无定论，这使胡佛失去了耐心。他打来电报指责关于鲍林的调查是“本局所进行的最为拖拉的忠诚调查之一”。9月10日，一份长达27页的调查报告终于完成了，到10月14日，胡佛将此报告递交给了公务员委员会以采取进一步的行动。
胡佛迟了一步。鲍林与海军的合同已于9月1日到期，因此他不再受9835号行政命令的约束。另外，此时众议院非美活动调查委员会的负责人托马斯已经去职，他被指控犯有冒领工资罪而于1948年大选后不久被判刑入狱。这个委员会一直在寻找一个有地位的科学家作为攻击目标，要是托马斯不离职的话，根据联邦调查局对鲍林的调查报告，它本来很可能对鲍林进行一次公开审查。于是胡佛采取了另一个步骤，他把对鲍林的调查报告送交司法部长办公室，寻求刑事诉讼的可能性。但是司法部找不出违法的证据。
当鲍林从牛津返回美国的时候，联邦调查局对鲍林的调查已经结束。他回到帕萨迪纳后，同事们告诉他一条烦人的消息，就是特工人员曾来校查问过他的情况，然而特工人员当时曾同时查问过其他一些科学家，特别是那些与原子弹研究有关的科学家的情况，因此鲍林耸耸肩膀，不以为然。
具有讽刺意味的是，当胡佛企图对鲍林的忠诚泼污水的时候，其他人却对他的忠诚大加奖赏。1948年10月，就在联邦调查局竭力找茬以便对鲍林提出刑事诉讼的同时，鲍林与他的四个同事一起在理工学院举行的庆功典礼上接受了总统功勋奖章，这是由政府授予平民的最高荣誉。由杜鲁门签署的奖状肯定了鲍林的“极具想象力的思维能力”，表彰了他在火箭固体燃料和炸药、氧气测量仪和血清代用品方面的“杰出创造”，以及他为“美利坚合众国的杰出服务中所作的特别值得赞誉的事迹”。鲍林对此荣誉感到无上光荣。
这将是在以后的四分之一的世纪中，鲍林从联邦政府得到的最后一次奖励。美国在向右转，作为对杜鲁门的联邦效忠制度的补充，各州政府实施了更加严厉的效忠宣誓措施，这些措施的覆盖面从联邦雇员扩及到了成千上万名州。市政府工作人员。对忠诚性的审查不仅针对间谍或共产党，还针对那些批评美国内政外交政策的平民。在审查人员看来，批评美国政策就是为克里姆林宫效劳。任何批评美国政策的言论，特别是来自左翼的批评，都足以引起审查人员的怀疑。任何人只要与可疑的组织沾上点边，那么即使没有被人抓住犯有颠覆罪的把柄，也会招来恶毒的攻击。1949年初，艾奇逊在被批准担任国务卿的听证会上也曾陷入反共喧嚣的漩涡，他将其称为“野蛮人的攻击”。实行这种高压政策的结果是：批评政府或宣传自由主义目标变得十分危险，人们噤若寒蝉。然而鲍林却仍然我行我素。
到了1949年，任何人都已不敢与哪怕只是带有一丝左倾的组织发生任何牵连，就是在这种情况下，鲍林仍然这样写道：“作为个人，比如像我，必须学会与共产党人和睦相处……我几乎�