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检查这些遗体的结果，发现了特殊的杆状细菌群（也就是Bacillus）。而且，研究结果还发现，这种Bacillus寄生在人类的血液中的话就能够使宿主的生命力大幅提高。
而在之前被小心保存起来的高等知性体的尸体身上，更是发现了Bacillus的变种——十字型的细菌群。
该细菌群的发现者，塞思·奈特罗德将这种能够破坏宿主红血球的杆状细菌群命名为“溶血性杆状细菌群”（バチルスクドラク——Bacilluskudlak），意为在地球的传说里登场的吸血鬼的名字，并将另一种特殊的高等细菌群命名为“十字形杆状细菌群”（バチルスクル攻衰狟acillusKresnik）。同时，马上将クドラク进行了培养，并成功实现了栽株。而Kresnik一方则屡遭失败，由于怎么都无法使其增长而最终放弃培植。
在发现这个的同时，该隐·奈特罗德和另一名殖民者在作业中遭遇事故而受了重伤（据说该隐是在移民们之间因为争夺细菌而产生的纠纷中为了保护亚伯所致）。塞思为了延长他们的生命而给他们移植了Kresnik。但结果两人都出现了抗拒反应。结果，两人都一度死亡，但不知什么原因，只有该隐在死亡以后复活了（这时候，该隐和Kresnik的精神融合已经开始了）。该隐的复活，最终明确了Bacillus戏剧般的效果（确认了其对宿主有延命效果以及增强生命技能的效果）。
接下来负责人们开始了往殖民者们身上的移植实验。但是，不知道什么原因，Kresnik在移植的时候对于亚伯以及塞思这样的试管婴儿以外的一般人都产生了抗拒反应。为此，Kresnik的植株被冷冻保存起来后封印，而Bacillus由于能够顺利移植到一般的移民者身上，因此只有Bacillus被培养起来移植到了移民者身上。
围绕着梦幻般的微型机械以及搭载了外星人的超前技术的“方舟”，殖民团内部发生了激烈的内乱。参加殖民团的成员都为了各自国家或民族的利益都暗自策划夺取“方舟”和病菌的控制权。但是，这些争斗给预定返回地球的宇宙船的控制系统带来了很大的损害，不用说归还地球，就连接通和地球间的联络都不可能。
AD2124
为了独占“方舟”和病菌，地球上也发生了最终战争（之后被称为大灾难）。火星殖民团无法再获得来自地球的援助而被孤立在了宇宙之中。
移民们导入了外星人飞船的技术，开始修理受损的移民船。移民船的外表采用的是附近小行星带的构成外形。引擎是利用地球技术制造的，而控制系统运用的是外星人宇宙船“方舟”本体所载的。因此，这艘船之后被正式称为“方舟”。
AD2200左右
火星殖民团开始归还。面对地球上荒芜的情形，他们也受到了相当的打击，并决定协助同胞们进行复兴工作。他们选择了污染情况相对比较轻微的欧洲地区降落。方舟则滞留在建造在非洲鲁文佐里山上方连接的卫星轨道上，作为控制中心兼资源的供给处而使用着。
然而回到地球之后，被移植在殖民团身上的Bacilluskudlak突然发生了变异。由于紫外线的照射引起了异常活动，而且红血球的消费量也上升到数百倍以上。再加上由于贫血症引起了强烈的吸血冲动，使得文明开始退化的地球人畏惧地将他们称为了“吸血鬼”。而突然变异后的归还者之间也发生了大混乱，由于没有有效手段进行处理，他们开始袭击地球人，造成了地球人失血死亡。另外，强制要求地球人献血也适得误会更加严重。（这时候，地球的文明水平已经退化到中世纪的水平左右，而移民团内的火星新生代们也对这样的地球人产生了轻蔑感，并将他们称为“猴子”。）
AD2210左右
归还者和地球人之间开始了正式的纷争。
为了拯救自己的归还者同伴（之前莉莉丝率领着的志愿者支援团遭到了陷入恐怖状态中的地球人们的袭击。等到亚伯赶到后，莉莉丝已经身负重伤，其他团员则被钉死在了木桩上。愤怒的亚伯虐杀了那些加害者。）以及制压地球人方面的反乱分子，奈特罗德三兄妹利用自身的Kresnik的战斗力以及方舟上的超前技术，以百万为单位杀戮着地球人。
莉莉丝虽然进行了说得工作，但毫无效果。最终忍无可忍的莉莉丝决定站在地球人方面对抗奈特罗德三兄弟。她假装对三兄妹恭顺，将Kresnik移植到了自己的身上，成为了“Kresnik04”。
AD2215左右
一直等待着时机的莉莉丝，带着归还者内的和平派离开了方舟，与地球方面唯一的抵抗组织——泛国家机关梵蒂冈展开了接触，并给予了当时的教皇格里高利二十世关于知识，技术和资材等方面的支援，成功地实现了人类的再团结。离开时，莉莉丝将“方舟”的控制中枢的一部分进行了程序保护，并将解除密码设定为了自己的遗传因子。
以下是归还者中的和平派加入了地球人的抵抗运动的一些活动，之后被教皇厅如此称呼……
1：莉莉丝与格里高利的邂逅——“圣女降临”。
2：阿历克斯·内夫谢伊尔（アレクシオス·ネヴシェヒ搿狝lexios·Nevsehir）率领的莉莉丝军在巴黎近郊与三兄妹的军队大战并获得大胜——“卢浮之战”。
3：在布达佩斯，莉莉丝军在伊斯坦，卡塔尔两地开始电力供给——“圣伊斯坦，玛娜降临在百姓之中”。
战斗中，亚伯一度战败成为了俘虏，莉莉丝趁此机会带着亚伯在荒芜的地球四处巡视，让他亲眼目睹了地球上的惨状。之后就将他释放了。
AD2220左右
和Kresnik精神融合的该隐，暗中决心将地上完全消灭。于是对弟弟和妹妹撒慌说“这是为了人类的长远”来劝说他们协助自己。（“我ら、炎によりて世界を更新せん”——“我们要用火炎更新世界”就是该思想的口号化）。
该隐向莉莉丝传达了“是时候该探索和平的可能性了”的意思，四人再度聚集在一起，在方舟内部开始投票讨论议和会议。其中塞思投了反对票，亚伯弃权，该隐和莉莉丝投了赞成。会议结束后，该隐将莉莉丝骗进小房间。在里面他和为了自卫而起动了Kresnik的莉莉丝展开了激烈的战斗，最终杀害了她（目的是吸收莉莉丝体内的Kresnik），但自己也身负重伤。
看到了莉莉丝的遗体后，愤怒的亚伯向该隐发动了攻击，并活生生地将其下放到了大气圈内。之后，该隐下落不明。
莉莉丝的死终于使亚伯领悟到了自己的罪过（杀戮了大量的地球人）。由于没能从该隐手中保护好莉莉丝而永远失去了她的亚伯陷入了狂乱状态，他不顾塞思的制止在方舟内部大肆破坏，使其机能基本停止了。
亚伯抱着莉莉丝的遗体降落到了地球上，被梵蒂冈所保护起来。之后，为了守护她的遗体，900年不曾走出罗马的地下墓地。
归还者们由于失去了奈特罗德三兄妹的指挥而失去了统率性，在地上被个个击破。
神学大全 启示录（命运未来的方向）
rom7中异端申问局刺杀阿尔比恩女王爱丝缇未遂，反而误杀了挺身保护她的教皇亚历山大，主谋弗朗西斯科趁机将责任推到阿尔比恩一方，自己继任教皇，并首先就以串通帝国之名整倒了卡特琳娜。Ax被解散，完全失势而且失去了亚伯的卡特琳娜夙愿不能实现，患上了被视为不治之症的胶原病，从此一病不起，无法再参与世事。弗朗西斯科在所有障碍都排除后，向帝国发动了十字军东征，战争中弗朗西斯科动用了核弹，一举摧毁了帝国第二大都市提米索拉，第二枚就对准了拜占庭。面对这种局面，塞思只好解开了〃方舟〃其中一部分力量，毁灭了教廷的军事基地（像悲叹之星那样的卫星轨道爆破）。
但这个时候，该隐出现，他企图将〃方舟〃的封印全部展开，使它撞击地球掀起又一场大灭绝……首先他又用卫星炮炸毁了罗马，新教皇弗朗西斯科死于非命，卡特琳娜却因为被驱逐养病而幸免于难。亚伯潜入帝国试图挽救事态，但在那里的塞思却为了阻止该隐而死。又一次失去亲人