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不用鲍林来操心。接着他意识到了鲍林此行的真正动机：他需要保证自己在诺伊斯死后获得系主任一职。密立根勃然大怒。他强压怒火，对鲍林说，学校没有打算增加化学系在学院经费中的份额。然而当鲍林一再回到系主任任命这一话题上的时候，他再也按捺不住了。密立根告诉这位自负的年轻人说，他太年轻，甚至连系主任一职也休想考虑。就他个人而言，鲍林在以后的十到十五年中也不用费神去考虑担任那一类行政职务。接着他把鲍林轰了出去。
鲍林一下子懵住了。密立根的话彻底推翻了他原以为板上钉钉的自己前程的安排。而且密立根说他年轻，不足以担此重任的话也毫无道理。鲍林已经34岁了，比斯雷特负责麻省理工学院物理系时还年长3岁，比科南特被提名为哈佛大学校长时也小不了几岁。一定是别的什么出了岔子。
鲍林整整用了两个星期的时间才重新认识了自己的位置，他决定非要弄个明白不可。他老调重弹地给诺伊斯送去一封措辞谨慎的信：“我觉得我不得不离开学院。……唯一令我感到迟疑的是，我可能误解了您曾经嘱咐我的，要我制定发展化学系的规划，并为我安排相应角色的话。”
诺伊斯在科罗那得马收到了这封信。几个月来，他一直避免作任何决定，但是现在看来他必须正面解决鲍林的前途问题了。他一直担心这会使他在生命最后几年中苦心经营的化学系分崩离析。他叫秘书把鲍林的信复写了一份亲手交给海耳，还亲自写了一段话。“鲍林好大喜功，野心勃勃，惟我独尊，但是我确实相信，他主要的思路是在其研究领域之外建立一个更大的研究中心。”然后他要求紧急约见托尔曼、海耳和密立根。
在会议上，大家很快意识到问题没那么简单。密立根希望托尔曼能够继任；他不仅资格老，而且是合适的人选；他和密立根以及加州理工学院最大的那些施主参加同样的私人俱乐部，属于同一个社交圈。在另一方面，每一个人都还记得鲍林刚读研究生时的模样。他来自穷乡僻壤，一贫如洗，和年轻的太太和孩子住在一间租来的破旧屋子里。他怎么能够应付那些学院需要交好的百万富翁呢？密立根特别担心鲁莽的鲍林在自己理事会前的表现。然而诺伊斯仍然不相信托尔曼会全身心地投入到化学系或者管理工作中去，他争辩说，失去鲍林将是学院的一大损失。托尔曼本人对独自一人取代诺伊斯表示了保留的意见。
最后，大家达成了妥协：对化学系采取分治管理的模式。鲍林将称为名义上的系主任，但是他将和一个新的化学系委员会分享他的权力。这一委员会包括五名成员，将最终决定任命、提升、工资和预算等问题。托尔曼将作为化学系在加州理工学院执行委员会中的代表，负责与理事们打交道。
这一计划是在7月份制定的，但是在11月正式公布的时候，鲍林的角色受到了进一步的削弱。也许诺伊斯还不愿就此退休；也许化学系的教师反对原先的计划。总之，最后诺伊斯被任命为化学系委员会的主席，而鲍林是成员之一。主席是委员会的当然成员，没有什么实权。他能够将有关事务提交给委员会，但是没有投票权。这一体制保证了在诺伊斯死后，他的互相合作、教师集体管理的模式能够继续下去，而不至于造成某一个人独霸化学系。在被剥夺了所有实质性内容之后，这一有名无实的化学系委员会主席的职务将在恰当的时候授予鲍林。
鲍林得知了这一消息。圣诞节刚过，他写信给科南特，说自己有兴趣到哈佛来。但是，与七年前各大学争相礼聘鲍林相比，情况发生了很大的变化。现在可供挑选的受过量子力学训练的青年化学家很多——哈佛在一年前刚刚招募了鲍林一个最得意的弟子，布莱特·威尔逊——而且把鲍林庞大的研究队伍搬到东部去需要一大笔钱。在对大萧条影响下的预算进行了两个星期的苦思冥想之后，科南特回信说：“我非常遗憾地告诉您，现在哈佛看来无法提供您所需要的那些机会。”
自尊心受到双重打击的鲍林一头扎回到研究工作中。诺伊斯让他参与一个自己希望在有生之年实现的最后的大项目，创建一所生物有机化学研究院，并借此来抚慰鲍林的创伤。这个新的跨学科的研究团体将运用现代化学的工具来重新塑造生物学。他说，鲍林将是这一学院的学术领袖，可以获得新楼的整个一层楼面。其他教师将是世界上最优秀的学者，以后将陆续被聘用。更多场地和更高学术地位的承诺帮助鲍林克服了自己的失望情绪，一门心思地扑在工作上。
韦弗在1936年3月访问加州理工学院，他非常高兴地了解到鲍林在血红蛋白研究上取得了进展。当鲍林在晚餐上介绍自己对其他蛋白质研究产生了新的兴趣，说到自己的工作有可能有助于攻克癌症时，韦弗就更加喜不自禁了。
韦弗还拜访了明显衰弱的诺伊斯。诺伊斯强打精神，四方寻求资助，招兵买马，为扩建和装备生物有机化学学院作准备。韦弗对这一规划非常兴奋——这毕竟表明，他长期以来信奉的研究生物学的方法将被实现——他告诉诺伊斯，他将和理事会一起密切关注这一项目的进展。
诺伊斯对这个项目信心十足，况且他急切地想在自己离开人世前把一切都料理停当。他让鲍林充分地考查一下新学院的合适人选。这回倒是鲍林摆起了架子。他写信对诺伊斯说，最好围绕自己的研究进展向洛克菲勒基金提交一份详细的计划，然后再看看采取什么行动。诺伊斯迫不及待。他已经决定到梅奥诊所做一次结肠手术，这是他最后治愈癌症的机会。他很快将一份6页的提纲送交给韦弗，其中概括地介绍了有机化学的发展思路，并详细介绍了由私人捐助的拟建中的大楼。然后鲍林被派往东海岸寻访人才，这回他又扯起了诺伊斯的后腿。在纽约，他告诫韦弗说，他觉得诺伊斯“以他现在的状况，为了在有生之年作出一些成就，有些过于匆忙……”。鲍林仍然认为，不管系主任一职怎样有名无实，总归是他的。他不希望被一个垂危的病人作出的决定栓住手脚。他希望在时机到来时作出自己的决策。
他不用等待太久。梅奥诊所的手术失败了，5月，诺伊斯回到了帕萨迪纳。他躺在自己圣帕斯科大街住所的床上，女仆和一位长期的助手照料他。鲍林此时正忙于和莫斯基一起对蛋白质变性的论文作最后润色，在诺伊斯最后的几个星期中探望过他两回；谁也没有提及他继任系主任这个话题。
1936年6月3日，消息传遍了校园：亚瑟王过世了。
这标志着一个时代的结束。
诺伊斯的保守克制、温文尔雅和慷慨大度扎根于19世纪；他所遵循的是一种正在迅速消逝的生活方式，慢条斯理，知书达理，知足常乐。不会再让学生驾着老摩西出游，在研讨会上不会再有可可饮料，不会再有密立根在悼词中所称的诺伊斯的“美好性格”。不会再有诗歌。未来属于不那么浪漫、更加务实、眼明手快的鲍林式人物——20世纪的人。
诺伊斯在系里起到了协调的作用，这一点在他死后充分显露出来了。教师们在过去一年中积聚起来的敌意现在变得公开了。一些教师认为，鲍林即便是在诺伊斯重病期间也把他逼得很紧，还有人对韦弗说，鲍林“以一种毫无道理的，甚至是不可饶恕的方式来困扰和纠缠（诺伊斯），强迫他承担起不可忍受的化学系领导任务”，这甚至有可能加速了诺伊斯病情的恶化。托尔曼、迪金森和雷西这些老教授在给密立根的一封信中直言不讳地表达了同感，并“建议”暂时将鲍林提升为系主任——新近又重新确定了职责范围，几乎没有任何权力——这只是因为他的研究工作对加州理工学院至关重要，尽管“我们对鲍林教授是否完全适合这一岗位深表忧虑。……在一定程度上，我们怀疑他是否有能力来制定政策，是否能够慷慨、真诚地待人接物。”
这股反鲍林的情绪在诺伊斯的葬礼上表露无遗。荣誉扶棺者包括加州理工学院行政委员会的每一位成员，还有化学和化学工程系的每一位教师——唯独没有鲍林。鲍林对这种特殊做法感到狼狈万分，他找到密立根，要求知道为什么受到这样不公正的待遇。密立根声称自己毫不知情，说名单是化学系定的。
又一次侮辱接踵而至。葬礼后，正式宣布了系主任的任命—�