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好心的检察官苏菲收留了无家可归的福尔摩斯，而福尔摩斯一直坚持自己的身份也让苏菲颇感无奈。她怀疑是不是福尔摩斯在遭遇海难的时候脑部受损以至于神志不清，但带着福尔摩斯去了好几家医院，医生诊断的结果都证明福尔摩斯的大脑没有受到任何的损伤，他们的把福尔摩斯的症状归结为重度的臆想症。
在苏菲为福尔摩斯脑子出“问题”的事情四处奔忙的时候，福尔摩斯自己也陷入了困惑，他利用刚刚学会的上网搜索了有关于英国伦敦近两百年的历史年鉴，他发现自己所熟悉的那些人，自己生存过的那个伦敦，在历史上根本就没有任何的痕迹。
擅长分析推理的福尔摩斯在这件事上算是彻底的懵住了，他发现自己和自己过往的生活根本就不存在与历史上，而在苏菲特意买回来的柯南道尔的小说作品里，他却看到自己熟悉的人和事，他开始怀疑，自己难道真的是来自于小说世界？
就在福尔摩斯纠结于自己身份归属的时候，苏菲在工作上也遇到了一个**烦。她负责调查一起神秘的凶杀案，而凶手非常狡猾，案发现场根本就没有留下任何有用的痕迹，苏菲和她的同事们用尽各种侦破手段，但还是没有理出任何的头绪。
福尔摩斯发现苏菲这几天下班很晚，而且回来之后脾气也变得很暴躁，他推断了苏菲可能是遇到了什么麻烦事。虽然没有自己的问题还没有弄清楚，但福尔摩斯还是旁敲侧击的打听出了苏菲的为难事。
听说是一桩难破的命案，福尔摩斯马上就来了兴趣。耐不住他苦苦的哀求，苏菲只好向他简单的介绍了命案的基本情况。事实上苏菲根本不相信，连现代高科技侦破技术都看不出什么破绽的案情，福尔摩斯这个脑子有“问题”的家伙能从中发现什么。
可惜她错了，拥有无敌推理能力的福尔摩斯真就从一些细微的地方发现了凶手作案时候露出的破绽，他的精妙准确的分析以及对案发现场的猜测让苏菲对他刮目相看。
苏菲破例带着福尔摩斯进入了案发现场，福尔摩斯举着放大镜，吊着烟斗察看现场的动作被苏菲的同事很是耻笑了一番，但是福尔摩斯却没有苏菲失望，他硬是从一些被人们忽略遗漏的线索里找到了破案的关键，然后顺利的推断出了整个案情，并且协助苏菲取得了证据，然后将谁也没有想到的罪犯绳之以法。
缜密高超的逻辑思维最终还是战胜了高科技的破案手段，令人叹为观止的剧情背后是编者独具匠心的巧妙安排。这段剧情只是一个开头，但盖…里奇却前前后后的翻开了三遍，这才对福尔摩斯侦破神秘杀人案的经过有了一个细致入微的了解。
不得不承认林明阳编故事的能力已经到了登峰造极的地步。出谜题和解密，推理细节的拿捏和真相的还原，以及涉及到的广泛的物理和化学知识，都构成了这部高智商电影剧本必不可少的精彩元素。那种抽丝剥茧的推理让人看后有一种欲罢不能的接着往下看的冲动，而这时候的盖…里奇就是这样的感觉。
他迫不及待的翻开了剧本后面的章节，如果说剧情照这样发展下去，说不定又是一部能够媲美《达芬奇密码》的悬疑大作，可这个时候林明阳却突然笔锋一转，将整个故事的发展又带入了一个全新的未知状态。
在福尔摩斯的协助下，苏菲接二连三的破获了许多难解的大案。在合作中苏菲慢慢的发现，福尔摩斯并不是像他想象中那种看侦探小说“入魔”的精神病患者，他缜密的思维和严谨的逻辑判断都不像是一个患有重度臆想症的人身上能够拥有的。
不过苏菲还是无法接受福尔摩斯“荒诞”的身世来历，而福尔摩斯也在她的影响下，慢慢的开始适应现代人的生活，就在他们都开始试着彼此走进对方世界的时候，一份邀请函把他们带上了新的冒险旅程。
日本的一家公司发明了一款能够改变全世界游戏业界价值观的模拟游戏“巢穴” ，这款集结了现代最高科技制作而成的虚拟游戏，是玩家乘坐茧状密闭舱，通过电脑模拟再现历史上事件、以假眠状态挑战该事件的假象实感游戏的发表会。
这家日本游戏公宣称这款游戏的面试将会改变整个人类文明的进程，他们在东京举办了一个声势浩大的发布会，全世界各个基层的名流都受到了邀请函，而作为美国刑侦界的名人，苏菲也接受到了一份邀请函，前往参加这场受到全世界瞩目的发表会。她和福尔摩斯两人阴错阳差成为了幸运观众，受邀成为这款游戏的第一批感受者。
就当福尔摩斯和苏菲等50名幸运观众进入游戏舱之后，意外却发生了。这款游戏的研发者兼负责人——宫本太郎，竟然在发表会会场遭到杀害。而在这起杀人事件发生的同时，一个自称“诺亚”的人工智慧闯入“巢穴”的电脑系统，并切断身处虚拟世界的50名游戏者所有能与外界连结的管道，然后对现实世界中所有人宣布，在这场解决历史事件的游戏中，只要有一个人能够存活到最后就算赢。不过如果没有人能够存活到最后，参加游戏的所有人就会葬命于此。
一场失控的游戏就此开始，福尔摩斯和苏菲被带到了100年前阴暗浓雾重重包围下的伦敦，他们愕然发现这个游戏关卡的背景就是柯南道尔小说里福尔摩斯无比熟悉的时代。
进入游戏的时候，福尔摩斯躺在自己在贝克街住所的船上。最开始福尔摩斯以为自己做了一个梦，他梦到自己回到了100年前，那时候他天上有会飞的铁鸟，火车也不再冒烟，就连看戏也不用到剧院，而是对着一个会发光的屏幕就可以。在那个梦里他还遇到一个名叫苏菲的女人，他帮助她破获了很多棘手的案件。
福尔摩斯睁开眼，却发现自己的助手华生变成了苏菲，他这才意识到自己没有做梦，这一切都只不过是虚拟的游戏。因为“诺亚”的出现阻断了他们与外界的联系，所以他们并不知道现实里发生了什么。
福尔摩斯和苏菲一开始并没有触发游戏任务，重新回到属于自己的世界，福尔摩斯热情的给苏菲当起了向导，带着她游览19世纪柯南道尔笔下的雾都伦敦。
不过最后麻烦还是找上门来，伦敦发生了一起恐怖的凶杀案，苏格兰场警探雷克斯在百般无奈之下想起了自己的“老朋友”福尔摩斯。
这是一起连环杀人案，第一起命案发生在一个多月前，最初的受害者被发现陈尸伦敦东区的白教堂，死者是中年ji女玛莎…塔布连，她身中三十九刀，其中九刀划过咽喉。半个月之后，另一位ji女玛莉…尼古拉斯被发现死在白教堂附近的屯货区里，时年43岁。
她不但脸部被殴成瘀伤，部分门齿脱落，颈部还被割了两刀。但最残忍的是腹部被剖开，肠子被拖出来，女阴也遭利刃严重戳刺。由于该教堂附近甚少发生凶杀案，这两件案子引起当地居民的恐慌。警方在侦查现场之后毫无头绪，只有在这个地区投入更多的便衣警探巡逻，当地居民也组织巡逻队维持治安。
没想到凶手并没有就此罢手，8天后之后，一位居住在汉伯宁街29号的老车夫在其廉价出租公寓的后方篱笆里发现一具女尸，死者是47岁的ji女安妮…查普曼。她与前位死者同样被割开喉咙，并惨遭剖腹，肠子被甩到她的右肩上，部分子*和腹部的肉被凶手割走。其颈部有明显的勒痕，据说死前曾呼救，但未引起注意。
一个多月的时间里，接连有3人遇害，身份都是ji女，而且凶手的杀手手法极其残忍，饶是苏菲见惯了各种杀人场景，在听雷克斯描述案情的时候胃中也忍不住一阵阵的翻滚。
福尔摩斯在听完案情描述之后迅速的得出了犯罪嫌疑人的诸多特点：从罪犯杀人的手法来看，他必须具有相当的解剖学知识。而考虑到当时的环境是室外，基本上没有任何照明，而罪犯在不得不随时警惕周围的情况下、极端紧张的时间里完成犯罪，可以肯定对方是一个熟练的用刀者。
而三个受害人都是从左到右被刀伤害，这说明罪犯很有可能不是左撇子，或者两手都能熟练用刀。这个推测间接指明罪犯很有可能是有经验的医生或者解剖学者。而根据罪犯的目标，福尔摩斯还断定对方社会存在感低，不引人注目，并且可能有性功能方面的缺陷。
听完他的分析，雷克斯陷入了沉思，显然他从福尔摩斯的判断中已经找到了一些侦破此案的线索，但福尔摩斯推断出的只是一些模糊的特征，要在伦敦茫茫的人海中找到真正的罪犯无异于大海捞针。
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