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车去华盛顿，路上要用三天时间，在那里呆上一两天开会或讨论，接着就回家。他非常喜欢这一段旅程，因为他可以一边望着车窗外的群山和平原，一边安静地进行思考，觉得正在为战争贡献自己的力量。
随着滚滚而来的拨款，鲍林实验室的规模也日益膨胀。单是火药项目就集中了大约五十个青年化学家，占满了实验室和办公室的每一个空间。他们由科里领导，科里是不可或缺的。这位生性腼腆的人原来只习惯和一两个助手共事，战争使他成了一个高效的经理。他设计的一整套汇报和规划体系使加州理工学院成为其他战时实验室效仿的榜样。
1943年年初，鲍林的老朋友奥本海默来到加州理工学院，给鲍林带来了为战争作贡献的更好机会。自从奥本海默在十五年前试图说服爱娃到墨西哥“度假”之后，他们两人没有说过几句话；但是鲍林跟踪着这位物理学家在伯克利的学术生涯，并且通过秘密情报网得知他正在参与一项极端机密的武器项目。奥本海默仍然那么憔悴瘦削，仍然烟瘾十足，仍然自以为是。他向鲍林解释说，他正领导一个小组利用铀的同位素裂变来制造一种炸弹。他说他们正在和海森伯领导的德国人竞赛，因而至少从理论上来说，纳粹面前没有什么障碍。但是这里涉及的不光是理论。一个月前或更早的时候，费密和西拉特在芝加哥成功地控制了一次裂变连锁的反应。现在看来，肯定能够制造出一种核裂变炸弹，爆炸时，将原子核结合在一起的巨大能量就能够释放出来。
奥本海默解释说，政府正在把巨额资金投入到这一炸弹的研制中。这将是一个巨大的项目，将涉及上千名科学家。他们都集中在新墨西哥州洛斯阿拉莫斯镇一处山顶上改建的一所小学里，保安措施非常严密。大多数工作将由物理学家完成，但是也会涉及到相当多的化学工作。他问鲍林是否对领导这一项目的化学组感兴趣。他说，参加这个项目一个额外的好处是能够得到珍稀的放射性示踪剂氖，鲍林在化学生物学的研究中非常需要这一种物质。
鲍林很快就作出了答复。做一群物理学家的下属——特别是直接在奥本海默的领导下工作——令他反胃。将自己的妻子和孩子带到新墨西哥州荒漠极端保密的新兵训练营中去也丝毫提不起他的兴趣。他拒绝了这一邀请。他说：“并不是因为我觉得发展核武器有什么不对，而是我手头还有别的工作。”
鲍林有很多事情要操心。战争初期他就成为科学研究和发展局西部医药研究委员会的一名成员，成了帮助军方解决最紧迫的医疗需求的顾问。他获悉成千上万名士兵由于休克而死亡，原因仅仅是因为得不到血浆。而战时的血浆供应极端匾乏。医学研究委员会紧急设立了一个项目，旨在开发廉价、可靠的人造血浆替代品。鲍林由于在血红蛋白和抗体的研究上积累了丰富的经验，因而赢得了这一项目。他拉起了一支队伍，其中包括阿迪斯，由他负责测试肾脏对人造血浆的清除率，还包括免疫学专家坎贝尔。他们共同尝试了许多化学方法，试图制造出能够骗过肌体的人造血浆。他们一直没有任何进展，直到鲍林想出一种化学方法，改变了动物胶的性质，使它不仅能够模仿血浆的一般特性——其浓度和粘度——而且成本低廉，易于储藏。他将这一方法称为动物胶氧化法。在志愿人员身上进行的早期试验相当成功，鲍林为这一配方申请了专利，并无偿提供给政府使用。他通过各种媒体广泛宣传了这一发现，公开宣布了他的成功，并收集了全国各地电讯稿的剪报。由于这一配方中分子大小的差异极大，政府拒绝批准动物胶氧化法，这令鲍林十分失望。接着在1943年，整个血浆替代品的项目下马了，因为已有众多的志愿人员纷纷捐献出真正的血浆。
“在医药史上第一次……”
到了1943年，鲍林的化学和化学工程系完全变了一个样：托尔曼去了华盛顿，尼曼研究着化学战，布赫曼和科普弗利试图合成抗疟疾药，卢卡斯研究塑料，雷西专攻火箭项目。所有学生几乎都上了战场，代替他们的是进修炸药或者火箭课程的军事人员。鲍林在1943年给一位朋友的信中写道：“这里的事情确实发生了巨大的变化。我们试图将讨论会继续下去，但是很难找到合适的题目。”许多研究课题都被列入了保密的范围。
在洛克菲勒基金会，韦弗和他的同事不安地注意到他们提供给鲍林的经费开始流向战争研究项目。由于科里和休斯将他们的注意力转向炸药和推进剂的研究上，最近一大笔经费资助的蛋白质问题被搁到了一边，而且有机化学项目大多也停顿了下来。
只有鲍林对于免疫学的研究未受到影响。由于这一项目对战争有着较为直接的作用，鲍林得以在华盛顿的支持下继续他的基础研究。鲍林个人对于这一领域的兴趣也日益浓厚。他甚至在多年以后重新开始涉足实验室，让坎贝尔教他如何给兔子接种，如何设法产生抗体凝结的反应。由于加州理工学院尚没有动物试验设施，鲍林在自家车库附近建起了一个五十只兔子的免窝，派小莱纳斯和彼得喂养和打扫。每天清晨去学校之前，他会给兔子注射抗原，有时还会亲自放血，收集抗体。
“我十分高兴地向您汇报，我们的免疫化学工作进展十分顺利，”鲍林在1941年年末给韦弗写信说。他的下一个目标是证明每个抗体分子有两个键合点，正如他在1940年关于抗体形成过程的论文中提出的那样，为此他设计了一种聪明的办法。兰德施泰纳将一个经过选择的有机分子和一个蛋白质结合在一起，完善了制造合成抗体的技巧；这样就可以根据已知的结构来培养抗体并进行研究。鲍林叫自己的助手制作了一系列这样的合成抗体，每一个蛋白质分别和一个、两个或三个同样的有机分子相结合。将这些有机分子培养出来的抗体进行各种反应，并对形成的合成物中的抗原和抗体的比例进行分析，他就能够估算出每个抗体分子到底与多少个抗原结合到了一起。研究结果有力地表明，正如他预言的那样，抗体是二价的，同时和两个抗原联结。他还发现，似乎抗体分子的两头能够与不同的抗原相结合，这又支持了抗体形成的模板理论。
但是，最令人激动的消息是，坎贝尔在1941年末成功地制造出了人造抗体。根据鲍林1940年论文中提出的理论，血液中任何一种球蛋白在变性之后都会形成一种特定的抗体，这样就能在某一抗原周围重新成形。鲍林在11月给韦弗的信中激动地写道，这正是坎贝尔对牛肉球蛋白进行试验得出的结论。他说，这标志着世界上首次人工合成了抗体。鲍林在信的结尾轻描淡写地说道，“我觉得在试管内合成抗体可以被认为具有相当的重要性。”实际上他认为这项发明相当重要，完全可以申请专利，不过他并没有将这一点告诉韦弗。
不过，坎贝尔的试验并没有像鲍林说的那么确定。坎贝尔制造出的东西只是有些像抗体——至少在他的手里，这种蛋白质确实能够专一地和一种目标抗原相结合——但是从牛肉球蛋白中得到的这一产品的产量很低，而且不稳定。在最理想的情况下，鲍林所称的“制造出来的抗体”中只有八分之一能够与抗原结合。而且抗体和抗原之间的结合力也比自然抗体要弱，沉淀物中抗体和抗原的比例也要低得多。
然而，这一切都可以用合成技巧的不完善来解释。证据也许不充分，但却是实实在在的，而且大致符合鲍林有关抗体形成和蛋白质构造的理论，符合他关于氢键连成的长链构成了各种形状的蛋白质的思想。这确证了他对世界的认识，当然也是正确的。
他认为这一实验是正确的。人造蛋白质的成功合成引发了各种有趣的可能性。在战争时期，人们迫切地需要各种药品，而人造抗体将称为世界上最有效的药品。鲍林为整个工艺申请了专利，这表明他深知自己这一发现的商业价值。他进而采取了一个不同寻常的举动。1942年3月，他在加州理工学院发表了一份新闻稿，宣布他的实验室成功地制造出了人工抗体。他在新闻稿中写道，尽管还不知道它的发现是否在医药上有用，这一研究为治疗疾病“开辟了新的可能性”。
对于如此重要的一项发明，未经科学杂志发表而首先向新闻媒体宣布，这闻所未闻，但给鲍林带来了立竿见影的效果。�