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命令掌理各项事务；行署经费由省政府核定，从省库中拨付。此后，战区各省在未沦陷的地区设立了一些行署。
1939 年9 月19 日，国民政府颁布实施《县各级组织纲要》，实行新县制。新县制的特点是合保甲、自治与军事化管理为一体，主要内容是：（1）改变县级行政机构，扩大县长的职权。新县制重申裁局改科，撤销公安局、财政局、教育局、建设局，改设民政、财政、教育、建设、地政、军事、社会等科。设科的多少，由省政府依县的等次自行决定，报内政部备案。新县制规定“县为法人”，“为地方自治单位”。县的财政有固定的税源，由县政府统筹统支。县长在办理全县自治事项时受省政府监督，但不受其指挥。（2）简化基层政权的层次，加强对基层社会的控制。新县制将县、区、乡（镇）三级简化为县和乡（镇）两级，面积过大或情形特殊的地方可设区署，但区署只代表县政府监督指导各乡（镇）办理行政事务及自治事项，不构成一级政权。乡（镇）以下实行“管、教、养、卫”合一。乡（镇）公所设民政、警卫、文化、经济等股，各股主任由副乡（镇）长、乡（镇）国民兵队队副及中心学校教员担任；保办事处设民政、警卫、文化、经济干事，由副保长、保国民兵队队副及国民学校教员充任。（3）设立县参议会，作为县级“民意代表机关”。县参议会由每个乡（镇）民代表选举产生的议员1 人，和从依法成立的职业团体中选举产生的议员若干人（不得超过总额的30％）共同组成。参议员任期2 年，连选得连任。县参议会每3 个月开会一次，会期3 至7 天。县参议会有权议决县预算与审核县决算、县单行规章、县税、县公债及增加县库负担事项、县有财产的经营和处分事项，有权建议县政兴革、听取县政府施政报告、接受人民请愿，但不选举县长。（4）普遍推行保甲制度，实行军事化管理。新县制规定人必归户、户必归甲、甲必归保，所有民众都要编入保甲组织，其中18 至45 岁男子编入国民兵队，接受军事训练。县设国民兵司令部，县长兼任司令；区和乡（镇）设国民兵队，区长及乡（镇）长兼任队长。1940 年1 月1 日，国民政府通令各省一律改行新县制。由于缺乏各项专门人才和经费，新县制的实施步履艰难。1943 年11 月16 日，行政院会议作出限期成立县参议会的决定。1944 年，各县比较普遍地设立了参议会或临时参议会。
抗战后的新行政区划及机构抗日战争胜利以后，长期遭受日本侵占的东北地区和台湾省回到祖国怀抱。1945 年8 月29 日，国民政府任命陈仪为台湾省行政长官。10 月2 日，台湾省行政长官公署在台北设立。17 日，中国军队登上台湾岛。25 日，驻守台湾的侵华日军代表安藤利吉向陈仪递交投降书。同日，陈仪发表广播讲话，郑重宣告：自即日起，台湾及澎湖列岛已正式重入中国版图，所有一切土地、人民、政事皆已置于中国主权之下。1945 年9 月4 日，国民政府将辽宁省分为辽宁、安东、辽东三省，将吉林省分为吉林、松江、合江三省，将黑龙江省分为黑龙江、嫩江、兴安三省，分别任命了各省政府主席。1947 年4 月22 日，行政院撤销台湾省行政长官公署，改设台湾省政府。6 月1 日，海南岛设立特别行政区。5 日，国民政府公布新的行政区划。全国共有35 个省、12 个院辖市、57 个省辖市、209 个行政督察区、2016 个县、40 个设治局、1 个特别行政区、1 个特别地方①。新增加的院辖市包括哈尔滨市、大连市、沈阳市、汉口市、广州市、西安市。
少数民族地区的特殊管理制度对于少数民族聚居地区，国民政府实行特殊的管理制度。在中央，国民政府设立了蒙藏委员会，专门管理蒙古和西藏事务。蒙藏委员会设委员长、副委员长各1 人，委员15 人。在地方，蒙藏委员会在北平设立办事处，在海拉尔、洮南、赤峰、张家口、包头、西宁、打箭炉、库伦、恰克图、乌里雅苏台、科布多、唐努乌梁海、阿尔泰、塔城、伊犁、拉萨、扎什伦布派驻专员。专员秉承蒙藏委员会的指挥监督，负责宣达中央政情、查报蒙藏情形、传递往来公文、照料公务人员等。广义的蒙古包括外蒙古。在南京国民政府① 参见国民政府内政部编辑《中华民国行政区域简表》，商务印书馆1947 年版，第4 页。成立以前，蒙古人民共和国已经成立，但中国政府没有承认外蒙古的独立。1945 年8 月14 日，中国政府与苏联政府签订《中苏友好同盟条约》及其附件。中国政府同意于抗战胜利后，在外蒙古举行公民投票，如民意赞成独立，则中国承认外蒙古独立。1946 年1 月5 日，国民政府发表了关于外蒙古问题的公告。对于西藏，国民政府进行着有效的统治。1931 年5 月国民会议召开时，第十三世达赖喇嘛和第九世班禅额尔德尼均派代表参加。这次会议通过的《中华民国训政时期约法》明确宣布：西藏是中华民国领土。1933 年12月17 日，第十三世达赖喇嘛圆寂，藏中事务暂由司伦、噶厦负责。西藏地方政府按照惯例，立即呈报中央政府。国民政府追赠达赖喇嘛为“护国弘化普慈圆觉大师”，并派蒙藏委员会委员长黄慕松为专使前往拉萨致祭。1934年1 月，西藏司伦、噶厦及僧俗官民大会推举热振呼图克图为总摄政，掌握西藏政教大权，并向中央政府呈报。2 月6 日，国民政府批准热振代摄达赖职权。对于寻觅转世灵童应遵循的办法，西藏地方政府也按照规定一一呈报中央政府。1940 年2 月5 日，国民政府册封拉木登珠为第十四世达赖喇嘛。22 日，蒙藏委员会委员长吴忠信在拉萨布达拉宫主持了第十四世达赖喇嘛的坐床典礼。4 月，蒙藏委员会在拉萨设立驻藏办事处，作为中央政府在西藏的常设机构。1937 年12 月1 日，第九世班禅额尔德尼在青海玉树圆寂。1946年底，班禅堪布会议厅确定宫保慈丹为转世灵童，呈报中央政府。1949 年6月3 日，中央政府批准宫保慈丹为第九世班禅额尔德尼转世。8 月10 日，蒙藏委员会委员长关吉玉在青海塔尔寺主持了第十世班禅额尔德尼的坐床典礼。
第八节国民大会和总统制度国民大会依照孙中山手订的《国民政府建国大纲》，国民大会是国家最高权力机关。国民大会有权制定并颁布宪法，宪法颁布之后，中央统治权归于国民大会行使；国民大会对于中央政府官员有选举权、罢免权，对于中央法律有创制权、复决权。然而，1946 年由国民党一党包办制定的《中华民国宪法》却规定，国民大会只有选举总统、副总统，罢免总统、副总统，修改宪法，复决立法院所提宪法修正案的权力，实际上成了选举总统的“民意机关”。国民大会应由选举产生的“国大代表”组成。按照宪法，代表名额分配如下：每县市及其同等区域各选代表1 人，其中人口超过50 万者，每超过50 万人，增选代表1 人；蒙古每盟选出代表4 人，各特别旗每旗选出代表1人，共57 人；西藏选出代表40 人；边疆地区其他少数民族选出代表17 人；侨居国外的国民选出代表65 人；职业团体选出代表450 人；妇女团体选出代表168 人；内地生活习惯特殊国民选出代表10 人。国民大会代表每6 年改选一次，代表任期至下届大会开会时为止；国民大会在每届总统任满前90日集会，由总统召集。实际上，“国大代表”主要由国民党指定或圈选产生，成分以国民党为主。国民党统治时期，只召集了两次“国民大会”，一次制定宪法，一次选举总统。“制宪国大”开会时出席大会的代表有1355 人，“行宪国大”开会时出席大会的代表有2841 人。
1948 年3 月29 日至5 月1 日，国民政府在南京召集“行宪国大”，选举蒋介石为中华民国总统。5 月19 日，国民政府宣布撤销国民政府主席行辕，将东北行辕归并于“东北剿匪总司令部”、北平行辕归并于“华北剿匪总司令部”，将武汉、重庆、西北、广州行辕改组为“绥靖主任公署”。20 日，蒋介石宣誓就职。从此，南京国民政府改称中华民国政府，国民政府主席被中华民国总统所取代。
总统制度中华民国政府实行总统集权制。总统既是国家元首，又是军政首脑，依法行使缔结条约、宣战媾和、公布法律、发布命令、任免文武官吏、授予荣典等项职�