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一月十八日，“贝格尔”号再次停泊在奇埃洛岛上的圣卡尔洛斯海湾里。19日夜，达尔文用望远镜观看了奥索尔诺火山爆发的动人景象。凌晨，火山停止喷发。
后来才知道，科迪列拉山脉最大的火山——智利的阿康卡瓜火山（它位于北方八百公里开外的地方），也在同一天夜里喷发起来。六小时后，在位于阿康卡瓜火山以北四千三百公里的科谢圭钠火山也发生了大喷发，同时产生了强烈的地震，这次地震在一千六百公里的范围内都能够感觉到。
根据菲茨·罗伊的命令，达尔文和金克被派往卡斯特罗，再从那里横过奇洛埃岛，然后到西岸的库卡奥小教堂。旅伴们骑马，走的又是在沼泽地区里用圆木铺砌成的路。路面的圆木由于下雨而变得很滑，行路非常困难，不过已习惯于当地环境的马匹，却象狗那样灵巧地从一根圆木跳到另一根圆木。路的两边，都被高大而茂密的森林和芦苇围了起来。这一天天气非常好，无数树木正在盛开着花朵，使空气里充满着香气。但是有着无数已经枯干的树干的沼泽森林，总给人留下一种极不愉快的印象。
一月二十三日，旅行者们到达了一座美丽的小城市卡斯特罗。达尔文带来了一封介绍信给当地人彼得罗先生，他特别亲切地接待了旅行者，雇了强壮的马匹，并护送达尔文及其旅伴沿着海岸往南走，在那里有一个小村落，当地一名警卫队长，自告奋勇要亲自把他们护送到库卡奥。他们往西一拐，沿着弯弯曲曲的小路前进，横穿过一个岛，时而穿过巍巍壮观的森林，时而又经过精耕细作的田地；在这些田地上，谷物和马铃薯的长势很好。由于道路非常坏，警卫队长就命令印第安人用当地的一种小船（彼了瓜）把旅行者沿纬度线方向延伸的库卡奥湖运送过去。印第安人在这只做得粗劣的小船里，运装着一头母牛，把这头母牛推倒在船底，四条腿朝上，并用绳子把它牢牢地捆缚在船上。
库卡奥散居着三、四十家模样特别可怜的印第安人。达尔文和金克从这里沿着宽阔的海岸往北走，那里的海浪汹涌澎湃，冲打着海岸。旅行者们想沿着海岸到圣卡尔洛斯去，可是印第安人在这里坚决拒绝给他们带路。于是只好由原路返回。达尔文在《航海日记》中提到了从奇洛埃岛东海岸到科尔科瓦多火山所在的科迪列拉山脉之间这一带的壮丽景色。
一月二十八日，他们终于回到圣卡尔洛斯。
二月四日，“贝格尔”号离开奇洛埃岛，向北航行，由于多雾，所以直到八日方才到达智利的瓦尔迪维亚。这个城市离海岸约有十六公里，分布在沿河一带的低地，周围是茂密的苹果树林。三天后，达尔文带了一个向导出发去旅行。美洲海岸上茂密的处女林与奇洛埃岛上的森林，区别只在于颜色比较鲜绿，这大概是因为智利的常绿树木，比奇洛埃岛上的常绿树木少的缘故。过了几座森林，来到草原之上。旅行者们途中常见的那些印第安人，待人接物十分矜持、直爽，体格健美，显得与众不同。
二月二十日发生了强烈地震。达尔文当时正好在海边，躺在森林里休息。地震是突然发生的，而且持续了两分钟。虽然两腿站稳并不困难，但是地面摇晃却使达尔文感到有些头昏。城里的木头房子摇动得特别厉害，轧轧作响。居民们非常恐慌，纷纷涌到外面。这一次最强烈的震动正发生在退潮的时候：海水急速上涨，上升到最高点时又倒流回来。
二月二十二日，“贝格尔”号离开瓦尔迪维亚，沿着海岸往北继续进行测量。在测量中，倒数第二个锚碎裂了。只好紧急出发到瓦尔帕来索去取新锚。三月三日，“贝格尔”号当时已在航行，舰上所有的人都感觉到地震所产生的又一次强烈震动。
当“贝格尔”号三月四日驶进智利的康塞普西翁市港湾后，达尔文就在基里基纳岛登陆。他在这里首先听到的消息是，二月二十日大地震造成了可怕的毁灭，无论是在康塞普西翁市，还是在塔尔卡瓦诺海湾，所有的房屋全都倒塌，甚至连塔尔卡瓦诺的废墟也被巨大的海浪卷走。达尔文自己很快就证实了，地震以及由地震在海上所引起的巨大海浪的破坏力是巨大的。他亲自测量了由于地震而被散乱抛弃到海岸上表面附有海生生物的岩石碎片。有一块石头几乎有两米长，一米左右宽，有半米多厚。地面的许多大裂缝和移位都是大地摇晃的结果。康塞普西翁的地震是在中午十一时半开始发生的。这就说明死人并不多，因为许多居民都能在房屋倒塌之前跑出去。在这次震动以后不久，在离海岸三、四海里的海面上出现了从海湾中心向前移动的平整的大海浪；它以惊人的力量卷走了海岸上的房屋和树木。达尔文在《考察日记》中写道：“看到建筑物曾经耗费了人类那么多的时间和劳动，却在顷刻之间都被摧毁，真使人感到难过和痛心。但是，对受灾居民的怜悯之情，较之于通常由数个世纪才能完成，而这里却在顷刻之间就发生了的灾变景象所引起的惊奇感，不知怎的却相形见绌。我认为，自从我们离开英国以来，简直没有看到过一种有什么比这更使人感兴趣的景象了”。
三月七日，“贝格尔”号启航向瓦尔帕莱索驶去，于十一日抵达那里。过了两天，达尔文出发上路，以便实现他自己早就想越过科迪列拉山脉的夙愿。在圣地亚哥他早就做好了一切必要的准备。达尔文从平常人们在这里通过的两个山口中挑选了最近的一个山口，即波尔季利奥山口（虽然这个山口更加险峻），以便在归途中能更加容易越过另一个乌斯帕拉塔山口。三月十八日，达尔文离开了圣地亚哥，带着一名向导和一名赶着几匹骡子的人，好不容易才到达肥沃的马伊普河河谷。
达尔文对于这种“愉快而又自由自在的”旅行方式是这样描述的：“我们在有人居住的地方购到一些木柴，租用一块牧场给我们的骡子吃草，并且在这里露宿。我们自己带着铁锅，在晴朗无云的天空下，一面无忧无虑地安顿住宿，一面用铁锅烧煮我们的晚饭。当时，我有两个同伴：一个是马里阿诺·贡萨列斯，他以前普伴随我在智利旅行；另一个是阿里耶罗（赶骡人），他一个人赶着十匹骡子”。达尔文感到惊异的是，长着细腿的骡子竞能驮运骡队给它们装载的如此重的东西（在平原驮运将近一百八十七公斤，在山地驮运将近一百四十二公斤）。
在科迪列拉山脉的主要一些河谷的两侧二至四公里的高处，升起了一片片由粗糙成层的砾石和沙土组成的阶地。达尔文认为，这里的地质现象和南美洲东岸的地质现象一样，而南美洲东岸的地质史主要归结为这些海岸在逐渐上升。上述阶地的下端在科迪列拉山脉山口附近平斜下降，并不知不觉地同他早在从瓦尔帕来索出发的各次游览中所考察的那些与外界隔离的平原连成一片。他认为，这些阶地是在海水浸没智利的时候沉积下来的，这种浸没也正象在目前地质时期海水浸没智利更南的海岸一带的情形一样。
因此，达尔文无论是在他的地质论文中，还是在他的结论中，都是赖尔的热烈拥护者，是那些认为科迪列拉山脉是一下子形成的灾变论者的强烈反对者。从前山里的河流在上游冲开河道，使沉积物在水流缓慢的入海口处沉积下来。这些阶地就这样产生了，并逐渐随着高于海平面的陆地的上升，越来越向低处沉积，直到这些沉积物的地方一直达到现代海平面为止。灌溉科迪列拉山脉里的现代盆地的河流，都是一些从很陡的山坡上流下来的特别混浊的真正山间急流。
正如我们所推测的那样，当达尔文看到这些河流中的马伊普河，在阶地上冲毁自己的河谷时所产生的那些想法，同他在登上科迪列拉山脉时产生的想法一样，在《考察日记》中得到了非常好的、几乎是富有诗意般的表达：“当马伊普河沿着巨大的圆石块奔流时所发出来的咆哮声不亚于海的怒吼声。甚至在很远的地方，也可以清楚地分辨出，在奔腾的河水的喧嚷声里面所夹杂的石块互相撞击的轧轧声。在这条河的所有地方，不论白天或者夜黑，都可以听到这些轧轧声。这种声音向地质学家雄辨地说明：被吸引到同一方面来的成千上万块石头在彼此互相撞击着，发出一种低沉的单调的喧嚣声。这正好象是时间概念一样：已经消逝的每一分钟，都是一去不复返的。这些石块的情形也