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尽管韦弗大力支持该项申请，但洛克菲勒基金会很难取得一致意见。在基金会就这一项目的得失进行辩论的过程中，韦弗争取到了一笔相当数额的临时性资助：在1946、1947两年内，每年拨款5万美元。有了这笔经费以及来自其他各种渠道的多项资助——政府的，工业部门的，基金会的，还包括一些用于癌症研究的资助，比德尔和鲍林终于有足够的钱像模像样地开张了。到1947年，化学系的预算总额比六年前翻了一番，而生物系则差不多翻了两番。
在长达两年的时间里，洛克菲勒基金董事会一直就是否资助大经费项目举棋不定。这方面的争论与基金会在战后科研中应担负何种角色这一更加广泛的问题有着紧密的联系。由于政府对战时研究项目投入了大量资金，使得科研资助的大环境迅速发生了变化。政府对基础科学的大规模支持无疑将以某种形式继续下去，因此基金会不再需要像战前那样，对类似鲍林计划那样的大项目进行资助。而且，自从大萧条时期出现所谓“人类科学”的观念以来，基金会服务社会的目标也发生了变化。它的资助重点从基础科学转向了农业和社会科学，特别是那些能促进某些国家发展的研究项目，这些国家被认为是未来几十年中的民主基地和反共前哨。
在这样的大背景下，像鲍林计划这种规模宏大的基础科研项目，不管它有多么好，获得资助的希望都是非常渺茫的。在董事会一次次讨论的过程中，资助数额不断缩减，到1948年终于有了定论：资助十万美金一年，总共七年。
这只是鲍林梦想的六百万美元的一个零头。尽管如此，这已经是加州理工学院历来所获得的最高单项资助之一，并且也是基金会在战后给予基础科研项目的最高资助额了。这些经费使得鲍林的化学系成为全国最富裕的化学系之一，并已足够在一段较长的时期内支持鲍林计划的实施。有这笔钱以及其他私人赞助，有鲍林和比德尔的亲密合作和领导，有一批他们吸引来的杰出青年科学家的加盟，加州理工学院有望在随后的十年内发展成为全美国分子生物学这一新兴学科的摇篮，而且可望成为全世界最重要的基地之一。
取得这些业绩的原因何在？韦弗认为，“这完全是比德尔和鲍林的功劳。他们两人如同两个凝聚核心，围绕着他们，新思想不断地产生和交流，如同一个分子系统中各种类型的共用电子围绕着两个中心旋转，并以一定频率相互换位一样。就我所知，这种优势是其他任何学校所没有的。”
果酱和猪食
然而，用化学键来比喻比德尔和鲍林两人间的关系并不十分贴切。他们两人相处得很好，并且在加州理工学院的化学系和生物系之间建立了一种紧密的合作关系。两个系的教师相互参加对方的研讨会，还常常打破学科界限相互提供咨询和帮助。但是这种联合阵线的出现，主要地不是出于联合研究的需要，而是为了争取更多的资助。等到洛克菲勒基金的资助一到手，鲍林和比德尔就基本上按照各自的方向相互独立地开展研究了。他们之间的关系与其说是相互交流，倒不如用另外一个词来描述更加恰当，这个词就是“互补性”。在战后的那几年里，分子互补性变成了鲍林的基本研究对象。
互补性是从鲍林的免疫学研究中引申出来的一个概念。鲍林把抗体和抗原之间的联结解释成某种精确的分子配合；一种相互补充、丝丝入扣的啮合，使得两者接触面处的原子极端接近，从而形成微弱的范德瓦尔斯力。鲍林的解释为理解其他生物学现象提供了一条途径。鲍林开始意识到，生命在分子层次上看主要地就是一种特异性，就是体内的分子能够辨认某些目标分子，并且只能和这些目标分子相结合。抗体与抗原之间酶与其作用物和基因之间，以及在它们相互生成的蛋白质衍生物之间，都以某种神秘的方式相互辨认并仅与特定的对象相联结。形成这种精巧的生物特异性的机制尚不为人所知，但是鲍林认为，以精确的互补性形状作为研究基点之一的思路为弄清这种机制提供了钥匙。
鲍林认识到，他研究抗体的主要成果是显示了分子结构与生物特异性之间的关系。兰德施泰纳在1943年逝世前，曾要求鲍林为他新版的免疫学专着撰写一章关于特异性的化学基础的内容。鲍林把这一章起名为“分子结构和分子作用力”，其中简明地总结了他关于蛋白质分子能够辨认和联结特定的目标分子的机理，为希望了解有关理论的读者提供了入门性介绍。鲍林强调指出，分子形状是决定一切的。精确的、互补的、丝丝入扣的形状使分子紧密啮合在一起，并通过累积起来的弱键作用联结成整体。而化学反应，正如大多数化学家所认为的那样，都是通过分子间的特定反应而形成强力的共价键或离子键，因此与弱键机制是完全不同的。
发表于1945年的这一章内容，不仅首次阐明了现代结构化学和免疫学之间的关系，而且还首次雄辩地证明了一个事实：在分子层次上发生的大多数甚至是全部的生物现象均可通过创造性地应用公认的化学原理而得到解释。由于这部分内容发表于免疫学的专着中，因此在化学界没有引起多少反响，然而对战后那些读过这本书的青年生物学家和免疫学家却产生了巨大的影响。例如，后来的诺贝尔奖得主。免疫学家乔舒亚·莱德布格认为，这章内容是鲍林所写的最重要的论着之一，对于那些缺乏经验的分子生物学家来说，这是一本帮助他们弄清大量复杂问题的指导书。
把免疫特异性归结为分子能够取精确的互补性形态的思想，既符合鲍林和德尔布吕克在1940年发表的论文中提出的理论，又符合鲍林和莫斯基关于蛋白质结构的设想：蛋白质是由氢键联结起来的有着精确形状的链状分子。然而，这个思想的适用范围已远远超出了免疫学。
1944年，薛定谔（他当时生活在都柏林）出版了一本小册子，书名为《生命是什么？》。由于作者被公认为波动方程之父，故此书出版后立即备受关注。然而这是一本怪书。薛定谔欲把自己富有创见的想象力以一种略带诗意的方式推广到解决重大的生物学问题。在鲍林看来，全书充满了模糊不清的推理。薛定谔在书中提出一个长期以来难以解答的悻论：为什么在趋于最大熵的宇宙中，那些有条不紊的生命系统却能存在并繁殖？他认为不能用经典的物理定律来解释生命现象。于是他提出了一个叫做“负嫡”的新概念。有机物以某种方式从这种尚未发现的物质中吸取能量后，就能抵御瓦解的趋势。在此理论框架内，薛定谔提出基因应是一种能自我复制的“非周期性晶体”。尽管理论本身含糊不清，但这本书在战后时期对年轻的物理学家产生了巨大影响，他们中许多人由此转向了生物学，投身于活体细胞的细胞质研究，期望从中发现新的物理定律。
鲍林认为这本书是“猪食”。没有任何人能证明这种所谓的“负嫡”的存在。基因决不是薛定谔声称的那种“非周期性晶体”，而极可能是蛋白质链，这种结构能够以若干种不同的形式稳定地存在于机体内。鲍林在评论《生命是什么？》这本小册子时说：“薛定谔的热力学讨论非常模糊和肤浅，即使作为通俗读物也是有误导作用的。无论是过去还是现在我都认为，薛定谔对我们正确理解生命现象没有任何贡献。”
鲍林对生命的本质有着他自己的更易为大众接受的解释。“薛定谔认为有生命的物质工作的方式不能用普通的物理定律来解释，有机体内部原子相互作用的方式不同于无生命物质内部的作用方式，”鲍林在给朋友的信中写道，“我并不认为这样的差别会真的被发现出来。”在鲍林看来，生命可以归结为“拥有一些具体的特征并可把这些特征遗传给自己产生的后裔”，生命过程只不过是一种分子的特异性，完全可用化学原理把它解释清楚。
在薛定谔热衷于负熵的梦想时，鲍林却从果酱中受到了鼓舞。在厨房里孩子丢弃的一只果酱瓶的外壁上，他看到了分子互补性理论的实实在在的证据。残留在瓶里的果酱经过几天之后，周围出现了少量酒石酸氢钾的小晶体，这是葡萄酱的一种组成成分。这一难解之谜的焦点是，酒石酸氢钾的分子怎么知道从果酱千千万万颗分子中分离出来，然后