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这个院子，平日里除了学生，很少有客人来，所以正屋里面没有什么桌椅。西厢房则是学生们聚集的场所，桌凳齐全。说话间，孙元起将诸人引进西厢房，让各人坐了。因为学生经常来，茶碗、茶壶却是有的，因没有仆人，孙元起只有自己操办。等上了茶水，老佟也提了糕点过来。等各人坐定，康格先生才慢慢道出来意：
且说9月份中旬，康格太太因为思念她的Tommy——就是坐在她身边的Thomas——坐上了前往欧洲的客轮，随身就携带有孙元起那篇论文《关于原子结构的实验与猜想》。
那时候，既没有波音747、空中客车，也没有洲际铁路，即便是令人尊敬的公使太太，也只有乘坐客轮的头等舱。从北京到上海、到香港，穿过马六甲海峡，在印度孟买停了一下，接着在印度洋上漂泊。然后从苏伊士运河进入地中海，在法国马赛上岸，穿越法国，再换轮船渡过英吉利海峡。就这样，颠簸了一个多月，终于到了伦敦码头。
Thomas接到母亲从法国发过来的电报，正在码头上迎接母亲。见了面，免不了一番互诉衷肠，介绍各自别后的生活：
“在中国的首都，我见到了很多有趣的事情，令人不可思议，比如女士们的小脚……
“还有他们的卫生状况，实在是太糟糕了，有一次……
谈话中就说到了孙元起：“我还见到了一个中国人，非常年轻，应该和你差不多岁数，自称是耶鲁大学的物理学硕士呢。”
“耶鲁大学有物理学的硕士么？”坐在马车上，Thomas随口问道。
“谁知道呢？不过那个小伙子貌似挺有教养的，英文不错，应该在美国受过高等教育。”康格太太接着说，“来的时候，他还给我一篇论文，希望我帮他送到《Nature》杂志社呢！”
“哦？《Nature》对来稿可是非常严谨的。”Thomas很好奇。
“要不你先看看？希望不要闹笑话，我可是把它从遥远的远东带到了这里。”康格太太有些不放心。在一堆行李中，把孙元起的那篇论文翻出来。还好，康格太太非常负责，即便是一个多月的长途旅行，纸张还保存得完好无损。
Thomas把论文拿过来，大致看了一下。前面是实验设计和实验结果，自然没什么问题。看到后面关于原子结构的猜想，眉头皱了起来。
康格太太一直盯着Thomas呢。看他皱眉头，心里有些忐忑：“Tommy，他的论文有问题么？”
Thomas摇摇头，解释道：“前面的实验，问题应该不大。至于后面的猜想，却不太拿得准。我虽也是学物理的，却不是研究这个方向，所以看得不是很明白，自然也不知道论文是对是错……”
“这样啊……”康格太太心里有些犹豫。
Thomas看出了母亲的心情，笑着劝慰道：“剑桥有一位年轻有为的教授，对原子物理学非常有研究，最近正准备到加拿大McGill大学担任教授，应该还没有出发。我们先回剑桥，请他审阅一下这篇论文，再决定是否送给《Nature》杂志社。这件事情不就解决了么？”
康格太太一想，这主意不错，既完成了所托任务，也不耽误功夫、闹笑话。便一同去了剑桥。
卢瑟福本来准备9月底去加拿大麦吉尔大学任教的，结果临出发前，看见美国的《Science》上刊登了一篇《铀、钋、镭辐射射线的实验研究》的论文，作者名叫YorkJohnson，从来没听过有这人，看通讯地址，还是一位外交官，可他得出的结果大部分和自己写好的论文一致，却又更胜一筹。当下把去麦吉尔的事情放在一边，又扑进实验室，验证YorkJohnson的结果。自然，结果不言而喻。那一刻，他有一种深深的挫败感。
就在这时，康格太太和Thomas敲响了实验室的大门。卢瑟福开门一看，看见自己的学生领着一位中年贵妇，以为是慕名来访者，便要拒之门外。Thomas连忙说明来意。卢瑟福一听是论文的事儿，作者还是YorkJohnson，兴趣来了，连忙请进屋，取出论文仔细阅读。
卢瑟福这个大牛是何等了得！读完便知道文章的价值，吩咐把论文重抄了一遍，叫来自己的一班朋友，一边实验，一边讨论；原稿则附上自己的推荐意见，让Thomas送到《Nature》杂志社。
《Nature》杂志社里面的编辑看了，却和原先的Thomas一样，拿不定主意。他们素来严谨，对不知道正确与否的论文一向持谨慎态度，即便有卢瑟福的推荐，也只肯在“读者来信”中登出。好在α粒子散射实验并不难做，卢瑟福很快在实验室中验证了论文中的数据，并迅速报告了自己的结果，进而推定YorkJohnson关于原子结构的猜想是合理的。
《Nature》、《Science》都是周刊，这两篇论文相差不过一两个月，但却成功的建立了一个微观的原子结构模型，在西方物理学界引起极大的反响，一时之间，议论纷纷。
卢瑟福听了康格太太对于YorkJohnson这个中国人的描述，对他非常好奇。知道康格太太和儿子Thomas要来中国过圣诞节，于是就一道来到中国，打算由此再转道加拿大。
到了美国驻华使馆，康格先生单知道孙元起现在任教于京师大学堂或某一所中学，却也不知道孙元起的具体住处。等了几日，卢瑟福有些呆不住，只好先去询问丁韪良先生。丁韪良是个热心人，而且对物理也兴趣盎然，就自告奋勇的领了大家前来。
说了半晌，孙元起总算明白了大家的来意。卢瑟福在说话间，四下打量了这间屋子，见有几具简陋的实验仪器，很犹豫的问：“这里是……？”
孙元起也有些尴尬：“京师大学堂正式开学以前，我在一所中学担任物理老师，所以这间屋子算是我的实验室，或者说是教室，嗯，一个简略的InstituteofPhysicalResearchandTeaching……”
卢瑟福疑惑更重：“那您的实验数据如何得来？”
“实验数据？你说论文的数据么？”一转眼，孙元起便想好了答案，“我在美国的时候，已经完成了实验，只是没有一个合理的结论。最近才想到一个符合实验结果的猜想，方写出论文来。”
之后，卢瑟福又问了一些物理问题，好在这些答案不需要孙元起杜撰，便一一为他解答。
时近中午，这群不速之客起身告辞。孙元起本想留他们一块儿吃饭，他们估计看到屋里只有主人孤家寡人一人，便婉拒了。同时，康格一家和卢瑟福都邀请孙元起在圣诞节前后去使馆一趟，盛情之下，只有答应。
卢瑟福的这次来访，孙元起随口说出了“IPRT”这个名字（InstituteofPhysicalResearchandTeaching，物理研究与教学学会），这个后世最有名的物理学研究机构就在不经意间出现了。它为世人所知，则是在两个月后的《科学人》杂志上，一位记者采访卢瑟福，卢瑟福在介绍最近物理学发展的时候，首先提及IPRT的YorkJohnson。它是中国第一个物理学研究所，而卢瑟福则有幸成为“访问”该所的第一位国际学者。
至于IPRT的成立时间，则众说纷纭，具有代表性的有三家：
一是认为成立于1898年8月16日，也就是孙元起入住该四合院的第一天。持这种说法的，主要是私立经世大学（KingshimUniversity）的校史研究者。他们认为，经世大学的最早实体就是IPRT。这样，他们的校史就比著名的国立北平大学长了那么几个月。证据嘛，便是孙元起发表在《Science》上的作者单位。
一是认为成立与1898年11月初，这种说法先后出现韩蘧、陈骥德的日记和回忆录中，因为韩蘧、陈骥德是IPRT创办的当事人，所以他们的观点为官方所采用。
一是认为成立于1898年12月，也就是国立北平大学成立前后。这种观点是国立北平大学校史研究会提出的，并一再申明：孙元起发表在《Science》上的通讯地址“KingshimUniversity”，是美国公使康格先生的一个笔误；IPRT最初是北平大学的一个研究机构，与北平大学密不可分。证据？IPRT的旧址就在北平大学院内，还用证据么！
接下来的几天里，孙元起出于对卢瑟福的崇拜，或者说其他什么原因，先后数次到美国公使馆拜访。在讨论过程中，孙元起总是在不经意间提到了后世对于原子结构的看法，让卢瑟福惊叹不已。
在圣诞节后的一天下午，卢瑟福郑重的对孙元起说：“York，你对原子结构的天才性认识，已经在《Science》和《Nature》上先后刊登。但在我们交谈过程中，我发现你有更多的发现和更深刻的理解，这些成果�