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根据这一信息，希普利认定“有足够的理由相信鲍林博士是一个共产党人”，因此拒绝给他颁发护照。对于情人节那天发生的拒发护照的通知，鲍林愤怒地作出了反应，他向杜鲁门发了一信，要求他“纠正这一做法，督促有关方面将护照发给我。我是一名忠诚自觉的美国公民，从来就没有从事过有损于国家利益或违纪的活动”。他还随信附上了杜鲁门以前颁发给他的军功章证书的复印件。总统秘书在回信中称，这纯粹是护照处的决定，白宫已经要求重新审核。但是，希普利却毫不动摇，杜鲁门办公室就再也没有任何表示了。
4月，为了使事情简单一些，鲍林决定将自己的行程局限于英国，就此写了一封彬彬有礼的信给希普利。信中提出，鉴于当月晚些时候他要到美国东部出差，能否在她方便的时候与她面谈一次。他还在信中谦恭地提到，到华盛顿去的目的是主持海军科研办公室的一次会议。随后，他又请阿伯拉罕姆·林肯·威林为他的案子担任律师。威林和鲍林先后向护照处寄去了就业资格审查委员会关于鲍林的听证会书面记录、俄国人攻击鲍林的书面材料以及他得到的许多奖状的复印件。
但是，希普利的决心已定。4月18日，她再次书面通知鲍林，他的护照不能颁发。
时间已经非常紧迫。英国皇家学会会议定于5月1日举行。4月21日，鲍林和爱娃亲自上访护照处。他们在会客室等了片刻，然后有人将他们领到了露丝·希普利面前。希普利举止僵硬，双唇紧闭。鲍林夫妇心想，她是一位公仆，因而对其彬彬有礼，当然，言辞中也不失坚定。他们要求希普利说明不发护照的原因。鲍林后来回忆时说，她的回答是有关他进行共产党领导的活动的“一个相当含糊空泛的一般结论”。她干脆不让来访者继续询问，明确示意拒发护照的决定是她权限内的事，决定是她亲自作出的，争论下去将毫无意义。然后，她将两人领到了安全和领事事务科科长办公室。这位科长要求鲍林提供能表明自己不是共产党人的书面证据。鲍林请人连夜从帕萨迪纳航空邮寄有关的文件资料，第二天就将这些文件送去了。在这些文件中，有一份就是声明自己不是共产党员的宣誓书。结果，对方冷冰冰地对他说，他们会尽快作出决定。至于到底在什么时间，则无可奉告。
此时，鲍林已经完全绝望，真是欺人太甚！他以受人尊敬的公民身份亲自前来解决问题，但是有人竟敢像对逃学成性的顽童一样对他无礼。
他再次调整了自己的出访计划，打算改乘晚些时候的一次飞机航班。另一方面，他又继续进行抗议活动。他甚至设法让国家科学院院长写了一信。然而，这一切仍无济于事。4月28日，能将他送到伦敦的最后一次航班离起飞只剩两个小时了，他收到了最终决定，他的护照不予签发。鲍林第二次致电英国皇家学会，说明他已无法出席以他的名义将要召开的那次会议。
发起召开这次会议的英国人简直不敢相信这是事实。大多数与会者曾在一次正式的茶话会上得知，鲍林将于会议开始前一天到达。有一位与会者在后来回忆时说：“大家都非常震惊，美国国务院以危险人物为名阻挠这位伟人参加会议，真是愚蠢之极，令人气愤。”
当这一消息传开时，科里和理工学院晶体学家休斯已经抵达伦敦。科里内定在会上作他自己的一次报告。鲍林曾关照过休斯作好思想准备，代替他在会上进行活动，但是，这竟然真的发生了，实在令人啼笑皆非。在蛋白质结构研究的历史上，这终究是最为重要的报告之一，鲍林当然应当亲自到场发言。休斯事先没有听到任何消息，因此直接去希思机场迎接鲍林可能搭乘的最后一次班机。他眼巴巴地望着飞机舷梯，至终都未见导师踪影，这下才开始当起真来，看来只得由他代作报告了。那夜，他在下榻的旅馆房间里，临时抱佛脚，反复阅读鲍林事先准备的手稿，上面有二十多处注明需要用计算尺核对的数据。这是一份长篇讲演稿，休斯反复演练，希望能保证正好用完会议限定的时间。
第二天上午，休斯怀着兴奋紧张的心情，踏进了皇家学会庄严华丽的会议厅。他走上主席台，此时才得知，他发言的时间是20分钟。“我站在那里，面对皇家学会的听众，身后上方挂着查理二世的油画，头脑里还在思考到底将报告中哪些内容删去，”他说。科里首先报告，论题与氨基酸有关；与此同时，休斯则紧张地在发言稿上东画西划，砍去一行行的字句。轮到他作报告时，还未来得及编辑整理。这样，他只能提纲挚领地回顾鲍林研究结构的化学方法——肽基的平面性状所显示的重要意义，原子之间的距离和键角的正确数据，氢键结构的最大化——此时，预定时间已到。一位听众注意到讲演的准备工作非常糟糕，提议让休斯的讲演延长10分钟时间，这才让他有机会读了鲍林的最后结论：“鉴于这一研究方法至今已经取得成功，我们似乎有理由相信有人为多肽链设想的结构，与目前已经证实的某些结构原理相距太远，……因而可以排除在我们考虑的范围之外。”要是鲍林在场朗读这些字句，他的声音中一定会显示出慷慨激昂的自信。休斯坐了下来，如释重负地松了一口气。会场上响起了一些零星的掌声。
那天，在接下来的时间里，休斯记得：“这些英国人坐在那里，对我们说这也不是，那也不是。”阿斯特贝里率先发难，提醒大家说，阿尔法螺旋无法解释5。1埃的反射现象，而他本人提出的扭曲缎带模型能够做到这一点；鲍林计算的密度“误差太大，因而是不合理的”；鲍林忽视了测链的相互作用；过分依赖于从人造多肽中测得的数据，等等。多萝西·霍奇金则持中立的态度，她在报告中称，她所得到的胰岛素衍射图既不能支持阿斯特贝里的模型，也无法说明鲍林方法的正确性。伯纳尔重申尚无充足的证据说明任何球蛋白中存在阿尔法螺旋。伊安·麦克阿瑟指出，鲍林在作数据计算时，对别人的批评意见采取了不以为然的态度，并且提到，“有时候，阿尔法螺旋既可以用于对误差的解释，又可以用作对事实的说明。‘怖拉格则可以免开尊口了。
最后荣幸地赢得发言机会的是研究血红蛋白的美国学者约翰·埃德塞尔，只有他为鲍林作了辩解。他称赞鲍林的化学方法是“在我们为蛋白质多肽链的可能结构进行思考的过程中一个重要的里程碑”，他还将阿尔法螺旋称为“蛋白质化学领域中具有伟大的创造性思维成果之一”。
但是，还是产生了无可挽回的影响。休斯感到，加州理工学院的小组已经成为众矢之的。特别是在那一天结束时，他和科里都急于批驳这些英国人的批评意见，但只被允许用5分钟时间。“我十分生气，”休斯回忆道。“我写信告诉鲍林，我感到我们上当受骗了。”
布拉格也感到有些后悔。会议一结束，他就致函鲍林称，与会者对鲍林的缺席感到遗憾。“大家对您提出的阿尔法螺旋进行了热烈的讨论，有些人对您的模型仍表示怀疑，要是您亲自在场，就可直接回答他们的问题了。”至于他本人，布拉格补充说，他相信阿尔法螺旋“在本质上是正确的”——至少在人工多肽的情况下是这样。
尽管鲍林关于蛋白质的思想在英国受到了冷遇，但大家对他在护照问题上受到的刁难都表示同情和不满。首先，在5月11日的会议上，美国国务院科学顾问乔·科普夫里本人就受到一群怒气冲冲的英国科学家的围攻，他们同声谴责了美国政府的旅游政策，认为这与俄国人的政策没有什么两样，是不得人心的。英国的左翼报纸大肆宣扬了这一事件，伦敦《工人日报》的醒目标题是“笼罩着科学家的铁幕”。
5月5日，美国国务卿艾奇逊读到了一份刊登在那天上午出版的伦敦《时报》上一封来信的电传稿，作者名为罗伯特·鲁滨逊爵士。他是英国重要的有机化学家，诺贝尔奖金获得者。在一般人的心目中，鲁滨逊是一位言辞谨慎的人，但是，他在鲍林事件上，严厉斥责美国国务院的“蛮横”行为。“要是假装事先根本不知道美国当局为什么要采取这种严厉行动的原因，那就是自欺欺人，”他写道，“但是，这并不等于说我们对此就可以置身事外而不感到震惊。”美国驻伦敦使馆的一位官员在一封旨