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⑽寮啪涣斫髂细魇〔慷颖辔母鲈け妇媸碧虻髑病�22 日，军事委员会发布命令，将红军改编为国民革命军第八路军。25 日，朱德、彭德怀就任第八路军正副总指挥，下辖3 个师。9 月11日，第八路军改称第十八集团军，隶属于第二战区。17 日，军事委员会划津浦路北段为第六战区，以冯玉祥为司令长官。10 月2 日，军事委员会又发布命令，将留在南方八省的共产党游击队改编为陆军新编第四军。26 日，增设第七战区，以刘湘为司令长官，下辖第八、十五、二十三集团军，在长江下游沿岸布防。
为了适应战时需要，军事委员会于1937 年9 月8 日进行改组。改组后的军事委员会下设第一部（负责作战）、第二部（负责政略）、第三部（负责国防工业）、第四部（负责国防经济）、第五部（负责国际宣传）、第六部（负责民众训练）、后方勤务部、卫生勤务部及国家总动员设计委员会。9 月17 日，增设军法执行总监部和农产、工矿、贸易3 个调整委员会。11月16 日，撤销第二部、第五部，国民党中央组织部、宣传部、民众训练部划归军事委员会指挥。1938 年1 月，军事委员会调整直属机构：国民党中央组织部、宣传部、民众训练部脱离军事委员会管辖，原属国民政府的参谋本部、训练总监部、军事参议院划归军事委员会管辖；参谋本部与第一部合并为军令部，训练总监部改称军训部；增设政治部，第六部并入政治部；撤销第三部、第四部；农产、工矿调整委员会改隶经济部，贸易调整委员会改隶财政部。2 月6 日，政治部成立。政治部掌管陆海空军的政治训练、抗战宣传及政治情报，兼管国民军训、民众组训和战地服务，设部长1 人、副部长2 人、指导委员若干人，陈诚任部长，共产党员周恩来、第三党的黄琪翔任副部长。经过调整，军事委员会不再兼管党政事务，而专注于军事指挥。军事委员会随即重新划分了战区。第一战区，司令长官为程潜，在平汉路作战；第二战区，司令长官为阎锡山，在山西作战；第三战区，司令长官为顾祝同，在苏浙作战；第四战区，司令长官为何应钦，在粤桂作战；第五战区，司令长官为李宗仁，在津浦路作战；第六、第七战区撤销，增设第八战区，司令长官由蒋介石兼，守备甘宁青地区。6 月14 日，增设第九战区，以陈诚为司令长官，组织武汉保卫战。
抗日战争初期，军事委员会对陆海空军分别进行了整建。战前国民政府所属陆军共有49 个军，下辖步兵182 个师又46 个独立旅、骑兵9 个师又4个独立旅、炮兵4 个旅又20 个独立团，总兵力170 万人①。抗战开始后，红军和广东、广西、云南、四川省地方部队相继接受改编，总兵力达到200 万人。海军在战前有舰艇74 艘，编为3 个舰队，总排水量为59015 吨②。到1937① 蒋纬国主编：《国民革命战史第三部：抗日御侮》第1 卷第122 页、第3 卷，台湾黎明文化事业公司1979年版，第108—112 页。
② 蒋纬国主编：《国民革命战史第三部：抗日御侮》第1 卷第122 页、第3 卷，台湾黎明文化事业公司1979 年版，第108—112 页。
年12 月止，或为日军飞机炸毁，或为作战需要阻塞航道，或为战况所迫自行凿沉，已损失舰艇25 艘。1938 年1 月，海军部撤销，海军的三个舰队缩编为两个舰队，另设两个海军陆战队独立旅及练习营、鱼雷营、特务营、布雷营。“七七”事变以前，全国航空委员会共有各类飞机314 架，编为9 个大队①。为指挥空军作战，军事委员会曾设立空军前敌总指挥部。1938 年3月，空军前敌总指挥部撤销，改设空军第一、二、三路司令部，同时将原有的空军第一军区司令部改组为空军第四路司令部。5 月，增设轰炸、驱逐两个总队。
为了及时补充兵员和稳定后方统治，1938 年军事委员会在河南、安徽、江西、福建、广东、湖南、四川、湖北、陕西、浙江、贵州、广西等省分别建立军管区，下辖若干师、团管区，由各省的省政府主席兼任军管区司令，实行军事管制。1 月，湖北军管区率先成立。到1938 年底，已设军管区12个、师管区35 个、团管区133 个。
抗日战争进入相持阶段以后，1938 年11 月军令部在南岳召集军事会议。会议决定撤销广州、重庆、西安行营，增设直属于军事委员会的战地党政委员会，并根据战局变化对战区进行了调整。第一战区，辖河南及安徽一部，司令长官为卫立煌；第二战区，辖山西及陕西一部，司令长官为阎锡山；第三战区，辖苏南、皖南及浙闽两省，司令长官为顾祝同；第四战区，辖广东、广西两省，司令长官为张发奎；第五战区，辖皖西、鄂北及豫南，司令长官为李宗仁；第八战区，辖甘宁青及绥远一部，司令长官为朱绍良；第九战区，辖鄂南及湘赣两省，司令长官为陈诚（由薛岳代理）；第十战区，辖陕西省，司令长官为蒋鼎文；另设鲁苏战区、冀察战区，分别以于学忠、鹿钟麟为总司令。因南北战区相距数千里，难于统一指挥，1938 年12 月，军事委员会设立桂林行营、天水行营，分任西南、西北各战区的作战指挥。桂林行营统辖第三、四、九战区，天水行营统辖第一、二、五、八、十战区及鲁苏、冀察战区。1939 年2 月，撤销重庆行营，改在成都及西昌设立行辕。10 月，恢复设置第六战区，以陈诚为司令长官。12 月，增设昆明行营。1940 年4月，撤销桂林行营、天水行营。5 月15 日，撤销第十战区。1941 年9 月，军事委员会废除团管区。到1942 年底，共设军管区16 个、师管区112 个。太平洋战争的爆发，使中国单独坚持了4 年多的抗日战争演变为中、美、英、荷、澳等国的联合对日作战。根据美英参谋长联席会议的建议，同盟国决定在中国、泰国、越南和缅甸北部地区组建中国战区统帅部。1942 年1 月3 日，蒋介石就任中国战区盟军最高统帅。3 月4 日，美国陆军中将史迪威到达重庆，就任中国战区盟军参谋长和中缅印战区美军指挥官。在缅甸，中、美、英三国军队进行了协同作战。应英国方面请求，国民政府派遣第五军、① 蒋纬国主编：《国民革命战史第三部：抗日御侮》第1 卷第122 页、第3 卷，台湾黎明文化事业公司1979年版，第108—112 页。
第六军、第六十六军共约10 万人组成中国远征军，入缅参加对日作战。盟军在缅甸战场作战失利后，中国远征军一部退守云南怒江沿岸，一部撤往印度东北部边境。6 月29 日，撤往印度的中国远征军编组为中国驻印军，史迪威任司令长官。盟军在欧洲战场和太平洋战场转入战略反攻后，中国驻印军和中国远征军成功地组织了局部反攻。到1945 年1 月，解放缅甸和中国领土16。3 万平方公里，打通了中印公路。
为了配合盟军进行战略反攻，1944 年12 月25 日，国民政府在昆明设立中国陆军总司令部，负责西南地区各部队的统一指挥，由参谋总长何应钦兼任陆军总司令。其所辖部队编组为第一、二、三、四方面军，共有28 个军，下辖86 个师及其他特种部队。1945 年1 月，军事委员会再次调整战区及战斗序列，撤销第四战区、鲁苏战区，恢复设置第十战区，增设汉中行营、赣州行辕。4 月，广西境内日军后撤，第三方面军所属部队跟进追击。7 月底，收复桂林。
抗日战争胜利前后，重庆国民政府在军事上采取了一系列紧急措施。
1945 年6 月26 日，增设第十一、十二战区，分别以孙连仲、傅作义为司令长官，准备接收华北。8 月15 日，日本宣布无条件投降。9 月9 日，蒋介石划中国战区为15 个受降区，由国民党所属部队分别接收侵华日军128万余人投降。其中，第十一战区接收平津和冀鲁，第十二战区接收热河、绥远和察哈尔。为了抢占战略要地，军事委员会于1945 年9 月设立北平行营、东北行营。10 月，撤销昆明行营。12 月，设立武汉行营。1946 年3 月，设立西北行营。4 月，撤销成都行辕，改设重庆行营。
战后军事机构的改组国民政府还都南京后，对军事机构进行了改组。1946 年5 月30 日，撤销军事委员会和隶属行政院的军政部，改于行政院下设国防部。根据《国防部组织概要》，国防部承国民政府主席命令综理军令事宜，并承行政院院长命令