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不过，在他的讲话原稿中（时间当是1934年6月）没有谈到连锁图。他很可能还不放心，怕连锁图不够准确。
他的讲话拖到第二年7月才在美国发表，刊登在一本当时不太著名现在已经停刊的名叫《科学月刊》（第41卷，第5…18页）的杂志上。把这杂志上的文章同他讲话的原稿作一番比较很有意思。我们看看摩尔根塞进了些什么东西。他加进了连锁图，因为这些图的准确性已再没有疑问。但他在原来的讲话和过后的文章中都没提到斯特蒂文特。他还加进了巨型唾腺染色体的新图片，其中包括1935年2月发表的第四染色体（见图6）。不管摩尔根是有意还是无意，他加进这些东西使人产生错觉，好像在1933年时，海茨、佩因特、布里奇斯三人在巨型唾腺染色体的研究上是并驾齐驱的，而实际上显然是佩因特领先。罗伯特·奥尔比博士是个严谨的作家，写过一本精彩的遗传学发展史。他以为卡斯珀森等科学家1933年曾在斯德哥尔摩最先见过摩尔根提供的图片中的肉眼可见的基因。其实并没有那回事。
摩尔根讲话的题目是《遗传学对医学和生理学的贡献》，但他讲医学并不热心。他自己很清楚，除了提供过遗传学咨询以外，其他是谈不上什么贡献的。虽然他的讲话稿是在阿尔伯斯·弗林博士的实验室近旁写的，而弗林这时正好发现了苯酮尿症，并且正在进一步研究它的生化机制，但摩尔根既没有提及这种遗传性疾病，也没有谈到它的生化遗传学机理。他同样没提到阿德里安·布莱尔作出的关于唐氏综合症是由不分离现象引起的这一辉煌论点（布莱尔1932年就提出这一看法，但直到1949年才开始受到重视）。
摩尔根同美国大多数遗传学家一样对医学不感兴趣，他们最初还极力反对战后建立的人类遗传学会和出版有关的刊物。对于摩尔根来说，他对医学的这种成见还不只是停留在理论上。当他的女儿伊莎贝尔得了开放性咽扁桃体结核时，托维·莫尔博士（她刚当上内科医生还不到一个月的时间）建议说，孩子应找个大夫看看。但摩尔根没听她的意见。他说：“啊，不要紧的，你就是我们的大夫呀。”
不过，摩尔根的讲话的确含有精彩内容，对基因调节的可能的机制讲得头头是道。
在遗传学的论著中，虽然有时没有明确说出来，但一般从字里行间可以领会到，作者们往往认为所有的基因自始至终在起作用。假设果真如此，又假设个体的性状是由基因决定的，那么，躯体的细胞为什么不全是一模一样？
我们再看看卵发育为胚胎的过程，这里同样有矛盾。卵看上去好像是个无特定功能的细胞，它必然要经历一系列预定的变化再分化出各种器官和组织。卵每分裂一次，染色体则纵向裂为完全相同的两半。每个细胞里包含的基因是相同的。那么，为什么有些细胞变成肌肉细胞，有些变成神经细胞，而有些依旧是生殖细胞？
在19世纪末，这些问题的答案好像比较简单。卵内不同部位的原生质显然存在程度不等的差异。据当时的看法，这种差异决定着每一部位细胞发展变化的方向。
这样一种观点同样认为所有的基因一直在起作用。发育过程的最初几步是相同基因的产物与卵的不同部位相互作用的结果。这似乎为发育过程勾画出了一幅令人满意的图景，即使它未能对这类相互作用作出科学的解释。
但是，还有另一种不能忽略的观点。可以想象，基因分成若干组，各组一个接一个依次起作用，就像胚胎经过不同的发育阶段一样。这种顺序可以设想为一连串基因自动启动。这一假说未经证明，回避了整个胚胎发育的问题，所以不能认为是令人满意的答案。但情况可能是这样：在卵的不同部位里，其中的原生质可能同细胞核内的特定基因起反应；在某一部位，一些基因受到较多影响，在另一部位，另有一些基因受到较多影响。这样一种观点也可能是一种用以解释胚胎的细胞分化的纯形式的假说。发育的最初几步也许会是在卵的局部构造内发生的。
这样，基因反应的第一个结果是影响它们所在细胞的原生质，而受到影响产生了变化的原生质又反过来作用于基因，使另外几组基因进入活动状态，如果真是这样，就会为发育过程描绘出一幅令人满意的图景。
摩尔根之所以离开哥伦比亚大学，原因之一是他已到了强制退休的年龄；这一点加州理工学院的院长是理解的。在聘用摩尔根的时候，他本人也已年过六旬，他当时打算还要在科研和行政岗位上再干二十五年。他也果然于了那么久。他最初同摩尔根有过这样的协议：摩尔根将担任新成立的生物学部主任，任期五年，1933年到期。到那时，他可以退休，或者理事会可以请他退休。但到了1933年摩尔根想继续在加州理工学院工作。他对生物学部工作的进展感到不满意。但理事会对摩尔根的工作是满意的，当然，也对这个生物学部日益增长的名气大为满意，所以同意了他的要求，延长聘期五年。到1938年，他已经七十二岁，又要求再干四年，也得到认可。只是到了1942年，他已是七十六岁高龄的老翁，才退了下来，成为名誉主任和名誉教授。
摩尔根的职务暂时还无人接替。1942…1946年间，斯特蒂文特以生物学委员会主任身份主持生物学部工作。1946年，乔治·比德尔从斯坦福大学回来，任生物学部主任，直到1961年他才离开加州到芝加哥大学任校长。
摩尔根退休以后，街对面校园里他原来的办公室仍然属他所有，实验室里也保留了他原来的位置。加州理工学院买下了科罗纳·德尔马海洋生物实验站，在摩尔根指导下装备起来，现在成了他在加州的伍兹霍尔。每逢星期天，有青年教师开车送他到那儿去，大约有一小时路程。但其余六天他都在加州理工学院实验室里工作。
果蝇研究的世界中心早已随着摩尔根迁至帕萨迪纳，现在这项工作仍在继续，但没有它的创始人参与。当需要对遗传学做新的总结时，斯特蒂文特和比德尔执笔写了一本新书，书名《遗传学导论》。这是一本写得极好的书，至今仍在重印。霍尔丹临去世时写了一篇评论，称它是迄今对经典遗传学做的最好说明。斯特蒂文特、布里奇斯和加州理工学院另外好多遗传学家，甚至包括摩尔根夫人，都一如既往，继续进行大量的果蝇实验。但摩尔根本人已把精力用在其它工作上。也许，他之所以愿意这样转向，就像他决定出任行政领导人一样，部分原因是他感到果蝇研究已对遗传学做出了最大贡献，再没有什么发展潜力，摆在面前要做的新工作应是物理学、化学和群体遗传学这几个方面。
在加州理工学院开展这样的研究工作，是摩尔根亲手为它搭起了舞台，但他自己并非任何时候都感到高兴。柯特·斯特恩曾谈到这样一件事。有一次，一位名叫伯恩斯坦的遗传学家到加州理工学院讲学，他用数学方法证明了A·B·O血型的位点上有三个等位基因。报告结束后，摩尔根问，不用数学方法，只用谱系分析，是不是也可能得出同样的结果。伯恩斯坦气冲冲地回答，也许有可能，但事实上不是！
但是，凭着他十拿九稳的直觉，他能识别他自己不一定很理解，甚至不一定很喜欢的东西的价值。加州理工学院不断吸引着全世界最有才干的科学家。例如，马克斯·德尔布鲁克1937年到加州理工学院工作。他后来写道，“我之所以选择了加州理工学院是因为它的果蝇遗传学有支很强的队伍，是因为它对我在科学上的兴趣爱好抱有同情态度。”布里奇斯和斯特蒂文特继续给他们的果蝇染色体图，比德尔开始了红色面包霉的研究，德尔布鲁克由于埃默里·埃利斯的帮助，选中了一种更小的生物——一种细菌病毒：但摩尔根本人却转向了许多他在本世纪初就研究过的形体大得多的简单生物，探索再生与分化这类基本问题，特别是性分化问题。这段时间他研究了蝾螈随季节而变化的第二性征，研究了海盘车类动物的臂的再生现象，研究了不同生态型的鼷鼠之间的杂交，也研究了一种叫金龟甲的昆虫体色突然变化的现象。他最后进行的一批实验又回复到他最早搞的那一类，其中也包括被他称为他的“神圣的玻璃海鞘”。有一天，在讨论玻璃海鞘的自体不孕问题时，摩尔根说，酸化海水可以克服自体受精的障碍，弱酸