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德怀特·帕金斯在一本深具影响的书－－《中国的农业发展，1368－1968年》（1969年）中强调，除了耕地面积从6，000万英亩扩大到约8，500万英亩之外，农业在此一时期变化不大。这个数字与人口扩大的速率并不相称，但户籍制度在明亡前便被破坏，因此我怀疑真实的数字会更高。不过，即使最低的数字也意味着每人每年约900磅谷物的产量，这应属充裕（帕金斯，1969年，第17页）。早在宋朝便普及的高产良种居功甚伟；各地丰富多样的品种得到开发和应用；水利和施肥的新技术得到传播；而且新大陆的粮食作物也开始进入中国（何炳棣，1955年）。罗斯基（1972年）证实，帕金斯低估了这些变化的重要性，高产作物及其集约化经营的传播尤为重要。
到明末时，新大陆的食物广为人知，并至少在一些地区成了救荒作物。经由西班牙人和葡萄牙人的介绍，这些作物最初是由归国华商自马尼拉传入的。澳门则是另一个重要的输入港口。某些植物似乎是从印度翻山越岭而来（源自果阿和别处的葡萄牙人），但这条路线可能在清朝以前并不活跃（何炳棣，1955年）。甘薯几乎从一开始就是最重要的舶来品，似乎在16世纪后半叶传入中国，至1594年已广为人知，当时福建的一位地方官呼吁种植以防饥馑。它们肯定来自马尼拉，是由西班牙人从墨西哥带到那里去的；那瓦特语（阿兹特克）称之为camotl，仍保留于菲律宾的各种语言中。在中国，它们被取名为“金薯”、“白薯”，或“番薯”，番薯之名如今在南方最为通行（雅称则为“甘薯”）。它们也可能经由陆路从印度传至云南，因为该省的著作提到了“红薯”或“红芋”。但红薯按常规应归入红薯蓣（Dioseorea品种，含有花青甙色素，与被称为“山药”的中国本国产薯蓣不同），而非甘薯。
花生最初出自1538年左右苏州的两条原始资料。玉米的首次确切记载是在1555年，出自河南；最初应该在中国其他地区引种（何炳棣，1955年）。在那之前，玉米可能是以适合各种谷物的通用名而被断断续续地引用。玉米肯定是经海路而来，同时也可能取陆路从云南入境。在前哥伦布时代，玉米在中国并不为人所知，但欧洲人一到远东，无疑就被引进了；葡萄牙人发现，玉米在热带条件下比其他任何农作物都长得更好，所以他们到处种植，而且经常当其刚刚首航到某一地区时就这样做。由于产量高，甚至在丘陵和贫瘠土壤中也易于生长，玉米迅速地传播开来。
烟草（可能还有若干小宗食物性作物）也大约值此期间随伊比利亚人一起进入中国。几种农作物在华南根据名称辨识出来，这种名称是将形容词“番”与长期确定的本土作物名称连在一起［西方人至今有时仍被辱称为“番鬼佬”（barbarianghostfellow），不经意就译成（foreigndevil）］。于是，tomato叫做番茄；guava叫做番石榴；papaya叫做番木瓜（虽然今天“番”字已被羞赧地去掉了）；jicama或yam－bean叫做番葛。这些农作物全都从新大陆传入；全都是由伊比利亚人收集并广泛传播的典型拉美植物；其中有些食物，讲英语的民族并不食用。相比之下，标准的欧洲农作物和此后舶来的新大陆农作物名称则含蓄一些，如“西”（western）、“洋”（ocean），或“西洋”（westernocean）。所有被冠以“番”字的植物极可能是在明末前被引进的。红番椒肯定与之同来，广泛流行于南亚和东亚的大部分地区，这表明引进既早，传播又快。在中国，红番椒仅在湘菜地区才真正流行，但却闻名和应用于全国。
到明朝末年，新大陆的食物性作物甚至在中国的极偏远处也很重要了。徐霞客这位晚明的坚忍不拔的旅行家发现，偏僻的华南内地山区的瑶族也大量依靠马铃薯和甘薯（徐霞客，1974年）。
其他新的农作物屈指可数，因为中国已经拥有亚洲其余地区可以提供的大部分农作物。棉花种植极大地扩展了，而土生的乌桕也许刚被栽种，因为明以前的原始资料中未曾提及过（袁青，1978年），但这些农作物中无一是食物性作物。作物比例的变化更重要：稻谷的地位进一步加强，它作为中国的重大主食而举足轻重，一如现在。同时，小麦在南方普及开来，而面粉成为日趋重要的食物。罗斯基（1972年）发现，福建的穷人买不起米，转而将面制品作为主食。面粉大概是制成面条以供食用，福建人不论贫富均把它当成主食。
糖经历了一场革命，始于宋朝，完成于明朝，当时新的加工技术导致了播种区的极大扩展。到明末时，中国的食物大致就类似现在这个样子了。稻子约占谷物的70％，其余大部分为小麦（宋应星，1966年）。糖、油和茶地位重要，大致与现在相差无几（尽管并不相等）。水果、蔬菜等的多样化及专业化的种植广泛传播开来，它们多在拥有良田和交通便利的地区，尤其是长江流域流行，南方河谷地区也越来越多。产量在南方为每亩约2担，而在最丰饶的土地上则达每亩3－4担，折合为每亩1，600－3，200磅左右。．
这些农作物种植于小块农田里，人们注意到这些地区后世仍相类似。在荒地或早期征服之地开垦的庞大的国家屯田，以及最富饶和位置最佳的大田庄，控制了相当部分的土地；但中国绝大多数的土地却在小自耕农手中。大地主很少；无地劳工并不罕见，却也决不居多。三四千亩以至上万英亩的土地所有者极少；一个大地主通常有田300英亩甚至更少（黃仁宇，1974年）。贝蒂（1978年）研究过诸如桐城县乡绅的地方性地主，他们占地很少，照现代美国农场主看来几乎可以忽略不计，然而在中国明朝，这些土地却确保了家庭可以由此入仕或经商的稳固基地。他们从这些职业中赢利，并把钱投入田产，这样不容易落入官吏或盗匪手中（赵冈，1981年）。
在1500年代末，“一条鞭法”的税制改革，将以前所有赋税项目合并为一，理论上是支付稻子或谷物，实则在许多地方折算为银两。这一改革缓慢推进，并遇到了某些抵制，但它却可能真正减轻纳税负担，因为它减少了官吏敲诈勒索的机会。与中国先前的赋税一样，它每年征收两次，大致在暮春和秋收时节（黄仁宇，1974年）。国库收入大部分来自秋季的征税。
明朝覆亡之时，最终支配中国虚幻空谈的清流思潮遭遇到一股反作用力，经实致用的传统重新崭露。宋应星就是那些有影响的人物中的一员，他写了一本有关日常工艺的专著《天工开物》，被随意地译为TheCreationsofNatureandMan（宋应星，1966年）。农业理所当然地排在第一。在该书或明朝的其他农书中，作者对此前或随后时期感到新奇的事物极为少见；但宋应星却向我们展示了典型农夫的实际生活。明朝农夫的勤劳令人难以置信，与此相应，其知识之广也令人惊叹。用榨油枯饼给稻子施肥，芸苔子为上，大眼桐次之，樟、桕、棉花又次之；惟当人们有大量土地时养牛才合算，水牛畜养更费心计，不过劳作也更卖力。豆应该种在已刈的稻茬中，因为稻茬凝聚露水以滋豆；凡种豆类作物的田地，应该浅耕而不宜深入；压在桑叶下面的蚕或力弱或性懒，但那些作茧懒散的蚕却是“蠢蚕”（宋应星，1966年，第6、8、29、41页）（实际上，懒散的蚕可能为寄生虫所扰）。稻子借助石磙的滚动去掉其秆，去壳用砻、去膜用舂和碾，接着便是筛谷。如今在每个传统村庄里都能发现的精巧筛谷机在该书中有很好的图示（第85页）。手筛和扇车也都能看到。稻子用臼中的大木杵捣碎。手工操作的木杵准是应用于僻远地区，正如今天的情况一样，但通常则用一个脚踏杵，或用由一水转轮轴驱动、有几个杵的水碓。这些水碓中有些还用以磨小麦粉及引水灌溉。宋应星声言，“此心计无遗者之所为也”（第94页）。这类设备不可能照我们如今对字面的理解那样使米光亮，它生产的米粒已相当白，但至少仍保留了里面的种皮，因而它大致上具有糙米的营养价值。
小麦粉是用卧式磨石碾磨的。在长江以北应用着一种产自安徽的纹理细密的优质磨石，它几乎像现代贸易中的匈牙利式钢辊一样运转；麦粒被碾碎，但未受热，麸皮形成了可以被筛去的大薄片，由此导致了80％或不到80％的出粉率。它不像今天