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此事当然也震惊了鲍林。他从强迫自己保持沉默的精神约束下惊醒起来了。日本人测得，伴随爆炸产生的放射性物质，数量巨大，种类繁多，这就表明，这不是一枚简单的氢弹，而是一项新式的武器，危害性比氢弹还要大得多。4月15日，鲍林作了两年半时间里第一次关于核弹政策的演说，地点是在洛杉矶唯一神教派的教堂，听众有一千人左右。他全面回顾了新型炸弹给人们带来的恐惧，批评了为了增大武器威力而采取的轻率做法，认为这次在比基尼岛试验的“超级炸弹”就是典型的例子。他强调指出，许多国家正在毫无节制地竟相研制杀伤力巨大的武器，人们应当再次奋起投身于争取和平和裁军的事业。在广岛事件后，原子科学家紧急委员会曾经发出呼吁——认为有必要成立世界统一的政府，必须与共产党国家进行对话——鲍林演讲的许多内容就是围绕这几个主题展开的。但是，由于比基尼岛爆炸释放出来的放射性非常严重，因此，在他的演说中对问题的紧迫性又有了一层新的认识。
鲍林在讲话中首先向听众致意，然后，话锋一转，触及到与此有关的另一课题。新近，有人攻击上了黑名单的奥本海默，不准他接触保密资料，并让他到一个安全委员会接受审查。这是一个典型案例，它威胁到美国式自由。看来，一方面，还是老调重弹——与共产党有牵连。对于这一指控，联邦调查局曾在1947年作过调查，鲍林当时已为奥本海默的忠诚作过担保。另一方面，这次又有了新的罪名：奥本海默曾阻挠氢弹的研制工作，说他曾经建议在这个问题上实行慎重缓行的政策。奥本海默曾经在一个名为曼哈顿计划的研究项目中出色地工作，被人视为英雄。就是这样一位德高望重的科学家，竟被剥夺了参阅保密资料的资格。在1954年初的几个月里，这一新闻经常成为全国性报纸的标题。
鲍林对奥本海默一案极为反感。在此之前八年，他曾公开反对提名奥本海默进入原子能委员会理事会——用鲍林的话来说，就是在他的印象中，奥本海默是一个不可靠的人。他还认为这与奥本海默的“个人品质”有关——但是，此时他对这位从前的朋友所处境遇却深表同情。认识奥本海默的人都相信他是一个左派。50年代初，联邦调查局整理了一份档案材料，放在档案架上厚达十英尺。这些材料详细地记载了奥本海默对共产党人的同情、交往和友好情感。虽然其中决无他充当间谍之嫌疑，但有证据表明，他在不同场合曾经隐瞒事实真相或当面撒谎，将自己打扮成一个遵纪守法的人，而不是像调查他的人所说的那样，是一个“心胸不够坦荡的人”。要是奥本海默是一个普通的平民百姓，或者是一位科学家手下的无名小卒，他可能早在几年以前就被逐出门外，不让他参与机密工作了。然而，他是一位大名鼎鼎的科学家，对国家的重大项目来说是一个举足轻重的人物，自然不可等闲视之。因此，尽管他表现欠佳，多年来仍一直有资格查阅任何级别的机密资料——但是，艾森豪威尔上台以后，情况发生了变化。
在这种情况下竟然公开羞辱奥本海默，似乎是荒唐可笑的。在鲍林看来，这完全是出乎政治上的需要。奥本海默已被看作为研制更多威力更大的炸弹的一个障碍。奥本海默为自己作了辩解，整个事件也就演变为一场全国性的争论。鲍林和几十名科学家一起，纷纷挺身而出，为奥本海默辩护。鲍林在政治上又开始大声疾呼，他写了一篇慷慨激昂的短文，刊载在1954年五一节的《国家报》上。“将罗伯特·奥本海默博士视作安全的危险而禁止他参与机密工作……实属美国政府的一次很不光彩的行动，”他这样写道。“任何一位头脑正常的人，只要考察一下实际情况，就一定能得出结论：奥本海默是一位忠诚而又爱国的美国人。原子能委员会的达官贵人也一定能得到这一结论，艾森豪威尔总统本人也不应例外。照此看来，我们不得不认为，政府最近采取的这次行动是政治谋划的结果——奥本海默博士则成了为政治所抛弃的牺牲品。”接下去，鲍林敦促美国领导一场有多方面参加的科学和政治探索，寻求“一种实际可行的方案来替代原子能野蛮时代的疯狂行为。”
那个月晚些时候，奥本海默最终还是被剥夺了参与机密工作的资格。
对科学家来说，此案是杀鸡儆猴，警告他们要安分守己。然而鲍林可不买这个账。“两年来，在政治行动方面，我一直严格克制自己，”他在给一位朋友的信中这样写道，这位朋友曾赞扬他在《国家报》上发表的那篇文章。“我算是看透了！将话憋在心里不说，不但是错误的，而且也不值得。”
鲍林又回到了政治的漩涡中。新的“超级炸弹”以及伴随产生的放射性尘埃，成了他一系列演说的首要话题；与此密切有关的另一中心议题就是奥本海默一案及其对科学自由的影响。6月，鲍林的女儿在俄勒冈里德学院毕业，鲍林在该院举行的毕业典礼上发表演说，严厉抨击华盛顿在奥本海默案中“无法正常思考”。鲍林对与会的毕业生及其家长说，“你们必须永远追求真理。客观真理不会屈从于主观认识。你的邻居与你的看法相左，你得服从真理；一个国家发表了某一声明，另一个国家却一声不吭，你同样也得追求真理。”
在放射性尘埃问题上，全国范围内的争论日趋激烈，追求真理的任务似乎也愈益艰难。原子能委员会在其新任主席刘易斯·斯特劳斯的领导下，执意压下了有关资料，不肯向外界透露放射性尘埃的污染程度和有害后果，意欲表明核弹试验计划至关重要而又非常安全。因此，问题更加扑朔迷离，以致在1954年春夏两季这段相当长的时间里，几乎谁也讲不清楚放射性尘埃到底会产生怎样的影响。在无过硬证据的情况下，种种猜测应运而生，人们议论纷纷。鲍林像往常一样，开始广泛涉猎能够找到的有关资料并作综合分析。放射性尘埃产生的影响逐渐在他的头脑中形成一幅骇人听闻的图景。在自然界原本存在以及在医疗过程中产牛的放射源——包括地球上的放射性元素、X射线和宇宙射线——是放射性现象的“基底”。与此相比，核弹试验以散落尘埃的形式所造成的放射性污染只是其中的一小部分。但是，放射性会损坏DNA，受到放射性照射的总量的微量增加就足以造成这一后果。根据鲍林的计算，放射性增加的微小剂量决不能轻易忽视，因为它可能增大人体细胞的变异速率。他开始发表演说，撰写文章，论述放射性尘埃与细胞变异之间的关系，并且更加勤奋地钻研小剂量放射可能造成的影响，特别是对基因造成的影响。
6月，鲍林再次向有关方面申领护照，为自己在冬季周游世界进行准备。这一次，他要求对方用书面形式准确地列出拒发护照的种种理由，因为他希望有足够的时间申诉。他收到了希普利的答复，其中罗列了她从联邦调查局关于鲍林的档案中抄来的24条指控材料。鲍林和自己的律师认真准备了一份新的证词，逐一批驳了这些指控。他在给护照处的回复中随附了一封信，其中提到：“这些指控……大多数不值一驳。”鲍林认为，只有一条需要认真对待，那就是说他是隐藏着的共产党员。“我实在难以相信，美利坚合众国的国务院竟然会捏造出这样一个罪名，”他写道。“对于这样一条指控，只需认真地作一点起码的调查……就可以准确无误地表明其中没有任何真实的内容。”其实，希普利早就清楚这一点。她查阅了联邦调查局几份最近写出的有关鲍林的报告，其中提到，经过两年的彻底调查，没有发现确凿证据可以用来证实布登兹告发鲍林是共产党员的指控。
10月1日，希普利在审查了鲍林的证词后，写了回信：“国务院……根据手头的证据得出结论：你在第二次世界大战以后几年里的活动，充分表明，长期来你始终如一地奉行共产党的路线。”鲍林也许不是共产党员，但与共产党员相比也差不了多少，因此，他的护照再次遭到拒发。希普利在信中还附上了一张用于上诉的表格。
鲍林井不希望上诉，他不想在由一群陌生人组成的陪审团面前为自己的案子辩护，不想再次像他以前在就业资格审查委员会面前那样遭人诽谤，接受令人屈辱的审判。几天之后，他致函国务院称：“考虑到去年我在与国