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达尔文坚持，这些共同本能，人以及动物的这些同情心，最初只是对同一个群里的成员而不是对所有的人或所有这一类的个体发出的。正如指出人的其他特征一样，达尔文在指出历史上发展了的和进化了的所谓“绝对命令”的相对性时说：“就象当代外交史非常清楚地表明的那样，对自己的敌人撒谎未必算作不良作为”。
达尔文也反对当时普遍流行的一种思想，即道德的基础是利己主义，是爱自己或者是“最大幸福的法则”（边沁语），达尔文认为，后者可能是目的，但不是原因。达尔文把道德的基础并不当作是个人的享乐，而不经考虑就以一定的方式为公共福利去行动的“共同本能”才是道德的基础。
还在一八六四年，在一篇早期的关于人类的文章中，华莱士就说出了一个想法：自从人类发明了工具、获得食物的新方法，各种各样的保护手段、衣服、避难所和火以来，人类的进步不再反映在纯粹人体构造的体力变化上。达尔文同意他这一点，因为在达尔文看来，在那个时代，这一进步仅仅是通过技术、智力和精神才能的发展来进行的。这里我们不详细研究达尔文关于“自然选择和开化民族”的论断。在这些论断中有许多幼稚的错误的东西，因而十分清楚，甚至一个天才，要想高出自己阶级的意识形态之上，也是十分困难的，而某些词句，从第二次世界大战中发生的事件的角度来看，对于我们来说就是痛苦的讽刺。我们无需证实一切“开化”民族起源于“野蛮人”，因为我们不同意达尔文的观点：“高度文明的民族不象未开化的部落那样互相排挤，互相残杀”，或者我们会同意这些说法，不过这是说反话：我们看到，属于“高度文明的。民族的法西斯分子，不仅自己，而且还借助于别的民族，以未开化部落作梦也从未想到过的方式，来消灭别的民族……
现在我们来谈第六章，达尔文在这一章中，确定了人在动物体系中的位置。当然，他完全不同意象奥温和华莱士这些人的观点，因为他们准备仅仅在一个特征——人的大脑或精神上的能力特别发展——的基础上，把人从其他动物中硬行分出去。达尔文在一八六四年写信能华莱士，信中他谈到华莱士在《人类学评论》上发表的一篇文章时说：“不论一些蚂蚁的本能有多高，也不论另一些蚂蚁的本能有多低，我们不能把蚂蚁从其他膜翅目昆虫中分出去”。赫胥黎在更早的时候，（一八六三年）对这一问题写了一篇文章《人类在自然界中的地位》，而在另一部著作中（一八六九年）他把灵长目划分为人、猿和狐猴等亚目。
达尔文的研究则更为深入。他指出，人按其身体特征来说，是属于旧大陆狭鼻猿类的，因此，导致人类出现变化是在这一类中发生的，因此不应该把人归为一个完整的亚目，而是较小的等级，即科、甚至是亚科，达尔文认为，人类的故乡就象所有的狭鼻猿的故乡一样，应该在旧大陆寻找，但是，如果指的是人和大猩猩、黑猩猩的相似之处，那么更可能的是要在非洲寻找。人丧失毛被层，用果实来充饥，在任何情况下，都说明这是发生在热带地方。
至于谈到假想的人的系谱，达尔文说，人来源于狭鼻猿类，当时狭鼻猿类已经从阔鼻猿类中分了出来。根据赫胥黎的意见，猿来源于狐猴，狐猴来源于其他高级（有胎盘的）哺乳动物，而其他高级哺乳动物则来源于有袋亚纲。有袋亚纲则通过原兽亚纲（鸭咀兽和针鼹）来源于爬虫纲。达尔文附带声明说，就在人们试图彻底研究哺乳动物的系谱时，“我们沉浸于越来越模糊的科学领域”。并向那些愿意知道，“智慧和知识可以达到何种程度”的人们介绍赫克尔的《自然创造史》时，达尔文扼要地解释说，为什么可以设想所有的脊椎动物亚门彼此之间有血缘关系，并且来源于无颚类祖先。
在更早更原始的祖先中，达尔文列举了文昌鱼，即蛞蝓鱼，当时人们把它归为鱼类，或者看作是脊椎动物亚门中最原始的动物。后来他又转而研究海鞘的幼虫，一八三三年四月，还在福克兰群岛时，他就研究过这些幼虫，并借助放大镜把它们仔细地画了出来。他举了别人向他报告的亚·奥·科瓦列夫斯基的那波利的发现，即海鞘的幼虫，就其发展方式和神经系统的位置，就蛞蝓鱼和高级脊椎动物胚胎所固有的脊索的存在方面来说，是和脊椎动物亚门相似的。达尔文断定说：“因此，如果相信胚胎学（他在分类学中始终是最可靠的指导者），我们最终就会找到脊椎动物亚门起源的钥匙。我们现在有权认为，在以前极其遥远的时期，就存在过一类动物，他们在许多方面都与现在的海鞘幼虫相似，这一类动物分为两大分支，其中一支在发展①中变弱了，形成了现在的海鞘纲，另一分支则发展到动物界的高级阶段，奠定了脊椎动物亚门的基础②。
①由于不活动的生活方式。
②有趣的是，这一假设不久以前由洛曼重新提出，他是尾海鞘纲（构造接近海鞘幼虫的动物）的专家。
达尔文叙述了在研究痕迹器官的基础上怎样看出人类近期的远祖的外貌，然后他以下列语句结束了这一章：“真的，没有什么可为它们害羞的。最简单的生物也还是要比我们脚下的无生命尘土高出许多，正常人的智慧，在研究任何有生命的东西，甚至是最低级的有生命的东西时，是不能不为它的奇特构造和属性而感到惊奇的”。
因此，达尔文在《人类的起源》的第一部分中，在广度和深度上，都发展了赫胥黎和赫克尔已经发表了的那些基本思想。他象往常一样，尽管使研究的主题包括的内容更宽一些，他所举出来的证明人起源于动物的事实，在数量上也远远超过赫胥黎和赫克尔的论据：例如，他列举了许多人的痕迹器官，这就应该感到惊奇。关于人类才智和精神方面的能力逐渐发展的这几章内容就是崭新的，毫无疑问，这是与有必要反驳华莱士关于这些人类才智和精神方面的能力有特殊起源这一观点有关的。
然而，还有一个问题，达尔文对它作了完全独创的解答，这就是关于人种起源问题。自然选择——这一他认为在物种起源、种的区别中起着如此重大作用的因素——在这里都不太适用了。通过自然选择，通常只是保存一些有益的变异，但是人种间外表上的区别，却不能列入这一特征的范畴之内，因为它没有给自己的拥有者带来任何明显的好处。他认为，这些特征既不能用外界条件的直接影响来解释，也不能用拉马克关于器官使用和不使用的原则来解释。用对其他有益的特征的某种依赖性，即所谓相关作用，也是难于解释这些特征的。由于他的思路完全是顺着“选择”走，所以在这里，在“性选择”原则中，得到了解释，而这一原则他早就用来解释动物的第二性征的起源问题。他本人承认，这是一个一向引起他极大兴趣的问题。例如，一八六九年二月二十二日，他写信给弗里茨·缪勒说：“关于《人类的起源》，我正在考虑写出一篇小论文，这是因为人们责怪我隐瞒了自己的看法……我想加上一章关于面部表情的原因或作用……”。
最初，他是在《一八四二年概要》中规定了性选择这个题目的，在这本概要中，他把性选择两种形式清楚地区分开来；雄性由于要占有雌性。因而发生争斗，雌性通过选择，挑择最漂亮、最有吸引力的雄性。如同在自然选择中的情况一样，这里变异使选择成为可能，遗传性使特征得以在后代巩固，但是选择的原因已不再是生存斗争。达尔文在《概要》中写道：“当时精力充沛的雄性，要么争斗武器较好，要么外表漂亮的雄性，经达几百代后，就会获得某些不大的优势，并将自己的特征传给后代”。因此，性选择的原因就是雄性在为占有雌性而�