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四月二十六日，这一地区的地质情况开始发生变化。稀疏的小玄武岩砾石没有了。出现的是更坚硬的石块，然后是一整座玄武岩地台，河水就是穿过这种玄武岩块流动的。玄武岩的厚度显著增大。达尔文认定，河水是在海底上升到地面后，在原来海湾的地方，为自己开辟一条通道的。“贝格尔”号的船员们接着就进入了石隘口地区，这里有几个罕见的喷泉。河流逐渐变窄了，拖拉船只的劳动愈来愈艰苦。陡峭的河岸的悬崖上有大量兀鹰，这是一些巨大的猛禽，它们的翅膀从一端到另一端几乎有二米半长。二十九日，科迪列拉山脉的一群雪峰出现在地平线上，开始碰见大量斑岩砾石，达尔文认为，从前这里是大海时，这些斑岩砾石就在浮动的冰块上被冲来了①。五月五日旅行者们开始返回，途中用了三天时间，因为他们是顺流而下。经过的地方都特别凄凉和寂寞，所以达尔文在《航海日记》中写道：“除我以外，大家都各有各的不满意的理由”。
①砾石如此远距离的转移现在都是用冰川的活动来解释的，而这些冰川所占的空间要比现在的冰川大得多。
五月十二日，“贝格尔”号再次出海。这是一个狂风暴雨的天气，现在达尔文也有不满意的理由了。他在日记中写道：“我由于害病而倒了霉”。
“贝格尔”号结束对南美洲东岸的旷日持久的测量工作，经麦哲伦海峡向西岸驶去。六月八日，旅行者们驶进了不久以前发现的马格达累纳河，并经马格达累纳河来到塔尔纳角，那里的岩石、冰、雪、风、水令人望而生畏，不过到了早晨，覆盖着一层雪的萨尔明托山的壮丽景象又显露出来，山麓下有着一片片阴森的树林和一条条通向海边的冰川。“贝格尔”号沿着狭窄的海峡迂回行驶，于六月十日从两大悬崖——东符里岛和西符里岛——之间进入太平洋。达尔文写道：“一个居住在陆地上的人，只要看到这样的海岸的形状，整个星期都会想到翻船、危险和死亡，因而忧心重重”。达尔文就是带着这种印象与火地岛永别的。
“贝格尔”号的船员们，在离开火地岛时，曾希望躲开这种对火地岛来说已司空见惯的风暴。六月二十八日，“贝格尔”号停泊在奇洛埃岛上的圣卡尔洛斯港。奇洛埃是一个山峦起伏的大岛，处处覆盖着密林，生长有常绿树木和热带植物，经常刮着来自海上的风并带来大量的雨水。岛上和睦而又勤劳的居民是由具有印第安人的血统的混血人种组成的，他们使用最原始的工具来开垦土地和磨碎粮食。居民主要吃鱼、马铃薯和猪肉，栖身于清除掉树林的海岸上。圣卡尔格斯是一个居住很分散的小村庄，村中房屋的四壁和屋顶都是用松木板构造成的。
七月十四日，“贝格尔”号离开了这一处潮湿多雨的地方，向智利的主要海港瓦尔帕来索驶去，七月二十三日到达该港，并停泊在那里。在离开火地岛和奇洛埃海岛之后，瓦尔帕来索的气候使达尔文大为赞赏。城市也很美，由一条长街组成，它座落在一排特别鲜艳的红壤土大山丘的山麓旁。远处显现出山峦起伏的科迪列拉山脉的轮廓和圆锥形的阿康卡瓜火山。达尔文在这里遇见了老同学和老朋友李察德·科尔菲德，感到万分高兴，达尔文就住在他家里。
应当认为，经过艰难困苦的海上奔波之后，能够稍事休息，对此达尔文就已感到心满意足了。“在南方雾气弥漫的阴沉气候里长期航行之后，呼吸清新的干燥空气，享受美好的暖和天气，品尝有味的新鲜煎牛肉，乃是人生最大的幸福”。（达尔文一八三四年六月二十四日给汉斯罗的信）。此外，毫无疑问，他也怀念起故乡、朋友和剑桥自由自在的生活来。看来，菲茨·罗伊不大招人喜欢，舰长与达尔文在政治上存在的分歧，大概使他们的关系有点紧张。至少，向来不动声色的达尔文在给剑桥朋友们的信中，有时在字里行间流露出对舰长辛辣的讽刺语气。这是多么不一样啊！达尔文与剑桥的同学的关系是多么的友好、多么的真诚啊！是的，这些朋友几乎把他忘了，而且也看不出这些朋友对他想与之通信的想法能作出反应，但他给他们写的信是多么的诚恳和亲切啊！他回忆起剑桥大学的游览和印象，大学生活中的一些可笑的或有趣的事，并竭力使他们对自己旅行中的一些事件感兴趣。
如果看不出达尔文的老同学们有乐意回他的信的愿望（稍晚，他收到福克司一封十分亲热的信，使他深受感动），那么对他的挚友，博物学问题方面的导师汉斯罗就不能这么说了。达尔文象以前一样曾期待得到他的帮助，期待他对他的搜集工作给予有益的建议和批评。达尔文所收集的一切搜集物都给他寄去了。用达尔文的话来说，汉斯罗的住所成了这些搜集物的“大本营”。不过汉斯罗的信有时一年，甚至更长一些时间还到不了达尔文的手里，这一点在“贝格尔”号经常航行和难于事先知道停泊地点和时间的条件下是毫不奇怪的。达尔文特别焦急地等待着汉斯罗对他在一八三二年八月从蒙得维的亚寄去的有关他的搜集物的一些询问的复信。汉斯罗是怎样对待达尔文的搜集物呢？汉斯罗会不会说他所收集的搜集物太少了呢？而他却在大量研究地质学，并试图弄到圣地亚哥的每一种不同的岩石标本！有谁会尝试在炎热的太阳下比他搬来更多的岩石！而“当他一无所知的时候”，他该怎样在热带森林中对陌生的植物进行采选呢？他与其说是关心所收集的动物形态标本的数量，不如说是关心把标本保存得更好些，标出并记下标本的自然形态和颜色，而不局限于采集的时间与地点，他这样做是否对呢？同年十一月，当他把搜集物连同一些珍贵的化石标本从布兰卡寄给汉斯罗后，他在给汉斯罗的信中写道：“我急于知道这些东西的处境，并急于听到对寄去的东西的数量和种类的各种评论”。
结果，对所有这些他认为非常重要的问题的答复，在十八个月之后他才收到。汉斯罗一八三三年一月十五日写的复信，达尔文于一八三四年七月二十四日才收到，而且是在瓦尔帕来索同汉斯罗于一八三三年十二月十五日（即七个月前）发出的另一封信一块收到的。达尔文总是不大相信自己的能力，由于这么长时间没有收到回信，一切全靠自己处置，于是就想象，可能由于他的搜集物非常贫乏而且没有意思，所以连汉斯罗也难于作答。当达尔文在瓦尔帕来索一下就收到汉斯罗的两封信时，达尔文是多么高兴啊！显然，汉斯罗对达尔文的搜集物所下的评语特别好，“达尔文一切荣誉感达到了最高峰”。当然，汉斯罗建议他把自己的搜集物的复制品寄来。达尔文虽然意识到这个意见是正确的，但是他辩白说，他在海上经常患晕船病，只有在特别好的天气里才安然无恙，所以不能工作太久。他写信告诉汉斯罗说：“我的笔记篇幅已很大，四大开的纸我都写满了，有六百小页左右；一半是地质学，另一半是对动物不完善的记述；对于动物，我照例是描绘那些泡在酒精中保存起来的标本中无法看到的部分或事实”。
象以前的一些信一样，达尔文在这封信中也是匆忙同汉斯罗交换对动物的各种各样的印象的，这些印象就是：关于他们以前未见过的长着摇晃的鸟头（鸟头体）和迅速移动的长线状物（鞭状体）的苔藓动物的类型，关于他们在热带潮湿土壤中发现的涂有鲜艳色彩的陆生直涡虫；关于他原来认为是水母，而实际上是一种结构极为复杂、“无法归入任何一个现存的目”的浮游动物科等等。这些报导是与地质考察，与自己游览的叙述，与对未来的展望以及对搜集物包裹的命运的关心杂乱无章地交替出现的。达尔文给导师写信说：“我在这封信中向您表达了相当大一部分利己主义，但您会想起来，在博物学方面，我把您视为我的父亲，而儿子是要向父亲诉说自己的情况的……”
达尔文进行了多次游览，有时有远途的，有时是在瓦尔帕来索郊区。极好的天气使他觉得很幸运。当然，这里的植物很贫乏；虽然盛开着许多散发浓郁芬香的花朵，但昆虫和鸟儿却很少。这是因为这里经常刮南风，而不刮海风这一情况决定的。
八月十四日，达尔文为了考察安第斯山脉的地质结构而出发旅行。他首先在西海岸上确定了海岸显著上升的痕迹。现代的贝壳在离海�