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在波伦亚，贺诺琉斯三世委派庇护大学反抗地方当局的副主教，担任波伦亚大学最高职位。1278年，城市承认教皇是波伦亚元首，波伦亚大学也终于获得了独立。
这一教皇的支持具有重要意义。无疑，罗马教廷承认了知识分子各项活动的重要性与价值，但它的干预并非是无私的。它取消的只是对大学的世俗管辖权，为的是将大学置于教会管辖之下。这样，知识分子们觉得，面对一股把他们驱策到世俗控制之下的强大潮流，为了获得这个有决定意义的帮助，他们只好走依附教会的道路。虽然教皇解除教会在地方上对大学的控制——这个世纪的人会如何评价主教们对知识界裁决的意义，这方面的材料是不完整的——，但只是为了让大学臣服于罗马教廷，遵从教廷的政策，把教廷的控制与观点强加给大学。
因此知识分子现在就像那些新的阶层，归顺庇护他们以使他们服从的罗马教廷。众所周知，这一教皇的庇护，在十三世纪期间，改变了托钵修会的性质及其原来的宗旨。另外我们还知道，阿西西的圣弗朗切斯各，鉴于他创立的修会背离了原来的方向，从此以后投入了当时的权力斗争，残忍地迫害异端，推行罗马教廷的政策，因而他提出保留意见，并痛苦地告退了。对知识分子来说，独立的时代，满怀无私地献身于研究与教学的精神的时代，同时也结束了。 1229年，明确地根据教皇反对异端学说的诏令，史无前例地建立了图卢兹大学。此后，所有的大学都受到这种一步一步增加的压力。面对时常是专制横暴的地方政权，大学肯定获得了自己的独立，成功地扩大了视野，增加了在整个基督教世界的影响，但是它也屈服在一再对它表示慷慨大度的那另一个权力之下。当然，大学为取得这些成果付出了高昂的代价。西方国家的知识分子已发展到一定的阶段，但是它却显然变成了教皇的走卒。
大学社团组织内部的矛盾
现在我们必须转而谈谈大学社团组织的特点，说明大学社团组织在社会内部根本上的两重性以及使大学社团陷入的结构性危机。
它首先是个宗教组织。虽然它的成员很久以来就不全都属于一个教团，虽然它的队伍里纳世俗教徒的数目越来越多，大学的成员仍全部被当作教士看待，接受教会的管辖，并且更要受罗马教廷领导。它们是在宗教世俗化的运动中出现的，从属于教会，尽管它试图在组织上脱离教会。
这一组织的目标是地区的垄断，它从民族的或地区的繁荣中获得极大好处（巴黎的大学就不可分割地同卡佩王朝政权的兴盛联系在一起，牛津的大学与英格兰君主政体的强大有关。波伦亚的大学则利用了意大利教区的活力）。大学组织以其独特的方式又是国际性的：由于它的成员是来自所有有可能的国家的教师和大学生，由于它活动的性质，是没有国界的科学，由于它的眼界开阔，主张普遍教学的自由（licentia
ubique docendi），要求有到处进行教学的权利，规模宏大的大学的毕业生享有这种权利。它和其他社团组织相反，没有对地区市场的垄断权。它的领域是基督教世界。
此外，大学组织冲破了它的诞生地城市的范围。不仅如此，同在法律和政治领域一样，大学还在经济领域同市民进行斗争，有时甚至还采取暴力斗争。
大学组织看来注定要从一个社会阶层或集团向另一个社会阶层或集团转化。它看来必将一个接一个地背离所有其他的人。对教会、对国家、对城邦来说，它都可能会是特洛伊木马。它是无法归类的。
13世纪末的多米尼克修会修士、爱尔兰的托马斯写道：“巴黎城就像雅典，分成三部分：第一，商人、手工业者和普通百姓，名为大城；第二，宫廷周围的贵族和大教堂，名为旧城；第三，大学生和教员们，名为大学。”
大学社团组织的组成
巴黎的大学社团可作为一个例子。13世纪期间它规定既包括管理方面的，也包括职业方面的组织结构。它由四个学院组成：“艺术”，“政法”或“宗教法’（教皇贺诺琉斯三世于1219年禁止民法的教学），医学和神学，它们构成大学内部数目同样多的社团组织。所谓高等学院，也即法政学院、医学院和神学院，是由院长（Dekan）为首的名誉教师团或董事会（Regenten）领导的。艺术院规模要小得多，它是按民族系统组成的。教师和学生大致上根据他们的出生地点划分并组织起来。巴黎大学有四个民族；法兰西、皮卡尔德、诺曼底和英格兰。每个民族归一个受董事会管辖的代表（Prokuror）领导。四个民族的四个代表襄助艺术院的首脑即院长（Rektor）。
但大学在这四个学院上面还有总的机构，不过它们的组织一向极为松散，因为这几个学院很少有共同的问题需要讨论。除了大学院墙外的普雷·奥·克勒克运动场，不存在任何涉及整个社团组织的地产或建筑问题。跟各学院和各民族一样，大学在把它们作为宾客接待的教堂或修道院聚集开会：在圣于连·勒保弗雷教堂，在多米尼克修院或圣弗朗切斯各修院，在圣伯纳德修会即西妥教团的大厅，更多地在马修修会的斋堂。大学在这些地方举行董事和其他教师参加的全体会议。
13世纪期间终于形成大学的首脑，艺术院或人文学院的院长。我们还得回顾一下使艺术院成为大学领袖的发展过程。这是由于该学院的成员在人数上的明显优势，他们具有的精神面貌，而更多地是该学院在财政经济方面的作用。对大学财务具有支配权的“艺术家们”的院长是全体会议的主席。13世纪末他已是大学社团组织公认的首脑。他在同世俗势力和教会势力的斗争过程中最终成功地保住了这个位置，这些斗争情况我们将在下面进一步叙述。但他的权威始终不时地受到限制。他可以参加下一轮竞选，但目前只能有三分之一学期的时间再行使他的职权。
这种组织结构情况，其他各大学中都存在，只是往往有相当大的差异。在牛津，院长不止一个。校长（Kanzler）是大学领导，而且如我们已看到的，不久校长就改由大学同事们选举产生。从1274年起，在牛津，“民族”的制度被废除了。这点从招生完全按区域性质来办可以得到解释。从此以后，来自英国北方的人或波利勒斯人（Boreales）——包括苏格兰人——和来自南方的人或澳大勒斯人（Australes），——包括威尔士人和爱尔兰人——不再分成不同的社团组织。
在波伦亚有一个与众不同的特点：教授们不属于大学。大学社团组织只包括学生。教师组成“博士学会”。实际上波伦亚区分为几个不同的大学。每个学院形成一个自己的组织。但两个法律大学——民法的和宗教法的——的优势地位几乎是包括所有一切方面。13世纪期间，这一优势地位由于这两个大学组织实际上的合并而加强了。大都是由一位研究院长领导。如同在巴黎，院长从各个民族中产生，民族在波伦亚十分活跃，并且是多层次的。各民族组成两个联盟，“阿尔卑斯山南人”（Citramontaner）联盟和“阿尔卑斯山北人”（Ultramontaner）联盟。每个联盟分成不同数量的许多系——“阿尔卑斯山北人”联盟有16个系——，各个系由在院长身边起重要作用的督导（consiliarii）做代表。
大学社团组织的权力，依靠三种主要特权：法权自治——在教会的某些地区性限制范围内和有向教皇上诉的权力，罢课和分离独立的权利，独揽大学学位授予的权利。
学习研究的组织工作
大学的规章规定学习的组织工作。它们规定学习期限，学期的教学大纲，和考试的各项条件。
关于学生年龄和学习期限的说明可惜不够明确，而且经常是矛盾的。它们还随时间和地点的不同而发生变动，从有些地方显出的一些迹象，我们可以猜想，实际与理论有时相距甚远。
首先：人们在多大年龄和根据什么条件上大学？上大学的年龄肯定不是很大，但这里发生一个问题：语法学校是否属于大学？书写在进大学之前就已学会，还是如伊斯特凡·哈依纳尔说的，它是大学的基本教学内容之一呢？有一点是肯定的，中世纪几乎不划分教育阶段，中