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我们姑且不管这只果蝇是什么时候出现的（出现的时间大概是1910年5月，那时摩尔根在给贝特森的信中曾谨慎地提到他的“果渣蝇看来有点名堂”），但它总归是不久就进行了交配。十天以后，产生了1240个后代，差不多全是红眼。按照孟德尔的术语，红跟对白眼是“显性”，所以，可以预料杂交后第一代全部个体都是红眼（道理是母本只有红眼基因，每个杂种一代果蝇都从母本得到一个红眼基因）。奇怪的是，摩尔根的第一代杂种果蝇中却有3只白眼雄蝇。从遗传学的理论上讲，这种情况几乎是不可能发生的。比较容易的解释是“不分离现象”，或者是因为实验条件控制不严，繁殖对或计数时的疏忽——也说不定是卢茨所说的情况造成的。假如卢茨的白眼果蝇存活的时间足以完成一次交配，而送给摩尔根的果蝇中有一只雌蝇是它的后代，那么，这只雌蝇就继承了一个红眼基因和一个白眼基因（红眼来自母本，白眼来自父本），因为红眼是显性，所以这只雌蝇依旧表现为红眼，但其继承了白眼基因的雄性后代将是白眼。要理解为什么会有如此现象，至少还要有一代果蝇才行。
摩尔根轻描淡写就把这三只白眼雄蝇一笔带过，说“显然是由于继发性突变”，并宣布“本文暂不讨论”。三十年后，由于卢茨看叙说而发生争论时，他在反驳中仍矢口不提这件事。事实上，他改口说全部后代都是红眼，后来就以讹传讹，一直没有纠正这一错误。
只消十天又产生了新的一代，用白眼果蝇的后代互相交配，结果符合孟德尔的定律，分离出3470个红眼，782个白眼，大约有四分之一的后代继承并表现出这一隐性性状。杂交一代和杂交二代都没有融合遗传——父母本的性状发生了理想的分离。
摩尔根不分青红皂白，急急忙忙把杂交实验结果整理成文，来不及剔除其中的谬误，于1910年7月7日投给《科学》杂志（C·D·达林顿现在保存着这篇著名论文的手稿）。关于果蝇实验的第一篇论文宣告了一个新时代的开始，诚如加文·德比尔爵士所说，“T·H·摩尔根及其同事所进行的大量的果蝇实验一扫过去之疑云，确证了孟德尔遗传定律之正确。”
不过，首次果蝇实验的结果也有不正常之处。按照孟德尔式预期值，在第二代中有四分之一雄蝇表现出隐性性状，四分之一雌蝇继承白眼基因。然而，摩尔根却发现雄蝇中有一半为红眼，一半为白眼，而雌蝇全是通常的红眼，没有一个继承了白眼。
通过进一步杂交，找出了白眼为何多半为雄蝇的原因。用白眼雄蝇同正常雌蝇杂交，后代全为红眼；白眼雌蝇与正常雄蝇杂交，后代一半为白眼，而且全为雄性。显然，这个白眼因子（“因子”不久后定名为“基因”）同其它孟德尔的隐性性状不一样，它受亲本性别的影响。摩尔根提出了一种相当复杂的解释，其细节是错误的，但结论却很正确：眼色基因（R）与决定性别的因子（X）是结合在一块的，用现在的术语来说，是“连锁的”。“事实是这个R同X结合在一起，从不单独分开”（见图2）。到1911年下半年，摩尔根和威尔逊两人都认识到人类的血友病和色盲的遗传也属同样的机制。
尽管摩尔根从史蒂文斯的细胞学研究结果已知雌果蝇有两条X染色体，雄果蝇只有一条，但他仍然迟迟不肯作出X因子即X染色体的结论。他之所以犹豫不决，有几个原因。首先，他不喜欢假说，尤其不喜欢必须依赖其他假说的帮助才能成立的假说。他认为染色体理论就属于这一类假说。第二，他的研究结果与英国研究蛾与鸟类的结果是矛盾的。蛾和鸟类的某些性状最常出现在雌性身上，说明雌性只有一个X因子，雄性有两个X因子。第三，如果认为生物的发育是由一些独断专行的染色体决定的，这种说法在他看来无异于改头换面的先成论，环境条件和细胞质都失去了发挥作用的余地。最后，染色体根本不可能是起决定作用的东西。染色体理论之所以表现得自相矛盾，性决定问题还只不过是其中一条。同样使人眼花燎乱的是不同物种的染色体数很不一致：果蝇有8条（即4对）染色体，金鱼有104条，有一种西班牙小蝴蝶，染色体数竟达380条之多。狗和鸡有78条，马64条，人48条——1956年重新计数时少了两条，为46条。这还不算最复杂。复杂的是染色体非常之小，而且在两次细胞分裂之间突然不知去向，就像国会休会期间的议员一样变得无影无踪。
摩尔根还说了另一难题：“既然染色体的数目比较少，性状的数目却很多，那么，根据这个理论，许多性状就必然包含在同一染色体内，于是，很多性状应该组合在一起而表现为孟德尔式的遗传。事实与染色体假说的这一前提是符合的么？我认为不符合。”（载《美国博物学家》第44卷第449…496页；投稿日期，1910年5月8日。）
在当时的情况下当然是不符合的。当时还不行。
几个月后又增添了四种眼色突变。例如出现了粉红眼，该性状的分离与性别无关，也同白眼性状无关；又出现了限性性状硃砂眼，其性状分布与白限性状一样。于是他接受了孟德尔观点。他这样写道：
“况且，假如我们承认（如同这些事实所表明那样），粉红
色因子位于不同于白色因子的遗传机构的另一部分，那么，为
什么在一种情况（白与粉红）下是限性遗传，而在另一种情况
（红与粉红）下会是另一种遗传的问题就是清清楚楚的了。换
言之，白色（缺乏红色素）因子同决定性别的因子联系在一起，
而粉红色因子处于细胞内另一部分。我认为正是这种证据证
明了，限性遗传现象是由于性别因子同我们讨论的其它一些
因子之间有直接的内在联系；而最为明显的关系还有待从携
带有性别因子和限性因子的染色体上去发现。“（载《科学》，
1911年第33卷第536页）
在同一篇论文中，摩尔根表明他自己已经信眼果蝇的突变符合孟德尔的理论。他说：“凡是密切观察这些新类型的发展史的人都会对以下事实得到一个深刻的印象：性状确实会‘分离’，而且在多数情况下无中间类型发生。”（第496页）
过了不久，真理即表露得十分清楚，基因的遗传可分为若干组；同组的基因一道遗传，而基因组的数目与染色体数相同，所以基因很可能是染色体的一部分。
摩尔根虽然以前好久好久都没发现任何突变，但现在却每月都可找出一两个。事实上，在1910年头几个月，在发现白眼果蝇之前就出现过几个突变。其中一个的胸部有深色三叉状花纹，另一个躯体为橄榄色，一个翅缘呈念珠状，还有一个在翅基处现出一种不寻常的色泽。不过，摩尔根很可能把这些看成了无关紧要的胎迹，没有视作他理当珍惜的例外。但5月以后出现了许许多多突变。这样，我们自然就要问问：摩尔根的镭辐射处理是不是真的提高了突变频率？这个问题无法解答，因为当时注意力放在某些突变的程度上，而没有严格对突变频率进行统计。摩尔根自己的心思完全放在新类型的分类和交配上，他的实验室档案的设计没考虑到解答突变问题。从他写给从前的学生、后来的合作者莫尔的信中可以看出这种情况，“亲爱的莫尔，我为原来寄给你的材料补上一份简要说明。这是我培养的果蝇中产生的一只新的平头果蝇，我现在记不清它原是从哪组培养蝇中产生的，不过，或许我在什么地方保存着一些记载。”
到1912年底，一共发现了40种用肉眼可见的异常的果蝇突变。每发现一个突变体，立即让其交配，再把下一代进行姐妹交，然后又与亲本回交，并与其他突变体杂交。这样就“制造”出了大批带有研究者需要的基因的果蝇。摩尔根也许是把培养的带有白眼基因的雌蝇作为1号染色体（即X染色体）的标记，用带班点的果蝇标记2号染色体，体色为橄榄色的标记3号染色体，弯翅果蝇标记4号染色体。用这些雌蝇与新发现的突变雄蝇交配，然后，摩尔根即可看出雄蝇的这个新发现的基因同哪个标记基因连锁在一起遗传。比方说，要是同弯翅基因一起，那么，这个新的突变基因显然是在4号染色体上。
这样，摩尔根的研究随时都要保留成千上万的果蝇，其中大多饲养在摩尔根从学校食堂“借”来的半品�