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“年轻人应当成为数学家，老年人应当是政治家。”
就这样，他坚持不懈地为了和平和结束核弹试验而奋力抗争着。
先天性白痴
鲍林政治活动的任务日益繁重，但他仍能抽出时间从事科学研究。他亲自掌管研究组蛋白质结构的课题，对核酸结构不时地提出一些修改的意见——他终于与科里一起，对沃森和克里克的双螺旋结构作出了他自己的贡献：在每一对碱基中增加一条氢键——同时，他最后完成了对教会实验室进行装备的艰巨任务。
多年来，他一直在谈论将化学应用于生物学研究可能会得到哪些发现。利用他创造的分子型疾病模型来解释镰状细胞贫血症就是一例。他在斯德哥尔摩时，甚至还听到有人议论，能不能考虑授予鲍林一个诺贝尔生理学和医学奖，以表彰他的这一成果。他非常清楚，镰状细胞的研究极为重要，肯定还有许多其他疾病的治疗可以得益于与此相似的分析。虽然依泰谱新近离开帕萨迪纳去国家医学研究院工作，他将非正常的血红蛋白这个课题带走了，但还有许多其他领域可以用分子模型进行研究。鲍林简要地考虑了一种攻克癌症的方法，但也估计到已有许多学者在这一领地上牢牢地扎下了根。他曾想到过肌肉营养不良症，然而他最终决定还是不碰这个课题为好。
1955年夏天，他找到了自己一直在寻找的事情。他以前曾经读过一些有关大脑生理的资料，特别关注具体分子参与大脑功能活动的方式。无意中他读到了对一种少见的生化缺陷的论述，这是由于氨基酸中苯基丙氨酸的新陈代谢失调引起的，血液和小便中可以找到这种物质以及其他有关的成分。不知何种原因，这种生化失衡现象就会导致思维障碍。这一疾病就是后来人们所说的苯丙酮尿症（PKU）。
鲍林读到这一材料后，马上就想到，这种情况是因为缺少一种酶而引起的，这种酶有助于苯基丙氨酸的新陈代谢。换句话说，苯丙酮尿症是一种分子型疾病。这就是他一直在寻找的一个研究工作的切人点。也许他能够证明这是由于一种酶的缺失引起的结果，要是能将这种缺失的酶分离出来，就可进行专门的研究、“当然，不能奢望这类研究就能马上得到医治这种病症的方法——我们的主要着眼点是获取与大脑疾病的本质有关的基本信息，这对以后寻找新的医疗方法会有很大的帮助，”他在给表弟理查德·摩根的信中这样写道。后者当时是加州精神病治疗中心的一位统计师。
苯丙酮尿症将一种特殊的酶与一些严重的认知障碍性疾病联系起来了。一个新的非常广泛的研究领域敞开了大门：在分子学水平上研究精神性疾病。鲍林请摩根帮助做一些奠基性工作，他这位表弟则介绍他认识了医疗中心另外几位精神病专家。这些专家有可能向鲍林提供一些其他精神病患者类似的生化异常症状的资料。鲍林发现，精神性疾病在美国的所有住院病人中所占的比例也许有10％，然而谁也没有根据他建议的思路作过实验的尝试。利用他提出的分子型疾病的模型，很有可能对大脑工作的机理出人意料地作出重要的发现。
摩根在太平洋州立医院安排了鲍林与几位当地精神病专家的会见。这家医院是洛杉矶地区专门医治精神病的机构。鲍林的这次访问为自己提供了一次冷静思考的机会。他从一个病房走到另一个病房，住在那里的全是智力迟钝或有精神缺陷的儿童。有些小家伙患的是苯丙酮尿症和脂肪软骨营养不良症，也有一些少年存在着原因不明的智力障碍。鲍林一向认为人的思维能力是一件理所当然的事；面对这么多人因失去这种能力而造成的后果，他在内心深处被深深地触动了。他看到，有些人的讲话和推理已完全失常，有些人的行为和动作则非常怪异，这些典型的生理症状反映了思维过程的内在功能已丧大。人类智力的丧失乃是一种可悲的现象，他相信，这是双螺旋受到损害或酶功能失凋造成的结果，这是构成分子的部件发生错位而给大脑带来的危害。他可以帮助找到这些情况发生的原因，他也许能够治疗或预防至少是其中某几种疾病。
这家医院收治的病人大多数是先天性白痴，当时人们就是这样称呼他们的。该院治疗部主任认为，这类病症是他们从父母那里继承下来的遗传性缺陷引起的。他对鲍林说，这些父母本人也许完全是正常的，不过，可以从某些特定的外表将他们区分开来——可以看一看他们的耳朵、双手以及其他器官的外形。他还告诉鲍林，这同样是一个有待研究而且很有希望出成果的研究领域，他们医院中有几百个先天性白痴，而患有苯丙酮尿症的患者一共是14人。
鲍林看到了自己想看的一切。拜访这家精神病医院后不到一个月，他就起草了一份要求巨额资助的报告，请求福特基金会提供80万美元，以便在分子学水平上对精神病作为期七年的研究。一部分钱将用于寻找造成苯丙酮尿症的异常酶，最终的目标是创造一种诊治这种疾病的简单方法。另一部分研究工作将涉及到运用流行的尿分析方法检测这种疾病的病程；还有一部分钱将用来研究造成先天性痴呆和其他精神性缺陷生化异常的机理。
鲍林虽然没有争取到所需的数额，但他提出的资助要求仍然得到了慷慨的回报：第二年春天，他得到通知，福特基金会将向他提供为期五年总数为45万美元的资助。这是又一笔巨额的资助，也是将鲍林在化学上的观点推进到一个全新领域所作的又一次开创性努力，同时也是最新的一个证据，表明加州理工学院化学和化学工程系在世界上最具有高瞻远瞩的目光。
但是，全校引起的反应却异常平静。鲍林的研究组人员，新来的教师和学生，他们曾经帮助过他开展蛋白质研究，因而完全懂得鲍林正在做的事；但是，较早时候被诺伊斯雇用的那些教师，对此事却持嘲笑怀疑的态度。从这样一些智力迟钝的儿童身上收集尿样，这与化学有什么相干？这属于医学研究的领域，加州理工学院化学系为什么要在医学研究上多管闲事？诺伊斯曾经建造了物理化学的殿堂，而鲍林作为系主任却要把这座大厦毁掉，竟然将自己的全部时间和精力花在那些愈来愈离谱的事情上。请看一下教会实验室工作场地安排的情况吧。那些宽敞的新套间全被用于免疫学研究以及现在即将进行的医学研究课题上，至于那些坚持科学核心领域中工作的物理化学家和分析化学家，只能拥挤在年久失修的盖茨实验室和克莱林实验室大楼里。在这些老资格的教职员心同中，鲍林打破了化学系的平衡。再说，其中还有一个个人品质的问题。鲍林雇用的许多人都服服贴贴地支持他研究的目标，善于独立思考的人都走了，捞到这些工作岗位的都是一些实验技术也懂一点然而决不是教授材料的人。另外，还有一些是左翼思想浓厚的医生，他们也被雇来认事他的医学项目的研究。在这些老资格的教职员眼里，在新近雇用的人中，只有一个人有真才实学，就是杰克·罗伯茨，这是一位在有机化学领域里正在升起的新秀，他十分熟悉核磁共振的使用方法。罗伯茨是这些老资格教授可以相处的一个新人。
化学系内部的抱怨反映到了杜布里奇的办公室，杜布里奇抱着同情的态度听取了他们的意见。他并不反对有关精神病研究的课题，尽管他也认为这是远离化学核心基础的研究。不过，他真的非常担心鲍林在化学系系主任这个位置上总体的表现。鲍林似乎不再关心他这个系的事情了。他在获得诺贝尔奖以后，似乎不再置身于加州理工学院里一样，几乎全部时间都用在全国各地的旅行，除了日程上已经排得非常紧张的政治性和化学学术性讲演外，现在还要去各式各样的心理学和精神病医疗机构和团体作报告。而在这里的时候，他似乎有点不受控制了。此时，正值弗洛伊德主义及其繁复的分支盛极一时的岁月，许多精神病专家和心理学家都相信，精神性疾病的根子扎在患者的经历中，而不是扎在分子中。1956年5月，鲍林在美国精神病学会的一次全国性会议上发言，触犯了与会的许多听众：“我可以肯定地说，大多数精神病源出于化学。”接下去，他又特别以精神分裂症为例，认为这是分子失衡引起的结果。在此之后的提问阶段，他又承认还不能证明这一点，但他是凭自己的“直觉”进行工作的