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我们已经看到，一切过去的和现代的生物都可群下分群，而且绝灭的群往往介于现代诸群之间，在这等情形下，它们都可以归入少数的大纲内，这一事实，根据自然选择及其所引起的绝灭和性状分歧的学说，是可以理解的。根据这些同样的原理，我们便能理解，每一纲里的类型的相互亲缘关系为什么是如此复杂和曲折的。我们还能理解，为什么某些性状比其他性状在分类上更加有用；——为什么适应的性状虽然对于生物具有高度的重要性，可是在分类上却几乎没有任何重要性；为什么从残迹器官而来的性状，虽然对于生物没有什么用处，可是往往在分类上具有高度的价值；还有，胚胎的性状为什么往往是最有价值的。一切生物的真实的亲缘关系，与它们的适应性的类似相反，是可以归因于遗传或系统的共同性的。“自然系统”是一种依照谱系的排列，依所获得的差异诸级，用变种、物种、属、科等术语来表示的；我们必须由最稳定的性状，不管它们是什么，也不管在生活上多么不重要，去发现系统线。
人的手、蝙蝠的翅膀、海豚的鳍和马的腿都由相似的骨骼构成，——长颈鹿颈和象颈的脊椎数目相同，——以及无数其他的这类事实，依据伴随着缓慢的、微小而连续的变异的生物由来学说，立刻可以得到解释，蝙蝠的翅膀和腿，——螃蟹的颚和腿，——花的花瓣、雄蕊和雌蕊，虽然用于极其不同的目的，但它们的结构样式都相似。这些器官或部分在各个纲的早期祖先中原来是相似的，但以后逐渐发生了变异，根据这样观点，上述的相似性在很大程度上还是可以得到解释的。连续变异不总是在早期年龄中发生，并且它的遗传是在相应的而不是在更早的生活时期；依据这一原理，我们更可清楚地理解，为什么哺乳类、鸟类、爬行类和鱼类的胚胎会如此密切相似，而在成体类型中又如此不相似。呼吸空气的哺乳类或鸟类的胚胎就像必须依靠很发达的鳃来呼吸溶解在水中的空气的鱼类那样地具有鳃裂和弧状动脉，对此我们用不到大惊小怪。
不使用，有时借自然选择之助，往往会使在改变了的生活习性或生活条件下变成无用的器官而缩小；根据这一观点，我们便能理解残迹器官的意义。但是不使用和选择一般是在每一生物到达成熟期并且必须在生存斗争中发挥充分作用的时期，才能对每一生物发生作用，所以对于在早期生活中的器官没有什么影响力；因此那器官在这早期年龄里不会被缩小或成为残迹的。比方说，小牛从一个具有很发达牙齿的早期祖先遗传了牙齿，而它们的牙齿从来不穿出上颚牙床肉；我们可以相信，由于舌和颚或唇通过自然选择变得非常适于吃草，而无需牙齿的帮助，所以成长动物的牙齿在以前就由于不使用而缩小了；可是在小牛中，牙齿却没有受到影响，并且依据遗传在相应年龄的原理，它们从遥远的时期一直遗传到今天。带着毫无用处的鲜明印记的器官，例如小牛胚胎的牙齿或许多甲虫的连合鞘翅下的萎缩翅，竟会如此经常发生，根据每一生物以及它的一切不同部分都是被特别创造出来的观点，这将是多么完全不可理解的事情。可以说“自然”曾经煞费苦心地利用残迹器官、胚胎的以及同原的构造来泄露她的变化的设计，只是我们太盲目了，以致不能理解她的意义。
上述事实和论据使我完全相信，物种在系统的悠久过程中曾经发生变化，对此我已做了复述。这主要是通过对无数连续的、轻微的、有利的变异进行自然选择而实现的；并且以重要的方式借助于器官的使用和不使用的遗传效果；还有不重要的方式，即同不论过去或现在的适应性构造有关，它们的发生依赖外界条件的直接影响，也依赖我们似乎无知的自发变异。看来我以前是低估了在自然选择以外导致构造上永久变化的这种自发变异的频率和价值。但是因为我的结论最近曾被严重地歪曲，并且说我把物种的变异完全归因于自然选择，所以请让我指出，在本书的第一版中，以及在以后的几版中，我曾把下面的话放在最显著的地位——即《绪论》的结尾处：“我相信‘自然选择’是变异的最主要的但不是独一无二的手段。”这话并没有发生什么效果。根深柢固的误解力量是大的；但是科学的历史示明，这种力量幸而不会长久延续。
几乎不能设想，一种虚假的学说会像自然选择学说那样地以如此令人满意的方式解释上述若干大类的事实。最近有人反对说，这是一种不妥当的讨论方法；但是，这是用来判断普通生活事件的方法，并且是最伟大的自然哲学者们所经常使用的方法。光的波动理论就是这样得来的；而地球环绕中轴旋转的信念，直到最近还没有直接的证据。要说科学对于生命的本质或起源这个更高深的问题还没有提出解释，这并不是有力的异议。谁能够解释什么是地心吸力的本质呢？现在没有人会反对遵循地心吸力这个未知因素所得出的结果；尽管列不尼兹（Leibnitz）以前曾经责难牛顿，说他引进了“玄妙的性质和奇迹到哲学里来”。
本书所提出的观点为什么会震动任何人的宗教感情，我看不出有什么好的理由。要想指出这种印象是如何短暂，记住以下情形就够了：人类曾有过最伟大发现，即地心吸力法则，也被列不尼兹抨击为“自然宗教的覆灭，因而推理地也是启示宗教的覆灭”。一位著名的作者兼神学者写信给我说，“他已逐渐觉得，相信‘神’创造出一些少数原始类型，它们能够自己发展成其他必要类型，与相信‘神’需要一种新的创造作用以补充‘神’的法则作用所引起的空虚，同样都是崇高的‘神’的观念”。
可以质问，为什么直到最近差不多所有在世的最卓越的博物学者和地质学者都不相信物种的可变性呢。不能主张生物在自然状况下不发生变异；不能证明变异量在悠久年代的过程中是一种有限的量；在物种和特征显著的变种之间未曾有、或者也不能有清楚的界限。不能主张物种杂交必然是不育的，而变种杂交必然是能育的；或者主张不育性是创造的一种特殊禀赋和标志。只要把地球的历史想成是短暂的，几乎不可避免地就要相信物种是不变的产物；而现在我们对于时间的推移已经获得某种概念，我们就不可没有根据地去假定地质的纪录是这样完全，以致如果物种曾经有过变异，地质就会向我们提供有关物种变异的明显证据。
但是，我们天然地不愿意承认一个物种会产生其他不同物种的主要原因，在于我们总是不能立即承认巨大变化所经过的步骤，而这些步骤又是我们不知道的。这和下述情形一样：当莱尔最初主张长行的内陆岩壁的形成和巨大山谷的凹下都是由我们现在看到的依然发生作用的因素所致，对此许多地质学者都感到难于承认。思想大概不能掌握即便是一百万年这用语的充分意义；而对于经过几乎无限世代所累积的许多轻微变异，其全部效果如何更是不能综合领会的了。
虽然我完全相信本书在提要的形式下提出来的观点是正确的；但是，富有经验的博物学者的思想在岁月的悠久过程中装满了大量事实，其观点与我的观点直接相反，我并不期望说服他们。在“创造的计划”、“设计的一致”之类的说法下，我们的无知多么容易被荫蔽起来，而且还会只把事实复述一遍就想像自己已经给予了一种解释。无论何人，只要他的性情偏重尚未解释的难点，而不重视许多事实的解释他就必然要反对这个学说。在思想上被赋有很大适应性的并且已经开始怀疑物种不变性的少数博物学者可以受到本书的影响；但是我满怀信心地看着将来，——看着年轻的、后起的博物学者，他们将会没有偏见地去看这个问题的两方面。已被引导到相信物种是可变的人们，无论是谁，如果自觉地去表示他的确信，他就做了好事；因为只有这样，才能把这一问题所深深受到的偏见的重负移去。
几位卓越的博物学者最近发表他们的信念，认为每一属中都有许多公认的物种并不是真实的物种；而认为其他物种才是真实的，就是说，被独立创造出来的。依我看来，这是一个奇怪的结论。他们承认，直到最近还被他们自己认为是特别创造出来的、并且大多数博物学者也是这样看待它们的、因而具有真实物种的一切外部特征的许多类型