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在达尔文之前，医生只能对这些不协调感到奇怪，而存在一线希望的是，希望我们的身体是高深莫测的神的安排，或者疑心是宇宙的恶作剧。甚至达尔文之后，这种不协调也常常被误认为是自然选择的弱点或任性。直到现在，人们才用达尔文学说提出了几种截然不同的原因来说明这些问题。
为什么我们的身体没有设计更加可靠一些？为什么会有疾病？我们已经看到的理由是不多的。首先，有一些基因使我们受到疾病的危害。有一些是不断发生的突变新产生的缺陷基因，自然选择使它们十分罕见，它们比我们过去想像的要少。还有一些因为它们不到生命的晚期并不表现出妨碍适应性的问题，自然选择便无法清除它们。大多数有害的遗传作用，之所以被自然选择保留下来是因为它们还有某些我们至今还没有查清楚的长处（优点）超过它们所要付出的代价。其中有些表现出杂种优势，有些虽然使携带者不利，但能自我增加其基因频率，有些是遗传上脱离了正常的轨道，只在与某种新的环境因素相互作用之后才产生不良的作用。
其次，我们之所以患某些疾病，是因为现在所处的环境不是我们在进化过程所处的环境。只要有充分的时间，身体几乎可以适应所有的条件，但是从人类文明萌芽以来的一万年时间还不够充分，所以我们在生病。传染病的病原体进化得更快，我们的防御总是落在它们的后面。
第三，因为设计上的妥协方案，也会产生一些疾病，例如与直立体位相关联的腰背痛。
第四，我们不是自然选择保存下来的唯一具有产生适应性的物种，自然选择在病原试图吃我们，而我们也想要吃病原的艰巨战中起作用。在这些生物界的矛盾之中，正如同在竞技场上，你不可能永远是赢家。
最后，疾病还可能是不幸的历史遗留问题的后果。如果生物体的设计可以从新开始，或者有可能进行重大的修改，是有可能找到防止疾病的办法的。然而，每一代人都只能这样用父母赋给的身体生活下去，没有可能重新设计。
我们看到的人体是既强壮又脆弱的。所有的生物进化过程的产物都是一堆妥协的方案。每一条都有所长，但是常常要付出对某些疾病易感的代价。自然选择无论经过多长的时间都无法彻底清除这些对疾病的易感性，因为它们正是自然选择所创造出来的。
研究
达尔文医学这一新生的事物面临着一系列有待解决的问题。它的远期目标是什么？我们应当怎样从进化史的观点出发去分析各种疾病？假说应当怎样提出，又怎样去验证？谁来负担研究的费用？安排哪一个学术部门或者研究机构中的什么人来做这些研究工作？为什么这个事业经过这么长的时间才开始启动？
我们从远期目标说起。在对疾病的进化史研究确立之后医学教科书会是怎样一种面貌？现在的教科书提到某种疾病的知识时总是这些传统的题目：体征和症状，实验室所见，鉴别诊断，并发症，流行病学，病因学，病理生理学，治疗和转归。这样的描述遗漏了另外一类问题的说明。某些当前的教科书有一两句话提到镰状的细胞病或者咳嗽、发热的益处，却没有一本系统地关注进化的力量对致病基因的作用，致病的新的环境条件，或者宿主…寄生虫之间的军备竞赛。按照我们的意见，每本教科书描写一种疾病时应当有一段文字来描述它的进化史，这段文字应当提到这样一些问题：
1．体征中哪些是疾病的直接表现，哪些实际上是防御反应？2．如果这种病有某种遗传因素存在，这种基因为什么会持续存在？3．新的环境因素是否与发病有关？4．如果是与感染有关的疾病，哪些方面是有利于宿主的，哪些方面有利于病原体，哪些有利于双方？病原体对我们的防御有些什么对策，我们又有什么特异的防御机制应付病原体的对策？5．这种疾病的易感性与哪些历史上的遗留问题或者设计上的妥协方案有关？ 这些问题明确地指出了许多疾病研究中很重要的但是被忽视了的问题。就是感冒也有许多新问题要研究。吃或者不吃阿斯匹林会有什么后果？用喷鼻剂或血管收缩剂起什么作用？用第三章的分类，流鼻涕是排除病原的防御机制还是病毒用来播散的手段，或者兼有两方面的作用？其中大部分问题，尽管它们在概念上很简单，却对我们有很实际的意义，但是现在还没有开始研究。
再看比较慢性、复杂的跖筋膜炎。这种病有时被称做跟骨骨刺。这种常见的毛病引起足跟内侧剧烈的疼痛，尤其是早晨刚刚起床的时候。其近因是足的前后部联结起来的坚韧的组织，腱膜，好像一条弓弦，支持着足弓。每走一步路，它都被拉伸，每天上千次地承受身体的全部重量。这个腱膜为什么这样常常出问题？一个最容易的答案就是自然选择未能塑造足够坚强的组织来担任这个任务——现在倒是应当考虑这种可能性。很有可能是我们用两只脚走路的历史还太短，自然选择还没有足够的时间来充分地加强这条筋膜。这种解释存在的问题是跖筋膜炎非常多见又产生跛行。同近视一样，在自然环境下会严重地降低适应能力应当会被很强的力量淘汰掉。有些专家说跖筋膜炎发生在用拇趾向外侧偏斜方式走路的人，这种形态增加了跖筋膜所承受的应力。但是，我们为什么用这种方法走路？是现代穿鞋的习惯使然吗？但是许多从不穿鞋的人也有用拇趾外展走路的。
有两条线索指出跖筋膜炎可能是新产环境引起的。首先，拉伸跖筋膜的运动，使它更长些，更加有弹性，这样对缓解这种毛病是有效的。其次，现在我们有许多人做古代狩猎…采集部落的人不做的事情：我们整天坐在椅子上。大多数狩猎…采集部落的人每天要步行好多小时，而不是把运动压缩在户外活动的很短的时间里。他们不走路的时候，也不坐在椅子上，他们蹲下来，这种姿势一直拉伸着跖筋膜，他们没有跖筋膜炎这种毛病，也没有物理治疗，只是蹲下来的休息和每天走几小时的路。这种假说，认为跖筋膜炎是因为坐的时间太长使筋膜得以收缩。而且这种病可以用蹲着和其它拉伸筋膜的方法预防和治疗。这是很容易用流行病学资料和直接的治疗研究加以验证的。
达尔文医学提出的另一个问题是对于当前把维生素C、维生素E和葫萝卜素等抗氧化剂用作保健药品是否恰当的争论。专家都已经承认这些药物可以减少心脏病、癌症，甚至推迟衰老过程，对照研究也提出了更多的资料支持这些说法，尤其是关于它们预防动脉粥样硬化的作用。但是1994年有一个重要的研究报告说葫萝卜素似乎增加某些人患癌症的风险。现在对这个问题仍然有不同的看法，有些研究这个问题的医生建议不要在大规模的研究得出结论之前轻率地推测它。我们同意这种比较保守的看法，希望能从进化史的观点加快这个解答的过程。本书前面的章节中提到自然选择似乎已经使我们的身体有了较高的水平的抗氧化剂，尽管这些抗氧化剂也可以引起疾病。尿酸水平在寿命较长的物种中是比较高的，在人类也是高的，所以我们对痛风易感。似乎自然选择的作用使人类的尿酸水平，过氧化物歧化酶，也许还有胆红素的水平和别的什么物质的水平都比较高，因为它们是抗氧化剂，可以延缓这个物种中因年龄增大之后产生的一些不良作用，可以在过去不太长的十几万年里大大地延长其寿命。
为什么体内的抗氧化剂水平还没有达到最佳水平呢？有可能是我们的抗衰老机制仍然在追赶我们的寿命最近的延长。也有可能是高水平抗氧化剂所付出的代价（也许是降低我们对感染或毒素的抵抗力？）。把它们限制在只适应石器时代三、四十岁寿命的水平。这些可能性提示，增加额外的抗氧化剂到食物中去的益处要超过付出的代价。与许多别的情况相反，从进化史的观点看是反对过分干预的，在这里它支持积极地追求可以防止衰老作用的方案。这类研究中的一个重要部分，应当是研究体内别的抗氧化剂以及评估它们的代价和益处。如果能观察到高尿酸水平的人除痛风之外还要付出其它代价，以及他们是否确实比别的人较少表现出衰老的体征，是有很大的意义的。观察与我们亲近的灵长类动�