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精卵开始,然后这东西逐渐发育,变成了一个有秩序的新生命,然后又变成一个成熟的
生命。”不知为什么,单个的受精卵能够分裂,变成不同的神经细胞,肌肉细胞和肝脏
细胞,以及上百种不同的细胞,这个过程精确到万无一失。奇怪的不是生而缺憾的悲剧
常有发生,而是大多数新生命一出生就完美无缺。“这至今仍然是生物学中最美丽的奥
秘之一。”考夫曼说。“我整个儿地被细胞分化的问题给迷住了,马上就投入到对这个
问题的深入思考。”
那时是做这项研究的一个大好时机:从1961年一直到1963年,雅各布(Jacob)和
莫纳德(Monod)刚发表了他们关于遗传回路(genetic circuits)的一系列论文。这
项工作使他们后来获得了诺贝尔奖。(这正是阿瑟16年以后躺在夏威夷海滩上读到的论
著。)而考夫曼很快就读到了他们的观点。他们论述说,任何细胞都包含着几个“调节”
基因(regulatory genes),这些调节基因就像开关一样,能够打开或关闭其他基因。
“他们的研究成为所有生物学家的启示录。如果基因能够相互打开和关闭,那么就会有
遗传回路。在某种意义,基因组(genome)就会是一种生化计算机。正是整个系统的这
种计算机行为,即有秩序的行为,以某种方式决定了细胞之间的差别。”
但问题是,这些细胞差别是怎样形成的呢?
考夫曼说,其实,大多数研究人员曾经(在这点上,甚至到现在)都并不过于为这
个问题操心。他们谈论着细胞的“发育程式”,仿佛DNA计算机真的像IBM主机执行用
FORTRAN语言编写的程序一样执行遗传指令:一步一步地逐条执行。更有甚者,他们好
像相信这些遗传指令是精确无误的组织,就像任何人编写的计算矾代码一样被自然选择
法完全排除了误差。怎么可能不是这样的呢?遗传程序中的最微小的错误都会导致一个
发育中的细胞的癌变,或可以将之完全置于死地。这就是为什么成百的分子基因学家早
就开始在实验室里努力译解精确无误的生化机制,研究在这个生化机制中基因A是如何
打开基因B的,基因C、D、E的活动又是如何影响整个开关过程的。他们认为,一切都在
这些细节之中。
但考夫曼越是思考这幅图景就越是发现,细胞差别是怎样形成的这个问题正赫然耸
立于眼前。基因组就像计算机,很好,但它又完全不是IBM公司生产的计算机。他发现,
在一个真正的细胞里,许许多多的调节基因可以同时作用。所以,基因组电脑不像人类
制造的计算机那样逐步执行指令,而是同步地、平行地执行大多数,或所有的遗传指令。
他推理,如果情况真是这样的话,那么,重要的不在于是否这个调节基因精确地按照界
定好的顺序激活了那个调节基因。而是这个基因组作为一个整体,是否能够安顿下来,
将活性基因组合成一个稳定的、自我连贯的形态。调节基因最多也许能经历两个、三个
或四个不同构型的循环,总之数目不多,否则细胞就会到处乱串,基因随机地相互开闭,
陷于混乱状态。当然,肝脏细胞内活性基因的形态与肌肉细胞或脑细胞内的活性基因形
态会非常不同。但考夫曼想,也许这正是重要之处。单个的基因组能够有许多稳定的行
为形式这一事实,也许正是发育过程中能够产生许多不同细胞类型的致因。
人们都心照不宣地假设,细节就是一切。考夫曼对此感到十分困惑。他知道,生物
分子的细节显然是十分重要的。但如果基因组必须被组合和调整到尽善尽美才能发挥作
用,那它怎么会从随机的试验和进化的错误中诞生呢?这就像老老实实地洗一整副牌,
却拿到一手的黑桃一样:不是没有这个可能,但这种可能性不大。“这感觉就不对。”
他说。“别指望上帝或自然选择法会做到这一步。如果我们只能用大量详尽的、自然选
择过程中未必能发生的细节来解释生物的秩序,如果我们现在所见到的从一开始都经历
过艰难的挣扎,那我们今天就不会存在于此了。只有足够的宇宙空间和时间上的机遇并
不能产生这一切。”
事情肯定不止于此。他想。“不知为什么,我想证明秩序是最初就出现的,并不是
后天置入和演化出来的。我有意识地要证明,在遗传调节系统中,秩序是天然而成的,
带有不可避免的性质。秩序以某种方式自由地存在于事物之中,它是自动形成的。”他
推测到,如果情况果真如此,那么,生命的这个自动而自组的特征就正好和自然选择法
背道而驰。根据达尔文的描述,任何一种生物体的精确的遗传详况都是随机演变和自然
选择的产物。但生命本身的自组,即秩序,却具有更深刻、更根本的含义。秩序纯粹地
产生于网络结构,而不是产生于细节。事实上,秩序是造物主的头等奥秘。
“我不知道我哪来的这股冲动。”他说。“为什么斯图尔特·考夫曼凑巧来到这个
世界,而且对秩序问题发生了兴趣?这整个儿就是个绝妙的谜。一个人的头脑能够对这
个问题感到新鲜好奇,能够提出这类的问题,这使我感到既奇怪又惊喜。只是我这一生
都有这样的感觉:好像我从事过、热爱过的所有科学研究,都是为解开这一谜团所做的
努力。”
确实,对一个二十四岁的医科大学预科生来说,关于秩序的问题就像他身上的一直
不消的痒处。他好奇地想,遗传秩序自由地存在究竟意味着什么?好吧,就让我们看一
看在真正的细胞里发现的遗传回路吧。它们显然经过几百万年进化的精加工。但另一个
问题是,它们真的有什么特别的吗?在无数可能的遗传回路中,他们是唯一能产生有秩
序的稳定构型的遗传回路吗?如果是这样的话,那它们就是一把黑桃牌的类似物了。进
化居然能幸运到产生它们,那就真是个奇迹了。或者,稳定的网络就像拿到一手黑桃、
红桃、草花和方块混合牌一样通常吗?因为如果情况果真是这样的话,那进化偶然选择
了有用的遗传回路,就是一件轻而易举的事了。真正的细胞中的网络就会是正好凑巧通
过了自然选择的那个了。
考夫曼认为,寻找到答案的唯一方法就是洗牌,拿出一组完全典型的遗传回路,看
看它们究竟会不会产生出稳定的构型。“所以我立刻就想到,如果把几千个基因随机地
连挂在一起会发生什么呢?它们会产生什么效果?”
现在他知道他该如何思考这个问题了。他在牛津学过神经回路,他知道,真正的基
因当然会相当复杂,但至少雅各布和莫纳德已经告诉过我们了,调节基因基本上只是开
关。而一个开关的本质就是来回于两种状态之间:激活的状态和熄灭的状态。考夫曼喜
欢把它们想成是电灯泡(开或关),或想成是一个逻辑状态(真的或假的)。但他觉得
不管把它们想成是什么意象,却正是这种开或关的行为形成了调节基因的本质。剩下的
只是相互作用的基因网络的问题了。当时柏克莱大学的自由演说运动正在校园蓬勃兴起,
考夫曼却把他的课余时间都消遣在奥克兰他的公寓的楼顶上。他坐在那上面入迷地画着
连挂在一起的调节基因的网络图形,力图搞清楚它们是怎样相互打开和关闭的。
考夫曼对研究基因网络确实十分入迷,甚至一直到他完成了在柏克莱的医学院预科
课程,回到旧金山,开始了医学院全日制课程以后,他还沉迷在这里面。这并不是因为
他已经对医学院感到厌倦了,恰好相反:他发现医学院课程的难度非常非常大。他的老
师要求他死记硬背堆积如山的课本知识,极端痛苦地做肾脏的生理结构分析之类的功课。
但尽管如此,他仍然一门心思想学医。学医迎合了他内心的童子军精神:在任何情况下,
行医都是做有益的事,同时又能让他准确地知道该如何去做,就好比在风暴中搭帐篷一
样。
然而,考夫曼继续他的基因网络游戏,因为他几乎无法自控。“我狂热地想从事对
这些随机基因网络的奇怪科学的研究。”他的药物学考试得了C。“我的药物学课程的
笔记本上涂满了遗传回路的图表。”他说。
起初,他发现遗传回路使他感到非常困惑。他懂得很多抽象逻辑,但却几乎没有数
学知识。他在图书馆找到的计算机教科书对他几