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第五章已谈到，在中古时代，亚里斯多德的理性主义雄踞西方科学界、思想界。对亚里斯多德的宇宙观，周功和牧师是这样描述的：“至于宇宙论，亚里斯多德的看法是：宇宙乃由五十五个同心圆球所构成。最中心的圆球是地球，向外依次为水、气、火以及天上星体的圆球。……每个圆球都有灵性，神在最外圈的圆球以外，而产生转动。这样的转动是此圆球对神的吸引的一种反应，带动整个宇宙各圆球的转动。如此，神就是使圆球旋转的终极因” 27。中古教会受亚里斯多德的影响，认为圣经中的神是宇宙的终极因或第一因，同时相信地球是宇宙的中心。
由于哥白尼、伽利略等人的努力，日心说被确立，揭开了以观察、实验为主要手段的现代科学的序幕。这是一个巨大的进步。但是，人们在抛弃亚里斯多德的地心说的同时，把神是宇宙的第一因的观点也抛弃了。虽然在现代科学发展初期涌现出以牛顿为代表的一大批杰出的基督徒科学家，但在现代科学发展的过程中，反对超然因素，站在纯粹自然的立场观察、描述自然的自然主义（或人文主义）的世界观逐渐在科学界占据优势。牛顿时代，人们都相信神是宇宙万物和人的创造者。到达尔文时代，神的创造受到怀疑，生物的来源就留下了空白。因此，试图用物理、化学的自然方法来解释生命之源的各种假说就应运而生。达尔文并不是进化论的第一位倡导者。在他以前，进化的思想已经出现了。进化思想的产生是对神的信仰衰落的结果。池迪克博士（Dr。 Donald E。 Chittick）指出：“达尔文曾经历信仰崩溃。有人或以为达尔文是经过多年研究，才接受了进化论。其实，在他对信仰的信心减退的时候，他对进化论的信心才建立起来。进化论被用以弥补否定‘创造’后遗留下来的空缺。并不是进化论有什么吸引人的地方，能把科学事实解释得更加合理。进化论只是人摒弃‘创造’后，用作弥补空缺的代替品而已”28。达尔文推出进化论的过程正是如此。
前面已经谈到，达尔文在发表《物种起源》时就面对著几个极为严重的困难。第一是化石的难题：寒武纪生命大爆炸和过渡型生物的化石罕见。他本人承认化石的证据是“最明显的反对我的进化论的最大理由。”他也坦白地说，对此“我不能提供满意的答案”，“自然界好象故意隐藏证据，不让我们发现过渡性的中间型”29。
第二个困难是进化所需要的漫长时间。他提出的自然选择假说主张连续、渐进的变化。与达尔文同时代的英国著名物理学家凯尔文（W。 Thomson，Lord Kelvin）用物理学计算地球的年龄只有一千五百万年到三千万年，不足以令进化论成立，使达尔文很恼火。但开尔文用物理定律所得的结论，达尔文又无从反驳，故他称凯尔文为“讨厌的幽灵”。同时，尽管化石的记录支持地球环境突变或灾变的假说30，但达尔文仍接受了与化石证据不符的赖尔的均变假说。因为这不仅与他的连续、渐变的进化假说相似，而且可以提供进化所需要的漫长历史时期。第三，创造的证据比比皆是，眼睛就是一个好例子。达尔文承认眼睛不可能由自然选择形成，以致于他发表《物种起源》之后，他一想到眼睛仍感到害怕。
笔者十分欣赏达尔文这种坦诚的态度，丝毫不隐瞒自己的困惑、烦恼和惊骇。正是从他本人的内心表白中，我们可以比较清楚地看到达尔文进化论产生的过程：凭著无神的、要用纯自然的方法阐明生命起源的信心和决心，基于有限的观察，提出进化假说，然后选择性地寻找支持其假说的证据，对不利的证据全然不顾。也就是说，达尔文的进化论主要是源于信仰而非来自充分的科学依据。
池迪克指出：“科学的新发现并不会叫人改投进化论，反而是人对哲理和神学的取向，能叫人否定‘创造’，由一个世界观跳进另一个完全相反的世界观。”“今日，许多人仍未察觉进化论的本质，不认识它属于哲学过于科学范畴。人们先是思想变了，才接受达尔文主义。人们需要一种自然主义的律，解释生命之源，才能逃避超自然的创造论，达尔文主义恰巧能填补这个空缺”31。所以，《物种起源》问世时，解放神学家们表现出比科学家更大的热情。马克思和恩格斯也曾经清楚地指出进化论与信仰的关系：“现在我们以进化的概念来看宇宙，再也没有空间容纳一位创造者或统治者了”32。
美国是以基督教思想立国的国家。但美国对神的信仰近几十年来在急剧衰退中。寇尔森博士（Dr。 Charles Colson）尖锐地指出：“基督教信仰一直是美国民主政体的道德基础。近至一九五四年，最高法院还毅然决然地拒绝国家宗教中立化的主张。法官道格拉斯（William O。 Douglas）这样说：‘我们是一个有宗教信仰的民族，我们政体的创设是基于天地间有最高主宰的大前题。’想不到短短几年之后，法院却出尔反尔，否决了在学校准许祷告之案。不能在课堂正式祈祷固然不能阻止我们随时随地祷告，但这提案却反映了社会的倾向：在国事上，基于宗教信仰的价值观逐渐消失了。在美国政坛上，这个决定是一个很大的震撼，是一个足以引发断层的地震。”“至七十年代，传统的犹太教与基督教所共有的价值观被忽视的情况有增无减。在政坛上、国事上，宗教被视为落伍甚至是妨碍。最高法院的决策越来越趋向无信仰，甚至公然敌对宗教，一九七三年的堕胎合法化就是一个反教的高峰” 33。和法院一样，美国国家科学院现在仍坚持自然主义的哲学观，致力于“用纯自然的过程来解释一切现象。”科学被视为认识真理的唯一途径。达尔文的进化论被人披上科学的外衣。因此，坚持进化论，教授进化论变成一种有“科学水准”的时尚。由于进化论与学术界流行的自然主义世界观十分投合，科学家和解放神学家来不及对进化论作彻底的了解和慎密的审视便全盘地接受了它，而且以各种权威的方式向大众传播进化论。因此人们以为，在课堂教授的、写在书上的进化论一定是真理。
其实不然。在笔者的学生时代，不仅进化论被当作神圣不可侵犯的科学，而且学校的课程设置也直接为政治所左右。上大学时，课堂上只能讲授米丘林和李森科的遗传学，孟德尔和摩尔根的遗传学则被冠以“唯心、反动”，一棍子打死。后来中苏关系出现裂痕，李森科的劣迹被揭露，孟德尔的遗传学才得以登上大雅之堂，并立即得到学生们的认同。所以，进化论被写入教科书并不一定表明进化论是真理。
我们一般人所持的进化论观点主要是从老师那里听来、教科书上看来的，并非基于对进化论的立论依据的深入考证。试问，在今天仍相信进化论的人中，有多少人读过达尔文《物种起源》的原文版呢？也许，认真把《物种起源》的中译本从头到尾读过一遍的人也不多。
一般人是如此，研究进化论的专业人士的状况又如何呢？彼得逊（Colin Patterson）是英国自然博物馆的资深古生物学家。该馆出版的进化论简介就是他的手笔。一九八一年他在美国自然博物馆作了一次演讲。他详细地比较了创造论与进化论，认为两者主要是靠信心接受。演讲中他向在座的专家们严肃地提出问题。他说：“你们能告诉我进化论里面有哪一条、任何一条……是你确实知道、完全无误的真理呢？我曾问过自然博物馆地质部的人员，我所得到的唯一答案是完全的静默。我又问芝加哥大学进化形态学讲座的听众，内中有一群著名的进化论学者。等了很久还是一片沉寂。最后有一个人说：‘我确知的只有一件就是在高中课程中不应该教进化论’”34。
我同意社会理论学家克斯脱（Irving Kristol）的看法，如果慎重声明进化论是综合各家不同学说、建立在不同假设上的理论，而非不可质疑、完全可靠的事实的话，进化论作为一种科学假说在学校教授是无可厚非的。
几年前美国阿拉巴马州政府通过一项律法，要在该州公立学校的教科书上加一个通告： “警告：这本教科书讨论的进化论，是一些科学家对生物（如植物、动物、和人类）的起源提出的科学上的解释，是一个有争议的理论；当生命首次在地球上出现时，无人在场，所以，任何关