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打那以后，徐光启每天下午一离开翰林院，就赶到利玛窦那儿，跟利玛窦合作翻译《几何原本》，由利玛窦讲述，徐光启笔译。那时候，还没有人译过国外数学著作，要把原作译得准确，可不是件简单事。徐光启花了一年多时间，逐字逐句地反复推敲，再三修改，终于把前六卷《几何原本》翻译完成。
除了《几何原本》之外，徐光启还跟利玛窦和另一个西方传教士熊三拔合作，翻译过测量、水利方面的科学著作。后来，他又在研究我国古代历法的基础上，吸收了当时欧洲在天文方面的最新科学知识，对天文历法的研究，达到了很高的水平。
徐光启不但爱好科学，还十分关心民间疾苦。有一年，他父亲死去，徐光启回到上海守丧。那年夏天，江南遭到一场水灾，大水把稻、麦都淹了。水退之后，农田上颗粒无收。徐光启为这个心里挺着急。他想，如果不补种点别的庄稼，来年春天拿什么度荒呀！恰巧在这时候，有个朋友从福建带来了一批甘薯的秧苗。徐光启就在荒地上试种起甘薯来，过了不久，长得一片葱绿，十分茂盛。后来，他特地编了一本小册子，推广种甘薯的办法。本来只在福建沿海种植的甘薯就移植到江浙一带来了。
这一回，徐光启提出练兵的主张，得到明神宗的批准，他满怀希望，想尽快练好新兵，加强国防。哪料到朝廷各个部门腐败透了，练兵衙门成立了一个月，徐光启要人没人，要饷没饷，闲得没事干。后来，好容易领到一点军饷，到了通州，检阅了那儿招来的七千多新兵，大多是老弱残兵，能够勉强充数的只有二千人，更说不上精选了。他大失所望，只好请求辞职。
公元1620年，明神宗死去，他的儿子明光宗朱常洛也接着病死，神宗的孙子朱由校即位，这就是明熹宗。徐光启又回到京城，他看到后金的威胁越来越严重，又竭力主张要多造西洋大炮。为了这件事，跟兵部尚书发生矛盾，徐光启被排挤出朝廷。
徐光启回到上海，已经是六十多岁的老人了。他本来对研究农业科学很有兴趣，回到家乡后，又在自己的田地上，亲自参加劳动，做一些试验。后来，他把他平日的研究成果，写成了一部著作，叫作《农政全书》。在这本书里，对我国的农具、土壤、水利、施肥、选种、嫁接等农业技术，都有详细的记载，真可以称得上我国古代的一部农业百科全书呢！
左光斗入狱
明神宗后期，有个官员名叫顾宪成，因为正直敢谏，得罪了明神宗，被撤了职。他回到无锡（今江苏无锡）老家后，约了几个志同道合的朋友在东门外东林书院讲学。附近一些读书人听到顾宪成学问好，都赶到无锡来听他讲学，把一所本来就不大的东林书院挤得满满的。顾宪成痛恨朝廷黑暗，在讲学的时候，免不了议论起朝政，还批评一些当政的大臣。听过讲学的人都说顾宪成议论得对，京城里也有大臣支持他。东林书院名声越来越大。一些被批评的官僚权贵却对顾宪成恨得要命，把支持东林书院的人称做“东林党人”。
明熹宗刚即位的时候，一些支持东林党的大臣掌了权，其中最有名望的要数杨涟和左光斗。
有一次，朝廷派左光斗到京城附近视察，还负责那里的科举考试。
一天，北风刮得很紧，天上飘起了大雪。左光斗在官署里喝了几盅酒，忽然起了游兴。他带着几个随从，骑着马到郊外去踏雪。他们走着走着，见到一座古寺，环境十分幽静，左光斗决定到里面去休息一下。
他们下了马，推开虚掩的寺门，进了古寺，只见左边走廊边的小房间里，有个书生伏在桌上打瞌睡，桌上还放着几卷文稿。左光斗走近前去，拿起桌上的文稿细细看了起来。那文稿不但字迹清秀，而且文辞精采，左光斗看了不禁暗暗赞赏。他放下文稿，正想转身回去，忽然想到，外面正下大雪，天气严寒，那书生穿得那样单薄，睡着了岂不要受凉，就毫不犹豫地把自己身上披的那件貂皮披风解下来，轻轻地盖在书生身上。
左光斗退出门外，把门掩上，他打发随从到寺里和尚那里去一打听，才知道那书生名叫史可法，是新到京城来应考的。左光斗把这个名字暗暗记住。
到了考试那天，左光斗进了厅堂。堂上的小吏高唱着考生的名字。当小吏唱到史可法的名字时，左光斗注意看那个送试卷上来的考生，果然是那天寺里见到的书生。左光斗接过试卷，当场把史可法评为第一名。
考试以后，左光斗在他的官府接见史可法，勉励了一番，又把他带到后堂，见过左夫人。他当着左夫人的面夸奖说：“我家几个孩子都没有才能。将来继承我的事业。全靠这个小伙子了。”
打那以后，左光斗和史可法建立了亲密的师生关系。史可法家里贫穷，左光斗要他住进官府，亲自指点他读书。有时候，左光斗处理公事到深更半夜，还跑到史可法的房间里，两人兴高采烈地讨论起学问来，简直不想睡觉。
左光斗和杨涟一心一意想整顿朝政，但是明熹宗是个昏庸透顶的人。他宠信一个很坏的宦官魏忠贤，让魏忠贤掌握特务机构东厂。魏忠贤凭借手中的特权，结党营私，卖官受贿，干尽了坏事。一些反对东林党的官僚就投靠魏忠贤，结成一伙，历史上把他们称做“阉党”（阉音yān，指太监）。杨涟对阉党的胡作非为气愤不过，大胆上了一份奏章，揭发魏忠贤二十四条罪状。左光斗也大力支持他。
这一来可捅了漏子。公元1625年，魏忠贤和他的阉党勾结起来攻击杨涟、左光斗是东林党，罗织罪状，把他们打进大牢，严刑逼供。
左光斗被捕以后，史可法急得不知怎么办才好。他每天从早到晚，在牢门外转来转去，想找机会探望老师。可阉党把左光斗看管得很严密，不让人探望。
左光斗在牢里，任凭阉党怎样拷打，始终不肯屈服。史可法听说左光斗被折磨得快要死了，不顾自己的危险，拿了五十两银子去向狱卒苦苦哀求，只求见老师最后一面。
狱卒终于被史可法的诚意感动了，想办法给史可法一个探监的机会。当天晚上，史可法换上一件破烂的短衣，扮着捡粪人的样子，穿着草鞋，背着竹筐，手拿长铲，由狱卒带领着进了牢监。
史可法找到左光斗的牢房，只见左光斗坐在角落里，遍体鳞伤，脸已经被烧得认不清，左腿腐烂得露出骨头来。史可法见了，一阵心酸，走近前去，跪了下来，抱住左光斗的腿，不断地抽泣。
左光斗满脸是伤，睁不开眼，但是他从哭泣声里听出史可法来了。他举起手，用尽力气拨开眼皮，愤怒的眼光像要喷出火来。他骂着说：“蠢才！这是什么地方，你还来干什么！国家的事糟到这步田地。我已经完了，你还不顾死活地跑进来，万一被他们发现，将来的事靠谁干？”
史可法还是抽泣着没完。左光斗狠狠地说：“再不走，我现在就干脆收拾了你，省得奸人动手。”说着，他真的摸起身边的镣铐，做出要砸过来的样子。
史可法不敢再说话，只好忍住悲痛，从牢里退了出来。
过了几天，左光斗和杨涟等终于被魏忠贤杀害。史可法又花了一笔钱买通狱卒，把左光斗的尸体埋葬好了。他想起牢里的情景，总是情不自禁落下眼泪，说：“我老师的心肠，真是铁石铸成的啊！”
五人墓
魏忠贤杀害了杨涟、左光斗后，掌握了朝政大权。他把迎合他的官员和徒子徒孙统统提拔起来，担任朝廷要职。有的帮他出谋划策，有的专门干特务杀人的勾当。民间给他们起了一些绰号，叫做“五虎”、“五彪”、“十狗”、“十孩儿”、“四十孙”。
魏忠贤权力大得不得了，无论是朝廷和地方的官员，要想保住位子，就得向他奉承。魏忠贤出门的时候，排场跟皇帝一模一样，大家也把他当皇帝看待。封建时代把皇帝称做“万岁”。魏忠贤不是皇帝，不能叫他“万岁”。有个官员把魏忠贤称作“九千岁”，魏忠贤听了很高兴，重赏了那官员。打那以后，魏忠贤就成了“九千岁”了。还有个浙江的巡抚，为了讨好魏忠贤，给魏忠贤造了个祠堂。一般祠堂都是为纪念死去的人造的，魏忠贤还活着，就造起祠堂来，所以叫做“�