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他又转而研究另几种低级生物，它们任凭摩尔根切去身上一些东西，然后又渐渐长回原状。
生物的再生现象本是个客观事实，但摩尔根这段时间大部分研究的目的是需要弄清发生再生的条件以及促成再生的诸因素。
他这样写道：“动物长到了本物种特定的体积时即停止生长。表面上看去，这似乎是因为动物的躯体已丧失进一步长大的能力。但是，许多动物可以再生出失去的器官，这就证明停止生长并不等于丧失了生长的能力。”
凡是有血的动物，整个一生中，血红细胞总是在不断新旧交替。一切动物，总是不断填补着表层皮肤的缺失。如果截其一肢或头部，有些动物（如蚯蚓和蜗牛）能长出新的来，而另一些动物（如老鼠和人类）却不可能。在一项探究控制再生的动力的实验中，未来的摩尔根夫人把真涡虫属的扁虫切割成若干块，再把它们拼接起来。她发现，从扁虫躯体不同部位切下的切块可以接在一起。如果切口平整，则切口面不出现再生现象；如果接得不完好，也就是说，如果有无表皮的组织绽露在外，那么，从绽露部位会再生出头或尾。如果移植时把一个切块颠倒过来，则会在接缝处再生出两个头，一个头代表一个扁虫。
摩尔根自己发现，把水母切成若干段，切口会碰到一起，融为一体，呈铃形。他还发现，切去鱼的尾部或蚯蚓的基部，被截去的部分会慢慢再生出来。如果多截掉一些，，则再生加快。该动物所吃食物的多寡并不影响生长速度。
但是，切口的一端怎会“知道”该长出一个头还是该长出一个尾巴？1901年，摩尔根发表了一系列演讲，介绍他的研究成果。在阐述他对再生现象的看法时，他提出了一个假设性的答案。他的这些讲稿发表在《哥伦比亚大学生物学论丛》上。理查德·戈斯博士认为，摩尔根写的《论再生》一文至今仍不失为一篇最优秀的作品。他说：“摩尔根当时为之纳闷的那些问题，现在已得到解答的仍何其少也。”
摩尔根根据蝌蚪、鱼类、蚯蚓的移植与再生研究的结果提出一种推断，认为动物体内的张力或物质从头顶到尾端呈梯级分布。截除躯体之一部分，则打乱了原来的张力或物质分布模式。移植得完善，则恢复了原有张力，毋需再生。要是不移植，伤口处的细胞后面的压力减低，它们就“知道”该长出一个头；如果压力增大，则伤口细胞“知道”该长出一个尾。
这一理论，蔡尔德在1904和1905两年发表的文章中阐述得十分清楚。蔡尔德还承认这是他以后的生物化学梯度学说的起源，摩尔根认为他的全部研究工作都是为了解答受精卵如何演变成一个个体这一基本问题，虽然梯度学说似乎解答了部分问题，但还有好些问题未得到解答。由于这个原因，摩尔根只要有机会，就回过头来搞再生研究。事实上，他1945年离开人世时，仍然在研究属于蛇尾纲的海盘车类动物的再生现象。
假如摩尔根留在布林莫尔不走，他无疑会继续扎扎实实进行胚胎学和再生现象的研究，但在1903年，他的朋友威尔逊请他到纽约去当全国第一位实验动物学教授。除了当教授（这是哥伦比亚大学、也是威尔逊本人对实验生物学的支持）以外，他们之间还有一条明确的协议：摩尔根不必上许多课（几乎完全不上本科生的课），主要从事研究工作。威尔逊曾有一次谦逊地谈到他对哥伦比亚大学的遗传学研究的唯一贡献是他发现了托马斯·亨特·摩尔根。不过，假若托马斯·亨特·摩尔根没有发现威尔逊及其正在从事的细胞学研究，说不定哥伦比亚大学也就根本不会有遗传学研究。决定到一个更大的学校去工作，这是摩尔根一生事业中的转折点。
1903年，差不多是作为离开布林莫尔学院的准备工作之一，摩尔根以威尔逊为榜样，也订了婚。他那时三十六岁，到9月将满三十六岁，这似乎是他一生中的初恋。他始终主张一个男子汉首先要在事业上有所建树，要有雄厚的经济基础，然后才谈得上解决婚姻大事。他说这话时，一定是把订婚也包括在内的，因为他同未婚妻实际上已认识多年，现在才迟迟宣布订婚。
莉莲·沃恩·桑普森1887年进入布林莫尔学院，是埃德蒙·威尔逊最早的也是最优秀的学生之一。她1891年毕业，后来在瑞士苏黎世学生物学和小提琴，1894年获布林莫尔学院硕士学位。她有段时间在亚利桑那州同朋友们在一起，前后共约一年光景。不过，她多数时间是在宾夕法尼亚州的日耳曼敦同把她抚养成人的祖父母住在一起。一有时间她就到布林莫尔学院继续听课，在实验室搞她自己的胚胎学实验，担任带学生实验的教师。
她和汤姆订婚时，年已三十四岁。她三岁就死了父母，同她的姐姐伊迪丝特别亲近，而伊迪丝从布林莫尔学院毕业井出嫁以后，莉莲几乎又第二次成了孤儿。莉莲的爷爷、奶奶和几个姑母看见汤姆的爱情使她青春焕发，心里十分高兴，而莉莲自己很快就成了摩尔根家族的忠实成员。她给摩尔根夫人的信中这样写道：“当我想到您和汤姆的母子之情，我就感到无限幸福，同时也体会到自己的渺小，因为我认识到，作为他的妻子，作为对自己的母亲那么孝敬的男人的妻子，她该要填补多大的空间啊！我知道，虽然我一天比一天更加爱他，更加崇拜他，但要充分了解他，我可以说还没开始哩。我请求您帮助我，让我明白怎样才能使他过得更加幸福。”
那年春寒料峭，细雨霏霏，摩尔根每周暂时放下工作一次，来往于布林莫尔学院和日耳曼敦之间。莉莲当时同姑母住在日耳曼敦。他起初赶火车，后来天气转暖，改为骑马。4月，他给莉莲买了一颗自钻石。莉莲在给她未来的婆母的信中这样写道：“我历来就快活，但现在，欢乐和幸福充满了我的生活，再没有时间和空间去顾别的东西啦！”
因为婚礼要到6月才举行，所以摩尔根很明智地告诉未婚妻，5月之前她不必考虑婚礼的细节。至于他自己，莉莲写道，他“就豫所有的男子汉一样，只是服从于男婚女嫁之不可避免”。
婚礼的排场不大，参加者多半是家里的亲友。新婚夫妇很快就登上了摩尔根首次西行的火车，去加州帕西菲克格罗夫的海洋生物试验站——这真是生物学家的蜜月。秋天，他们迁到纽约，要听摩尔根的课的学生已提前登记。汤姆和莉莲空闲时厮守在一起，在池塘收集生物标本，在商店选购家具来装备他们租来的公寓。每天早上，莉莲安排厨师的工作，料理一些家务，然后走过几条街区到哥伦比亚大学校区内的谢默霍恩大楼，陪着丈夫在实验室工作一两小时。
摩尔根的生活方式没多大变化，仍是冬天从事学术活动，夏天在伍兹霍尔度过，但他的生活内容却很不相同了。他找到了一个至美至善的妻子，使他摆脱了人间的琐事。他再也不需去钉一个钉子，也不必去学开汽车，更不必去收拾行李。他的手稿有莉莲校对。莉莲对于他进行的最高深莫测的实验的细节都能领会，密切注视着他研究工作的进展。虽然她本人也是个科学家，但结婚以后，她对轻重主次始终有明确规定：第一是托马斯·亨特·摩尔根；第二是孩子（他们不久就会有孩子的）；最后，也只是最后，才是她自己的实验。有了新婚的妻子，摩尔根能更专心致力于研究工作。与此同时，他又发现了一个最好不过的研究领域。在此之前不久，欧洲出现了两种见解。为处于摇篮时期的遗传学提供了理论基础。其一是1900年前后三个科学家几乎同时分别重新发现了孟德尔的工作，这三人中有一个名叫雨果·德弗里斯；其二是德弗里斯本人创造的突变理论，认为突变是产生新物种的途径。1900年摩尔根参观过德弗里斯在荷兰的希尔弗瑟姆的植物园和实验室，然后又到了那不勒斯。当时，在那不勒斯海洋实验室里，孟德尔必然是最热门的话题。摩尔根在哥伦比亚大学住了很长时间以后，他又回过头来研究生物学中最令人兴奋的新发展，并打算亲手试试人工诱变。
第四章 理论、事实及遗传因子
进化是在群体中发生的。不用数学理论把群体中的现象与个体中的现象联系起来，对这一问题就不会有清楚的认识。
休厄尔·赖特
20世纪以爆炸性的气势开始了。差不多2000年来，基督教一直是创造性活动的主要源泉