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这两大特点也表现在他对待《物种起源》这本书上。赖尔首先感到由衷高兴的是，他和虎克曾竭力说服达尔文不必再等一些时候才出版这本书；因为纵使达尔文能活到一百岁，但是要等到他把自己的那许多伟大总结所依据的一切事实都准备好了之后再来出版，那么这种时机大概是永远不会到来的。接着赖尔称赞了这本书的形式。他说：“在许多页中都光辉地表现出严密的推理和一连串的论证；内容高度的集中，对于尚未入门的人来说，也许集中得有点儿过分了……”。
因此赖尔认为，需要很快出版一个新的版本，为阅读方便起见，他认为最好能再增加一些例子来说明那些抽象的原理。但这只是为了便于阅读，因为就证据所具有的力量而言，这些例子并不能补充多少新的东西，因为，赖尔认为，即使是现在，达尔文的证据也已经是足够有力的了，因此，如果承认达尔文的基本思想，如果“对他作一点让步的话，那么就应当接受他的一切……”。
但是赖尔并不只是真心诚意地赞扬这本书，他还向达尔文提出了一系列的异议、意见和困惑莫解的问题。
例如，他认为达尔文把眼睛这样完善的器官用来举例是不妥当的。这个例子或者应该加以发展，提出一些更详细的证据说明眼睛是逐渐进化的，或者把这个例子完全删去。接着他认为达尔文对自己的前辈——拉马克和若夫鲁亚，圣伊勒尔——太不重视了。他指出：“最卓越的博物学家们都不同意关于形态的可变性”的观点。他问达尔文，为了说明低等动物和高等完善动物同等并存，是否可以从他的理论中得出应该存在“单细胞生物”的自然发生这一结论呢？最后，成为赖尔接受达尔文理论的主要障碍是他对人的动物起源表示怀疑，他接受不了人和猿有种属关系的思想。赖尔力求从达尔文那里知道，他是否会让步，是否会假设在人的起源方面一定有创造力量的特别干预。达尔文回答他说：“要是有人使我相信我必须对自然选择的理论作这样一些补充，那我就会象抛弃无用的垃圾那样把这个理论抛弃。”
达尔文向赖尔解释说，他认为，智力和身体上的能力一样，都是通过选择逐步发展和进化的，或者可能是通过锻炼和改善，靠遗传而逐步固定下来。达尔文再次重复说：“如果自然选择的理论要求在进化的任何一个阶段上加入一个‘神圣的东西’的话，那我认为这个理论就没有任何价值了。”
的确，这里不可能有妥协：要么承认自然界的一切都是按“自然法则”进行的，要么承认一切都是受“最高的智能”、“创造者”等影响而起作用的。因此达尔文写信给赖尔说：“我想您将被迫拒绝一切，要不就承认一切”，但是达尔文清楚地知道，承认一切对赖尔来说是异常困难的，因此他预料赖尔更倾向于采取前一种态度。
关于“单细胞生物”的创造问题，达尔文的答复是，对于自然选择的理论来说，这是个多余的和毫无根据的假说，因为这个理论不包括生物进步的必然趋势的思想。
赫胥黎的预感很快就得到了证实。所有拥护物种不变论的人都开始激动起来。那些盲目相信莫伊谢也夫的世界创造说的人都不满起来，那些向人们宣扬关于在生物身上体现着一种抽象思想的自然哲学家们也不满起来，所有承认超感觉的形而上学的原理（这种原理为了一定的目的而创造了生物）并宣扬所谓的“终极原因”（即创造这些生物的目的）的人都不满意。但是使人们感到更为不满的是达尔文在《物种起源》一书中仅仅用一句话所涉及倒的问题的一个方面。这句话是：“大量光明将投射在人类的起源和他们的历史上”。在哥白尼时代，要人们放弃地球是宇宙的中心这一观点是不可能的，同样，现在要人们放弃人在生物中处于完全“特殊的”地位这一习惯的看法也是不可思议的。乌莫夫教授在他发表于《纪念达尔文文集》中的一篇文章中说：“无论是在我们这里还是在西方，在那些非专家的人中间，都有一些反对达尔文学说的人，在这些人的感情中甚至现在也还是屈辱感占着上风，他们感到屈辱的是人不是通过奇迹从地球上产生的，而是来自猿或来自和猿同一个祖先。”
植物学家华生称达尔文为十九世纪最伟大的科学革命家，他在给达尔文的一封信中也指出了这种感情。他说：“关于猩猩和人类之间的连锁中断，您给我的答复正是我所预料的。用自然现象所作的这种解释确实是我以前从来也没有想到过的。和人差不多的最初的人种，同自己的堂兄弟（即近似人的人）发生了直接的、歼灭性的战争。这样就造成了连锁的中断，以后这种中断日益扩大，以至达到现在这样大的规模。这种意见，加上您的动物生命年表，将使许多人的思想大为震动！”
刊登在一八五九年十一月《英国科学协会会报》中的一篇对达尔文这本书的书评则初露端倪。值得注意的是评论者认为书中“最主要的问题”是人的起源问题。书评中说：“在迪斯累里写的一篇出色的中篇小说中，列季·康斯坦察·罗乌里认为可以相信人来源于猿猴。《创造的痕迹》一书中也暗示过的这种有趣的想法经达尔文先生深入研究之后，变成了某种确实可信的东西。从他的观点来看，人是昨天出现的，明天又将消逝。我们不是长生不灭的，我们只是一时的，或者说，是‘偶然的’。”
书评的作者在叙述自然选择理论时，把自己的批评归结如下：“由于通过对少数相当远的祖先进行自然选择而产生的变化所形成的起源理论有一定的朴素成分……白菜可能是最早的植物，而鱼则可能是最早的动物。最早的动物也可能是鲸鱼。那么我们在单独的创造行为中需要的是什么呢？……如果说猿猴变成了人，那么人又将变成什么呢？”评论者用他从达尔文那里找来的一些异议，如地质记录的不完全，缺乏中间环节，整批整批的物种在某些地质层中的突然出现等等来反对进化理论。的确，评论者认为，达尔文即使在阐明这些事实时也是在为自己辩护的。但是，评论者说，在这样对待事实的情况下，“理论可以承认您所希望承认的任何形式”。
书评最后抨击说：“达尔文先生对得到年高德邵的科学家的赞许并未抱多大希望，他主要寄希望于青年，正如他曾经说的，寄希望于摆脱了枷锁的人……对我们来说，只要补充说，无论是这本书，还是它的作者，或者是书中谈的事物，完全是普普通通的就足够了。这本书是值得注意的，而且我们也不怀疑，它应该受到注意。有学问的博物学家们将根据作者本身的情况来研究作者，而这里，我们想象，为使这一理论彻底存在下去，必将发生一场严酷的斗争。神学家们说（他们也有权洗耳恭听），创立复杂的、把神排除在重复的创造行为之外的理论有什么意思呢？为什么不老老实实地承认，新的物种是由上帝的创造力量创造的呢？为什么对不必要的非直接行为不进行直接的干预而要使用进化法则呢？我们在向读者介绍作者及其著作之后，应该把他交给圣学院、大学院、教室和博物院去摆布才是。”
关于这篇书评达尔文写信给虎克说：“他把不朽的问题也扯了进来，并用这种手法唆使那些僧侣们来攻击我，让他们来折磨我，这种手法是卑鄙的。诚然，他不是要烧死我，但是他却准备好了干柴，并告诉那些黑色的骗子们怎样可以捉到我。”
非常值得注意的是，对唯物主义和“堕落了的智力”，即对达尔文的无神论的这类攻击，不是刊登在神学杂志上，而是刊登在自然科学杂志上。
地质学家塞治威克的批评，语气特别尖锐，令人不能容忍。他过去某个时候曾经是达尔文的老师，达尔文在作环球旅行之前曾和他一起进行过地质考察。
这篇文章的语气充满了愤恨、嫉妒和讽刺，因此达尔文在给爱沙·葛雷的信中提到“可怜的老�