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屋建成半地穴式。显然从生活上认识到“寒者，热之；热者，寒之”寒热阴阳之理。同时生活中难免疲劳受寒，引起头痛、恶寒、发热等症状，用火考感到舒服、熏烤或热熨皮肤，使汗出而解；或服碗热汤、热粥同时盖上棉被汗出而解；或用草药煎汤熏洗而解、或用生姜、葱、大枣等煎汤热服及加盖棉被取汗而解（也因之经方又称“汤液”），或用大黄、芒硝可以解除便秘之苦……当时虽没有文字，但积累的经验被流传于后代，当有文字后便记载下来。《本经》所记载：“麻黄，味苦，温。主中风、伤寒头痛”；“柴胡，味苦，平。主心腹肠胃中结气，饮食积聚，寒热邪气，推陈致新”；“大黄，味苦，寒。下瘀血……荡涤肠胃，推陈致新，通利水谷”……365味药，显示了神农时代用药总结，显示用药理念与《伤寒》一脉相承。因这些医药知识产生于神农时代，称之为《神农本草经》当名实相符。有关《本经》成书的时代，章太炎认为：“神农无文字，其始作本草者，当在商周间，代有增益，至汉遂以所出郡县附之耳”；钱超尘教授据《周易》有“无妄之疾，勿药有喜”、《国语？楚语》有“若药弗暝眩，厥疾弗瘳”、《论语》有“季康子馈药”等关于药物知识记载，认为“先秦时代人们对药性药效已有所认识，并载于古书，《本经》形成于先秦乃至周初，增补于汉代，《汉书？艺文志》所以无其名者，或与《汤液》32卷合为一书亦未可知”。说明不是一朝一代一人所著成，但其起源确是始于神农而早于岐黄。
《本经》中“治寒以热药，治热以寒药”的论述，根据症状反应用相对应的药物治疗，反映了经方科学的起源，是根据人患病后出现的症状，以八纲辨证、以八纲辨药，开创了以八纲辨证的经方医学体系。书中更详于记述了365味药物，以四气五味适用于人体患病后，表现出寒、热、虚、实、阴、阳的症状论述，显示了单味药防治疾病的经验，其述证主用寒、热、虚、实、表、里、阴、阳，即八纲理论，标志了经方基础理论的起源。
任应秋老师考证认为，张仲景系《神农本草经》一派，主要依据是两者都是用八纲辨证。《本经》单味药和适应证，实际是单方证，这在《伤寒》可见有相类记载，如一物瓜蒂散方证、百合洗方证、文蛤散方证、矾石汤方证、苦参汤方证、狼牙汤方证、大猪胆汁方证、大乌头煎方证、甘草汤方证、猪肤汤方证、雄黄熏方证等等，这些方证与《本经》一脉相承。后来发展为复方证，其理论仍是用八纲辨证，而不用脏腑五行、经络辨证，对比《本经》与《伤寒》的内容即可清楚。更重要的是，《伤寒》中有许多记载了神农时代的医疗经验，如《伤寒》中多处记载“若被火者”、“若火熏之”、以粥治病、以麻黄汤发汗、以大承气通腑实等治法，标明了汉代对神农时代的继承和批判及弘扬。
皇甫谧《甲乙经序》谓：“是仲景本伊尹之法，伊尹本神农之经”，说明《汤液》、《伤寒》的方证，不论是单方方证还是复方方证，都与《本经》有渊源关系。即说明《伤寒》的方证，起源于神农时代。值得注意的是，《伤寒》方证起源于神农时代，《本经》不仅指方药、方证，更重要的是其理论，即八纲辨证理论，亦起源于神农时代。
《黄帝内经》（下简称《内经》）和《伤寒杂病论》（下简称《伤寒论》）是不同时代的两部中医古籍，《内经》前而《伤寒论》后。两书皆同源于古代的医经，也即以《易》学、阴阳、五行、六气、卫气营血、精气神等为主导，认证皆以四诊、八纲。不同的是，《内经》集古代医学、哲学理论之大成，其中阴阳、五行、六气对后世影响深远，不仅用其推衍疾病的生理、病理、治疗用药，而且用于推衍防病、养生等。由于六经辨证是根据症状反映来分析病情、病性的，所以《伤寒论》的辨证论治的实质：于患病人体一般的规律反应基础上，而适应整体、讲求疾病的通治方法。即《伤寒论》只是根据疾病所反应的症状治病，不再应用《内经》中的五行、六气推衍辨证。
一、五行、六气用舍不同
《素问·玉机真藏论》曰：“春脉者肝也，东方木也，万物之所始生也。故其气来耎弱轻虚而滑，端直以长，故曰弦，反此者病，其气来实而强，此谓太过，病在外；其气来不实而微，此谓不及，病在中。太过则令人善忘，忽忽眩冒而巅疾；其不及则令人胸痛引背，下则两胁胠满。夏脉者，心也，南方火也……”。《素问·金匮真言论》曰：“东方青色，入通于肝，开窍于目，藏精于肝，其病发惊骇。其味酸，其类草木，其畜鸡，其谷麦，其应四时，上为岁星，是以春气在头也，其音角，其数八，是以知病之在筋也，其臭臊。南方赤色，入通于心……”。《素问·阴阳应象大论》曰：“东方生风，风生木，木生酸，酸生肝，肝生筋，筋生心。肝主目，其在天为玄，在人为道，在地为化，化生五味，道生智，玄生神，神在天为风，在地为木，在体为筋，在脏为肝，在色为苍，在变动为握，在窍为目，在味酸，在志为怒，怒伤肝，悲胜怒，风伤筋，燥胜风，酸伤筋，辛胜酸。南方生热，热生火，火生苦，苦生心……”。这种用五行、六气联系人体五脏生理病理的论述，在《内经》里非常多，这种理论在中国（更确切地说在中原），经后世发展得丰富多彩，其理论也多歧纷纭。其特点是具有地域性和推衍性，有时根据疾病症状的表现，有时更注重根据季节、气候、地域等。
已知《伤寒论》的主要方证来自于《汤液经方》（下简称《汤液》），值得注意的是，仲景撰用《汤液》中60个方证，其中39个为大小五脏补泻方证，是脏腑辨证论治的典范，而且在《辅行诀脏府用药法要》中还着重介绍了《五味补泻体用图》，并指出：“在天成象，在地成形，天成五气，化成五味，五味之变，不可胜数。今者约列二十五种，以明五行互含之迹，以明五味变化之用”。可知《汤液》也用五行理论指导五脏辨证。但张仲景撰用了39个方证，却绝然不再用其脏腑补泻名，如小泻肝汤改名为枳实芍药散、大泻肝汤改称为大柴胡汤、小补心汤改称栝楼薤白半夏汤、大补心汤改称为枳实薤白桂枝汤、小补脾汤改名为理中汤、建中补脾汤改名为小建中汤、小泻脾汤改称为四逆汤……值得注目的是，有的虽用其名，但其适应证已不是脏腑概念。如小泻心汤改名为泻心汤，其适应为“心气不定（足），吐血衄血”的阳明里实热证；又如小泻脾汤其适应证为：“治脾气实，下利清谷，里寒外热，腹冷，脉微者。”《伤寒论》改名为四逆汤，其适应证为：“脉浮而迟，表热里寒，下利清谷。”这里很明显，张仲景抛弃了五行五脏理论，跳出五行外，而主用八纲辨证。全书的主要内容是以六经辨证和辨方证，其六经是指太阳、阳明、少阳的三阳，和少阴、太阴、厥阴的三阴而言。论中虽称之为病，其实即是证，而且来自八纲，具体内容即其提纲，即“太阳之为病，脉浮头项强痛而恶寒。”“阳明之为病，胃家实是也。”“少阳之为病，口苦、咽干、目眩也。”“少阴之为病，脉微细，但欲寐也。”“太阴之为病，腹满而吐，食不下，自利益甚，时腹自痛，若下之，必胸下结硬。”“厥阴之为病，消渴，气上撞心，心中痛热，饥而不欲食，食则吐蛔，下之利不止。”《伤寒论》是先辨六经，再辨方证，无须再用五行五脏理论。因此，章太炎先生称：“不拘五行生克之论者，盖独仲景一人耳。”又说：“自《素问》、《难经》以五行内统五脏，外贯百病，其说多附会。逮仲景作，独《伤寒论》平脉篇、《金匮要略》首章一及之，余悉不道……。”这里要明确：《伤寒论》中的平脉篇、《金匮要略》的首章是王叔和所加入，由此，也更可知《伤寒论》不用五行、六气理论。
二、治疗理念不同
（一）五元论和一元论不同：
《内经》以五脏五行、经络流注为生理基础，论病则以其五脏六气变化为主。其特点重视五行、六气，五脏附会五行，如“病之生变，气相得则微，不相得则甚；气有余则制己所胜而侮所不胜，其不及则己所不胜侮而乘之，己所胜轻而侮之”（《素问·五运行大论》）。从多方面论述病因病机，治疗�