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鲍林的研究兴趣集中在有关的生化机制上。他在探索大脑奥秘时所作的初步尝试，十年以前对精神障碍和苯丙酮尿症患者进行的研究，其目标都集中在发现和界定酶缺失现象，因为这种现象可以用来解释精神障碍的分子学原因。他所采用的工具局限于尿样分析和血液分析，由于这类方法太粗糙，难以帮助他找到所希望的目标，因此，这一研究最后以失败告终。如今，精神健康问题又再次成了他注意的中心，另一种至关重要的理论又在他的头脑中酝酿起来了。他相信，利用这种理论就能够解释——就像他创造的其他重大的理论一样——各种各样模糊不清，有时甚至是自相矛盾的现象。
如果说，人的大脑功能取决于某些分子（比如，酶、辅酶、替代物、生成物等等）的适当数量的话，那么，大脑的最佳功能就很可能取决于在大脑中分子的某种类型的平衡，正如他后来所说，要有“合适数量的合适分子”。如果有一种重要的酶不够活跃或失效了——苯丙酮尿症患者就属于这样的情况——那么整个机制就会陷入混乱的状态。不过，要是有一种酶功能失调，我们就可以通过大量补充有关的物质来恢复平衡。这也许就是霍弗和奥斯蒙德用烟酸所做的事——在一种酶反应失调的情况下，大量运用一种替代物或辅助物使其回到正确的方向。
鲍林为自己的理论找到了一个引人注目的新名称——“分子矫正”精神病学，并且着手准备发表自己的思想。
“分子矫正精神病疗法，就是通过给大脑提供最佳的分子环境，特别是提供体内正常状态下各种元素的最佳浓度的溶液，对精神病治疗的方法，”他在1967年春就这一理论撰着的第一篇论文中作出了这样的解释。采用不含蛋白质的食谱来治疗苯丙团尿症，就是分子矫正疗法的一例：其结果是降低了造成精神障碍的氨基酸浓度。霍弗和奥斯蒙德的超大剂量维生素C疗法是分子矫正疗法的又一个例子。还可以找到其他的例子。人们还知道，种种不同的营养缺失症，其中包括诸如糙皮病和坏血病那样的维生素缺乏症，可能导致各种各样精神错乱的症状。“大脑和神经纤维的功能，与其他器官的功能相比，更加敏感地取决于化学反应的快慢，”鲍林写道。“我认为，精神病多半是由反应速率失常引起的。一个人的遗传结构和饮食，以及重要元素的分子浓度发生异常的变化，决定了这类反应的快慢。”
这一新理论的某些结果使鲍林感到特别兴奋。这是一种重要的理论，错不了。这种理论从一个全新的角度考察了大脑运行的最佳方式。不过，还有比这更加深刻的含义。这种理论为鲍林提供了一条回顾过去的途径，在一定程度上还帮助他明白了生活中发生过的一些荒谬而又不可理喻的事情。他还记得，他母亲贝莉生了严重的贫血症，逐渐伤害到大脑，最后终于被迫进了精神病医院。她的大脑中产生了分子不平衡状态。应用分子矫正疗法将会有助于杜绝别人再发生这样的事。
还不止这一些。分子矫正这一概念可以应用于人体。比方说，糖尿病就可以看作是一种需要进行分子矫正的疾病，让病人体内自然产生适当数量的胰岛素，这种病就可以得到治疗。治疗甲状腺亢进，应当补充需要的碘。氟化水可以防止龋齿的发生。生命是一系列复杂的化学反应；人体就是发生这种反应的场所。如同任何别的化学反应一样，人体内的化学反应也需要有适当数量的反应物、催化剂和生成物。鲍林很快就从分子矫正的角度，把他的理论从大脑活动推广到人体健康所涉及的各个领域。
圣地亚哥和斯坦福
为了验证自己的理论，鲍林需要一个实验的场所。有了实验的设施，反过来也有利于他寻求必要的资助。圣巴巴拉无法向他提供这样的条件，他只得将目光投向其他的地方。1967年夏天，机会终于来到了。新建和正在发展的加州大学圣地亚哥分校邀请鲍林担任为期一年的化学和物理学访问教授。化学系似乎有意向将其转化为一种长期聘任的关系。鲍林向民主制度研究中心请了假，爱娃在拉乔拉找到了住所。1967年9月，鲍林开始在圣地亚哥工作。
在一段时间中，他似乎又回到了轻松愉快的岁月。又有了一个实验室——尽管很小，只有他在加州理工学院时那个实验室的几分之一，但毕竟算是一个实验室——又与一批科研人员为伍。他又能伴随大学校历的节奏开展工作了。
然而，事实证明，圣地亚哥与圣巴巴拉一样，也非久留之地。鲍林好不容易凑到一笔研究资金，并且雇用了一名研究助理开始对某些问题进行研究时，他就得到消息说，长期聘用他的事又要泡汤了。至于理由嘛，仍然是政治。
鲍林对两大政党的越南政策很厌恶，因而批评的火力也更加猛烈。1967年，他加入和平和自由党——该党提名参加总统竞选的是布莱克·彭瑟，埃尔德里奇·克利弗——并且使用了“实现民主社会学生联合会”这个左翼组织特有的语言。鲍林从心底里拥护这个组织的宗旨和策略，支持美国黑人争取政治和经济权利的斗争，号召持续不断地进行强大的群众性示威活动。此时，他还谈到了要进行革命的问题。“我相信非暴力斗争，”他在1968年5月的一次反战集会上说。“但是，当权者都相信暴力，相信武力手段——相信催泪弹、燃烧弹、警察武装、空中轰炸、核武器、战争。只要当权者的自私心理不灭，我们关于未来革命应当采用非暴力方式的愿望就有落空的危险。”
鲍林使用的语言愈来愈激烈，再次引起加州大学校务委员会委员们的注意。从他抵达圣地亚哥的时候起，就听到传闻，说加州大学有几个校务委员早就看不惯鲍林，坚决反对任何一所分校长期聘用他。说来真不巧，鲍林在1968年2月庆祝了自己的67岁生日，正好是加州大学教授法定的退休年龄，因此，事情就更加困难了。鲍林此时身体很健康，思维也非常活跃，几乎没有考虑过要退休的事。但是，年龄还是成了再次聘用的障碍。与此同时，一项新的规定又开始生效，就是加州大学校务委员会取得了直接投票的权力，可以否决任何一个人到了退休年龄而要当作例外情况处理的提议。鲍林心里很清楚，这些校务委员无论如何不会放过他。他在圣地亚哥分校的前途未卜，因此要取得研究资助就很渺茫了。没有资助，在学校里就难以得到科研的成果，到达退休年龄再要求续聘就更没有理由了。
经过几个月的迟疑不决和内部的争斗，1968年秋季学期开始前几个星期，加州大学圣地亚哥分校终于决定再聘用鲍林一年。事情已非常明显，再要超过一年几乎是不可能的，因此，鲍林开始另谋出路了。他的老朋友比德尔曾经主动要求他去芝加哥大学任教，他也曾考虑过接受这一邀请，但最后还是谢绝了，他的家在加利福尼亚州。
他终于作出了决定。1969年2月，鲍林正式宣布，他将在学年结束以后离开圣地亚哥。他说，他的目的地是斯坦福大学，他已接受该校的邀请，担任化学系的顾问教授。
1969年5月，成百上千名圣地亚哥分校的学生，聚集在学校体育馆，哀掉一位伯克利分校的学生。在人民公园发生的一次冲突中，这名学生被警察开枪杀害了。集会上，争论的焦点是，要不要举行罢课，让学校关门。
有些教职工呼吁采取温和克制的态度，此时，鲍林来到了会场。他那激昂慷慨的声音，爱憎分明的态度，与他以前在反对核试验发表演说时完全一样。他对与会的学生们说，伯克利枪杀事件是美国式军国主义、经济剥削和无视人权的又一实例，这类现象在越南还在不断地上演。“罢工和罢课是被压迫和被剥削人民表达自己反对压迫和剥削的一种方式，”他厉声说道，所用的言辞也愈来愈激烈。“在整个加利福尼亚大学，每一个人，每一位同学，每一位老师，每一位职工，都应当站出来，与伯克利事件所显示的不道德的非正义行径作斗争。”
这也算是他向加州大学校务委员们说声再见的一种方式。
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