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经院哲学在托马斯·阿奎那手里达到了最高的水平。这种哲学深入人心牢固而持久。文艺复兴之后残存的经院哲学家是反对新的实验科学的，但是，他们的学说的彻底唯理论却造成了产生近代科学的学术气氛。就某种意义而言，科学是对这种唯理论的反抗；科学诉诸无情的事实，不管这些事实是否与预定的理性体系相合。但是，这种唯理论却有一个必要的假设作基础，那就是，自然是有规律的、整一的。怀德海博士指出：不可抵抗的命运的观念——希腊悲剧的中心题材——经过斯多噶哲学，传给了罗马法。罗马法就建立在那种哲学的道德原则基础上。虽然在罗马灭亡后出现了无政府状态，法律秩序的观念还是始终存在着，罗马教会也保持了帝国统治的大一统主义传统。经院派的哲学唯理论，从一个普遍而有秩序的思想体系中产生出来，又适合于这个体系，且为科学预备了这个信念：“每一细节事件，都可以和以前的事件有着极其确定的互相关联，成为普遍原则的例证。如果没有这个信念，科学家的难以置信的勤劳将没有什么希望。”“在经院哲学被抛弃以后，一个无价的习惯仍然存在着，那就是寻觅一个确切的点，寻得以后便固执不舍。伽利略得力于亚里斯多德的地方比表面上看起来要多……他的清晰的头脑和分析能力都是从亚里斯多德那里得来的。”“今天存在的科学想象力的开山宗师是古代雅典的大悲剧家埃斯库罗斯、索福克勒斯（Sophocles）与欧里庇得斯（Euripides）。在他们想象中无情冷酷的命运，把一个悲剧事件逼迫到不可避免的结局。这种想象力就是科学所具有的想象力。”
罗吉尔·培根
十三世纪既出现了经院哲学大师托马斯·阿奎那的成功的、受人称赞的工作，也出现了罗吉尔，培根（Roger Bacon）的悲惨的一生。根据留传下来的记录，在中世纪的欧洲，罗吉尔·培根是在精神上接近他以前的伟大的阿拉伯人或他以后的文艺复兴时代的科学家的唯一人物。他一生的悲剧，一半是内心的悲剧，一半外在的悲剧；一半是由于当时学术环境中他的思想方法的必然局限性所致，一半是由于教会权威对他的迫害所致。
罗吉尔·培根在1210年左右生于英国伊尔彻斯特（Ilchester）附近的索默塞特（Somerset）沼泽地区。他好象出生于有地位和有钱财的家庭。他在牛津学习，受过两个安格鲁人（Anglians）的影响，一是数学家亚当·马什（Adam Marsh），一是牛津大学校长、后来任林肯郡主教的罗伯特·格罗塞特（Robert Grosseteste）。培根说，“只有一个人知道科学，那就是林肯郡的主教”；他又说，“在我们的时代，前任林肯郡主教罗伯特爵士和修士亚当·马尔什，可以说是无所不知”。
在英国或在西欧，格罗塞特看来是从东方邀请希腊人来教希腊古文的第一人，那时这种文字在君士坦丁堡仍然为人阅读。培根也同样认识到研究亚里斯多德原著与《新约》的语言的重要性，因而编辑了一部希腊语法。他经常不断地说：当代博士们不懂原文是他们在神学与哲学上失败的原因。他指出神父们怎样改动他们的译文，以符合于当时的偏见，又怎样因为粗疏无知和篡改原作，——尤其是多明我会修士——以致使原著变质。这是现代的翻译批评的先声。值得指出的是，培根本人是方济各会的修士。
但培根高出于同时代的哲学家，事实上还高出于整个中世纪欧洲哲学家的地方在于，他清晰了解只有实验方法才能给科学以确实性。这是心理态度的一次革命性的改变，只有在详细研究了当代的其他著作之后才能领会这种革命性改变的意义。培根博览群书，无书不读，包括阿拉伯书籍（或许是拉丁译本）和希腊书籍，但他并不是从圣经、神父、阿拉伯人或亚里斯多德那里把自然知识的事实与推论拿过来就算完事，而是谆谆地告戒世人：证明前人说法的唯一方法只有观察与实验。在这里，他的理论又成为另一位更有名的培根的理论的先声。这人便是三百五十年以后英国的国务大臣弗兰西斯·培根（Francis Bacon）。他好象利用了他的前辈罗吉尔的某些见解。他对于人之常情的错误的原因的分析尤为明显。罗吉尔认为错误的原因有四，即对权威的过度崇拜、习惯、偏见与对知识的自负：这个分析与弗兰西斯的四偶像十分相似，因而决不可能是巧合。
虽然他在著作中竭力主张观察和实验，罗吉尔本人除了在光学方面外，好象没有做过很多实验；他在光学实验上费了很多钱，但是他所取得的结果似乎是很少的。他在巴黎住了几年，得了博士学位之后仍回到牛津。但他的工作渐渐引起别人的怀疑，不久他就被送回巴黎，显然是为了让他的修会对他严加看管，并且禁止他写作或传布他的理论。但就在这时候，他平生的机会到来了。
一位开明的法律家、战士和政治家，名叫吉·德·富克（Guy deFoulques）的，对于培根在巴黎的工作发生了兴趣。他后来被举为教皇，改名克力门四世（Clement Ⅳ）。培根写信给他，克力门不顾教长的禁令与教团的章程，立即答应了他的正式请求，命令这个小僧侣把他的研究成果写出来。不知什么缘故，教皇还命令他保守秘密。这就增加了罗吉尔的困难。他既是托钵僧，自然没有钱，但是他向朋友借贷，凑足了购买写作材料的费用，经过十五或十八个月，他就在1267年送了三部书给克力门：一部叫《大著作》（Opus Ma－jus），详述他全部见解，一部叫《小著作》（Opus Minor）是一种概要，一部叫《第三著作》（Opus Tertium），是因为怕前两部遗失而补送的。我们了解培根的工作主要是靠了这几部著作，虽然还有一些著作，但始终是手稿。
克力门不久就死了，培根既没有人保护，就在1277年被原任方济各会会督、后为教皇尼古拉斯四世（NicholasⅣ）的阿斯科里的杰罗姆（Jerome of Ascoli）处以监禁之刑，而且不许申诉。大概，直到1292年尼古拉斯死后，培根才获得释放。那年他写了一本小册子名《神学概要》（pendium Theologiae），从此以后，就再没有这位伟大修士的消息了。
培根虽然具有比较进步的眼光，他的心理态度大半还是中世纪的。一个人不管愿意不愿意，总是当代思想界大军的一分子，他只可能比这支大军的行列走得稍微远一点。培根自然也以为宇宙周围绕有充满恒星的天球，大地则居于宇宙中心。他接受了圣经的绝对权威——如果圣经的真正原本可以重新找到的话——和当时基督教的武断神学的整个体系。尤其有害的成见是：他虽然在其他方面猛烈地攻击经院哲学，但是却赞同经院哲学的这样一个见解：一切科学与哲学的目的，都是为了解释与装饰至高无上的神学。在他的著作中随处可见的一部分混乱和矛盾就是由此产生的。这种混乱和矛盾总是和走在他的时代前面，甚至走在以后三百年前面的创见和远见混杂在一起。他虽然竭力挣扎，但总不能摆脱中世纪的心理习惯。
培根的卓见之一就是，他认识到学习数学不论作为一种教育训练或作为其他科学的基础都是十分重要的。那时已有从阿拉伯语译出的数学论著。里面常常有一些把数学应用到占星术上的例子。占星术是宿命论或决定论的一种形式，和基督教的自由意志论是不相容的，而且研究数学与占星术的大半是伊斯兰教徒及犹太人；因此这两种学科都得到恶名，被人同“黑术”联系起来。但是培根凭着他的自信的勇气，宣布数学与光学（他叫透视学）是其他学术的基础。他说这两种科学是林肯郡的罗伯特所了解的。数学的表格与仪器虽然费用多而且容易毁坏，却是必要的。他指出当时历法有误差，每130年便多一天。他把当时知道的世界各国详细加以