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反对核试验的活动现在几乎占去了他所有的时间，但将时间花在正义的事业上总还是值得的。为了这一事业，他可以花去自己每一分心血。即使是那些对他的行动持否定态度的报刊，在他看来也无关紧要。《时代》杂志将鲍林和其他反对核武器活动分子的照片刊登出来时，用了这样一个标题：“到底是尚未出生者的卫士……还是受自由的敌人操纵的傀儡？”鲍林看了以后，脸上竟然浮起了冷冷的笑容。反对核试验的力量积聚起来逐渐形成了一定的声势；也许，一些用滥了的攻击手段，比方说，扣上赤色分子的帽子进行迫害。造遥和中伤，不再会有什么效果了。
1958年4月初，鲍林仔细地查阅了有关放射性尘埃的最新文献，无意中读到了一份令人吃惊的材料。比尔·利比本人在向瑞士医学科学院发表的一篇演说中，透露了造成放射性尘埃污染的一种来源：一种被称为碳14的寿命很长的同位素。这在以前从来没有报道过。利比对这种物质是非常熟悉的；好几年以前，他在自己的专业研究中就已经发现，可以利用自然界中存在的碳14衰变的特点，精确地测定文物的年代。
但是，对于这一新信息，鲍林更感兴趣的是这种物质正向空中泄漏的数量——每一次相当规模的核爆炸大约要泄漏160磅。碳元素几乎是构成一切生物分子的基本材料。鲍林知道，人体内处理碳14与处理普通碳的方法是相同的，可以按它们在自然界中实际存在的比例吸收到人体组织中。碳14的寿命很长，大约在八千年以上，因此到遥远的将来都将会构成威胁。鲍林很快就算出，到那时为止所进行的核试验，已使地球上碳14的总量增加了10％左右。如果让这种物质以这样的速度进入体内，它的放射性衰变就会大大提高遗传变异的速度。任何“干净的炸弹”都无法消除这一种物质而使问题得到真正的解决，因为碳14并不是裂变产生的，而是中子和空气中的氮原子发生反应的结果。但是，至今尚无人指出这种危险性。鲍林急急忙忙地就把其长期的影响算了出来。
4月28日，鲍林在华盛顿由国家科学院召开的一次会议期间，举行了一次记者招待会。会上，他宣布了他对“放射性尘埃中一种新威胁”作出的发现。鲍林告诉记者说，到那时为止，核试验所产生的碳14可能在未来三百年里创造出五百万名有缺陷的儿童，另外还有几百万人因此生癌症。第二天，鲍林所称的“新威胁”在全国各地的报纸上都作为头版新闻登了出来。
利比对此很恼火，因此立即进行了反驳。他声言，鲍林的估计离开目标十万八千里，因为大多数碳14最终都进入了海洋，人类因核试验而接触到的碳14，在总量上增加还不到1％——他对记者说，这种情况带来的“影响是极其微小的”。两天以后，一批哥伦比亚地质学家致函《纽约时报》称，鲍林在作估计时，使用的是碳14在整个地球上而不是纯粹在空气中的含量，这一数字就是造成模糊不清的起因；根据他们的计算，鲍林对碳14所作的估计比实际数字要高50倍。他们写道，来自碳14的实际威胁，只不过等同于向上爬升几英尺时增加的辐射量所带来的危险。他们在结束语中说：“受人尊敬的科学家夸大事实的言论，只能模糊公众的视线，无助于问题的解决。”
鲍林认识到自己在计算中出了错，因而将估计的破坏值降低了5倍，但他仍然坚持碳14会对未来的新生儿造成长期的威胁。
他原先的估计有错误，但经修改后所得的数据是正确的。六个月之后，原子能委员会悄悄地发表了一份报告，对放射性尘埃中碳14在长时间里造成的遗传性危害进行了估算，其结果与鲍林修改后的数据是非常吻合的。
但是，这毕竟给鲍林的信誉造成了损害。有人抓住他夸大其辞的把柄，在相当长的时间里利用他这一次失误，有意回避这样的事实，就是他在碳14问题上就本质而言是完全正确的。
1958年5月11日，鲍林出现在《与记者相见》的电视节目中。这是一次关于公共事务的采访，在全国范围内作实况广播。鲍林打算利用这一机会说明他对放射性尘埃的看法。他似乎并没有意识到，这一节目主持人劳伦斯·斯皮伐克照例会向特邀佳宾提出一系列尖锐的问题，他这档节目就是因为这一点而赢得过很高的评分。
在这一节目开始时，由四名记者组成的采访团开门见山地要求鲍林说明他反对核试验的动机。当鲍林试图说他与利比在数据上所持的不同态度时，一位来自赫斯特报系的记者打断了他的话。他问道，为什么美国人不应当相信利比和特勒？他们两位都是科学家，“从来就没有与共产党的阵线和事业发生过丝毫的牵连，不像你那样与他们有长期的联系。”当鲍林想要回答这一问题时，这位记者又提出了更多有关共产党阵线的问题，使他无法把话讲完。其他记者也插了进来：他选择时机用碳14的有关数据来抨击干净炸弹的试验，难道不是非常奇怪的吗？他不是支持过罗森伯格一家吗？鲍林不得不就罗森伯格案的细节与斯皮伐克展开了一场小型的辩论。接下来，问题转到他是怎样为请愿书筹集资金的问题。鲍林回答说，全是他本人出的钱；此时，有人质问道：“那末，全世界共产党的报纸都在那一天宣扬了此事，你该作何种解释？”“那是报界的事情——”鲍林回答道，“恐怕你比我了解得更多吧。”
预定给他的半小时已过，他始终未得到机会就放射性尘埃问题说上几句实质性的话。鲍林和爱娃昂首阔步走出了演播室。这根本不是公共事务性节目，这是一场事先不打招呼的审讯。两人都气愤极了。
辞职
杜布里奇也非常气愤。他手下的化学系主任竟然在全国性电视上叫嚷要为已经定罪的间谍作辩护，他感到，这下更难继续护卫鲍林了。
杜布里奇亲眼目睹了鲍林在获得诺贝尔奖后所发生的变化。在他看来，鲍林变得不那么负责了，讲话更大胆，将大量的时间和精力抛在反对核试验的斗争上，影响到他在加州理工学院的工作。他看到，鲍林发表言辞激烈的声明，在政治上将自己置于不受人欢迎的地位，与学校赖以取得资助的政府机构作对，造成了学校董事会内部的不团结。
鲍林在政治上愈陷愈深，他和杜布里奇之间的关系也愈来愈冷淡。不过，其中的原因倒不是杜布里奇不赞成鲍林的立场，他和物理系主任罗伯特·巴契，像学校里其他教授一样，都声明过反对核试验。“我想，有人感到有些……——这里用到了介于不满和不安之间的一个字眼——莱纳斯没有千方百计地去争取其他同事站在他的一边。事实上，这些同事也运用了一些不那么声张的方式，就和平问题向政府进言，”鲍林的一位同事诺曼·戴维森这么说。鲍林这个人豪放不羁，一意孤行，对于学校这个大家庭中其他成员的优秀成绩，忘了给予充分的肯定。
杜布里奇还不赞成鲍林所用的策略。学校里似乎很难看到鲍林的身影。作为系主任，许多事情都等着他去做：主持有关的仪式，进行必要的社交和应酬，寻求资助人，等等。研究工作也没有做好。以前在化学键方面所做的工作已是昨日的辉煌，相比之下，更多化学家已经把目光盯在分子轨道的理论上——鲍林却始终没有把这一课题放在心上——他当时正在研究的许多课题，例如，在分子水平上寻找精神病病根，似乎已走入死胡同。系里教职工对办公房间的分配和科研重点的确定，一直在嘀嘀咕咕地埋怨。反正鲍林不在场，他也难以听到这么多意见。
在这段时间里，鲍林奔走在世界各地，他的名字常见于报刊的标题中。
算起来，前后已经有三人因对鲍林不满而辞去了校董的职位，其中一位就是约翰·麦科恩。一天清晨，这位共和党要人打开报纸，读到了另一篇由专栏作家撰写的报道，涉及到鲍林参加共产党阵线发起的和平运动的情况，一怒之下，他辞职离开了校董会。他打电话给杜布里奇发牢骚，时间是清晨6：30。电话铃惊醒了还处于梦中的杜布里奇。麦科恩对着他愤怒地责骂鲍林是一位大逆不道的化学家，接着就