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微平，阳中之阴，降也，乃手足太阴、阳明之药；柴胡，纯阳，上升，为少
阴、厥阴之药，陶弘景说二者同功，不对。（《前胡·发明》校点本第二册，
第790 页）陶弘景认为前胡与柴胡同功，这也是一个比较性的结论，反映的
是他那个时代医药科学的发展水平。历史发展了，医药科学水平提高了，李
时珍在新的历史条件下，肯定陶氏所说的治证相同的一面，而揭示了二者所
人、所主各异的一面，这是对医药学的发展。
同样的道理，也表现在麻黄和葛根这两味药上。本草十剂中说：“轻可
去实，麻黄、葛根之属。”即肯定二味药同有“去实”的功效。李时珍对这
两味同效的药物，作了进一步的比较，在《葛·发明》中指出：
盖麻黄乃太阳经药，兼入肺经，肺主皮毛。葛根乃阳明经药，兼入脾经，脾主肌肉。所以二味
药皆轻扬发散，而所主迥然不同也。
——校点本第二册，第1278 页
十剂的作者，只比较麻黄、葛根的发散功效，从一个方面将二者对举。李时
珍不以此为满足，而着眼于二者人经的特性的比较，故发现其“迥然不同”
的另一方面。
本草学的一个重要特点，是许多药物名称常常相混，因此在进行气味、
主治功效的比较时，不得不先审核名实。如将同名而异实的药加以比较，是
不会得到正确结论的。例如消石和朴消，这两种药物在过去十分混乱。
消石，被认为是十分神奇的药物。李时珍引用土宿真君的说法：“消石
感海卤之气所生，乃于地至神之物。能寒能热，能滑能，能辛能苦，能酸
能咸。人地千年，其色不变。七十二石，化而为水，制服草木，柔润五金。”
（《消石·发明》校点本第一册，第653 页）以往本草著作，消石一名芒消；
朴消一名消石朴，从中可以炼出芒消与牙消。于是消石与朴消“二名相混，
遂致费辩不决”，“诸消，自晋唐以来，诸家皆执名而猜，都无定见”。（《消
石·正误》校点本第一册，第652 页）李时珍经过比较肯定“消有水火两种，
形质虽同，性气迥别。”（同上）《名医别录》将消石“列于朴消之下，误
矣”。二者所异何在？李时珍写道：朴消属水，味咸，气寒，其性下走，阴
中之阴，折治三焦邪火；消石属火，味辛带苦，微寒，气大温，性上升，水
中之火，升散三焦邪火。（校点本第一册，第653 页）经过这样的科学比较，
人们对消石、朴消的异与同，有正确的认识了。
芒消和牙消，虽然都从朴消中提炼而来，同朴消相比亦有性味功用之别。
李时珍经过周密比较，在《朴消·发明》中写道：“朴消澄下，消之粗者也，
其质重浊。芒消、牙消结于上，消之精者也，其质清明。甜消、风化消，则
又芒消、牙消之去气味而甘缓轻爽者也。故朴消止可施于卤莽之人，及傅涂
之药；若汤散服饵，必须芒消、牙消为佳。”（校点本第一册，第646 页）
《本草纲目》的重要贡献之一，在于建立一种超越前人的科学分类方法，
这种先进的分类方法，正是以对药物进行广泛而深入的比较分析为基础。比
较方法和分类方法，二者是密切联系不可分割的。
当然，比较方法也有它的局限性。正如列宁早已揭示的那样：“任何比
较只是拿所比较的事物或概念的一个方面或几个方面来相比，而暂时地有条
件地撤开其他方面。”①任何事物都有多方面的属性，人们按照实践的需要，
只比较了其中的一个或几个方面的属性，随着实践的发展，需要比较的方面
是会不断增加的。对药物的比较尤其如此。先前经过李时珍分析比较研究，
认为可以归为一类的药物，按照今天的生物分类标准，未必仍应归入一类，
昔日认为性味相同的药物，用现代化学的分析，其成分则很不一样。这都是
不足为奇的。由于进行比较的参考系不同，所作出的结论，只具有相对真理
的性质。
（二）析族区类，以定纲目
我国古代哲学名著《易传》，提出“方以类聚，物以群分”的原理，提
倡”析族区类”的分类研究方法，这是符合辩证逻辑的方法。李时珍继承发
展这种优秀思维传统，运用分类方法特别成功。《本草纲目》的科学体系，
是按照科学分类方法精心构造成功的。
分类方法许多学科都可运用。在医药学上的运用，特别引人注目，并得
到非常显著的成功。李时珍继承古代药学分类成果，运用分类方法按药物的
自然属性，创立了“三界十六部”分类法，建立了《本草纲目》一书的基本
构架，按药物的主治功能，发展了”百病主治药”分类法，按药物归经原理，
创立了“十二经血气分”分类法。
1。关于“三界十六部”分类法
李时珍鉴于以往本草著作，存在“水火不分，草木互混”，以致“或木
居草部，或虫入木部，水土共居，虫鱼杂处”（《进本草纲目疏》校点本第
一册，第23 页）等分类上的紊乱。他坚持打破沿袭1000 多年的《神农本草
经》所使用的上、中、下三品分类法，改造《证类本草》的十三部分类法；
而创立三界十六部分类法。
他首先把近1900 种药物，按其自然特性，分为无机物界、动物界、植物
界三界。
无机物界包括水、火、土、金石四部。
植物界包括草、谷、菜、果、木、服器六部。
动物界包括虫、鳞、介、禽、兽五部，而殿以人部。
三界共计十六部。《本草纲目》不标界名，直以部为总纲。以十六部代
替过去的三品分类，在药物分类学上是一次重大发展。
在十六部之下，又按动物、植物、无机物的自然形态，划分60 类。每部
各分若干类，作为小纲。如草部下分山草、芳草、隰草、毒草、蔓草、水草
等：木部下分香木、乔木、灌木、寓木、苞木等；禽部下分水禽、原禽、林
禽、山禽。
每类动物、植物，还隐然分为若干族，虽未列出族的名称，实际有按族
分类的思想。例如菊科、禾本科、百合科、姜科药物基本上集中在一族加以
论列。
每族之下，集中论列若干不同药物。例如在兰的后面列有菊科植物：野
菊、艾、千年艾、青蒿、白高等。小麦后面列有禾本科植物小麦、大麦、雀
麦、稻、粳、籼、麦等。总之，把亲缘关系接近的植物都排列在一起，表
明他的分类法中，不只有类的观念，还有族的观念。他给自己规定的任务就
是“析族区类”，这一思想得到了认真贯彻。用现代生物学分类法来衡量，
当然有不尽恰当之处。但其草创之功，十分卓著。
李时珍按照三界、十六部、六十类、若干族的分类体系，对1892 种药物
进行分类，从而建立起自己的药物学科学体系，使本草学面貌一新。
从无机物到有机物，从植物到动物，从低等动物到高等动物冉到人类，
反映了他初步具有的进化论思想。从核定名实的个体研究着手，进而概括归
类，又显示他运用了从特殊到一般的逻辑归纳方法，这都符合人类认识发展
的一般规律，值得肯定。2。关于“百病主治药”分类法
研究本草是为了治病，对每味药物的气味、主治、附方加以单个分析，
目的是让人们对每种药物能循名责实，明体达用。根据研究的结果，建立了
《本草纲目》的体系，同时对许多重要药物画出精致的图形，便于人们按图
查找。但这样毕竟比较分散，往往不便于急用。医生处方往往先考虑病症，
再考虑所需的药物。为了实用方便，李时珍发展了陶弘景的主治药分类法，
建立了更完善的“百病主治药”分类法。
陶弘景撰《本草经集注），附有“诸病通用药”一项。他只列了80 多种
病，分别注以寒、热、平三种药。李时珍认为这样归纳本草的研究心得，能
为后人提供重要启示。他发展这一思想，按主治功能将药物归类，撰写了“百
病主治药”二卷，排在《本草纲目》的前面，作为全书的第三卷、第四卷。
李时珍在《本草纲目凡例）中阐明编纂宗旨说：“古本百病主治药，略而不
切。王氏集要，祝氏证治亦约而不纯。今分病原列之，以便施用，虽繁不紊
也。”（校点本第一册，第34 页）
为了便于施用，又力矫古本“略而不切”之弊。李时珍按病机分类，共
列113 种主病，按内科、外科、儿科、妇科用药。有内服药，也有外用药。
药品之下，载有用方。每种药品，注明在《本草纲目》中