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，我怀着极其温顺而感激的心情吻您的双手，这种心情充满了我的幸福之杯，——我的最大的愿望就是成为配得上您的人。“
埃玛的感情表现在她给她的姨母西斯蒙迪夫人的信中：“当您向我询问查理·达尔文的为人时，我认为他好的地方，我连一半也没有告诉给您，因为我担心您会有所怀疑……他在上星期四又同姨母范妮回来了，并在星期日向我求婚，这完全出乎我的意料之外，因为我想，我们将保持象过去那些年彼此所具有的友谊，而不是象在此事之后将发生的情况。我太难为情了，整天都充满了幸福感，因为家里客人很多，除了父亲、伊丽莎白、卡罗莉娜外，我们谁也没有告诉。亲爱的爸爸，我希望您能看到他的快乐的眼泪，因为爸爸对查理一向评价很高……晚上我到了他们的房间，我们坐了很久，一直谈到很晚；我感到饿了，于是汉斯利（埃玛的哥哥）到厨房去拿乳酷，找到了一块小白面包、两块牛油和一把小刀，还给我们做了一盘精美的小菜……我从前就知道，他（达尔文）是一个襟怀极其坦白的人，每句话都表现他的真正思想。他是一个令人非常喜爱的人，他对自己的父亲和姐妹们非常有礼貌，他的性格非常温和……我感到高兴的是，他是一个积极肯干的人……我感到我每天的生活都是幸福的，查理很喜欢梅尔这个地方：我相信，只要可能，他随时都准备到农村去……我并不象姨母萨拉那样，查理不喝酒，这一点我并不在乎，可我认为，这一点倒是令人高兴的。对于我命运中这个真正的转折我本不想告诉您，但是我迟早总得让您知道……休息一阵之后，我本已动身去做礼拜，但我发现，我变成了一个白痴，于是又半路返回”。
当然，查理这个期间的思想稍微离开了学术研究。虽然他每天早晨都要写南美洲鸟类的生物学，但有时候他就丢下这项工作单独一个人或者同哥哥伊拉司马斯一起去逛伦敦大街，看看有没有出租的房子，以便他在同埃玛结婚后能够住在那里。赖尔夫妇当时特别关心此事。
埃玛到伦敦去帮助查理寻找房子，同他一起去看戏。最后在上高尔街选中了一套油漆得很漂亮的房子，于是便把单身什物搬到了那里。这座老房子之所以吸引了这对年轻人，主要是因为它有一个小花园。
一八三九年一月二十九日，在梅尔举行了婚礼，这对年轻人很快就去了伦敦。根据埃玛（她毫不费力地一下子就担负起了主妇的重担）的书信来看，在婚后的最初一个时期，他们把很多时间用于接待客人的来访，到最亲近的人和熟人那里赴宴和回访他们的熟人。别人的这些拜访可能使查理比他的妻子更加激动。
后来扎德教授描写了达尔文这位热情的主人当时给客人们留下的感觉。“我不知道有谁在同他接触时（即使时间很短）而能不被他的个性迷住的。谁能够忘记他在见面时那种亲切的握手和在离别时那种温柔地、长时间地不断抚摸手掌的情景，而主要的是，谁能忘记他那引起面部整个表情变化的诱人的微笑……人们在回首往事时往往忘记哲学家深奥的哲理，而想起主人的热情好客”。
一般来说，达尔文夫妇几乎放弃了社交活动，过着非常安静、深居简出的生活。可是，达尔文的健康情况显然越来越坏了，因此他不得不到梅尔和施鲁斯伯里再次长期休息。一八三九年底，达尔文添了一个儿子。他对儿子的观察后来反映在他写的《论感觉的表现》这本书中。父亲爱孩子的情感是如此的强烈，以致连他本人都觉得有点意外。
他继续（虽然是断断续续地）整理自己的地质论文，特别是《珊瑚礁》和《南美洲的巨漂砾和冰川》。他在地质学会作《关于某些火山现象之间的联系》的报告，他研究《贝格尔号动物学》的鸟类部分，即他在南美搜集的那些鸟的生活方式和分布情况；鸟类学家古耳路德对这些鸟进行了鉴定和描写。
在达尔文没有摆脱搜集资料和思考理论这一阶段以前，他一直从事关于物种和变种的研究工作。一八四一年一月，他写信给有经验的养禽家福克司说：“我将以感激的心情接受您的最微小的资料；对各种家禽和哺乳动物（如狗、猫等等）通过各种杂交而产生的后代的记述都是很珍贵的。”达尔文请求福克司，如果他那里有杂交的非洲猫要死去的话，为了得到骨骼，请把它的尸体装在一个小盒子里寄来，并请求将由杂交而生出来的鸽、鸡或鸭也寄来。这些东西对他来说“比得到任何鹿腿或最好的乌龟都更有价值。”
一八四一年初，他的那部关于珊瑚礁的著作终于问世了，书名是《珊瑚礁的构造和分布》。关于这部著作的基本思想我们已经谈过。不过有趣的是这部著作的成书情况。在这部著作中已经谈到了达尔文所使用的不同于他的所有其他著作的那些方法的特点：第一是内容的广泛性：他掌握了研究对象的所有详情细节；第二是高度的概括性：他寻求并且找到了最能充分说明被考察的现象的规律；第三，他并没有闭着眼睛不看他在总结时所遇到的各种困难；不但如此，他好象预先就在寻找这些困难，为是是克服它们，对它们加以专门解释，从而预防人们可能向他提出各种反驳意见；第四，他能从各个方面观察所研究的对象，在对研究对象进行考察时，他既是地质学家和地貌学家，又是动物学家，一句话，他是一个广义上的博物学家。这样，他就一步一步地使读者相信，尽管有种种难懂、含糊和矛盾之处，但是他的观点是最能为人们所接受的。在现代战争中，人们不能忽视任何东西，他们对一切细节都要预先估计，并在自己所占领的一切地方巩固起来，同样，达尔文也表现出他特有的坚毅不拔的顽强性，他预先掌握了研究对象的难点，坚持自己的观点，不掩饰自己立场上的任何弱点，只要他证明的各路大军进行战斗的共同结果能保证他取得胜利就行。
在这部著作的第一章里，他考察了环形岛、珊瑚岛。因为这些岛屿的起源问题曾经有过一些很不正确的、有时甚至是虚构的假设。他描写了他亲自研究过的环形岛基林，描写了暗礁外缘的珊瑚，围成礁湖的珊瑚式的藻类地带、礁湖本身、下沉到礁湖底层的沉积物以及靠吃淤泥和珊瑚的动物（绿鲪和管海参），描写了暗礁和小岛屿的变化情况。他强调指出，所有这些为数极多而又分散极广的岛屿露出海面并不高，而从礁石的表面算起，海洋通常越是很深的，这种深度就要求形成环形岛的基地有很大的陡坡。
在第二章里，他谈了堡礁，宽阔的水道一礁湖把它们和陆地分割开来。他以围绕一个岛屿或一个群岛屿的堡礁的若干例子表明，堡礁的形状和结构非常近似环礁的形状和结构。他用某些环礁和某些堡礁（带有从礁湖里透过暗礁而露在外面的部分）的平面图直观地说明了这一想法。
在第三章里，他谈的是有绿壁的礁或者说岸礁，它们距陆地比堡礁近得多，而且在它们与海岸之间，没有礁湖那样的深水地区。
他在第四章里描述了珊瑚礁的成长。他在这里广泛地论述了对珊瑚礁增长的有利条件，它们生长的速度以及形成暗礁的珊瑚虫生活的深度。对于他所有的论断来说，极端重要的因素是，这些珊瑚虫在低于最低限的深度中是不能茁壮成长的。当然，对于岸礁来说，这并不困难，但对于堡礁和环礁来说，就会产生极大的困难。令人不解的是，为什么堡礁的礁石或沉积物的浅滩在所要求的深度范围内向海延伸那么远，更有甚者，为什么如上面所说的分散很广的环礁，如果它们都处于山顶，就无论如何也不会高出海平面，而为什么这些山顶本身在岛屿如此分散的情况下，在大多数的情况下总有点达不到海的表面。
在具有极其重要的理论意义的第五章里，达尔文批判了过去关于在喷火山口或在由沉积物变来的水下浅滩上形成大群岛的环礁的假设，排除了最费解的地方而发展了他自己的学说。他认为，堡礁是由岸礁形成的，而环礁是由堡礁形成的，这种形成，一方面是通过陆地缓慢下沉，另一方面是通过暗礁的珊瑚的增高来进行的，而这种增高过程就让珊瑚在阳光、氧气和水的运动都极其有利的条件下生活。他用简略而又直观的示意图说明了自己的这一思想。和平常一样，他不局限于对自己理论进行一般的解释，也不局限于自