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9人继续攻读研究生，这是闻所未闻的。
鲍林在开始时还有些担心，但不久就发现，只要他愿意，他可以十分容易地掌握大学的课程，就像在高中时那样。他所有的化学课和数学课成绩都是A。“似乎他要做的事情就是坐在桌子前看一下书，根本不用仔细阅读，就能掌握书中的内容，”他的同班同学爱德华·拉森这样回忆说。
他对化学逐渐形成了个人的好恶。比如说，一年级时上的定性分析并不对他的胃口。“我讨厌无机定性分析，因为它几乎完全建立在经验之上，”他回忆说。“分解和测定不同金属的方法大多数取决于某些化合物的溶解性，而且这些差异完全没有理论的基础……我不喜欢定性分析，而喜欢精确的定量分析。”
鲍林不那么在意自然科学以外的课程，机械制图得了个D（他回忆说，他总是等不及让墨水完全干，常常把图纸弄得一塌糊涂），第一年第二学期的体操得了个F。体操课不及格，很能说明鲍林的特点，他根本就不想遵守有关的规定。在得知学校田径队队员不用上规定的体操课后，他就决定参加田径队。（从中学起他就想过要参加跨栏和跳高的比赛。）可惜的是，参加田径队的选拔赛变成了一场灾难：跨栏时他踢倒了一个栏架，能够跳过的高度又不足以引起教练的兴趣。尽管他参加了一次比赛，但未能入选田径队。结果，本想逃掉的体操课不及格，他也就此放弃了参加田径竞赛的念头。
在大多数方面，他是一个典型而又好动的低年级学生。作为一年级新生，鲍林戴着一顶绿色的无沿便帽，所有农学院的新生都要戴这种帽子。学校的田径队被人叫做“俄勒冈佬”，鲍林在日记中写道，不久他就萌生出“对俄勒冈佬的狂热”。他向高年级师兄致敬，为足球队加油，高唱队歌，玩桌球，还参加一年级新生“烟民”的聚会。他参加学生军训队，购置了一套制服，并参加操练和野外烹饪的培训（最终在四年级时升至上校一衔）。
与大多数大学男同学一样，他也在寻找可以恋爱的姑娘。在女孩子身边，鲍林仍感到局促不安。另外，他觉得自己长相不算好，因此他与女孩子相处更加缺乏信心了。他在一年级的一篇日记中写道：“我越照镜子，就越觉得自己的五官长得奇怪。我一点儿也不讨人喜欢……我的额头上已经有淡淡的横向皱纹，我的上嘴唇也过于向前突出。我一定要记住把上嘴唇收进来。”他对自己过于苛刻了：一张当时的照片展现了一个瘦削的男孩，满头赭色的头发，宽阔、生动的五官和坦诚、迷人的微笑；他还有一对明亮、深邃的蓝眼睛。不管怎样，他还年轻，完全有能力靠自己克服恐惧。鲍林的初吻对象是一个名叫关朵琳的女孩，就在离家上大学之前，慌乱、冲动。抵达科瓦利斯后不久，在砍柴挣钱的时候，他遇见了艾琳·丝帕克斯，一个17岁的女孩。她满头卷发，正在俄勒冈农学院进修商务课程。鲍林被她迷住了，马上请她出去看电影。“她正是我寻找的女孩，”电影散场后他激动地在日记中写道。这是最后一次他在日记中提到这个女孩。直到五年之后他才经历另一次恋情。
二年级时，鲍林获得了一个在化学系“溶液室”打工的机会。在那里，聪明能干的鲍林很快给教授们留下了深刻的印象。他还被邀请参加一个叫做“伽托贝”的学生联谊会（他认为主要是为了提高联谊会的平均积分点）。鲍林一般总能受到联谊会兄弟们的欢迎，他们给他起了一个别扭的绰号，并请他参加所有的联谊会活动。一个联谊会成员记得，在一次聚会上，有些男同学穿上了异性的服装，鲍林特别装扮成一个“漂亮的小女孩”。
“伽托贝”要求年轻成员每星期找一个女孩约会。鲍林回忆说：“这对我很成问题，我怕羞，很难开口邀请女孩子跟我去看电影，而且我的钱不多，难以款待女孩子。”但是找不到女伴会受到惩罚：空手而归的成员要被抓到楼上，扔进灌满凉水的浴缸，按到水下几乎到淹死才松手。这个古怪的习俗据说源出于希腊，称之为“浸礼”。鲍林没有找到女孩子约会，而周末很快就到了，不过他早已想好了逃避惩罚的“小花招”。在被其他成员抓上楼梯的时候，他开始深呼吸，让血液中充满氧气。“然后我一动也不动，”他回忆道。“他们把我扔进浴缸，按在水底，而我就那样躺在那儿……躺在那儿……躺在那儿……时间一秒一秒地过去……一分钟过去了……他们把我拖出来，惊恐万分，叫喊，‘他心脏病发作了，不行了’，我当然‘苏醒’了过来。从此之后，我再也不用担心了。”
电子的排列
贫穷影响的并不仅仅是鲍林的社交生活。在整个大学时代，他都得不停地打工；一年级时他伐过木，擦洗厨房，为女生宿舍切牛腿，每个月要干一百个小时以挣25美元。他回忆说：“为了干活……不耽误学习，我白天一分一秒也不能浪费，也由此养成了工作的习惯。”每天长时间地刻苦工作成了他日后工作的常规。
1918年初夏，在读完一年级之后，鲍林和默文·斯蒂文森，以及农学院其他几个学生军训队员被送往旧金山的军事基地进行了为期六周的强化军官训练。在剩下的假期里，鲍林和斯蒂文森在俄勒冈海岸的一家船厂帮忙建造木制货轮。不管后来鲍林对待战争的态度如何，在第一次世界大战期间他完全赞成政府的行动。斯蒂文森回忆说，鲍林是战争的坚定支持者，“百分之百地支持。”
二年级时，鲍林获得了一份化学系储藏室的工作，配置标准溶液，并分发给学生。这份工作使他得以维持生活，但也差点害死了他。一天，在把氨水分装进小瓶时，鲍林设想可以通过虹吸管更加快捷地完成任务。“我往橡皮里吹气，积聚足够的压力以开始虹吸，然后张开嘴，完全忘了氨水在压力作用下会喷进我的嘴，”他回忆道。“我吐掉嘴里掉下的粘膜，跑到学生医疗中心。这次经历使我认识到，光解决一个问题不应该感到满足，应该深入思考并解决由此而产生的新问题。”二年级结束后的那个夏天，鲍林得到了一份送牛奶的活，从晚上8点干到早上4点。这活实在太累，他干了一个月就坚持不下去了。然后他在一位承包商那儿找到了一份工作。那个承包商受雇于州政府，测试新建造的横贯俄勒冈州的高速公路路面材料。路面监测的工作收入不错，他也很高兴有机会到偏僻的地方，像什么狼溪、坟溪，在野外和筑路工人在帐篷中一住就是几个星期。他喜欢和那里的工人们作伴，他们对这个聪明的小伙子有股兄长般的关心。他测试沥青路面，帮着摆放测链，驾驶蒸汽压路机，甚至还跳上跳下的。（鲍林一直到进入研究生院才学会开车。）这份工作还使他有充裕的时间思考化学。在休息的时候，他躺在帐篷里的小床上，仔细阅读一本化学手册。能够了解化合物不同的特性使他十分高兴，就像收集岩石时整理不同矿石的特性那样。他甚至尝试创造一些理论，花了几个星期的时间绞尽脑汁地想在磁性物质和元素周期表之间建立一种逻辑关系。他把挣到的钱全都寄给了贝莉，让她将一部分存人银行准备来年的学费，多余的则用来补贴家需。
然而，当他即将开始三年级的学习时，贝莉给了他一个打击：她对鲍林说，不准拿回存在银行的钱，她需要用这笔钱来养家糊口。鲍林得休学一年，找一份正规的工作好挣钱继续他的学业。
鲍林在其他方面可以自作主张，但他终究还是一个孝顺的儿子。他不想和贝莉一起住，但对母亲几乎有求必应。前一个暑假，为了能让母亲和几个朋友参加东星妇女联合会，他甚至答应她的要求参加了共济会俱乐部。（不过在母亲参加联合会之后，他就再也不到俱乐部去了。）他默默地强忍失望，告诫自己应该尽职地帮助母亲，因为母亲并没有义务一定要送他读大学。他计划继续干高速公路监测的活。正在这时，他收到了俄勒冈农学院一个不同寻常的提议。鲍林在化学课程方面展示了非凡的天才，每门化学课程的得分都在A之上，二年级冬季的学期更是拿到了完美的4。0平均积分点。化学系不想失去这位大有前途的学生；同时确实也需要有帮手来给越来越多的学生教授化学的入门课程。解决办法相当简单：系里请18岁的鲍林上定量化学课，而他在一年前刚学完这一门课程。