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刘协出任道教教主之后，立刻下了一道圣谕，道家和道教则正式分开，规定道教为大汉永久国教，但允许大汉疆域内各地少数民族信仰原生宗教，但不得信任外来教义，同时大汉子民则只能信道教，并悉数驱逐大汉疆域的浮屠教传教者。
在襄阳城，刘协成立了新的道府，他的生活地点从最初的御府和皇宫之外，增加了道府。
中央太学府正式成立，设中央道学院、中央儒学院和中央法学院，除此之外，刘协增设了中央理学府，对于理的定义，刘协将道和理并称为“道理”，“理”是道的延伸，道是宏观的律，而理是客观的、实在的律，道的无限延伸称之为理，理的无限统筹称之为道。
一个简单的“道”和“理”字涵盖了人类文明的所有范畴，所有哲学思想和具体宇宙运作规律都毫无遗漏的归于“道”和“理”，这就是道家的精髓，也是中华文明的精髓，他可以吸纳一切正确的知识，只要是属于“道”和“理”的范畴，实际上这个世界所知的一切和不所知的一切都可以用这两个字来归纳，无论是深邃的数学，还是艰深的物理，无论是直观的，还是隐含的，它们都存在于这两个字中。
在多年推崇道家思想的基础上，中央理学院的存在终于有了它的意义，而这个中央理学院将是炎黄子孙正式系统研究追寻世界真相和真理的开始，无论是大汉新兴的地理学、生物学，还是传承多年的冶金，夹杂神仙方士色彩的丹学都在理学院找到了自己的位置。
在中央太学府成立后，因为战乱而停止的襄阳盛会再一次召开，百家讲坛也重新点燃，刘协也修改了襄阳盛会召开周期，襄阳盛会定为每九年召开一次，而百家讲坛则保持三年召开一次。
大汉各地知名学者在参加襄阳盛会之时，开始被邀请参加中央太学府关于三家融合的讨论，这是一场漫无边际的讨论，刘协甚至不打算在自己有生之年看到结果，但他明白，只要太学府存在，这场讨论就会继续下去，迟早有一天，遵守旧礼的儒家能够被追寻新规律的法家所同化，而中立的道家就是两者最好的润滑剂。
虽然三家统一的步伐没有走的很迅速，也许还需要几百年，但在这次讨论中，大汉的学者在双重皇帝刘协的引导下，向刘协主导的道家妥协了。
儒家在尊老的同时，承认人存在的双重意义，传承是儒家思想的精髓，他们无法否认，寻道是道家思想的精髓，他们也不敢否认其正确性，当两种思想结合在一起，人存在的意义就完全被解释清晰，这也是大汉国教——道教的基本教义。
道教终究是宗教，而宗教和哲学存在的共同起始点就是解决人为何而存在，远古的人类和贤哲们，仰望着苍天，浩瀚的星空让他们疑惑，让他们感到孤独和渺小，于是他们开始询问自己为何而存在，自此为起始，这个世界出现了宗教和哲学来不停的解答这个问题而大汉道教给与信徒的答案就是人之大义就是神赋予人的使命，大汉儒家给与人们人之大义之一，大汉道家给与人们人之大义之二。
法家的哲学根基和道家是相通的，这和荀子通老子之道，而韩非子师荀子有莫大关系，实际上法家的诞生只是给了统治阶层一个答案，那就是如何管理世界，它的哲学根基却在于老子的“道”思想，法家在法与时进的论证上都取决于道家“恒变”和“恒不变”之辨。
刘协同时在襄阳学府增加了襄阳理学院，并将襄阳工院一分为三，一部分并入襄阳学府，改称襄阳工学院，在襄阳工学院运作了多年之后，它正式带着眩目的光辉进入了襄阳学府，虽然还是非常多的反对之音，但胡昭身为襄阳学府总祭，却给与了最强力的支持。
实际上襄阳工学院为大汉做出的贡献也为襄阳工学院并入襄阳学府省去了很多麻烦，从五湖策的细节研究到大汉各州区域农业研究，从黄河上游河套地区治理到西宁道设计，以及数百座城池的设计，数百个水利工程的设计，是它的光环，襄阳学府已经没有一个学院有资格和它相提并论，在它的面前，所有令襄阳学府人自豪的华丽辞藻诗歌都变得毫无用处，而它依然那么实用，它的价值一次次冲击传统学子歧视工学院的内心。
第二部分并入水镜学府，水镜学府本来就是一所讲究实用的学府，在工学院没有并入之前，司马徵的杂学就包含了大量的工学院知识，他是举双手赞成。
由于太学府的成立，水镜学府也变得很尴尬，她意识到自己不再是大汉学术中心，其次是大量的朝廷资金投入，使得水镜学府再也不属于私学，司马徵也不打算再用水镜学府来命名这所学府。
刘协没有采纳司马徵的意见，他已经习惯了水镜学府的称谓，并且他不喜欢襄阳城只有一所知名学府，他安慰司马徵，告诉他水镜学府会得到更多的支持，但司马徵执意要改，他是一个执著而有自尊的老人，他不希望一个国立学府用自己名号来命名。
刘协没有办法，只能取其中一个水字，改水镜学府为长江学府，并亲自拜访司马徵，希望他能留在长江学府，将长江学府在襄阳工学院的基础上走向一所非常实用的学府，他太担心司马徵会在水镜学府改成长江学府后，司马徵会另起炉灶开一所私学。
被料中心思的司马徵没有更好的办法，只能继续留在长江学府担任总祭，并且按照刘协的意思，努力将自己的杂学发挥到极致，和襄阳学府的矜持不一样，长江学府在司马徵的喜好中，非常重的倾向了实用的理工学科，而襄阳学府则继续保持了自己在文学、艺术、医学方面的领先。
这就是刘协所需要的，两家大汉最顶尖的学府呈现不一样的色彩，而他不偏不倚的站在中间，炎黄民族需要在理工上取得长足进步，但在文化上也不能落后，襄阳学府和长江学府就是最好的发动机，他们牵引着大汉的学子走向两个巅峰。
襄阳工学院的第三部分则独立成新的襄阳理工学府，刘协并不希望襄阳工学院就此消失，一个大汉理学的种子，他有足够的理由独立发展成一棵参天大树，而金陵学府、重庆学府、长安学府和洛阳学府则依次得到小部分襄阳工学院的师资力量，成立自己的工学院和理学院。
当北方朝廷根本不构成威胁的时候，刘协让胡昭公开进行财经学的诠释和讲解，并由对财经道有更深了解的蒋琬写两本财经专著——《财经要略》、《税论》。
刘协忙里抽闲的写了两本新书——《管筹》和《组织》，但这两本书各自只有数万字，只印了三千册，在朝廷重要官员和将领之间流传。在这两本书籍中，刘协将管理学中管理和统筹两个概念提出来，将组织学的分工和组合概念提出来，虽然故意没有对此多加讨论，但还是点明朝廷管理和统筹的职能，不论是治略府，还是统帅府，或者是军队中的一个营，他们都是组织，是人按照系统的要求进行组合的结果，它就有系统的规则，即道。
同样，在刘协的引导下，襄阳理工学院的几十名学者合力完成了《草本经》、《禽释》、《兽释》和《虫释》，在《虫释》中，学者们严格区别了虫和兽之间的区别，使之不再混乱。
令刘协头痛的是物理学和化学的发展，自己也不太清楚的该怎么去引导了，他不得不承认自己是一个化学白痴，也许根本不要再去引导，他明白自己做的已经够多了，此后的事情应该依靠学者们，他能做的就是让他们有发现道的欲望，摆脱儒家守旧思想和轻视理工的困扰。
为了近一步鼓励学者的创新精神和探险精神，刘协正式将理工类也划入士子的评定范围，改学子、学士、学者、博士、大贤五级评称为学子、学士、学者、博士、院士五级评称，并制定论文制，将论文分为十二个分级，每种都有不同加分，根据总分定评称，其中尤其发现新理的论文为分最高者，而这样的论文必须得到太学府的认可才可以认定有效。郡学可以完成学子到学士的申报评审，州学可以完成学士到学者的申报评审，国立学府则可以完成学者到博士的申报评审，太学府完成院士资格的申报评审，一旦通过院士资格，即可成为中央太学府成员。
士子的年俸也进行更改，理工类士子年俸一律增长三成，尤其学者及以上级�