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、“假文凭”和学者抄袭剽窃案例。影响较大的有“哈佛最年轻的教授”夏建统事件、“基因皇后”陈晓宁事件、“北航抄袭事件”、吴征假文凭事件、杨雄里院士抄袭事件、王铭铭剽窃事件、汪丁丁事件、清华“十面博士”董关鹏事件、朱苏力招生事件、薛涌事件等等。
2000年6月，出版的《方舟在线》一书，是“国内第一部多学科网上争鸣文集”，引起轰动，获“2000年《Newton…科学世界》杯十大科普好书奖”。
2000年8…9月间，“新语丝”揭发“基因皇后”陈晓宁事件。
2001年1月，揭露“核酸营养”骗局。
2002年4月，与国内基督教人士产生极大分歧，最著名的是针对丁林的批判。
2002年4月，至今未平的“克隆人论战”。方认为，在技术条件成熟的前提下，“并没有一种能经得起推敲的理由禁止克隆人”。
2002年8月，批判“伪纳米”技术。
2002年9月，对朱海军等“民间科学家”的系列批判。
2002年11月，方批判北大“科学传播中心”是“反科学传播中心”，矛头直指北大科学传播中心吴国盛、刘兵、刘华杰、田松等人。
2003年2月，发布“中医骗子论”。把中医视为“骗子”，从“龙胆泻肝丸”事件到发表《艾滋病拯救得了中医吗？》，为此与中医界人士论战不止。
2005年3月，“转基因事件”。就“转基因”产品是否对人类有害，与《中国青年报》记者刘县书展开论战。
2005年4月，云南大学演讲，直击“伪环保”人士。早前和环保人士展开“应否敬畏自然”大争论，方舟子坚持“人类无须敬畏自然”。
在一个成熟有效的学术机制建立之前，
中国无疑需要一大批更加理性、客观、公正的升级版方舟子
本刊记者 曾繁旭
科学还是强科学？
1998年，方舟子第一次回国，开始和国内一些学者陆续交往，后者觉得方是个有人文素养的科学主义者，“让人欣赏”。
但他们很快发现给方舟子下一个简单的定论是草率的，那些原本对他很有好感的学者开始重新审视了。北京师范大学哲学与社会学学院教师田松回忆，转折点是2001年，当时刘兵（清华大学科技哲学专业博士生导师）推荐一本讨论基因工程危害的书籍《美梦和噩梦》参选“年度科普佳作奖”，方得知后，给所有评委写信，认为该书是“伪科学、反科学作品”。该书最后落选。
此书后来在社会上引起争议。刘兵的硕士研究生柯志阳也加入论战，与方舟子等在“新语丝”上打了一场笔仗，而“方动辄以生物学的权威自居，认为柯志阳没有资格。批评柯志阳的文章，‘新语丝’正常发表；而柯志阳的反驳文章，方舟子只愿发表加上点评的版本。”田松说。
于是，田松给方舟子写了一封信《就此别过》，表示“不愿意再与方舟子有任何私下的来往，请方不要再给他的私人信箱发送任何邮件。”
“柯志阳曾给一些被方舟子视为主流的生物学家们发过电子邮件，询问他们对一些问题的看法，结果发现方舟子常常歪曲或者修改人家的本意。”
田松说，“在此之后，方舟子在生物学方面的科普文章我也不再相信，因为他会为了支持自己的观点去选择有利的证据，夸大乃至歪曲别人的观点。”
2002年10月，江晓原、吴国盛，刘兵，刘华杰、田松等学者在上海举办第一届“科学文化研讨会”，发表《科学文化宣言》，对科学主义提出质疑。方舟子的“新语丝”很快把这份宣言称为“反科学文化宣言”，同时把这些学者称为“反科学文化人”。此后不久，他撰文把“北大科学传播中心”称为“反科学传播中心”，今年又把“北大哲学系”称为“弱智系”。
田松认为，这批科学哲学工作者和方舟子的根本差别在于对“文明”和“科学”的认识不同。“方舟子代表的是当下仍有很强惯性的工业文明精神，而不是生态文明。他强调发展、强调以人为中心，以科学为武器对自然的征服和利用，把人类的生存和幸福建立在对物质世界的控制上。”
这批学者认为，应该为科学划定一些禁区，“强调人与自然的和谐，强调自然本身的价值，强调约束人的欲望”。
方舟子表示，“从来没有认为科学是万能的”，但“中国要真正实现现代化，科学理性必须成为社会思潮的主流。我很乐意为加速这个进程助其一臂之力。”方舟子说。
刘兵教授认为，“方舟子的科学观念，符合了主流意识形态对于科学的理解，这也是他受到欢迎的原因。他的盛行和我们社会对科学的崇拜以及偏颇理解有关系。”
“三不政策”
“他行文的语气，让人觉得他似乎永远站在一个正确的立场上，他掌握真理的标尺，所以他总是在宣判。”在刘兵看来，方舟子的惯用手法是迅速把话题意识形态化。把持有不同意见的人说成是，“反科学、反政府、反人类、用心险恶”，语气不容置疑。
“他常喜欢调查对手的资格，臆测对手的动机。如果你批评他的打假缺少程序正义，他就会说你拥护学术腐败。”田松说。
在相当长一段时间里，吴国盛、刘兵等学者在媒体上发表的关于科学禁区、科学负面效应等问题的文章，方都会予以批驳，但这些学者们奉行“不理睬、不接触、不反驳”的“三不政策”。直到2005年1月，方舟子和环保人士进行“应否敬畏自然”的论争，这批学者才又不约而同加入辩论。刘兵认为云南大学演讲是方舟子的转折点，“这样的发言将影响到这些代表社会良心的环保组织的发展。”
“方舟子从来没有和我们做学术上的讨论，我们一直被方舟子作为政治上的对手。”田松说。通过“正”和“反”的简单二分，方舟子似乎永远站立在一个科学和维护科学的立场上。
曾在《探索与争鸣》上发表《方舟子现象断想》系列文章的野鹤，也曾撰文认为方舟子“宣扬强科学主义，主张树立科学的绝对权威，竭力诋毁人文学界”。这一系列文章导致了《探索与争鸣》与方舟子的对簿公堂。
多数情况下，方舟子表现得真理在握。“我刊登过几次在事实细节上的失误。”方舟子说。
采访中绝大多数的学者则认为，方不止一次在打假中造成明显的错误，“比如‘新语丝’批评刘兵翻译水平拙劣的文章，里面的例句竟然不是刘兵本人写的，而是编造的。”田松说。而“新语丝”对前南开大学校长母国光院士和中科大郭光灿院士的打假，也被不少学者认为“打错了”。
“方说，如果认为他的打假有误，可以向他提出申诉，事实上，也的确有人申诉过，但方舟子经常要加上批注，把对方继续丑化一番。比如他对汪丁丁就是这样。”田松说。
方舟子对自己的形象相当维护。“因为‘新语丝’是同仁网站”，选择刊登怎样的文章带有很强的自主性，于是绝大多数情况下，方舟子是“新语丝”上论战的最后胜利者。
田松认为，很多时候方舟子实行着双重标准：在争论生物问题上要求对方专业，而在其他学科的问题上却忘了自己不是该专业的专家。这也导致一些网友评价他喜欢搞“出身论”。
采访过程中，很多对方舟子有一定了解的学者表示不愿意接受采访。环保人士汪永晨只说一句话，“我不想对这个人做出任何评价。”
特有的“修辞手法”
即使是和方舟子发生过激烈争辩的学者也都认为，方舟子的存在有相当积极意义。薛涌这样评价他，“没有他，中国的学术腐败问题将严重得多。”
但是，他的声誉正在滑落。
他最为人诟病的是他的话语方式。“他告《探索与争鸣》，说野鹤损害他的名誉。可是方舟子以及新语丝上的文章，无论文风还是用词，你都能找到比野鹤更恶劣的。”田松说。
曾有网友根据方的文章整理出《方舟子脏话语录：一个文化流氓是这样炼成的》，文章提出方经常使用的词语包括……“鼠辈”、“弱智”、�