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同月晚些时候，在一场力不从心的袭击中，约翰·亨特·摩尔根连同几百名部下被活捉，押解至俄亥俄州。摩尔根几兄弟，包括查尔顿在内，被剃去须发，囚禁在哥伦布城的俄亥俄州监狱。约翰·摩尔根在他兄弟们和其他军官们的策划下越狱逃跑，这段往事是未来的遗传学家童年时代常常听到的故事之一，过后又讲述给他的孩子们听。不过，讲这故事的不是汤姆·亨特·摩尔根本人，而是他的母亲和妹妹。这是一场惊心动魄的脱逃壮举：首先偷偷挖了一条地道，然后以迅雷不及掩耳之势从警犬和残暴的狱卒中冲过，爬火车，骑烈马，历经种种危险，穿过北军的占领区，最后回到了自己的队伍。
约翰·亨特屡败屡战，又重新组织袭击。他从来就不是一个优秀的战略家，现在好像再也无法约束自己的部下。比如，据说有一起银行抢劫案，就牵连到他的袭击队员。与此同时，查尔顿和其他兄弟们仍身陷囹圄，由于参与了越狱行动，受到严密监视。他们苦闷无比，查尔顿尤甚。他们的母亲天天都给他们写信，但信件要经过严格检查，不能及时送到他们手中。查尔顿不断给住在巴尔的摩的三表妹埃伦·基·霍华德小姐写信，写得越来越钟情，越来越炽烈。
1864年3月，他被俘快满一年，查尔顿被转移到特拉华堡，那是一个正规的军事监狱。约翰·亨特·摩尔根1864年9月4日在田纳西州格林维尔战死的消息传来时，他仍是一个战俘。一直到翌年2月，也就是他被囚近两年时，查尔顿才获释。那时，他妹夫巴兹尔·杜克继约翰任司令，驻军弗吉尼亚，当查尔顿赶到弗吉尼亚时，南军统帅李将军已在阿波马托克斯向北军投降。于是大家只好各自回家。
1865年12月7比查尔顿同埃伦·基·霍华德（家里人叫她内利）在巴尔的摩的以马内利圣公会教堂举行婚礼，当地几百名社会名流出席了结婚仪式。埃伦·基·霍华德是《星条旗歌》作者弗朗西斯·斯科特·基的外孙女；她祖父约翰·伊格·霍华德是美国独立战争中的英雄，1788…1791年任马里兰州州长。人们谈到埃伦，常说她“像报春花一样美丽”。更为重要的是，她是南方忠贞不渝的女儿。她对查尔顿的爱情，由于他为南军遭受了牺牲而更加深挚。他们共同的忠于南方的信念一直是维系他们婚姻的重要纽带。新婚夫妇回到霍普蒙特。由于战争中帮助南军的人曾被剥夺公民权和财产权，列克星敦摩尔根家族的家业开始败落。肯塔基大麻业萧条，而摩尔根兄弟没有及时转向经营烟草。约翰·亨特·摩尔根死后，由老二卡尔文主持留下来的大麻经销公司。一大家人挤在摩尔根老太太这幢邸宅里：卡尔文的妻子、卡尔文的岳母（从弗吉尼亚久经战乱的城市里士满来的难民）、理查德·柯德（他母亲的专职保镖，在她死后很久才结婚）、弗爵西斯·基（被这一家宠坏了的孩子，退役军人，二十岁时还蹲过北军的牢房）——现在又加上查尔顿和内利。他们到达列克星敦时，内利已有身孕。
这孩子1866年9月25日出生在霍普蒙特。查尔顿只希望孩子长大成人能够“勇敢而高尚，不致辱没了他的名字”。他在给约翰·亨特·摩尔根的遗孀的信中说，他“本来想用大伯的名字给孩子取名为约翰，但又想到将军的英名将会百世留芳，而汤姆牺牲时：地位卑微，史书上不会有他的位置，所以给孩子取名为托马斯。”
就这样，在这个人口众多、富有传奇色彩的大邸宅里，未来的科学家、诺贝尔奖获得者托马斯·亨特·摩尔根出世了。他最初几岁就是在这里度过的。这时，他的祖母给查尔顿、内利和这个孩子准备了一份小礼物：在紧靠霍普蒙特后面的百老汇街上（现在的北百老汇街210号）建一座房子。房屋的修建由查尔顿监管，他妈妈出钱并保留所有权。汤姆四岁时，妈妈生了个小弟弟，取名查尔顿；七岁时又添了个小妹妹，埃伦，基·霍华德·摩尔根。于是，一家满员了。摩尔根一家每年夏天必定去马里兰州霍华德家探亲。由于查尔顿拼死拼活想要在华盛顿谋个职务，平时也经常在霍华德家进进出出。双方都是值得骄做的家族，尽管他们的大部分财产早已损失殆尽，但仍保持着南方贵族的习惯和风度。女人们笃信宗教，至少是忠于各自的圣公会——摩尔根家的女人是列克星敦的基督会的忠实信徒，霍华德家的女人忠于巴尔的摩的以马内利圣公会。顺便谈一段轶事，小汤姆的叔叔，勇敢得近乎鲁莽的托马斯·亨特。摩尔根生前去参加一个浸礼会，教堂却根据记录本说他家里没有一个人是基督徒。但这一定只代表他们对圣公会的看法，而不表示他们对摩尔根一家有成见。
查尔顿和内利把大部分精力花在事业上，但结果总不成功。查尔顿不论如何卖劲，如何运用家族的影响，他在宦途上还是越来越不走运，于是他用越来越多的时间同老战友通信，协助组织摩尔根袭击队员重聚联欢。成百上千的老兵参加了这类活动，甚至到2O世纪还继续进行。第一次联欢时，汤姆·摩尔根才一岁半，这次是把约翰·亨特·摩尔根将军和托马斯·亨特·摩尔根少尉的遗体从原来安葬的地方迁回列克星敦。在汤姆上大学二年级那年还有一次戏剧性的仪式。以查尔顿为主要组织者的几百名原南军将士骑着大马浩洁荡荡列队进城安营扎寨。将军唯一活着的孩子，一个名叫约翰尼的遗腹女儿（当时十九岁）检阅了他们的队伍，并被授予以他父亲的名义赠送的礼物。第三次为他大伯父举行的纪念活动（也是他父亲组织的最后一次）汤姆没回家。当时他已四十几岁，正开始从事导致他获诺贝尔奖的研究工作。，正值当侄子的在纽约一个实验室拿着柄放大镜观察果蝇的时候，列克星敦大多数居民都涌上街头去观看南军雷神骑着战马的大型塑像的揭幕典礼。这一尊塑像至今仍然屹立在梅因大街上法院的门前。
在汤姆的童年和少年时期，约翰·亨特·摩尔根的名字不断在他耳边回响。他午后放学回家时，经常碰见一个老兵在门口等着要见查尔顿上尉和内利小姐。他们两人都极乐意帮助从前甫军的将士和他们的家属。不但有由政府出资举办的纪念他怕父的活动，出版歌颂他伯父的歌曲和书籍，而且，那数以千计的自称曾经一度同摩尔根一道驰骋疆场的人中，不论谁有什么周年纪念日或去世，总又会有新的回忆录和故事出版，记述摩尔根袭击队员的功勋。后来，摩尔根的部下所剩不多了，那么，即使是自称曾给摩尔根的战马钉过蹄铁的人去世也够条件。摩尔根究竟是南军真正的英雄，还是北军的手下败将，或者简直是个无赖——这一笔长期纠缠不清的细帐，就渐渐无人争辩了。当然，摩尔根家族对此是十分敏感的。
然而，尽管他父母是那么看重这一段往事，托马斯·亨特·摩尔根一经开始了自己的工作，就没为此占用一点时间。甚至在年纪还小的时候，他就觉得这类事没有多大意义。他很小就有了自己的兴趣和爱好，不管是摩尔根这一家或是霍华德那一家，谁都不像他。他无论在哪里，样子总是不振作，大家觉得他有点像个书呆子。他有一个捕蝴蝶的网。他还组织列克星敦的伙伴和巴尔的摩的表兄弟去列克星敦郊外或霍华德家在马里兰州奥克兰的夏季别墅附近的山里去采集标本。他的技术欠佳。有一次，正当他和堂兄约翰·亨特·摩尔根动手解剖一只猫时，这家伙一下子苏醒过来，怒吼着跳下桌子逃跑了。汤姆十岁那年，他分得了百老汇街那幢房屋顶楼上的两间屋子。他自己动手油漆墙壁，贴上糊墙纸，在里面摆上他收集的标本，有剥制过的鸟，有鸟蛋、蝴蝶、化石、矿石，还有从野外捡来的各种各样的东西。这两间屋子属他专有，家里的人谁都不去动里面的东西。听说，在摩尔根家三个孩子中的最小的一个（汤姆的妹妹内利）1956年去世时，这些东西仍然完好无损。内利一生一直住在这幢房屋里。亨特、摩尔根、基、霍华德四个家系常自诩出过富商，出过外交官，出过律师，出过军人，但在他们精心保存的族谱中却没有一个科学家。用今天的遗传学术语来说（摩尔根同其他人一道创造了这个词儿），他也许是个“突变”。
1880年，汤姆满十四岁后一星期，被录取进了设在列克星敦的新建的肯塔基州立学院预科学习。当时肯塔基州