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政使和按察使，分别管理行政和司法。
此外，清代还有相当于省一级的特别行政区，一是新疆、西藏、青海、外蒙古、东北等地区，一是京畿地区和盛京地区。清代在新疆、西藏、青海、外蒙古、东北等地设有驻戍将军、办事大臣、参赞大臣、领队大臣、帮办大臣等官员，署理所辖地区军政事务。盛京地区是清皇朝祖宗发祥之地，京畿地环卫皇城，所以亦设置特殊地方政权。清入关以后，把盛京作为“留都”，并于盛京地方设辽阳府，顺治十四年（1657）改为奉天府，设府尹一人，掌管盛京地方政事。乾隆二十七年（1762）规定由盛京将军节制。乾隆三十年（1765）又实行军民分治，府尹亦由盛京六部特简大臣兼任。京畿地区设顺天府，管辖京师及附近州县，掌京畿地区政事。雍正元年（1723）以后，由六部尚书、侍郎内特简大臣一人兼管府尹事。奉天、顺天两府府尹可直接向皇帝奏事，其地位相当于各省的巡抚。
省之下设道、府（州、厅）、县（州、厅），由道员、知府、知县执掌政事。知府以下官员多用汉人。地方基层政权实行保甲制度，是清代巩固统治的又一重要措施。
清初即实行保甲制度，乾隆二十二年（1757）正式颁布的保甲法规定：每十户为一牌，设牌头。十牌为一甲，设甲长。十甲为一保，设保长。牌头和保甲长均由地主衿绅及望族的族长担当，以监视管辖区内的人民的活动和人口流动情况。每户的户主姓名、职业以及丁男口数都一律写在“纸牌”上，“出外注明所往，入则注明其来”①。其目的在于“弭盗”。保甲制不仅推行于内地农村，各城市镇草墟以及偏远山区、少数民族居住区都一律编制保甲。严密的保甲组织密布全国城乡，广泛地控制着社会生活的各个方面，起着巩固清王朝统治基础的作用。
广开科举屡兴文狱为了加强思想领域的控制，清朝统治者采取怀柔和镇压的两手政策。一方面采取笼络手段，用科举考试办法网罗地主阶级知识分子；另一方面大兴文字狱，残酷镇压具有反清思想的汉族地主阶级知识分子。
清初在未统一全国以前，即已采取科举办法，考选秀才、举人。顺治年间科举制度基本定型。全国统一以后，于康熙初年在全国范围内推行。清代科举制度基本上沿袭明代。清代科举，大致为四级，即童试、乡试、会试、殿试。尚未取得生员资格者都叫童生，童生经过县试、府试、院试，统称为童试，童试考中的叫秀才。举人可参加每三年在京城由礼部主持的会试，会试考中的叫进士。然后皇帝在殿廷对会试考中的进士进行考试，叫做殿试。殿试中式者分为三甲：一甲取三人，状元、榜眼、探花，赐进士及第，状元授翰林院修撰，榜眼、探花授翰林院编修；二甲取若干人，赐进士出身；三甲亦取若干人，赐同进士出身。殿试中试者，除一甲三人外，还须进行一次朝考，试毕分别授职。考中者授翰林院庶吉士，再入院读书，然后取得高官厚禄。未中者分别用为主事、中书、知县等。清代科举八股文仍占重要地位，八股格式更加机械化，形式死板，内容空泛。四六骈体的殿试策，颂联套语，千篇一律，竟成了登上仕途的主要手段，实际上是束缚知识分子思想的桎梏。清初，对于满洲、蒙古八旗子弟采取另外一种类似科举的特殊考试，即在试题内容上只有汉文译成满文和蒙古文，称为“翻译科”，录取分满、汉两榜。雍正开始，满汉一体考试，录取时同榜张贴。除正常进行的四级考试外，有时奉“特旨”，举行特殊考试，称为“特科”，如“博学鸿儒科”、“经济特科”、“孝廉方正科”、“恩科”等。康熙十七年（1678），曾开“博学鸿儒科”，由在京三品以上大臣，在外各地督抚，保荐有一定才学和声望的知识分子，直接进行殿试，只考诗赋，不考八股，一经录取，即授翰林院官职。这一次“特科”，罗致了汉族知识分子中的“名儒”如朱彝尊、汤斌、毛奇龄等143 人。其中50 人分别授侍读、侍讲、编修、检讨等职。有清一代统治者对科举考试极为重视，曾经颁布严格的《科场条例》，但考场作弊、士子贿赂、主考舞弊的案件仍接连不断。清代的科学制度一直延续到光绪三十一年（1905），才由清廷下令废止。至此，自隋唐以来一直作为① 《清朝文献通考》卷22《职役》二。
封建统治选拔人才的主要办法的科举制度才结束其历史使命。
除了通过科举考试这一“正途”入仕而外，康熙十二年（1673）还诏举“山林隐遗”，实际上就是要罗致那些明亡之后、暂时不肯仕清的汉族衿绅，以扩大满汉地主阶级联合统治的基础。翌年，又颁行捐纳制度，即向朝廷捐款纳资，以购买官位和职衔。这样，一方面可以使封建国家得到一笔可观的财政收入，同时，又为有钱的地主、商人及其子弟谋取官职开辟了新的门径。但捐纳制度弊端丛生，不仅使清皇朝的封建官僚机构恶性膨胀，同时也导致吏治的日益败坏。
在怀柔、笼络的同时，清朝统治者对于不利于他们统治的思想言行，采取严厉的镇压措施，一方面收缴、销毁和篡改不利于清王朝统治的书籍，另一方面大兴文字狱。
文字狱，即“因文字贾祸之谓”。中国封建社会历史上，历代封建皇朝屡兴文字之狱，而清代文字狱次数之多，处罚之严，实为历代所罕见。清初统治者忙于军事征服，没有余力来解决思想领域问题。在全国统一战争基本结束以后，而国内的民族矛盾和阶级矛盾仍然十分尖锐的情况下，清朝统治者为了强化其在思想领域的统治，企图通过暴力手段，来扑灭汉族人民的反抗意识，钳制言论，禁锢思想，于是迭兴文字之狱。凡是不利于清皇朝统治的文字、著述和言行，一概被斥为“悖逆”和“狂吠”，罗织罪名，然后置之重典。从康熙到乾隆，前后大约120 年，据不完全统计，大小案件有90多起。大部分集中在雍正、乾隆年间，其中乾隆四十三年至四十七年（1778—1782）五年之间，就有将近40 起，文字狱的规模是空前的。康熙朝较大的文字狱有两起，即庄廷■的明史案和戴名世的《南山集》案。
明史案发生于康熙二年（1663），当时玄烨尚未亲政。浙江湖州富商庄廷■从明末大学士朱国祯的子孙处购到朱国祯撰写的明朝历史的稿本。庄廷■本是个双目失明的瞎子，但为了沽名钓誉，于是请人续补朱国祯书中所缺的崇祯朝及南明历史。书成后改名《明书》，并署上了他自己的大名。但庄廷■未及刊刻这部书就死了。书中如实地叙述了满洲族先祖与明王朝的隶属关系，清入关前用明朝年号，不是用清朝年号，指责孔有德、耿仲明等叛明降清等。庄氏触犯了禁例，于是参与编纂或在卷首列名者，以及为庄氏书作序、刻字、校对、印刷、售卖者，甚至买书者及庄氏全族，遭株连达200 多人，其中70 多人被杀。庄廷■早死，亦被剖棺戮尸。
《南山集》案发生于康熙五十年（1711），翰林院编修戴名世在未中进士和担任编修以前，曾网罗散失佚文，搜求明朝野史，访问遗老，著成《南山集》。因集中论及南明史事，用了南明弘光、隆武、永历年号，而未用清朝年号，而且认为清朝应从康熙元年算起，因为南明还存在，顺治朝不算正统，被左都御史赵申乔告发，言其“语多狂悖”，终以“罔视君亲大义”处斩戴名世，戴名世同族16 岁以上均被斩杀，并株连作序、刻印、售卖者，计数百人。
雍正时期，由于康熙末年诸皇子争夺皇位斗争的影响，胤禛即位后极力镇压各种异己势力，所以文网更加严密，动辄罗织罪名，甚至望文生义，无中生有，以此作为镇压具有反清意识或排斥打击异己势力的手段。雍正四年（1726），江西主考官查嗣庭，出了‘维民所止”的试题，这本是《诗经》中的一句话，被人告发说是“维止”两字是把“雍正”两字“去首”，砍了雍正的头，“谓之大不敬”①。于是把他下了大狱，死于狱中，乃戮其尸，株连亲属和学生。其实，查嗣庭之所以下狱，一是他趋附权臣隆科多，二是他在日记中把戴名世案件，说成是“文字之祸”，“维止”两字只是借口。雍正朝最大的文字狱是发生在雍正六年（1728）的吕留良案。吕留良为浙江人，是明末清初知名理学家，病死于康熙二十二年（168