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工商部管理工业、商业、矿务、监督所属官署。
交通部管理铁路、邮政、电政、航政，监督所属官署及全国交通、电气事业。
1913 年12 月将农林、工商两部合并为农商部。1927 年6 月，又取消农商部，增设农工部和实业部；把陆军部和海军部合并，并把航空署和参谋本部包含在内，改名为军事部，掌理参谋、海、陆、空军行政。
各部组成人员，除总长、次长、司长、厅长外，还有参事、秘书、佥事、主事以及其他技术人员。各部内部组织及人员多少不一。总长为各部首脑，次长辅助总长工作。陆军部和海军部因是军事机构，其官员均有军衔。
1914 年5 月，袁世凯撤销国务院，设政事堂于总统府。国务卿只对大总统负责，对总统只起“赞襄”作用。各部组织虽无变化，但因它直隶总统，凡事均听命于总统，故总长也只是总统的属员而已。
政事堂名义上是最高行政中枢，而其实际地位不过是总统办公厅性质。
在政事堂内部，除国务卿外，还设有左、右丞各一，其地位与国务卿相差无几，以便相互制约，对袁世凯不会构成威胁。
袁世凯帝制失败，1916 年5 月8 日改政事堂为国务院，说是恢复旧制，事实上国务总理的名义始终没有恢复。到6 月黎元洪接任大总统，内阁权力才得以恢复。但在以后的十多年里，军阀长期混战，随着各派军阀势力的消长，国务院总理也像走马灯一样不断更换。
1924 年10 月北京政变后，段祺瑞任临时执政。11 月24 日公布的《中华民国临时政府制》宣布临时执政“总揽军民政务，统率陆海军”，对外代表民国。临时政府不设国务总理，只设国务员分掌各部，“赞襄临时执政处理国务”；国务会议由临时执政召集①。尽管《中华民国临时政府制》规定“临时政府之命令及关于国务之文书，由国务员副署”，但由于国务员是临时执政任命的，所以副署只是一种形式而已。
1925 年12 月26 日，段祺瑞公布《修正中华民国临时政府制》，被迫复设国务院，任命国务总理，而实际上国务院仍无实权。
1927 年6 月18 日张作霖成立军政府，根据当天公布的《中华民国军政府组织令》，“大元帅于军政府时期代表中华民国行使统治权”，国务员“辅佐大元帅执行政务”①。大元帅之命令须国务总理副署，其关于各部务者须各部总长副署，但惟大元帅“任免国务员不在此例”②。这就把国务总理和各部总长当成总统的属员，所以副署没有意义。
附：1912—1928 年6 月内阁更迭情况：袁世凯统治时期1 唐绍仪内阁1912 年3 月13 日—6 月29 日2 陆徵祥内阁1912 年6 月29 日—9 月22 日3 赵秉钧内阁1912 年9 月25 日—1913 年7 月16 日4 段祺瑞临时内阁1913 年7 月19 日—7 月31 日5 熊希龄内阁1913 年7 月31 日—1914 年2 月12 日6 孙宝琦临时内阁1914 年2 月12 日—5 月1 日7 徐世昌内阁1914 年5 月1 日—1916 年4 月22 日8 段祺瑞内阁1916 年4 月22 日—6 月29 日黎元洪继任时期9 段祺瑞内阁1916 年6 月29 日—1917 年5 月23 日10 伍廷芳临时内阁1917 年5 月23 日—28 日11 李经羲内阁1917 年5 月28 日—7 月2 日冯国璋继任时期12 段祺瑞内阁1917 年7 月2 日—11 月22 日13 汪大燮临时内阁1917 年11 月22 日—30 日14 王士珍内阁1917 年11 月30 日—1918 年3 月23 日① 《政府公报》1924 年11 月25 日。
① 《政府公报》1927 年6 月19 日。
② 《政府公报》1927 年6 月19 日。
（2 月20 日—3 月23 日钱能训代总理）
15 段祺瑞内阁1918 年3 月23 日—10 月10 日徐世昌统治时期16 钱能训临时内阁1918 年10 月10 日—12 月12 日17 钱能训内阁1918 年12 月12 日—1919 年6 月13 日18 龚心湛临时内阁1919 年6 月13 日—9 月24 日19 靳云鹏临时内阁1919 年9 月24 日—11 月5 日20 靳云鹏内阁1919 年11 月5 日—1920 年5 月14 日21 萨镇冰临时内阁1920 年5 月14 日—8 月9 日22 靳云鹏内阁1920 年8 月9 日—1921 年12 月18 日（ 1921 年5 月14 日靳曾再次组阁）
23 颜惠庆临时内阁1921 年12 月18 日—24 日24 梁士诒内阁1921 年12 月24 日—1922 年1 月25 日25 颜惠庆临时内阁1922 年1 月25 日—4 月9 日26 周自齐临时内阁1922 年4 月9 日—6 月11 日黎元洪复任时期27 颜惠庆临时内阁1922 年6 月11 日—8 月5 日28 唐绍仪临时内阁1922 年8 月5 日—9 月19 日29 王宠惠临时内阁1922 年9 月19 日—11 月29 日30 汪大燮临时内阁1922 年11 月29 日—12 月11 日31 王正廷临时内阁1922 年12 月11 日—1923 年1 月4 日32 张绍曾内阁1923 年1 月4 日—6 月6 日（国务院摄行大总统职）
33 高凌霨代理内阁1923 年6 月13 日—10 月12 日曹锟统治时期34 高凌霨代理内阁1923 年10 月12 日—1924 年1 月12 日35 孙宝琦内阁1924 年1 月12 日—7 月2 日36 顾维钧代理内阁1924 年7 月2 日—9 月14 日37 颜惠庆内阁1924 年9 月14 日—10 月31 日（国务院摄行大总统职）
38 黄郛临时内阁1924 年10 月31 日—11 月25 日段祺瑞统治时期39 段祺瑞内阁1924 年11 月25 日—1925 年12 月26 日（段祺瑞以临时执政自兼）
40 许世英内阁1925 年12 月26 日—1926 年2 月15 日41 贾德耀内阁1926 年2 月15 日—4 月20 日42 胡惟德临时内阁1926 年4 月20 日—5 月13 日（国务院摄行临时执政职）43 颜惠庆内阁1926 年5 月13 日—6 月22 日44 杜锡珪代理内阁1926 年6 月22 日—10 月1 日45 顾维钧代理内阁1926 年10 月1 日—1927 年6 月17 日张作霖统治时期46 潘复内阁1927 年6 月18 日—1928 年6 月3 日司法机关北洋政府采取行政诉讼和普通民事、刑事诉讼分开的司法制度。即普通民事、刑事案件由普通法院受理。行政诉讼（即人民和官署之间的纠纷）由平政院受理。
审判机关北洋政府的审判机关采取“四级三审”制。即审判机关分为初级审判厅、地方审判厅、高等审判厅和大理院四级；审判则分初审、二审和终审。
大理院是北洋政府最高审判机关。其判决为终审判决。大理院院长负责全院事务，并监督其行政事务；统一解释法令，但不得指挥审判官对案件的审判。
大理院因事务的繁简设立若干民事、刑事庭。各庭设庭长一人，负责本庭工作。大理院审判采用“合议制”，即以推事五人组成“合议庭”，庭长为审判长，共同进行审判。在审判中，如有意见分歧，由院长主持召开民事科或刑事科，或民、刑两科总会审判。
为了照顾边远地区，在高等审判厅内设大理分院，就地执行终审案件。
高等审判厅为省法院。厅长负责，下设若干庭。为方便本省审判，在地方上又设若干高等审判分厅。高等审判厅可受理不服地方审判厅的二审案件。
地方审判厅和初级审判厅为县法院。前者设在大县，后者设在小县。初级审判厅只负责一审案件。地方审判厅可受理不服初级审判厅的一审案件。检察机关与审判机关相应，北洋政府的检察机关也分为四级，中央设总检察厅，省级设高等检察厅，县设地方检察厅和初级检察厅。
检察厅独立行使职权总检察厅设检察长1 人，负责监督总检察厅事务。另设检察官2 人以上，主要职责是：实行搜查处分，提起公诉，实行公诉，监察判决的执行；为诉讼当事人或公益代表人实行特定事宜。概括起来就是负责侦查、起诉和监督审判。
行政诉讼机关北洋政府专门办理行政诉讼的机关是1914 年成立的平政院。平政院院长直属大总统。评事15 人，由平政院院长、各部总长、大理院院长和咨询机关密荐，请大总统任命。平政院的职权，主要是审理中央或地方行政官署的违法案件。
平政院下设肃政厅。但它独立行使职权，监督平政院裁决。其主要职责是对官吏进行纠察弹劾，因而具有检察官性质。
中央其他机关北洋政府中央机关除国会、总统、国务院、司法机关外，还有许多直辖机关，此处只介绍几个重要的，其他不一一列出。
参谋本部参谋本部在南京临时政府时期已经成立，属总统直接管