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刚一上路，他就不得不乘小船多次渡过流入拉普拉塔河的河水横溢的河流。使他感到惊奇的是，完全不习惯于游泳的马却很容易地游过了一些达五百米之宽的河流。由于最后几次在陆地旅行时所见到的平原都是极为平坦的，所以现在他看到的地方就呈现出高低不平的丘陵状。许多小溪和碧绿繁茂的草原使风景更增添了诗意。达尔文于第三天到达了科洛尼亚·德尔·萨克位明托。该城在乌拉圭为争取自身独立而同巴西作战期间受到了极为严重的破坏，变成了一片废墟。此外，这里曾经发生过大雷雨，毁掉了一些建筑物。在附近的畜牧场里，达尔文感到惊奇的是一种样子象狮子狗的本地牛“尼阿塔”。达尔文指出，属于这种奇特品种的动物只能食取长得很高的草类，所以在大旱期间，它们由于上唇短而不能食取长得很矮的草类，就轻易地死掉了。
达尔文在走到清澈的河水迅速驶向南去的壮丽的乌拉圭河岸时，便往北拐去。他在畜牧场里到处都可以遇见热情好客、彬彬有礼、但又愚昧无知得使他吃惊（例如他们不相信地球是球形的）的高楚农民。他不得不骑马穿过一望无际的、常常高过骑马者头顶的飞帘丛和有马背那么高的西班牙蓟丛。因为牲畜很容易在飞帘丛中丢失，所以这里特别好的畜牧场都密密地座落在没有飞帘的低湿河谷的地方。达尔文终于到了乌拉圭河的支流里奥内格罗河。从山上一眼望去，这条河流的风景美丽如画。它又宽又深，水流湍急，从悬崖峭壁的山麓绕行过去，在它拐弯处的外面有一条森林带，而在地平线的远处都是绿茵茵的草原。
达尔文在从梅塞德斯返回的途中，又偶然发现了一些古生物残骸：在这里他也挖掘出一部分磨齿兽的头骨、箭齿兽的头骨和几片大犰狳的甲壳。一些地方的名称——兽河和巨兽山也表明，整个国家都是这些绝灭动物的坟墓。
达尔文回到蒙得维的亚，一个星期后搬到“贝格尔”号，“贝格尔”号上完水并曳拖上从洛乌那里买来的“埃德文切尔”号纵帆船，于十二月七日往南朝巴塔哥尼亚方向驶去。
如果不把一望无际的无数群白蝴蝶向“贝格尔”号铺天盖地飞袭而来（因此，水手们说是“下了一场蝴蝶雪”）这件事算在内的话，那么可以说，这次航行是一帆风顺的，没有发生过特殊事件。在离哥连德角不远的地方，被达尔文撒到海里的一张小网捞取了计多在海中浮游的活甲虫，其中一部分是淡水栖甲虫，一部分是陆栖甲虫。达尔文把这种现象解释为，有一条来自淡水湖的小河在离哥连德角不远的地方流进海里。
十二月二十日，“贝格尔”号和“埃德文切尔”号驶进了希望港口，于是在达尔文面前展现出一片真正的荒漠，在荒漠的斑岩块体的上面展现出一片辽阔的平原，混杂有淡白色泥土的圆形砾石，长在棕袍色粗硬的草的寥寥无几的地块，多刺的灌木丛覆盖在它的上面。食物、植物和动物奇缺是该荒漠的主要特征。西班牙人当时想在这里定居下来的一切打算，都因遭到印第安人的反抗和自然界的“不好客”而落了空。从一些地方名字如“饥饿港”就已表明这一点。然而达尔文十月二十四日在这里的无数羊驼中还是射到了一只。这只羊驼除了内脏以外。净重七十七公斤。达尔文在《航海日记》中写道：“所以，我们就有了供大家过圣诞节用的鲜肉了。”
就这样，在“贝格尔”号上的旅行生活又过去一年。达尔文已茁壮成长为一个博物学家和旅行家，物种起源问题也就愈来愈广泛地在他面前展开了。恰恰在南美洲，有如此之多的贫齿目化石的发现，许多邻近物种的地理分布，对于动物的绝灭、动物的适应、动植物的相互斗争的观察，所有这一切都在为怀疑赖尔对物种所持的观点的正确性提供根据。达尔文在这一年仍继续研究南美洲的地质情况。他的研究工作经常是在困难的环境中进行的，要有十分耐心、孜孜不倦和坚韧不拔的精神，要有作出正确判断的卓越才能，要有善于博得当地居民信任的本领。如果说他在青年时代作为一个采集家、收藏家和猎人就已初步表现出了这些品质的话，那么现在他已锻炼成为一个善于思考、善于给自己提出问题、并且设法解决这样或那样问题的博物学家了。
第七章 乘“贝格尔”号旅行的第三年和第四年
基于我过的生活是活动的方式，我旅行的五年就成了我真正生活的开始。在这五年的旅行时间里，我所有的快乐都来源于我内心里所发生的一切：对景致的赞美、在荒漠和壮丽的森林中漫游，夜晚在可怜的小“贝格尔”号的甲板上散步……
……默默无闻地和孤单地建立理论和收集事实……
达尔文①在后五天，“贝格尔”号继续测量海岸，为了避免触礁和激浪的冲击，夜里该航不是下锚，就是开往海上。它终于开进了一个良好而宽广的海湾圣胡利安港。一月十二日，达尔文和菲茨·罗伊把一部分水兵留在小船停泊处的岸上后，便和其余的水兵一起到这个地区的腹地去。可是这个地区特别荒凉，他们都累得疲倦不堪，特别是带着工具和笨重双筒枪的菲茨·罗伊。到处都没有淡水，他们口渴得要命。他们登上一个山丘远眺，发现离他们很远的地方有两个闪闪发光的湖。然而大家都已累得筋疲力尽，都不敢到那里去。如果到那里去，看到这是两个盐湖的话，那么他们就会渴得浑身无力而走不回来。菲茨·罗伊在描述这次旅行时说，达尔文认为自己在这些长途徒步旅行中比菲茨·罗伊和水兵们多受了些锻炼，便自告奋勇地要单独去一趟，并答应那里如果有水的话，就用信号通知留下的人。
①《书信续集》第一卷。1839年1月20日给埃玛·韦季武德的信。
菲茨·罗伊写道：“我们不安地目送着他，在地图上被我们称之为渴丘的丘巅之上，看到他走下山丘到一个湖边的情况，可是他马上离开了这个湖，又走到另一个湖边，也同样没有停留就离开了这个湖，我们从他那往回走时所迈的缓慢步伐就明白了，这是盐的沉积物”。
然而菲茨·罗伊就是在山丘上稍事休息后，也很难返回小船。所以，达尔文和水兵们只好留下一个来陪伴舰长，然后就匆忙往小船走去，达尔文第一个到达，马上命令从原来留下的人中抽出几个人带着淡水去接菲茨·罗伊。他在《日记》中指出，他本人“不特别累”。可是到了第二天，他就浑身发冷，便在床上躺了两天。
因为“贝格尔”号把“埃德文切尔”纵帆船留在希望港进行修理，所以“贝格尔”号又往那里驶去。这两艘船顺路到东福克兰岛作了短期逗留后，于一月二十二日扬帆向麦哲伦海峡驶去。他们在经常有大涨潮和退潮的格烈高利角那里停泊时，遇见了巴塔哥尼亚人。巴塔哥尼亚人属于身材特别高大的印第安人种，这个人种以穿著羊驼皮大斗篷的强壮体形而引人注意。他们的脸膛由于涂沫着白红颜料而显得勇敢和严肃。这些人都同欧洲人打过交道，会讲一点英语和西班牙语，善良可亲，喜欢用羊驼皮和鸵鸟毛换取烟草。他们都住在窝棚里，并且有马匹。妇女们也长得身材高大，体格匀称。
一月底和二月初，一部分人乘“贝格尔”号，另一部分人乘坐小船去勘探麦哲伦海峡。最后“贝格尔”号停泊在饥饿港，从这里可以望见火地岛最高的山中的一座山，即离该港一百五十公里外的萨尔明托山。达尔文在这些地方又可对许多有趣的关于生物地理分布的情况进行观察了。麦哲伦海峡的两岸具有过渡的特性。这里，巴塔哥尼亚的生物和火地岛的生物混合在一起。时常可以同时看到这一地区或那一地区的植物。
达尔文登上海拔六百米左右的塔尔恩山。在连续下了三天的倾盆大雨后，山上的树木是这样的茂密，尽管海峡里暴风怒号，这里的树叶却一动也不动。堆满了大量腐烂树干的深沟与河谷使人望而生畏。脚一踏在这些树干上就陷到膝盖处，旅行者经常滑倒，特别是他们想靠一下的某些树干，原来是轻轻一碰就会粉碎的烂木头。最后树木愈来愈矮小，到山顶上就光秃秃地什么也没有了。从山巅上看到周围是些不规则的山脉，上面点缀着片片雪迹，看