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”他写道，“但是，这并不等于说我们对此就可以置身事外而不感到震惊。”美国驻伦敦使馆的一位官员在一封旨在辩护的照会中强调：“这一事件不可避免地会严重损害美国的利益。”
来自法国的消息也同样糟糕。英国皇家学会会议结束后两天，法国人将鲍林选为定于夏天召开的生物化学讨论会“名誉主席”，这是对美国政府的当头一棒。法国科学家异口同声地谴责鲍林事件；一位生理学家对美国驻巴黎的科学专员称，美国人一定是“神经失常了”。鲍林事件成了左翼《人道报》上头版横幅大标题。该报还报道了法国科学家想进入美国签证受阻的情况。“这类事件日积月累，惹人反感。许多人对我们的动机表现出严重怀疑，”这位专员在给他的华盛顿上司的信中这样写道。
在《纽约时报》的办公室里也听到了来自欧洲的强烈抗议。5月上旬，该报发表了两篇新闻报道，并且配上了一篇社论，题为“鲍林博士的两难处境‘：。这篇社论要求对政府的护照政策进行反思。同时鲍林的抗议信件犹如雪片一样飞向国务院。伯纳尔以及来自芝加哥大学的几位重要的原子科学家也写了一封抗议信，责问国务聊艾奇逊：”鲍林教授到英国去，有何害处？他会带去什么情报？他会在那里说什么坏话？即使他有这个胆量，与那些误导人的广告所带来的破坏相比，又算得了什么，以致这个堂堂大国非要阻碍它最杰出的公民之一出国旅行不可？“爱因斯坦也致函艾奇逊提出了抗议，随后又给鲍林寄去了他个人表示支持的便函。”您为争取旅行权而进行的斗争将功不可没，“他这样写道。”像您这样一位独立思考的人，同时受到美国官方和俄国官方的无理对待，这是一件意味深长的事，在某种程度上也是一件滑稽可笑的事。“甚至杜布里奇对此也无法保持沉默了，他公开宣布鲍林事件是”与我们的民主传统格格不入的“。
接到公民投诉的还不只是国务院。有五六名美国参议员和众议员，其中包括亨利·卡博特·洛奇和理查德·尼克松，读了所在选区选民的愤怒信件和电报后也深有触动，他们要求有关方面澄清这一事件。
至于鲍林，他在各方面的支持下，又重新抖擞精神投入了战斗。一方面，他又寄去了一份要求颁发护照的申请，他打算在那年夏天去英国和法国旅行；另一方面，他对报界发表谈话——他曾对一位记者说：“恕我直言，这一事件自始至终都是一桩丑闻。”他向艾奇逊和杜鲁门写了抗议信，同时还将此事告到了俄勒冈州一位见解独特的参议员韦尼·莫斯那里。据鲍林回忆说，莫斯也被“激怒”了，他在参议院会议上咆哮如雷，痛斥国务院的护照政策是“暴政”，艾奇逊是“一个令人厌恶的政客”。接着他又开始起草新的法律条文，使人在不满意有关方面在护照问题上作出的决定时，有一条上诉的渠道。全国报纸和思想类杂志都对这个问题展开了讨论。
尽管发生了这么多情况，希普利却仍置若罔闻。她要议员们去读一读众议院非美活动调查委员会编写的小册子——《解除美国武装和打败美国的一场运动》，其中详细地描述了鲍林参与共产党阵线活动的情况，企图以此来堵住众人的口。一位科学家接通了她的电话，责问为什么拒发鲍林的护照，她毫不客气地斩断了他的话，说：“我在科学问题上必须听从科学家的意见，因为他们是专家，同样，在拒发护照这么一个技术问题上，科学家也必须服从护照处的决定。”
然而，国务卿艾奇逊可不能采取回避的态度，他想要为他的护照政策辩护。不过，他在研究了这一问题以后，开始认识到，决定是否撤销一个人的护照，并不存在清楚的标准，而且也没有适合的渠道让人申诉。5月下旬，鲍林事件促使国务院在公开场合第一次概括地说明了政府拒发护照的政策，但其使用的语言却非常抽象和含糊，招致新闻界强烈的不满。几个星期以后，艾奇逊发表了较长的一篇解释性文章，其中涉及到如何分步考虑申诉的详细说明，被拒发护照的人可以保留聘请律师帮助辩护的权利。该文措辞似乎给人以这样的印象，就是申诉的办法已经存在好几个月了。但是，这篇文章对鲍林来说完全是新闻，特别是说他还有聘用律师的权利。他立即致函艾奇逊，说他的解释“与我本人所受的对待怎么也挂不上钩”。
抗议的浪潮使人们尤为关注鲍林要求颁发护照的新申请将会有怎样的命运。6月，希普利像往常一样签字拒发。不过，在根据惯例上报艾奇逊办公室盖章批准时，后者要求重新予以审理。在接下来的一个星期里，国务院高层官员深入地议论了鲍林的案子，决定尽量避免把事情闹大，悄悄地结束这一公共关系方面的尴尬局面。于是，希普利的意见遭到否决，鲍林可以领到带有限制条件的护照——只能适用于在英国和法国的短期旅行——而且他还必须签署一份宣誓书，否认自己是共产党员。这事将不公之于众。如有记者问起，官方的口径是：“新的证据”使情况发生了变化，虽然艾奇逊参与了这一决策的过程，但是他的名字将不会出现在有关的任何文件中。除此之外的详细情况也不予提供。
鲍林听到这一消息时，感到非常吃惊，同时也非常兴奋。7月11日，他来到洛杉矶外事办公室，正式签署了宣誓书。7月14日，他领到了护照。
并非每个人都高兴。露丝·希普利因为自己的意见被否定而怒不可遏。胡佛长久以来一直对鲍林感兴趣，此时也被惊动了。他派一个特工找到希普利的办公室，询问“新的证据”是什么。希普利对这个人说，联邦调查局了解的情况与她一样多，然后关照胡佛的特工到国务院去仔细查一查有关鲍林的档案。这些特工经过详细透彻的研究后，得出结论说：“查阅档案并未发现所谓的新证据到底是什么，也许是指档案中大量的信件和评论，其内容全是对前一次拒绝给当事人颁发护照而提出的抗议。”
鲍林的心情又开始舒畅起来了。公众抗议促使政府改变护照的政策，他这个案子算是开了一个先例。希普利现在也有人管管了。要是一个人出国旅行的权利被剥夺，那么根据一项拟议中有关护照的新办法，当事人可以上诉，从而能确保听证会开得更加公平和公正。
杂耍演员
鲍林出人意料地来到巴黎出席国际生物化学大会，一时引起了轰动。他在政治上碰到了麻烦，但敢于与政府对抗，这些新闻使他在法国成了人们心目中的英雄。在匆忙之中为他临时安排的有关蛋白质结构的讲演，引来如潮的听众。讲演结束后，学者们将他团团围住，大家都急切希望能与这位名誉主席握一握手，同时还对他主张的原则表示由衷的钦佩。鲍林和爱娃在特里厄农下榻的房间里接待了川流不息的朋友和来表达良好祝愿的人们，
大会结束后一星期左右，鲍林又出席了国际噬菌体学术报告会。这次报告是在位于巴黎城郊的卢瓦蒙修道院里举行的。这个修道院已有几个世纪的历史。会上，鲍林听取了美国微生物学家阿尔弗雷德·希歇介绍的构思奇妙的试验，在场的人都谈了自己的看法。判定到底是蛋白质还是DNA充当了遗传的载体，希歇和他的同事马撒·切斯曾找到一种方法，只要使用各自分开的放射性记号，就可以标示某种类似细菌的病毒所具有的DNA和蛋白质。通过对这些记号的追踪，他们终于能令人信服地表明，蛋白质根本就不起作用，只有DNA控制着复制新病毒的过程。
奥斯瓦尔德·阿佛列的试验是作为一项探索性的研究提出的，引起的影响比较小。但是，上面这种所谓的“夹杂有搅拌器的试验”却能清楚地表明DNA是遗传性物质。这一试验之所以冠上了这样的名称，原因在于试验过程中使用了一种无疑是非技术性的器械。适合于病毒的结论也许同样适用于高级生命体。随着愈来愈多的人了解到希歇一切斯试验的结果，对生命复制现象感兴趣的研究噬菌体的学者，还有遗传学家和生物学家，开始将他们研究的重点从蛋白质转到了DNA上。鲍林也很快地意识到，自己已经走上错误的轨道。这倒不是说蛋白质不重要，蛋白质仍然是机体发挥功能的必不可少的成分，但是，现在已经非常清楚，产生遗传性状的主要分子是DNA，而且它还是控制蛋白质生成过程的一个因素。
对鲍�