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有点“异常”，而且表现出黄色基因与来自父本的X结合而应产生的颜色。
在20世纪20年代，发现的新基因突变或新染色体突变日渐稀少。这一方面的研究已经接近尾声。当年促使摩尔根转而研究遗传学的那些问题肯定已得到他认为满意的解答。他的洋洋洒酒的论文和专著中的语气好像是宣布：现在是整理材料、对果蝇遗传学研究做总结的时候了。
摩尔根在哥伦比亚大学的最后几年中，由于他的成就而得到许多报偿：他的著作一版再版，而且译成多种文字；他获得种种荣誉学位，并被授予高官厚禄（比如，1927年被任命为美国国家科学院院长）。但是，最能说明他享有的威望的是世界各地的科学家川流不息地来到摩尔根的实验室。有的是来交换意见的，例如，兰茨泰纳和莱文1927年发现MN血型后来到美国，希望摩尔根帮助他们从遗传学上加以论证。另一些人，如从英格兰来到蝇室的威廉·贝特森1922年所说的那样，只是想来“看看哥伦比亚的奇迹”。摩尔根的实验结果一次又一次地被别人证实和承认。最富戏剧性的也许是贝特森的转变。直到他亲自来到蝇室之前，他始终不相信基因确实是染色体的组成部分。显然，如果例外的东西是属于你自己的，它们就比较易于受到珍惜。后来，贝特森到了多伦多，在第三届国际遗传学大会上讲话。在《科学》杂志第50卷（1922年1月20日出版）第55…61页上有这样两段话：
关于合子（即受精卵）中特定的染色体与特定性状之间有直接联系这一问题，通过摩尔根及其同事的论述，特别是布里奇斯提供的证据，人们一定大大消除了怀疑。
在不久以前仍众说纷坛的遗传与变异的现象已逐步理顺，终于导致他们这一重大发现。我特地在圣诞节期间来到这里，向这颗西方升起的明星表达我的敬意。
贝特森在同一篇讲话中反对达尔文的进化论，而新闻报道措词失当，笼统他说有一位杰出的遗传学家不相信达尔文的进化论，于是又重新点燃了美国进化论者与基要主义者之间的论争。因而，美国许多州即将面临的问题，摩尔根也负有间接责任。田纳西州审理了著名的斯科普斯案件，肯塔基州1932年险些通过基要主义者提出的法案。那项法案要求禁止在公立学校使用含有进化论内容的教科书。第一次表决结果，38票赞成，36票反对，由于未达到法定的40票而没被通过。于是，拥护该法案的议员又把缺席的议员拉来。第二次投票结果是40：39，反对的议员要求暂停，重新计票。后来又拉来三名议员。第三次表决为41：41。这时一位名叫丘纳尔的议员反戈。他最初想投赞成票，因为他是位不妥协的浸礼会信徒，相信一切事物过去是怎样，今后仍然会是那样。但他这时却说他得抛弃他的宗教信仰而改投反对票。议案至此才被否决。摩尔根似乎并没注意到当时争论的热烈场面，也没注意到最后的表决结果。
无论谁来到谢默霍恩大楼，他所见到的摩尔根总是那个样子。莱文曾承认他看见这位伟人竟在蝇室里吃午饭时很感意外，“他的两手无法伸展开，因为周围挤满了东西。”那时候，全世界读遗传学的研究生和博士后研究生在自己的日程上最优先考虑的是去蝇室参观，但看见的景象往往大出他们所料。在俄国出生和受教育的西奥多修斯·多布詹斯基气喘吁吁地赶到纽约，盼望这位名教授摩尔根会“像天神一样”出现在眼前。但这位新来者被弄得目瞪口呆，因为他看到的不是什么神人，而是一个说话唐突、衣着不整的凡人，并且一点不受礼仪的约束，甚至连实验室的工作服也不愿披上（他只穿过一次，那是后来在加州理工学院的时候，《时尚》杂志的摄影记者要发表一组诺贝尔奖金获得者的照片）。从1927年至1940年，多布詹斯基和摩尔根在一起，1940年他从西海岸回到哥伦比亚大学，接替摩尔根。对他的名字，摩尔根从未说对过。
摩尔根要求蝇室里的工作人员个个独立工作，最初，这使许多研究人员很不习惯。摩尔根逐渐建立起一套他信得过的班子，他希望他们明白自己该做什么，怎样开展工作，然后就让他们分头去做——只是对任何实验他都抑制不住自己的热情，有时急忙跑进去，从别人肩膀上探过头去观看，当场提供意见或提出问题。哪项研究他都是合作者，他最后几年在蝇室里发挥的最重要作用不妨用他的学生A·H·斯特蒂文特的话来概括：他“始终不渝地支持、鼓励和保护”他这块领地中的工作人员。
截至1927年为止，果蝇研究工作差不多已进行了十八个年头，从佩恩的第一个品系算起，繁殖了约15000代。他把多数材料给了布里奇斯和斯特蒂文特。这两个人，他出于习惯，一直把他们叫做他手下的“娃娃”，虽然他们取得博士学位已有二十年，而他们对科学发展的贡献已为学术界所公认。他自己呢，无论在精神上还是在处理问题的方式上，都带点孩子气，就像斯特蒂文特后来说的，他“最善于开辟鲜为人知的新领域，他懂得在人们已有较深刻认识的领域内进行细致的、分析性的研究的价值，他总是乐于支持这类工作，但他自己一般不愿干这种事，而是在探索什么新方向。他总是同时进行着很多项研究——他所发表的涉及范围广泛的著作仅是其中一部分，因为他进行的研究有许多没有产生什么意义重大的结果，也就从未记载”。有一项这种没有留下记录的实验是在1924年进行的。他仍在试图证实拉马克的获得性遗传说。他当时用家鼠做实验，看看其后代会不会继承某种像巴甫洛夫所说的条件反射。这项实验搞了两年，结果得出否定的答案。
摩尔根终生保持着对博物学的兴趣爱好。无论给他什么标本。他几乎都能鉴定出来。1920年，当时年仅十七岁但后来成为个体生态学奠基人的康拉德·洛伦茨第一次见到了摩尔根。人们告诉他，住在谢默霍恩大楼的摩尔根教授能帮助他鉴定哥伦比亚其他人鉴定不出的标本。洛伦茨回忆起当时的情景，摩尔根是个瘦高个儿，看上去有点像亚伯拉罕·林肯，他很高兴地鉴定了洛伦茨的标本和他带来的其他动物，并不厌其烦地向他介绍了每一标本的生物学、形态学、生态学特点。他还给这位十几岁的青年详细介绍了那一排排瓶子里的果蝇的研究工作，而且把自己最初拍的果蝇染色体的显微照片拿出来给他瞧。这是个典型例子，表现出摩尔根对他所赏识的后辈的慷慨无私。
1927年，摩尔根在哥伦比亚大学已经工作了近四分之一个世纪，以六十一岁高龄，该是接近强制退休的时候了。他一生的抱负显然已经实现了一半，但是，一如既往，他的主要精力仍消耗在他的实验研究上。有些重要问题还没得到解答。其中，经常索绕于脑际的是生物发育的问题。人们还不知道基因是如何引起生物的发育的，甚至也不知道基因是不是与发育有关。如果处在他的地位，很多人都会载誉引退，在和睦清闲的家庭生活中继续搞点研究。摩尔根则不然。他同其他单位书来信往，于是决定了他六十二岁时将转移到美国人心目中的人间天堂——加利福尼亚去。到那儿，他将要建立起一个理想的生物学系。令人难以置信的是，他去的时候竟公然声明他是为了窥测生命之果的另一半，为了解答“分化”的问题，即一个未分化的细胞（卵）是怎样产生出将发育成个体的特殊器官的子细胞的。
第八章 加利福尼亚理工学院
汤姆是个科学伟人，无论什么东西，他样样都懂。唯一不懂的是为什么鸡蛋不变成鳄鱼。
查尔斯·金斯利：《水孩儿》
1928年，在帕萨迪纳召开的欢迎加利福尼亚理工学院生物学部新任主任的招待会上，摩尔根这样解释说：“当然，我曾预期在死后要去加利福尼亚。但现在我应邀提前几年来了，我愿借这一机会看看我来世的生活将会是什么样子。”
邀请他来的目的是要组织和领导一个全新的生物学部。加州理工学院是在19世纪的一所劳作学校思鲁普综合技校的基础上发展起来的。第一次世界大战后，特别是物理学家罗伯特·A·米利肯终于被说服担任该校行政领导以后，新命名的加州理工学院扎实而迅速地从一所有名的工程院校发展成为一个世界性的物理科学研究中心。米利肯本人也在1923年获得了诺贝尔物理学奖。他长得一表人材