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协和精神也体现在严谨的教学管理和制度建设中。学校对学生进行全方位考查，每个学生平时的作业、实验报告、读书笔记、考试成绩，教师都有详细记录。期末由教师评议组对每个学生进行评议。除评议学习成绩外，更重要的是评议这位学生是否具备成为一位优秀医生的潜质，尔后根据评议结果决定学生中优秀、升级、留级和淘汰的名单。协和学制为八年，学习期间要过预科关、实习关、毕业分配关，淘汰率相当高。林巧稚这一届同学入学时二十五人，毕业时十六人，十六人中有九人是后来的转学插班生。林巧稚的家境在同学中是最窘迫的，但她在协和从未因经济困窘而自卑，安之若素，生活简单朴素，内心十分充实，心无旁骛，埋头学习，而校方和教师也只看重学生的学习和品行，丝毫不因学生的经济状况或家庭背景影响其评判、录用、提升，这使林巧稚能始终保持一种良好纯真的心境。协和有三宝：教授、图书和病案。这里单说病案。重视病案书写与保存是协和的传统，每个学生实习期间都要求写出系统、完整、翔实而不繁琐的高质量病历。并且学生向导师提交病历前都到图书馆、病案室反复查阅相关病例的资料和各种书籍文献，对病人的疾病状况要做最充分的了解，才能通过导师丝毫不留情面的追问。而不论什么时候，不论是教授还是学生，只要研究需要，病案室都迅速提供所需的资料和数据。直到多年以后，林巧稚为掌握有关中国女性骨盆尺寸数据，依然在这里查阅到了相关的全部记录。
协和公共卫生系在当时的世界预防医学领域处于领先地位，下设两个教学实习基地：北京第一卫生事务所和河北定县中华平民教育促进会的公共卫生部。协和的学生都必须到这两个地方实习。林巧稚到北京第一卫生事务所实习，在杨崇瑞医生的指导下工作，真正了解到了北平老百姓的日常生活。她们深入胡同里的人家做预防流行病调查，到饭馆、澡堂检查卫生，给妓女查病治病，为有传染病的人家消毒，宣传防病保健知识，进行预防接种。河北定县的实习点是协和与著名教育家晏阳初先生推行的平民教育活动同步进行的，公共卫生部就设在晏阳初先生的中华平民教育促进会下面，建立起了一个覆盖全县的卫生保健网络，真正对农民群众进行大众卫生教育和基本治疗。而维持这一卫生网络的费用仅为全县人均一角钱。宏大的目标就这样靠一点一滴的努力去实现，由此可看出协和的师生干这些事多么富有自我牺牲精神。协和正是在这些细微处给年轻的学子们以生动的医学人文教育，让学生了解社会民情，树立了为平民服务的思想。
“真正的医学和宗教信仰有相通之处。”林巧稚始终是一个虔诚的基督教信徒，她的信仰和她从事的崇高职业是完全融合的。协和的教育使她真切地领悟到，医生这一职业从来就不是纯技术性的学科，医学的神圣之处在于人性的温暖和心灵的慰藉，一切为病人的生命与健康着想，是医生的神圣职责。她一生都在实践自己的信仰。林巧稚在当住院医生时遇到的第一例手术是凶险的输卵管妊娠。时值风雪夜，主任马士敦在离医院很远的地方无法赶回来，她作为一个助理住院医生，无权独自担当如此重大的人命关天的职责，明哲保身的办法是让病人转院。可是病人危在旦夕，风雪之夜又能转到哪里去？林巧稚果断决定立即手术。她为病人想到了一切，也考虑到了手术的各个细节，却惟独没有考虑过万一手术失败自己将承担怎样的责任，极可能自己医生的职业生涯从此中断。结果手术成功了，病人得救了，她出色地尽到了医生的职责。在以后漫长的岁月里，林巧稚经历了无数次重大的手术，始终和这第一次手术一样，惟一考虑的对象是病人，而自己的一切，什么名啊利啊全都无足轻重。时光像流水一样逝去，解放之后，林巧稚已功成名就，满载荣誉，成为妇产科的学术泰斗。她当选为中国科学院学部委员（即后来的中科院院士），是当时学部中惟一的女委员，又是中华医学会妇产学会主任委员。但她常说的一句话还是：“我是一辈子的值班医生。”那时，内蒙古包头市一位叫焦海棠的女工给林巧稚来信，说她已连续夭折三胎，现在又怀孕待产，急切地向她求救。林巧稚从信中所说的症状不难判断，这位女工的孩子患的是新生儿溶血病，国内尚无成活的先例。接受焦海棠这样的病人风险太大了，作为一个声名卓著的权威，即使治好了，不过是增加一个成功的病例而已，可是如果一旦失败，后果就不堪设想。但是林巧稚压根儿不考虑这些问题，她食不知味，夜不成寐，遍查全世界最新的医学期刊，搜寻有关治疗新生儿溶血病的点滴资料，不能面对一位母亲的神圣的呼救声而背过身去听之任之。终于，林巧稚决定采用婴儿脐带换血的手术来挽救新生儿的生命。她如同临阵的将军，组织各科专家会诊，制定了对新生儿进行全身换血的整套方案，并亲自主持手术。就这样，中国首例新生儿溶血病手术取得了成功，婴儿获得了第二次生命，焦海棠为孩子起名叫“协和”。都说妇产科是医院“高风险”科室，但林巧稚领导下的协和妇产科从没有和病人家属发生过医疗纠纷，其中的奥秘恐怕不仅在于林巧稚和同事们的高超医术，更在于林巧稚一生坚持的这种病人的生命和利益高于一切的协和精神。直到晚年，林巧稚拥有更多、更高的社会职务与头衔，如全国妇联副主席等，几乎成了一个标志性人物，可这些符号对她来说依然只是一份要求与责任而已，除此之外没有任何别的含义。1978年她已七十七岁高龄，在率代表团出访西欧四国前夕，来自浙江宁海的一位名叫薛宝娟的女病人找到了她。这位女病人深受庸医之害，从分娩之时起一个月内接连动了三次大手术，摧毁了健康，留下了严重的后遗症。通常，医院和医生不会接收这样的病人，因为再次手术风险极大，稍有不慎，会造成新的损伤。但林巧稚接收了她，并亲自为她做检查，临出国前还和科里的医生一起仔细分析了病情，制定出了详细、周密的手术方案。安排好了这一切之后，林巧稚到病房看望薛宝娟说：“我要出国了，不能亲手给你做治疗，但你的病是有希望治好的。”
在上帝面前，众生平等；在林巧稚面前，生命同样是平等的。不管病人是贫苦农民还是高级官员、文化名人，她都同样认真，同样负责。她为林徽因、冰心等文化名人接生过孩子，也给周恩来夫人邓颖超、朱德夫人康克清、彭真夫人张洁清等中央领导的夫人看过病，和她们都结下了深厚友情；她更为众多生活在社会底层的普通妇女精心治病和接生，把她们当作自己的亲人一样对待。康克清在一篇回忆林巧稚的文章中说“她是看病，不是看人”。这八个字，正是对林巧稚特殊人格魅力的最好总结，也是协和精神的闪光点。为了一个普通产妇的安危，为了一条小生命，她甚至不惜冒与各科专家诊断意见相悖的极大风险。有一位名叫董莉的患者，结婚六年才初次怀孕，来协和检查时发现宫颈有乳突状肿物，经取活体组织做病理检查，怀疑为恶性肿瘤，为此必须尽早手术，切除子宫。林巧稚反复研究董莉的病理检验报告，查阅国外资料，思索会不会有另一种可能呢？她组织各科专家会诊，坦�