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总统制度中华民国政府实行总统集权制。总统既是国家元首，又是军政首脑，依法行使缔结条约、宣战媾和、公布法律、发布命令、任免文武官吏、授予荣典等项职权，并统率全国陆海空军，拥有宣布戒严权和紧急命令权。
总统府是总统依法行使职权的机关。总统府设资政15 人，秘书长、副秘书长、典玺官、参军长各1 人，参议、秘书、参事、编审、参军、专门委员若干人。内设文书、政务、军务、典礼、印铸、总务6 局，其中第一、二、五局由秘书长领导，第三、四、六局由参军长领导。另设机要室、侍卫室、统计室、人事处、会计处、警卫队、军乐队、消防队。由于总统直接任免简任职以上文官和上校以上武官，而荐任职以上文官和上尉以上武官也由五院院长或总统府秘书长、参军长呈请总统批准任免，所以总统府人事处兼管全国各类人才的调查、考核与登记。总统府设立后，原归国民政府直辖的国立中央研究院、国史馆、国父陵园管理委员会、战略顾问委员会、稽勋委员会、“勘乱建国动员委员会”改隶总统府，政务官惩戒委员会、国民大会筹备委员会、国民大会代表选举总事务所撤销。总统府的正式编制为946 人，加上工人及杂役达1500 多人。
在总统制下，立法院在名义上仍是国家最高立法机关。依照宪法，立法院应由人民选举立法委员组成，有议决法律案、预算案、戒严案、大赦案、宣战案、媾和案、条约案及其他重要国际事项的权力。立法委员的名额分配如下：人口在300 万以下的省和院辖市各选出5 人，人口超过300 万者，每增加100 万增选1 人；蒙古各盟旗选出22 人，西藏选出15 人；蒙古、西藏以外的边疆民族地区选出6 人；国外华侨选出19 人；职业团体选出84人。除现行犯外，非经立法院同意，司法机关不得逮捕或拘禁立法委员。立法委员任期3 年，连选得连任。立法院设院长、副院长各1 人，由立法委员互选产生；立法院正副院长和委员合组立法院会议，以院长为主席，每年召集两次。立法院下设内政及地方自治、外交、国防、经济及资源、财政金融、预算、教育文化、农林及水利、交通、社会、劳工、地政、卫生、边政、侨务、海事、粮政、民法、刑法、商事法、法制等21 个委员会。每个委员会设专职委员1 至3 人，委员若干人，由立法委员分任。1948 年5 月8 日，新的立法院成立，有立法委员773 人，孙科任立法院院长。
在总统制下，行政院有条件地对立法院负责。行政院院长由总统提名、经立法院同意任命；在立法院休会期间，行政院院长辞职或出缺时，由行政院副院长代理其职务，但总统须于40 日内咨请立法院召集会议，提出行政院院长人选征求同意；行政院副院长、各部各委员会首长及不管部会的政务委员，由行政院院长提请总统任命。行政院有向立法院提出施政方针的责任，立法委员在开会时，有向行政院院长及行政院各部、各委员会首长质询的权力。行政院下设内政、外交、国防、财政、教育、司法行政、农林、工商、交通、社会、水利、地政、卫生、粮食、主计15 部和资源、蒙藏、侨务3 个委员会及新闻局。行政院各部、各委员会首长均为政务委员，另设不管部会的政务委员5 至7 人。行政院正副院长和政务委员合组行政院会议，以院长为主席，议决拟提交立法院的法律案、预算案、戒严案、大赦案、宣战案、媾和案、条约案及其他重要国际事项。在每个会计年度开始前3 个月，行政院应将下个年度预算案提交立法院；并于每个会计年度结束后4 个月内，向监察院提出决算。1948 年6 月1 日，行政院改组成立，有政务委员23人，翁文灏任行政院院长。
在总统制下，司法院是国家最高司法机关。司法院掌管民事、刑事、行政诉讼的审判及公务员的惩戒，负责解释宪法，并有统一解释法律及命令的职权。司法院设院长、副院长各1 人，大法官17 人，均由总统提名、经监察院同意任命。司法院设大法官会议，由大法官组成，以院长为主席，行使解释宪法并统一解释法律及命令的职权。司法院下设最高法院、行政法院、公务员惩戒委员会、特种刑事法庭。特种刑事法庭是依据1947 年12 月23日颁布实施的《“勘乱”时期危害国家紧急治罪条例》设立的审判机构，负责审判该条例认定的支持“匪徒”、妨害“戡乱”案件。特种刑事法庭分为中央和高等两种。高等特种刑事法庭分设于上海、北平、汉口、广州等地，负责初审案件；中央特种刑事法庭设于南京，负责复判案件。1948 年7月24 日，司法院改组成立，王宠惠任司法院院长。
在总统制下，考试院是国家最高考试机关。考试院掌管考试、任用、铨叙、考绩、级俸、升迁、保障、褒奖、抚恤、退休、养老等事项，并有权就所掌管事项向立法院提出法律案。考试院设院长、副院长各1 人，考试委员19 人，均由总统提名、经监察院同意任命。考试院下设考选部和铨叙部。1948年7 月17 日，考试院通过《考试法》。规定：公务人员任用资格考试和专门技术人员执业资格考试分为普通考试、高等考试两种，遇有特殊情形时，可举行特种考试；凡公立或立案私立中等学校毕业者、经普通检定考试及格者可参加普通考试，凡公立或立案私立专科以上学校毕业者、经高等检定考试及格者可参加高等考试；考试以笔试、口试、测验或实地考试方式进行，考试合格者由考试院发给证书。7 月24 日，考试院改组成立，张伯苓任考试院院长。
在总统制下，监察院是国家最高监察机关。监察院依法行使同意、弹劾、纠举、审计权。监察委员的名额分配如下：每省选出5 人，每直辖市选出2人，蒙古各盟旗选出8 人，西藏选出8 人，国外华侨选出8 人。监察委员不得兼任其他公职或执行业务，任期6 年，连选得连任。监察院设院长、副院长各1 人，由监察委员互选产生；监察院正副院长和委员合组监察院会议，以院长为主席，行使各项职权。监察院行使同意权时，须有出席委员过半数的赞同方能通过；监察院对于中央及地方各级公务人员认为有失职或违法情形时，可提出纠举案或弹劾案，其中弹劾案的提出须有监察委员1 人以上提议、9 人以上审查通过；监察院对于总统、副总统提出弹劾案，须有全体监察委员四分之一以上提议、全体监察委员过半数审查通过，始得向国民大会提出。监察院下设若干委员会和审计部。各委员会分别负责监察行政院及其各部、各委员会的工作，如有违法失职情形，经调查核实后可提出纠举案，由监察院移送行政院，促其改正。审计部设审计长1 人，由总统提名、经立法院同意任命。行政院向监察院提出决算后，审计长应在3 个月内依法完成审计，并向立法院提交审核报告。1948 年6 月5 日，新的监察院成立，共有监察委员223 人，于右任继续担任监察院院长。
按照《中华民国宪法》，中央与地方分权，地方实行自治。但是直到国民党统治在大陆结束以前，没有一个省或市县实施了地方自治。根据1947年至1948 年江苏省、上海市及江苏省各县组织系统表，地方政府的机构设置大致如下：省设省政府委员会，有委员7 至11 人，内设主席1 人；省政府设民政厅、财政厅、教育厅、建设厅和秘书处、会计处、人事处、田赋粮食管理处及地政局、统计室，并辖设计考核委员会、县长检定委员会、省辖市、各区行政督察专员公署、省地方行政干部训练团、全省保安司令部及新闻处。市设市政府，置市长1 人，综理全市事务；市政府设民政、财政、警察、社会、教育、工务、公用、卫生、地政9 局和秘书、调查、总务、统计、会计、人事6 处及参事室，并辖市银行、通志馆、新闻处。县设县政府，置县长1 人，受省政府监督办理全县自治，并指挥执行中央及省政府委办事项；县政府设第一至第五科及教育局、田粮处、秘书室、会计室、地籍整理处，并辖县政设计考核委员会、公款管理委员会、地方行政干部训练所、司法处检察官、税捐稽征处、救济院、卫生院、县警察局、农业推广所、电话交换所及各区署。
中华民国政府的成立，没能挽救国民党统治的危机。1948 年11 月26 日，翁文灏辞职。27 日�